genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34855008--34855117	19	5.9	18	67	19	57	40	1	3	53	1.29
34855010--34855238	130	1.8	127	83	10	290	42	2	3	51	1.34
34863632--34863809	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
34863633--34863788	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
34863629--34863809	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
34871806--34871983	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
34871807--34871962	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
34871803--34871983	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
34874249--34874295	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
34876777--34876829	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
34879330--34879506	27	6.6	27	84	2	203	27	15	28	29	1.96
34879330--34879506	54	3.3	55	84	4	225	27	15	28	29	1.96
34879331--34879485	81	1.9	81	88	2	231	27	15	28	29	1.96
34879327--34879506	81	2.2	81	83	2	227	27	15	27	29	1.96
34884073--34884100	13	2.2	13	100	0	56	50	14	7	28	1.69
34886369--34886415	17	2.9	16	76	17	51	17	31	14	36	1.90
34886713--34886766	20	2.7	19	75	11	54	27	20	31	20	1.97
34886748--34886796	20	2.5	20	77	16	57	30	14	36	18	1.90
34888411--34888460	18	2.8	18	87	0	73	14	28	0	58	1.37
34888386--34888467	24	3.4	24	77	0	101	12	26	0	60	1.31
34892693--34892746	20	2.7	20	72	11	56	29	22	29	18	1.97
34893377--34893424	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34898173--34898228	30	1.9	28	85	7	76	12	30	3	53	1.55
34899254--34899287	18	2.0	17	88	11	52	11	5	5	76	1.14
34899506--34899553	15	3.3	15	73	5	53	31	0	25	43	1.55
34920147--34920176	15	2.1	14	93	6	51	50	0	10	40	1.36
34921293--34921470	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
34921294--34921449	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
34921290--34921470	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
34923072--34923141	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
34923072--34923169	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
34929582--34930273	47	14.6	47	94	1	1118	32	8	29	29	1.87
34929582--34930273	191	3.6	190	93	2	1144	32	8	29	29	1.87
34933424--34933605	49	3.7	49	86	2	274	28	26	19	24	1.99
34933424--34933610	100	1.9	100	97	0	356	28	26	20	24	1.99
34936579--34936655	36	2.1	36	95	0	136	29	23	12	33	1.92
34938626--34938817	40	4.8	40	88	1	163	27	26	20	25	1.99
34941815--34941861	18	2.5	19	82	6	60	76	2	4	17	1.04
34941817--34941861	6	7.3	6	80	5	54	77	2	4	15	1.02
34943909--34943953	23	1.9	24	86	4	65	24	24	11	40	1.87
34944081--34944274	55	3.6	53	74	9	160	23	25	17	34	1.95
34946660--34946697	15	2.5	15	95	0	67	15	31	44	7	1.75
34948736--34948907	56	3.1	56	97	0	326	45	8	22	23	1.80
34950040--34950222	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34950041--34950224	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
34950093--34950257	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
34957785--34957860	38	2.0	38	97	0	143	32	26	17	23	1.96
34960469--34960629	48	3.4	47	81	5	207	27	27	16	28	1.97
34963170--34963343	6	28.8	6	75	18	157	48	14	17	19	1.81
34963150--34963274	30	4.1	30	85	7	155	48	14	18	19	1.82
34963461--34963526	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
34963461--34963534	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
34963485--34963542	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
34963845--34963926	27	3.1	26	85	5	101	37	19	21	20	1.94
34964126--34964321	27	7.3	27	85	0	248	25	19	19	35	1.95
34964326--34964903	27	21.4	27	83	3	671	40	8	22	28	1.83
34966571--34966659	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
34966571--34966653	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
34966582--34966659	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
34969582--34969753	93	1.8	93	94	0	308	26	30	22	20	1.98
34969574--34969749	46	3.8	46	82	4	228	27	30	21	20	1.98
34978085--34978363	145	1.9	145	97	0	531	30	24	13	31	1.93
34979946--34979986	21	2.0	21	90	0	64	24	7	41	26	1.81
34983285--34983316	17	1.9	16	93	6	55	34	6	21	37	1.79
34986932--34987063	67	2.0	65	88	2	192	44	16	6	31	1.74
34989288--34989335	9	5.2	9	85	14	71	0	12	0	87	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34989291--34989340	11	5.0	11	77	18	56	0	12	0	88	0.53
34989288--34989340	18	2.9	18	91	8	81	0	13	0	86	0.56
34989291--34989340	19	2.5	20	90	6	84	0	12	0	88	0.53
34992463--34992578	58	2.0	58	94	0	205	33	10	14	41	1.80
34994575--34994616	22	1.9	22	90	0	66	28	19	33	19	1.96
34994824--34994863	21	1.9	21	89	0	62	47	20	7	25	1.75
34998611--34998664	18	3.1	18	83	2	65	35	27	20	16	1.94
34998654--34998696	17	2.5	18	82	17	56	34	37	16	11	1.85
35006473--35006501	14	2.1	14	100	0	58	34	0	20	44	1.52
35009573--35009696	38	3.3	38	91	3	196	31	26	22	19	1.98
35012959--35013003	3	15.0	3	100	0	90	66	33	0	0	0.92
35013002--35013042	3	13.7	3	94	0	73	65	0	2	31	1.05
35013963--35014044	32	2.6	30	84	11	94	48	6	2	42	1.41
35016449--35016490	17	2.4	18	88	11	70	28	35	16	19	1.93
35021936--35021985	21	2.4	21	93	0	82	10	18	14	58	1.63
35032395--35032444	25	2.0	25	100	0	100	36	4	8	52	1.50
35033651--35033698	19	2.5	19	86	6	62	50	0	25	25	1.50
35035038--35035131	45	2.1	45	82	7	111	25	22	14	37	1.93
35043284--35043456	46	3.7	46	78	7	197	22	20	27	30	1.98
35043283--35043451	93	1.8	93	93	0	293	22	20	27	29	1.98
35050774--35050954	48	3.8	48	76	8	170	24	28	19	27	1.98
35056456--35056659	53	3.8	53	77	1	201	20	23	17	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35059861--35059904	22	2.0	22	100	0	88	27	22	13	36	1.92
35070959--35071016	28	2.0	28	83	3	71	18	41	20	18	1.91
35071966--35072228	47	5.6	48	81	6	258	22	29	19	28	1.98
35071966--35072187	93	2.4	95	84	8	303	22	29	19	27	1.98
35071966--35072231	94	2.8	93	80	14	298	22	29	19	27	1.98
35081800--35081860	18	3.4	18	83	0	86	39	24	8	27	1.84
35086827--35086878	26	2.0	26	96	0	95	34	9	23	32	1.87
35089714--35089756	21	2.0	21	100	0	86	58	27	4	9	1.49
35092344--35092395	23	2.3	23	86	3	70	23	7	1	67	1.27
35097877--35097936	26	2.3	26	91	2	95	40	11	20	28	1.87
35102331--35102363	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
35112467--35112688	46	4.8	46	74	8	173	28	20	28	22	1.99
35118383--35118509	38	3.3	38	83	6	159	18	17	25	38	1.92
35118930--35118959	15	2.0	15	93	0	51	30	0	16	53	1.44
35120536--35120807	40	6.8	40	92	2	438	23	29	20	26	1.99
35120536--35120815	122	2.3	122	91	3	451	24	28	20	26	1.99
35124438--35124549	39	2.9	39	87	0	143	49	20	3	26	1.65
35126358--35126406	20	2.4	21	86	3	64	32	8	20	38	1.82
35126454--35126523	25	2.8	25	93	0	113	25	24	22	27	2.00
35126453--35126536	25	3.4	25	82	12	95	28	22	22	26	1.99
35126770--35126834	31	2.1	32	88	5	98	29	13	26	30	1.94
35133873--35133940	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35134042--35134120	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
35137652--35137689	11	3.6	11	79	13	53	36	7	18	36	1.80
35137737--35137806	25	2.8	25	91	0	104	24	22	24	28	1.99
35137736--35137833	25	3.9	26	79	13	66	26	22	23	27	1.99
35138053--35138117	31	2.1	32	88	5	98	29	13	26	30	1.94
35140517--35140699	9	21.0	9	70	13	82	48	16	2	32	1.59
35140526--35140699	52	3.2	52	79	15	197	48	16	2	32	1.59
35140516--35140668	61	2.5	60	94	2	263	49	17	1	31	1.58
35144345--35144753	47	8.6	47	90	2	629	33	8	29	28	1.87
35144345--35144753	96	4.3	96	93	1	691	33	8	29	28	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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