genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8179381--8179423	22	2.0	22	90	0	68	32	2	4	60	1.30
8179404--8179437	17	1.9	17	94	5	59	26	0	0	73	0.83
8179380--8179444	10	6.5	10	74	12	53	33	1	3	61	1.21
8183019--8183144	49	2.6	49	88	3	182	23	28	21	26	1.99
8183212--8183330	46	2.6	45	82	7	134	21	30	17	30	1.96
8192735--8192824	33	2.8	33	83	8	121	35	24	7	32	1.84
8193530--8193577	21	2.2	22	82	14	64	35	16	0	47	1.47
8194028--8194054	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
8200291--8200382	33	2.8	33	80	8	107	32	21	11	33	1.90
8201085--8201132	21	2.2	22	82	14	64	35	16	0	47	1.47
8207974--8208074	43	2.3	43	81	3	114	29	18	22	28	1.98
8211008--8211385	188	2.0	188	97	1	720	36	6	15	41	1.73
8217243--8217418	53	3.3	50	75	16	158	32	17	23	25	1.97
8227528--8227560	4	8.5	4	86	6	50	54	0	0	45	0.99
8236536--8236575	16	2.5	16	87	0	62	45	2	5	47	1.38
8250043--8250069	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
8252562--8252618	27	2.0	29	86	6	82	73	0	7	19	1.05
8271614--8271706	18	5.2	18	85	0	123	33	15	21	30	1.94
8271612--8271706	36	2.6	36	88	0	136	32	15	21	30	1.94
8290635--8290685	25	2.0	25	100	0	102	27	7	7	56	1.55
8291564--8291602	14	2.6	14	84	8	51	66	2	0	30	1.05
8300028--8300095	3	22.3	3	71	14	50	27	7	2	61	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8300067--8300114	19	2.6	17	78	12	51	31	12	4	52	1.58
8309728--8309788	13	4.7	13	82	8	79	24	8	27	39	1.84
8309726--8309790	26	2.5	27	80	7	89	29	7	26	36	1.84
8309726--8309793	13	5.2	13	77	13	68	30	7	25	36	1.83
8311175--8311206	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
8317773--8317820	18	2.7	18	78	9	53	31	12	12	43	1.80
8319034--8319072	17	2.3	18	82	13	55	0	30	0	69	0.89
8320239--8320289	20	2.5	20	80	0	57	39	0	7	52	1.30
8320323--8320391	24	3.2	22	75	16	65	40	0	7	52	1.29
8320204--8320534	150	2.2	147	84	6	429	42	3	7	45	1.51
8320508--8320554	25	1.9	25	91	4	78	53	0	8	38	1.32
8330888--8330921	18	1.9	18	88	5	52	55	5	2	35	1.39
8333644--8333681	4	9.5	4	94	0	67	50	0	26	23	1.50
8343871--8343905	14	2.6	13	82	8	52	14	5	11	68	1.37
8349389--8349419	15	2.1	15	93	0	53	41	6	22	29	1.78
8350077--8350107	14	2.2	14	100	0	62	80	6	0	12	0.89
8350512--8350571	28	2.1	30	81	12	72	46	3	0	50	1.18
8351575--8351674	44	2.3	44	96	0	182	30	23	14	33	1.93
8359359--8359458	44	2.3	44	96	0	182	30	23	15	32	1.95
8359400--8359524	58	2.3	51	76	17	142	27	24	16	32	1.96
8359406--8359516	58	1.9	58	94	0	195	26	24	17	32	1.96
8359634--8359681	20	2.3	22	82	13	57	52	14	0	33	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8366307--8366409	51	2.0	51	100	0	206	45	9	5	38	1.61
8368387--8368440	23	2.3	23	93	0	90	48	7	0	44	1.31
8380880--8380914	18	2.0	18	88	5	54	54	0	25	20	1.45
8381498--8381522	11	2.3	11	100	0	50	44	20	0	36	1.52
8395918--8395977	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
8396025--8396075	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
8398537--8398570	10	3.4	10	95	0	59	26	8	0	64	1.22
8398525--8398584	20	3.0	19	78	9	66	23	10	1	65	1.32
8404934--8404965	15	2.1	16	88	11	50	18	6	0	75	1.01
8404953--8404997	19	2.3	20	88	3	65	20	6	0	73	1.05
8407516--8407699	96	1.9	97	87	3	273	27	13	27	32	1.93
8408338--8408387	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
8415371--8415395	7	3.6	7	100	0	50	0	16	12	72	1.13
8419094--8419137	8	6.0	8	84	10	51	34	0	0	65	0.93
8420724--8420778	14	3.9	14	90	4	92	38	5	20	36	1.75
8421239--8421287	22	2.2	22	92	0	80	46	22	4	26	1.69
8422279--8422351	32	2.5	30	84	10	89	50	20	4	24	1.65
8427379--8427418	20	2.0	20	85	0	53	35	5	2	57	1.34
8428500--8428533	16	2.1	16	100	0	68	38	0	5	55	1.24
8430266--8430500	131	1.8	130	85	2	337	32	14	16	36	1.89
8432636--8433214	143	4.1	143	84	3	740	28	23	18	29	1.98
8432969--8433214	45	5.3	45	67	14	124	28	23	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8432964--8433090	44	2.8	44	74	11	123	28	22	21	28	1.99
8433720--8433845	65	1.9	65	85	3	173	51	7	19	21	1.71
8434594--8434675	26	3.2	26	92	0	137	32	7	23	36	1.82
8437337--8437455	1	119.0	1	71	0	85	2	11	0	85	0.69
8437337--8437455	32	3.8	32	83	16	142	2	11	0	85	0.69
8447685--8447725	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
8453552--8453616	31	2.1	31	82	2	78	47	10	6	35	1.63
8453564--8453634	31	2.3	31	85	2	99	40	14	5	39	1.69
8454779--8454813	17	2.1	17	100	0	70	42	5	45	5	1.51
8460283--8460320	20	1.9	20	88	0	58	63	0	5	31	1.17
8463652--8463765	40	2.9	40	94	2	196	21	24	28	25	1.99
8463776--8463821	16	2.8	16	96	3	83	10	34	30	23	1.89
8463749--8463864	59	2.0	59	92	0	196	11	25	32	30	1.91
8463797--8464329	43	12.4	43	92	0	904	10	25	32	30	1.90
8465608--8465655	22	2.2	22	82	14	55	47	2	8	41	1.45
8466769--8466794	12	2.2	12	100	0	52	0	7	0	92	0.39
8478822--8479053	48	4.9	48	76	8	206	28	20	23	27	1.99
8482020--8482058	21	1.9	21	89	5	62	23	28	35	12	1.91
8483311--8483523	46	4.5	47	81	4	216	23	27	18	30	1.98
8483311--8483523	94	2.3	93	81	4	241	23	27	18	30	1.98
8489135--8489257	56	2.2	56	82	1	147	30	17	21	30	1.96
8489150--8489256	56	1.9	57	88	1	162	30	16	22	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8489224--8489351	64	2.0	64	93	0	220	25	17	28	29	1.97
8490272--8490307	16	2.2	16	90	0	54	38	27	2	30	1.71
8491600--8491724	39	3.2	39	93	0	205	28	29	20	21	1.98
8494479--8494523	22	2.0	22	91	0	72	35	11	13	40	1.80
8497294--8497446	51	3.0	50	83	5	200	32	25	10	31	1.90
8497555--8497697	33	4.3	33	74	7	94	22	46	2	28	1.66
8498685--8498720	16	2.2	16	90	0	54	30	2	27	38	1.71
8499696--8499727	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
8508147--8508201	26	2.1	26	96	0	101	25	9	3	61	1.42
8510523--8510837	162	2.0	162	80	3	368	40	7	11	41	1.68
8516961--8517000	16	2.4	17	87	4	55	75	2	2	20	1.04
8517493--8517520	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
8521914--8522036	51	2.4	49	75	7	120	36	8	4	50	1.53
8526301--8526343	19	2.3	18	80	4	50	58	0	6	34	1.25
8530194--8530319	20	6.2	20	72	9	67	19	21	19	39	1.92
8530188--8530238	20	2.5	20	83	3	57	21	21	15	41	1.90
8530269--8530408	39	3.6	39	93	0	208	15	25	23	36	1.93
8531293--8531325	16	2.1	16	100	0	66	0	18	6	75	1.00
8537189--8537227	19	2.0	20	95	5	71	71	10	0	17	1.12
8538079--8538118	21	1.9	21	84	0	53	47	5	15	32	1.66
8539837--8539861	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
8541841--8541934	26	3.6	26	81	2	98	26	5	8	59	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8543294--8543328	18	1.9	18	88	0	52	45	2	8	42	1.49
8545411--8545471	27	2.3	27	80	5	70	42	0	4	52	1.23
8545438--8545483	18	2.4	18	86	13	58	45	0	6	47	1.28
8550711--8550754	21	2.1	21	86	0	61	31	27	11	29	1.91
8558365--8558395	15	2.1	15	100	0	62	25	12	12	48	1.77
8559250--8559358	53	2.1	53	94	3	193	31	22	21	24	1.98
8560723--8560756	11	3.1	11	88	12	52	70	17	8	2	1.25
8564771--8564996	35	6.5	35	82	2	267	33	14	23	29	1.94
8567499--8567583	21	3.9	23	78	9	79	14	23	25	36	1.93
8570859--8570892	11	3.1	11	88	12	52	70	17	8	2	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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