genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79186592--79186640	24	2.0	24	96	0	89	40	4	2	53	1.32
79187255--79187425	41	4.4	41	80	14	220	21	26	21	30	1.98
79187300--79187358	31	1.9	31	100	0	118	23	28	25	22	1.99
79187259--79187399	72	2.0	72	97	0	264	22	27	22	26	1.99
79187527--79187683	3	51.3	3	70	9	70	61	3	3	31	1.29
79187527--79187570	14	3.0	14	90	6	61	70	2	0	27	0.99
79187618--79187679	32	1.9	32	83	0	79	61	4	4	29	1.37
79188053--79188120	13	5.0	13	70	22	50	13	1	47	38	1.52
79188206--79188254	17	2.8	17	78	3	53	71	2	2	24	1.07
79188923--79188955	16	2.1	16	100	0	66	36	0	12	51	1.39
79189271--79189701	230	1.9	230	88	5	665	38	8	16	36	1.79
79192200--79192251	22	2.4	21	78	15	52	40	1	23	34	1.66
79203461--79203498	19	2.0	19	100	0	76	36	15	21	26	1.93
79203534--79203567	18	1.9	18	88	5	52	32	5	5	55	1.48
79206654--79206791	50	2.8	50	87	3	206	27	18	24	29	1.98
79207620--79207659	18	2.2	18	95	0	71	32	20	20	27	1.97
79209553--79209820	46	5.8	45	77	13	224	27	20	29	22	1.98
79209553--79209822	94	2.9	91	82	9	321	27	20	29	23	1.98
79209544--79209854	140	2.2	133	80	12	317	27	19	29	24	1.98
79216296--79216455	40	4.0	40	94	0	266	21	21	26	30	1.99
79216295--79216478	80	2.3	79	88	4	271	21	21	26	31	1.98
79226346--79226674	27	12.2	27	81	6	380	26	22	10	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79226679--79226874	54	3.6	54	84	2	250	34	18	19	26	1.96
79226679--79226874	27	7.3	27	84	2	223	34	18	19	26	1.96
79226854--79226917	27	2.4	27	74	10	67	17	18	26	37	1.93
79227077--79227155	27	3.0	26	88	5	113	20	20	21	37	1.94
79227243--79227301	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
79227466--79227539	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
79227657--79227758	6	16.8	6	76	13	102	19	17	13	49	1.80
79227657--79227758	30	3.4	30	90	1	159	19	17	13	49	1.80
79230590--79230675	42	2.1	40	85	8	111	20	11	27	39	1.88
79233420--79233484	28	2.3	28	97	0	121	33	27	7	30	1.85
79233590--79233679	27	3.2	28	81	7	112	20	23	24	32	1.98
79233590--79233704	55	2.1	56	83	8	146	19	23	22	34	1.96
79241026--79241090	28	2.3	28	94	0	112	33	26	7	32	1.85
79241196--79241285	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
79247299--79247351	22	2.3	24	81	15	67	52	0	3	43	1.19
79247408--79247470	28	2.4	28	82	12	73	34	3	6	55	1.41
79260315--79260473	42	3.7	43	79	14	177	22	17	26	33	1.96
79261670--79261707	19	2.0	19	85	10	51	31	0	13	55	1.38
79261775--79261813	19	2.1	19	85	9	53	30	0	23	46	1.53
79267918--79268076	43	3.7	42	81	12	191	23	17	25	33	1.96
79271783--79271929	38	3.9	38	81	0	152	32	25	24	17	1.97
79277460--79277502	10	4.1	10	77	11	50	39	2	2	55	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79290304--79290350	24	2.0	24	91	0	76	36	17	12	34	1.87
79290770--79290810	21	2.0	21	85	4	57	51	19	2	26	1.59
79294675--79294971	3	100.7	3	74	10	211	60	1	7	31	1.30
79295761--79295803	23	2.0	21	82	17	52	18	16	4	60	1.52
79296035--79296098	26	2.4	25	78	14	67	12	9	37	40	1.75
79296512--79296888	44	8.5	43	64	18	132	28	20	20	30	1.98
79296430--79296759	182	1.8	183	85	5	472	27	19	21	31	1.98
79296998--79297243	44	5.5	44	71	9	176	27	29	17	26	1.98
79296876--79297300	178	2.4	178	87	1	584	28	26	17	27	1.98
79297302--79298371	86	12.4	86	74	6	617	27	23	19	29	1.98
79297474--79298589	130	8.6	130	88	0	1624	27	23	18	30	1.98
79297393--79298545	44	26.6	44	69	6	463	27	23	19	30	1.98
79298589--79298794	44	4.7	44	72	4	148	26	26	18	28	1.98
79298395--79298791	202	2.0	202	89	1	616	27	23	18	29	1.98
79304951--79305247	3	100.3	3	73	10	218	62	1	7	29	1.28
79309985--79310068	30	2.8	30	90	0	123	25	47	3	23	1.67
79310623--79310678	25	2.2	25	87	0	76	35	3	0	60	1.14
79310612--79310686	25	2.8	26	74	8	71	36	4	1	58	1.25
79310705--79310790	25	3.6	25	80	7	83	31	6	5	55	1.50
79310707--79310797	23	3.9	24	75	11	73	32	6	5	54	1.49
79310927--79310960	15	2.3	14	90	10	50	29	0	5	64	1.17
79310927--79310960	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79310927--79310967	16	2.6	15	88	7	55	29	0	4	65	1.13
79318379--79318485	40	2.6	40	79	8	108	42	16	26	14	1.86
79319227--79319922	71	9.5	71	84	12	844	29	16	21	32	1.96
79319231--79320281	146	7.2	142	77	15	1068	28	16	21	32	1.95
79319660--79319922	76	3.4	79	88	6	332	30	15	22	31	1.95
79319926--79320281	72	4.7	72	78	14	351	27	16	21	34	1.94
79320084--79320281	74	2.7	73	89	6	294	29	15	21	33	1.94
79319945--79320239	161	1.8	159	87	5	443	28	16	22	32	1.95
79320105--79320281	73	2.5	71	91	4	284	30	15	23	30	1.95
79319574--79320641	359	3.0	361	90	6	1545	28	17	20	34	1.95
79320544--79320804	73	3.6	72	88	4	357	33	17	17	32	1.93
79321431--79321513	29	2.8	30	90	1	123	25	49	3	21	1.66
79321991--79322118	23	5.5	23	71	14	68	35	3	2	58	1.29
79321994--79322038	20	2.2	20	84	7	56	35	4	0	60	1.17
79322064--79322126	12	5.1	12	74	14	56	36	3	0	60	1.13
79322068--79322120	25	2.3	23	79	17	65	35	3	0	60	1.15
79322184--79322241	19	2.9	20	76	14	66	31	5	5	58	1.42
79322353--79322404	8	6.5	8	82	8	61	32	1	1	63	1.16
79322353--79322404	24	2.2	24	86	6	70	32	1	1	63	1.16
79326208--79326348	48	2.9	49	85	5	171	27	14	30	26	1.95
79333760--79333978	42	5.1	42	71	11	156	26	17	28	27	1.98
79333811--79333978	90	1.9	90	82	7	216	27	18	27	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79339816--79339983	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
79339839--79339983	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
79342127--79342201	37	2.0	37	94	0	132	30	13	25	30	1.94
79345689--79345713	13	1.9	13	100	0	50	56	8	4	32	1.47
79348924--79349042	41	2.9	41	88	3	170	27	19	23	29	1.98
79357606--79357633	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
79357798--79357864	31	2.2	31	88	0	98	38	19	7	34	1.80
79359666--79359716	27	1.9	26	88	4	75	29	3	3	62	1.31
79362052--79362096	20	2.2	20	84	7	56	40	0	0	60	0.97
79362823--79362862	11	3.6	11	82	0	53	20	10	10	60	1.57
79362899--79362960	30	2.1	29	90	3	97	29	0	9	61	1.28
79363043--79363081	18	2.2	18	86	9	53	17	0	15	66	1.25
79363036--79363082	19	2.5	18	77	19	51	21	0	12	65	1.25
79363084--79363117	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
79363585--79363670	45	1.9	45	82	0	109	43	6	3	46	1.47
79368774--79368890	58	2.0	58	94	0	207	28	12	13	45	1.80
79375849--79376024	79	2.2	79	84	6	216	24	25	28	22	1.99
79375849--79376024	40	4.5	40	86	5	218	24	25	28	22	1.99
79383928--79384143	40	5.5	40	87	6	291	24	24	28	22	1.99
79387535--79387559	11	2.3	11	100	0	50	28	28	0	44	1.55
79392965--79393009	20	2.2	20	88	0	63	35	22	2	40	1.66
79393175--79393255	23	3.6	23	86	6	112	35	18	20	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79396636--79396887	40	6.3	40	90	0	308	29	27	19	23	1.98
79407865--79408759	44	19.7	44	70	13	463	29	22	17	30	1.97
79408125--79408343	94	2.4	93	82	5	259	26	22	19	31	1.98
79407994--79408343	89	3.9	89	75	10	250	28	22	18	30	1.97
79407991--79408758	321	2.4	324	80	7	822	29	22	17	30	1.97
79407865--79408570	227	3.1	222	72	14	639	29	22	17	30	1.97
79410462--79410643	64	2.8	64	76	8	183	30	17	28	23	1.97
79421276--79421317	15	2.8	15	88	0	66	64	7	0	28	1.20
79421276--79421317	3	14.0	3	84	0	57	64	7	0	28	1.20
79422476--79422500	13	1.9	13	100	0	50	0	16	12	72	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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