genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86786704--86786752	24	2.2	20	80	16	53	69	2	0	28	1.00
86786929--86786960	16	1.9	17	93	6	57	28	3	0	68	1.04
86791456--86791508	21	2.5	21	87	0	79	26	5	35	32	1.80
86795721--86795843	22	5.3	22	63	18	70	26	30	9	33	1.89
86795909--86795984	22	3.3	22	67	16	64	27	30	9	32	1.88
86795411--86796179	47	16.4	47	92	0	1225	28	30	8	32	1.87
86799367--86799519	32	4.8	32	85	0	216	46	8	13	32	1.73
86799956--86800117	26	6.2	26	92	0	252	33	6	23	35	1.81
86801293--86801337	8	5.6	8	86	0	63	48	20	24	6	1.73
86801297--86801337	16	2.6	16	96	0	73	43	21	26	7	1.79
86801753--86801865	27	4.2	27	80	3	111	16	23	23	36	1.94
86801750--86801865	54	2.1	54	85	3	153	16	23	23	37	1.94
86805825--86806012	26	7.2	26	95	1	315	34	6	23	35	1.80
86807188--86807232	8	5.6	8	89	0	72	51	22	22	4	1.66
86807648--86807761	27	4.2	27	78	3	104	18	24	21	35	1.95
86807646--86807758	54	2.1	54	83	3	138	18	24	20	36	1.95
86809357--86809382	11	2.4	11	100	0	52	50	26	7	15	1.71
86809298--86809492	72	2.7	72	93	0	327	47	18	12	21	1.82
86814198--86814247	6	8.3	6	97	0	73	50	40	0	10	1.36
86814201--86814249	2	24.5	2	82	0	62	51	40	0	8	1.32
86820411--86820463	13	4.1	13	80	9	72	37	28	5	28	1.80
86820846--86820894	26	1.9	25	88	12	73	28	0	2	69	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86820874--86820925	15	3.3	15	75	8	50	38	1	0	59	1.08
86820889--86820935	25	1.9	25	86	4	69	46	4	0	48	1.21
86826842--86826895	22	2.5	22	81	3	65	14	31	35	18	1.91
86829304--86829360	26	2.2	26	81	9	62	28	17	17	36	1.93
86840342--86840374	14	2.4	14	90	10	50	39	0	0	60	0.97
86853177--86853209	11	3.0	11	100	0	66	36	9	18	36	1.82
86863941--86864016	40	1.9	40	83	5	100	27	21	17	34	1.95
86867631--86867730	50	2.0	50	84	3	130	36	23	9	32	1.86
86879064--86879111	12	4.0	12	83	0	60	27	39	0	33	1.57
86880423--86880465	23	1.9	22	86	13	61	44	16	16	23	1.86
86880528--86880603	27	2.8	26	82	5	98	19	17	21	42	1.90
86880530--86880666	27	5.1	26	84	5	89	30	18	16	35	1.92
86880593--86880748	27	5.8	27	91	0	240	37	17	13	30	1.89
86896617--86896689	34	2.1	34	100	0	146	32	20	23	23	1.98
86903760--86903797	5	7.8	5	94	5	69	21	0	0	78	0.74
86907402--86907638	50	4.7	50	81	3	242	24	18	25	30	1.98
86907448--86907631	101	1.8	101	91	0	305	25	20	25	29	1.99
86907469--86907675	101	2.0	101	79	0	216	26	19	25	28	1.99
86925242--86925588	170	2.0	172	96	1	644	19	15	21	43	1.87
86928316--86928358	11	3.8	11	81	6	59	67	0	2	30	1.03
86928311--86928357	23	2.0	23	100	0	94	63	0	4	31	1.13
86932599--86932641	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86934221--86934350	48	2.8	46	80	10	147	52	5	8	33	1.55
86935455--86935674	70	3.1	70	81	5	246	50	11	2	35	1.51
86936554--86936612	21	2.7	22	82	12	61	54	3	6	35	1.44
86939158--86939199	19	2.3	18	84	12	50	50	2	4	42	1.36
86940275--86940343	21	3.3	21	85	2	77	53	10	24	11	1.68
86945962--86945991	16	1.9	16	93	6	53	56	0	6	36	1.26
86956377--86956444	31	2.2	31	81	2	73	57	8	14	19	1.63
86957833--86957871	21	1.9	21	89	5	62	28	28	33	10	1.90
86973348--86973564	46	4.7	46	78	9	219	29	19	29	22	1.98
86978705--86978737	17	1.9	17	88	11	50	21	6	12	60	1.53
86988743--86988840	48	2.0	48	90	0	151	37	12	5	44	1.64
86991395--86991533	39	3.6	39	80	5	165	44	21	5	28	1.75
86994887--86994994	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
86996602--86996742	54	2.6	53	90	2	219	17	23	23	35	1.95
86996602--86996742	27	5.2	27	83	6	180	17	23	23	35	1.95
86996602--86996760	27	5.9	27	80	11	175	18	23	22	35	1.96
86999151--86999197	24	1.9	25	87	12	71	34	6	0	59	1.23
86999282--86999310	8	3.6	8	100	0	58	27	10	0	62	1.28
86999350--86999398	22	2.4	21	83	16	59	32	6	0	61	1.21
86999401--86999464	28	2.3	28	84	10	78	35	1	1	60	1.15
86999329--86999464	13	11.1	12	70	24	65	34	3	0	61	1.19
86999393--86999458	17	4.0	17	71	22	52	36	1	1	60	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86999426--86999479	28	2.0	28	82	13	69	37	0	1	61	1.07
87011043--87011833	206	3.8	206	88	1	1142	31	17	20	29	1.96
87013589--87013652	28	2.3	28	84	10	78	35	1	1	60	1.15
87013580--87013654	11	6.1	12	73	23	59	36	1	1	61	1.13
87013581--87013646	17	4.0	17	71	22	52	36	1	1	60	1.15
87018544--87018626	21	4.0	21	77	0	85	36	16	8	38	1.79
87023049--87023196	63	2.3	63	80	12	165	23	28	16	31	1.96
87025502--87025531	16	1.9	15	93	6	51	60	10	13	16	1.59
87036332--87036428	49	2.0	49	87	4	142	21	18	30	28	1.97
87045948--87046010	28	2.1	30	82	8	76	58	9	11	20	1.60
87046907--87047111	39	5.3	38	88	4	261	27	12	24	34	1.92
87046907--87047111	78	2.6	78	86	2	288	27	12	24	34	1.92
87052472--87052560	34	2.7	32	77	11	90	24	21	25	28	1.99
87054149--87054179	15	2.1	15	93	0	53	51	6	3	38	1.44
87056508--87056551	18	2.4	19	84	3	54	45	2	6	45	1.42
87057933--87057972	14	2.9	14	81	11	55	40	0	12	47	1.41
87057987--87058035	10	4.9	10	85	9	73	20	8	2	69	1.24
87059519--87059644	43	2.9	42	82	4	137	31	24	16	26	1.96
87062742--87062823	41	2.0	41	95	0	146	37	10	17	34	1.85
87067435--87067521	27	3.2	27	83	15	117	18	24	22	34	1.96
87075350--87075409	27	2.2	27	88	5	86	20	21	23	35	1.96
87075362--87075427	27	2.5	26	85	5	78	24	24	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87077831--87077978	57	2.6	57	81	5	181	31	16	21	31	1.95
87079874--87080196	167	1.9	167	86	3	463	30	13	17	39	1.87
87086949--87086986	20	1.9	20	89	10	60	47	7	5	39	1.55
87097045--87097084	20	2.0	20	100	0	80	25	25	15	35	1.94
87099358--87099385	13	2.2	13	100	0	56	53	0	21	25	1.46
87104059--87104507	27	16.6	27	82	0	452	41	20	8	30	1.82
87104059--87104507	108	4.2	108	83	3	519	41	20	8	30	1.82
87104059--87104424	54	6.8	54	88	0	516	42	19	7	29	1.79
87104053--87104560	27	18.8	27	76	7	217	40	20	8	30	1.82
87104552--87104833	27	10.4	27	88	1	368	35	18	21	24	1.96
87105093--87105145	27	2.0	27	88	0	79	20	26	20	32	1.98
87105264--87105456	6	31.3	6	71	18	130	20	18	12	48	1.80
87105267--87105331	25	2.6	25	87	0	94	20	20	13	46	1.84
87105292--87105424	19	6.8	19	73	19	103	19	18	13	48	1.81
87105329--87105393	25	2.6	25	90	0	103	20	20	13	46	1.84
87105265--87105456	62	3.1	62	87	5	264	19	18	13	48	1.80
87105348--87105435	37	2.4	37	88	0	131	20	18	12	48	1.80
87111378--87111429	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
87129597--87129643	23	2.0	23	91	0	76	25	36	8	29	1.86
87132746--87132952	53	3.8	53	75	5	191	38	17	23	19	1.93
87146307--87146340	12	2.9	12	86	4	52	32	2	0	64	1.08
87146465--87146522	30	1.9	30	89	0	89	58	6	5	29	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87150233--87150272	20	2.0	20	100	0	80	45	15	5	35	1.68
87157662--87157691	7	4.1	7	91	8	51	16	0	0	83	0.65
87157662--87157691	15	2.1	14	93	6	51	16	0	0	83	0.65
87157959--87158025	23	3.4	19	76	17	57	56	2	0	40	1.14
87160853--87160896	23	1.9	23	90	0	70	50	22	15	11	1.76
87163601--87163625	12	2.1	12	100	0	50	24	44	24	8	1.80
87167873--87167903	5	6.2	5	100	0	62	38	0	0	61	0.96
87188097--87188245	41	3.6	41	85	1	190	21	32	16	30	1.95
87195426--87195556	49	2.7	49	80	3	138	22	27	20	29	1.99
87195433--87195790	46	7.6	48	73	13	203	24	26	19	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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