genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75016973--75017001	14	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
75016971--75017120	37	4.2	36	64	13	94	35	3	2	58	1.28
75016620--75017392	315	2.5	315	93	1	1309	35	6	3	54	1.42
75017661--75017954	18	16.5	18	67	17	105	44	15	3	36	1.62
75017661--75017954	9	33.0	9	67	16	87	44	15	3	36	1.62
75017666--75017937	74	3.6	73	87	5	368	44	15	3	36	1.62
75021953--75022222	47	5.7	47	91	0	398	32	9	30	28	1.89
75022341--75022419	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
75027062--75027169	21	5.1	21	77	10	87	30	18	48	2	1.62
75027389--75027463	31	2.4	31	81	2	87	14	6	20	58	1.58
75027524--75027622	43	2.3	42	77	8	101	26	21	24	28	1.99
75027543--75027624	43	1.9	43	84	0	110	28	23	19	29	1.98
75028056--75028098	21	2.0	21	100	0	86	39	4	27	27	1.76
75037340--75037570	50	4.6	50	81	5	268	30	25	17	26	1.97
75037716--75037742	13	2.1	13	100	0	54	70	7	0	22	1.12
75055348--75055464	58	2.0	58	98	0	225	24	15	22	37	1.93
75057100--75057221	59	2.1	59	100	0	244	30	11	17	40	1.84
75066075--75066141	12	5.8	11	82	17	57	76	0	4	19	0.96
75066090--75066140	6	8.5	6	93	0	75	78	0	1	19	0.85
75067958--75068021	15	4.4	14	77	18	60	67	1	29	1	1.09
75067958--75067999	19	2.2	19	91	8	68	66	2	30	0	1.04
75067974--75068021	25	1.9	25	87	8	71	68	2	27	2	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75079974--75080059	42	2.0	43	84	2	111	16	32	23	27	1.96
75083998--75084028	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
75097177--75097402	41	5.2	41	80	8	152	31	26	17	23	1.97
75097232--75097443	45	4.8	45	84	7	251	32	26	16	24	1.96
75105052--75105144	41	2.3	41	87	7	136	31	21	20	26	1.98
75105126--75105295	45	3.8	45	90	0	259	33	26	15	24	1.95
75105898--75105956	24	2.4	25	72	5	59	54	18	5	22	1.63
75121875--75121965	45	2.0	45	87	4	130	37	21	12	28	1.90
75124505--75124727	104	2.2	103	91	2	358	18	18	31	31	1.95
75124647--75124797	70	2.1	71	92	1	250	23	16	29	30	1.96
75124757--75124808	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
75132135--75132185	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
75132057--75132278	103	2.2	103	93	1	374	18	18	31	31	1.95
75132198--75132349	71	2.1	72	91	2	245	23	17	29	30	1.97
75136760--75137396	47	13.5	47	95	1	1076	29	29	8	33	1.86
75136810--75136888	25	3.3	25	69	16	85	32	29	3	34	1.75
75136760--75137396	143	4.5	141	95	0	1076	29	29	8	33	1.86
75137309--75137384	22	3.3	22	67	16	64	27	30	9	32	1.88
75140917--75141022	48	2.2	48	93	0	176	33	5	27	33	1.80
75142290--75142392	37	2.8	37	92	0	170	25	31	19	24	1.98
75142533--75142820	48	6.0	48	93	1	499	31	27	5	35	1.81
75153834--75153943	49	2.3	48	83	9	127	25	25	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75165244--75165419	46	3.8	46	76	12	198	20	20	28	30	1.98
75165241--75165412	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
75166807--75166883	31	2.5	31	91	0	118	16	29	35	18	1.93
75171097--75171281	79	2.3	81	83	7	218	24	27	23	24	2.00
75171097--75171281	40	4.7	40	81	7	216	24	27	23	24	2.00
75172459--75172578	56	2.1	56	100	0	240	22	22	9	45	1.80
75173155--75173278	39	3.2	39	90	4	196	13	25	21	38	1.91
75176396--75176848	47	9.6	47	93	1	744	32	8	29	29	1.86
75176396--75176848	96	4.8	94	92	2	744	32	8	29	29	1.86
75176396--75176848	143	3.2	143	95	1	806	32	8	29	29	1.86
75186981--75187096	40	2.9	40	84	3	128	27	28	20	23	1.99
75186976--75187183	78	2.6	78	78	5	186	28	29	21	20	1.98
75187034--75187147	39	2.9	39	94	0	192	29	29	21	18	1.97
75187130--75187327	39	5.1	39	90	3	292	28	29	22	18	1.98
75187093--75187325	117	2.0	117	82	6	285	28	28	23	19	1.98
75187400--75187481	28	2.9	28	81	0	92	30	24	10	34	1.90
75198230--75198304	20	3.8	20	87	6	102	33	18	10	37	1.86
75198332--75198379	25	1.9	25	82	0	60	29	14	20	35	1.93
75205812--75205921	26	4.4	25	83	4	125	29	21	18	30	1.97
75205971--75206045	20	3.8	20	84	6	93	32	20	9	38	1.84
75206073--75206120	25	1.9	25	86	0	69	29	16	20	33	1.95
75207234--75207277	22	2.0	22	86	8	63	61	20	15	2	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75212488--75212662	37	4.7	37	95	0	296	26	30	17	25	1.97
75212781--75213136	47	7.6	47	92	2	581	29	30	7	32	1.86
75212856--75212929	22	3.3	22	64	17	62	28	31	10	29	1.91
75212781--75213136	96	3.8	94	92	3	581	29	30	7	32	1.86
75212781--75213136	143	2.5	139	92	1	577	29	30	7	32	1.86
75226374--75226411	20	1.9	20	94	0	67	31	28	18	21	1.97
75229686--75229800	27	4.3	27	86	6	146	19	24	20	36	1.95
75237386--75237443	26	2.2	25	80	14	64	41	24	5	29	1.76
75237552--75237665	27	4.2	28	83	3	119	21	21	19	37	1.94
75247338--75247385	25	1.9	25	86	0	69	35	25	12	27	1.92
75247405--75247471	20	3.4	19	87	4	80	35	11	20	31	1.89
75247521--75247618	52	1.9	51	93	2	169	26	20	23	29	1.99
75247521--75247618	26	3.8	26	90	1	153	26	20	23	29	1.99
75249669--75249753	44	1.9	44	87	0	125	20	18	29	31	1.96
75253922--75254088	46	3.6	46	76	7	169	29	16	29	24	1.97
75255380--75255418	21	1.9	21	89	5	62	12	38	28	20	1.89
75259363--75259393	15	2.1	15	100	0	62	35	19	25	19	1.95
75261786--75261952	51	3.3	51	80	6	135	29	26	17	25	1.98
75261863--75262000	52	2.7	51	82	2	170	32	26	16	24	1.96
75264690--75264749	15	4.1	14	78	6	57	56	16	11	15	1.67
75280711--75281058	43	8.2	43	73	10	270	29	22	19	28	1.98
75280711--75281058	85	4.1	85	90	0	536	29	22	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75280711--75281061	169	2.1	170	90	1	544	29	21	19	28	1.98
75289415--75289610	50	3.9	49	79	3	212	29	26	17	26	1.98
75289416--75289611	101	2.0	99	83	2	248	29	26	17	26	1.98
75292231--75292255	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
75294784--75294934	51	3.0	49	83	3	187	31	26	18	23	1.98
75294795--75294930	49	2.7	51	85	2	186	30	26	19	23	1.98
75297598--75297723	39	3.2	39	89	0	180	29	28	19	23	1.98
75301891--75302684	49	16.6	49	91	3	1255	33	8	28	29	1.86
75301891--75302684	96	8.3	97	90	4	1199	33	8	28	29	1.86
75301891--75302684	145	5.5	144	94	2	1357	33	8	28	29	1.86
75302537--75302626	47	2.1	39	71	27	92	32	8	30	28	1.88
75304902--75305256	39	9.2	40	90	5	520	23	22	28	25	1.99
75308667--75309170	47	10.6	49	95	2	838	32	8	29	29	1.87
75308667--75309170	241	2.1	239	94	2	890	32	8	29	29	1.87
75314204--75314353	75	2.0	75	94	0	264	36	11	22	30	1.89
75315800--75315982	63	2.8	63	76	12	183	30	15	30	23	1.96
75318017--75318466	85	5.3	85	90	0	695	28	23	20	26	1.99
75318017--75318466	169	2.7	169	90	0	693	28	23	20	26	1.99
75335505--75335675	85	2.0	85	83	2	218	37	19	17	25	1.94
75339724--75339753	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
75340020--75340054	5	7.0	5	100	0	70	80	0	0	20	0.72
75345759--75345815	29	1.9	30	86	10	82	73	5	5	15	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75346350--75346564	102	2.1	103	88	1	317	20	25	22	31	1.98
75349970--75350026	30	1.9	30	85	0	78	43	8	21	26	1.81
75350447--75350622	46	3.8	46	78	12	207	21	20	29	28	1.98
75350444--75350615	93	1.8	93	94	0	308	21	20	29	27	1.98
75357976--75358149	46	3.8	46	78	15	207	20	20	29	29	1.98
75357973--75358142	92	1.8	92	94	2	306	21	20	30	28	1.98
75360534--75360711	51	3.5	51	77	11	163	30	13	26	28	1.94
75364238--75364334	50	2.0	48	82	10	115	30	25	16	26	1.97
75377684--75377862	51	3.5	51	84	6	222	30	13	27	27	1.95
75377684--75377860	52	3.5	52	83	7	188	31	13	27	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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