Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  194  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
62962144--62962169
5
5.2
5
100
0
52
0
0
19
80
0.71
62964798--62964897
15
6.6
14
79
18
71
65
0
9
26
1.22
62964759--62964884
44
2.8
42
74
20
114
65
0
8
26
1.22
62969500--62969535
18
2.0
18
94
0
63
36
19
27
16
1.93
62973731--62973768
15
2.5
15
91
0
58
65
7
2
23
1.32
62973856--62973908
21
2.6
21
79
8
56
73
1
1
22
1.03
62973864--62973928
28
2.4
27
80
10
69
67
1
3
27
1.14
62973974--62974024
3
17.0
3
87
0
57
60
3
3
31
1.33
62974153--62974198
15
2.9
15
93
6
74
65
0
8
26
1.21
62974147--62974225
15
5.4
14
79
11
63
65
0
8
25
1.21
62974114--62974236
44
2.8
43
75
17
117
64
0
8
26
1.28
62975018--62975049
12
2.7
12
95
0
55
40
0
9
50
1.35
62983216--62983315
34
2.9
34
80
8
112
33
23
13
31
1.92
62983212--62983350
69
2.0
70
82
1
172
33
23
14
29
1.94
62983217--62983383
35
4.8
35
80
1
129
29
23
16
30
1.96
62983393--62983670
35
7.9
35
91
0
412
30
25
12
30
1.93
62987186--62987289
36
2.7
38
86
8
142
65
20
2
11
1.37
62995361--62995388
6
4.7
6
100
0
56
0
64
0
35
0.94
62996388--62996502
27
4.3
26
87
5
149
36
23
23
16
1.94
62996388--62996502
54
2.1
54
88
3
169
36
23
23
16
1.94
62999819--63000001
41
4.3
41
68
11
109
27
20
22
28
1.99
62999819--63000089
128
2.2
124
85
5
366
27
19
21
30
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
63014678--63014787
26
4.2
26
95
2
177
36
24
4
34
1.76
63015773--63015802
15
2.0
15
93
0
51
70
0
30
0
0.88
63016056--63016084
14
2.1
14
93
6
51
58
0
0
41
0.98
63016048--63016091
13
3.4
13
81
12
54
54
0
0
45
0.99
63016047--63016091
19
2.4
19
85
7
56
55
0
0
44
0.99
63017073--63017128
29
2.0
29
85
3
78
42
3
12
41
1.60
63017286--63017319
11
3.1
11
86
0
50
23
32
0
44
1.54
63019438--63019541
47
2.2
47
94
1
190
27
6
8
56
1.55
63020204--63020242
20
1.9
21
84
5
53
69
0
2
28
1.02
63020356--63020454
41
2.4
41
81
0
117
27
21
27
24
1.99
63021006--63021048
20
2.2
20
83
8
52
16
6
0
76
0.99
63021298--63021339
15
2.7
16
79
17
52
76
0
9
14
1.02
63022102--63022262
9
16.5
10
74
16
108
64
1
2
31
1.17
63022099--63022262
19
8.5
18
69
16
98
64
1
2
31
1.17
63022103--63022163
11
5.8
11
74
14
58
68
0
1
29
0.99
63022099--63022253
10
16.3
9
73
15
91
64
1
2
30
1.18
63022210--63022285
10
7.7
10
72
12
50
64
2
3
28
1.25
63022197--63022271
39
2.0
36
87
7
105
66
1
2
29
1.13
63022249--63022330
30
2.8
29
75
15
87
57
4
3
34
1.38
63022277--63022322
20
2.3
20
85
7
58
54
4
0
41
1.20
63022841--63022930
9
9.8
9
75
21
80
38
0
2
58
1.10
63022852--63022947
26
3.5
26
77
13
95
36
1
1
61
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
63022859--63022944
45
1.9
45
88
9
131
37
1
1
60
1.12
63022859--63022947
9
9.9
9
77
17
87
35
1
1
61
1.11
63031971--63032004
17
2.1
16
88
5
50
52
0
0
47
1.00
63032624--63032661
14
2.7
14
88
8
51
47
2
7
42
1.46
63039198--63039290
34
2.7
34
79
0
87
30
15
16
38
1.89
63039232--63039323
17
5.4
17
76
14
91
27
13
18
41
1.87
63045716--63045751
6
6.0
6
93
0
63
63
0
0
36
0.94
63045717--63045755
12
3.2
12
96
0
69
61
0
0
38
0.96
63045739--63045803
29
2.2
29
84
13
80
47
3
1
47
1.27
63055354--63055483
66
2.0
66
90
0
206
33
23
16
26
1.96
63061224--63061249
7
3.7
7
100
0
52
46
0
0
53
1.00
63062495--63062532
12
3.1
12
88
3
58
44
0
18
36
1.50
63063172--63063257
43
2.0
43
90
0
136
50
1
24
24
1.57
63066765--63067171
46
8.8
46
91
0
555
18
23
14
43
1.87
63069206--63069264
30
1.9
31
86
3
84
28
18
3
49
1.64
63069206--63069274
30
2.3
31
82
7
79
28
17
5
47
1.70
63079597--63079631
13
2.7
13
91
8
54
34
0
2
62
1.10
63081090--63081125
2
18.0
2
100
0
72
50
0
0
50
1.00
63088468--63088575
20
5.7
20
69
15
59
55
1
2
39
1.25
63088468--63088504
19
2.0
19
89
5
58
56
0
0
43
0.99
63088472--63088541
35
2.0
35
85
0
95
54
1
0
44
1.09
63100013--63100066
20
2.7
21
82
8
67
31
11
14
42
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
63103004--63103069
20
3.2
20
79
12
55
54
9
4
31
1.52
63103210--63103252
22
2.0
22
86
9
61
39
13
6
39
1.72
63123530--63123565
18
2.0
18
100
0
72
22
16
27
33
1.95
63131338--63131562
49
4.5
49
87
2
279
25
18
27
29
1.98
63131338--63131519
99
1.8
101
89
2
287
25
17
27
29
1.97
63141930--63142012
40
2.1
40
95
0
148
33
14
25
26
1.94
63150639--63150672
12
2.8
13
91
8
54
23
0
8
67
1.18
63164883--63164913
13
2.4
13
100
0
62
38
6
0
54
1.26
63173016--63173438
46
9.7
46
85
11
556
23
24
15
37
1.93
63173149--63173476
38
8.0
38
83
14
404
23
24
16
35
1.95
63173103--63173487
84
4.6
84
88
10
597
23
24
16
35
1.94
63173061--63173487
130
3.4
122
89
8
649
23
24
15
36
1.94
63175616--63175692
27
2.8
28
69
15
79
55
2
1
40
1.22
63179019--63179126
35
3.1
35
86
1
153
15
14
29
39
1.88
63185551--63185734
96
1.9
96
85
2
253
33
25
19
22
1.97
63187961--63187999
20
2.0
20
100
0
78
46
0
0
53
1.00
63188067--63188099
16
2.1
16
88
5
50
51
3
0
45
1.16
63189092--63189149
19
3.0
19
76
18
57
70
3
0
25
1.03
63189138--63189202
9
7.3
9
73
16
55
66
1
4
27
1.20
63189184--63189250
25
2.6
25
77
15
66
65
4
1
28
1.21
63189095--63189257
21
7.1
23
69
19
92
67
3
2
26
1.20
63190933--63190968
18
2.0
18
100
0
72
38
16
5
38
1.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
63196546--63196589
18
2.4
19
85
11
65
36
6
0
56
1.26
63196520--63196591
28
2.6
28
84
0
99
34
6
0
58
1.25
63196653--63196702
21
2.3
23
80
13
61
40
0
0
60
0.97
63196931--63197009
38
2.1
38
97
0
149
44
12
12
30
1.80
63197119--63197171
26
1.9
28
85
11
74
41
9
0
49
1.35
63197117--63197180
29
2.2
30
78
18
73
42
10
1
45
1.49
63202956--63203014
11
5.3
11
78
10
57
64
1
0
33
1.04
63203238--63203296
30
1.9
31
86
3
84
28
20
3
47
1.66
63214544--63214833
90
3.2
89
80
7
309
27
8
12
51
1.70
63216882--63216971
44
2.0
44
100
0
180
46
15
11
26
1.79
63217494--63217613
53
2.1
53
83
10
141
37
5
2
55
1.35
63217544--63217697
70
2.2
70
83
8
188
38
5
1
53
1.34
63217587--63217697
36
3.1
36
73
8
111
40
4
1
53
1.32
63217557--63217659
18
5.9
18
67
18
58
36
4
1
56
1.32
63217553--63217661
33
3.1
34
67
18
80
37
4
1
55
1.31
63217568--63217673
17
6.1
16
69
23
56
37
4
1
55
1.32
63220292--63220541
40
6.3
41
86
2
282
27
26
22
24
1.99
63227451--63227603
42
3.7
41
74
3
144
32
15
24
28
1.95
63230435--63230473
20
2.0
20
94
0
69
38
7
5
48
1.54
63233716--63233791
30
2.5
30
100
0
152
32
13
25
28
1.93
63234123--63234247
47
2.7
45
78
11
128
29
19
28
23
1.98
63235208--63235332
38
3.2
38
87
2
160
32
27
20
19
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
63235302--63235357
28
2.0
29
86
10
80
32
25
19
23
1.98
63244525--63244788
47
5.7
47
73
18
187
27
20
27
24
1.99
63244525--63244780
46
5.5
44
74
11
140
27
19
27
24
1.99
63246103--63246201
33
3.0
31
80
7
99
23
21
23
32
1.98
63246103--63246220
33
3.6
32
77
11
96
25
20
22
32
1.98
63250234--63250285
25
2.1
25
89
3
79
28
19
19
32
1.96
63250332--63250370
10
3.8
10
93
6
69
30
17
17
33
1.94
63250332--63250371
21
1.9
21
100
0
80
30
17
17
35
1.93
63250411--63250461
25
2.0
25
84
0
66
27
17
23
31
1.97
63258142--63258193
25
2.1
25
89
3
79
26
17
21
34
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325