genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20741553--20741611	26	2.2	27	90	3	93	30	8	18	42	1.80
20741593--20741676	27	3.1	27	84	0	123	30	21	14	33	1.93
20741938--20742039	47	2.1	47	96	1	186	26	26	17	29	1.98
20742633--20742663	15	2.1	15	93	0	53	29	32	16	22	1.95
20744515--20744549	17	2.0	18	88	5	54	57	25	5	11	1.56
20748079--20748274	80	2.4	80	83	5	234	26	17	17	38	1.92
20748077--20748274	27	7.4	27	82	1	200	25	17	18	38	1.92
20752576--20752706	40	3.3	39	78	4	145	28	26	19	25	1.99
20766101--20766320	79	2.8	79	80	6	205	26	27	20	24	1.99
20766138--20766320	40	4.6	40	80	8	187	27	27	20	24	1.99
20771564--20771623	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
20771585--20771648	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
20772245--20772298	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
20772299--20772498	27	7.4	27	89	0	283	25	21	19	35	1.96
20783785--20783874	40	2.2	40	90	0	135	47	13	8	30	1.73
20800126--20800177	25	2.1	26	92	7	90	26	9	19	44	1.81
20804847--20804965	42	2.8	43	78	10	120	31	26	15	26	1.96
20804885--20804985	42	2.4	41	81	8	114	29	28	16	24	1.97
20806790--20806857	29	2.3	30	82	2	75	20	23	30	25	1.98
20821705--20821922	40	5.5	40	91	2	325	24	22	26	25	2.00
20828366--20828416	25	2.1	24	82	10	59	70	0	15	13	1.17
20829572--20829684	40	2.8	40	91	2	183	23	23	26	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20830534--20830708	46	3.8	45	77	13	194	28	29	20	21	1.98
20843716--20843753	18	2.1	18	85	9	51	26	2	0	71	1.00
20843950--20844000	21	2.5	22	76	20	56	27	5	5	60	1.43
20849683--20849715	16	2.1	16	88	5	50	42	3	0	54	1.15
20850356--20850411	25	2.3	24	84	3	67	32	5	3	58	1.37
20867600--20867822	40	5.6	40	87	3	254	25	20	27	26	1.99
20867674--20867857	79	2.3	80	82	3	221	26	20	27	25	1.99
20875470--20875692	40	5.6	40	87	3	263	25	20	27	26	1.99
20875544--20875727	79	2.3	80	84	3	230	27	20	27	25	1.99
20882551--20882614	30	2.1	30	97	0	119	14	31	32	21	1.93
20882562--20882614	17	3.4	17	66	28	53	15	30	33	20	1.93
20882551--20882626	30	2.5	30	91	0	107	13	31	31	23	1.93
20906497--20906704	64	3.2	64	80	8	206	23	29	15	31	1.95
20913276--20913308	13	2.6	13	90	4	50	27	0	18	54	1.44
20917101--20917144	6	7.2	6	92	5	70	15	2	0	81	0.78
20917101--20917159	19	3.1	19	87	4	75	18	3	0	77	0.90
20917101--20917164	25	2.6	24	82	7	67	17	4	0	78	0.92
20919985--20920113	29	4.5	29	85	6	156	26	13	27	33	1.93
20919985--20920134	28	5.3	28	91	1	176	26	12	27	33	1.93
20921476--20921528	26	2.0	26	96	0	97	28	33	22	15	1.94
20921339--20921604	104	2.6	103	91	5	414	30	30	19	19	1.97
20928349--20928714	103	3.6	103	92	3	589	30	29	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20928586--20928638	26	2.0	26	96	0	97	28	33	22	15	1.94
20937541--20937669	29	4.5	29	86	6	156	26	11	27	34	1.91
20937541--20937692	28	5.4	28	91	1	180	26	11	28	33	1.92
20937541--20937692	55	2.7	57	84	3	182	26	11	28	33	1.92
20937595--20937705	28	4.0	27	88	3	89	28	10	26	34	1.90
20941055--20941087	13	2.6	13	95	4	59	30	0	15	54	1.41
20950691--20950810	60	2.0	60	93	0	204	25	16	33	25	1.96
20967783--20967834	23	2.3	23	79	0	68	19	34	21	25	1.96
20973294--20973447	75	2.0	76	94	2	274	32	2	17	47	1.61
20974517--20974566	26	1.9	26	95	0	91	38	14	2	46	1.56
20976531--20976780	39	6.4	40	88	5	327	26	27	22	23	2.00
20984723--20984861	40	3.5	40	88	3	192	28	28	23	20	1.99
20992425--20992596	46	3.8	45	80	11	215	21	21	27	29	1.99
20992422--20992591	92	1.8	92	96	0	313	21	21	28	28	1.99
20998735--20998904	46	3.7	46	79	9	204	21	21	28	28	1.99
20998731--20998899	92	1.8	91	94	1	302	21	21	28	28	1.98
21006283--21006408	46	2.7	46	95	0	216	21	22	26	29	1.99
21008257--21008291	17	2.0	18	88	5	54	20	45	22	11	1.82
21022563--21022594	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
21024106--21024133	13	2.2	13	100	0	56	28	7	14	50	1.69
21027212--21027255	23	1.9	23	81	9	54	40	11	9	38	1.73
21031825--21031866	19	2.2	19	91	0	66	28	28	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21038322--21038367	22	2.1	22	91	0	74	13	6	13	67	1.41
21049270--21049612	50	6.8	50	77	5	352	29	25	18	26	1.98
21049219--21049650	150	2.9	150	87	1	603	30	25	17	25	1.97
21049426--21049607	101	1.8	100	89	4	285	30	25	17	26	1.97
21058373--21058433	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
21072314--21072463	55	2.7	55	91	3	230	26	11	28	34	1.91
21072314--21072463	27	5.4	28	93	1	232	26	11	28	34	1.91
21079427--21079604	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
21079427--21079604	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
21079448--21079603	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
21083946--21084095	55	2.7	55	91	3	230	26	11	28	34	1.91
21083946--21084095	27	5.4	28	93	1	232	26	11	28	34	1.91
21086032--21086069	8	4.8	8	93	0	67	2	23	21	52	1.59
21086547--21086600	23	2.4	21	77	17	54	64	0	27	7	1.20
21091369--21091552	67	2.8	64	79	7	210	29	16	29	23	1.96
21104101--21104164	32	2.0	32	93	0	110	32	23	14	29	1.94
21105039--21105097	16	3.6	16	75	11	57	32	11	13	42	1.81
21109666--21109709	3	14.7	3	100	0	88	0	0	31	68	0.90
21110139--21110163	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
21110217--21110253	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
21110747--21110951	100	2.0	100	99	0	401	25	20	30	23	1.98
21112333--21112381	25	2.0	25	87	0	71	34	22	16	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21112494--21112588	25	3.8	25	90	0	145	25	23	23	28	1.99
21112494--21112588	50	1.9	50	93	0	163	25	23	23	28	1.99
21112493--21112615	25	5.0	24	82	8	83	26	22	22	27	1.99
21112809--21112891	30	2.7	31	88	3	125	31	19	26	22	1.98
21114530--21114610	35	2.3	35	82	0	99	32	24	19	23	1.98
21114594--21114623	6	5.0	6	91	0	51	53	16	13	16	1.73
21116178--21116341	43	3.8	43	78	9	174	32	23	18	25	1.97
21116178--21116336	86	1.9	85	82	6	205	31	24	18	25	1.97
21121624--21121799	50	3.5	50	88	1	246	40	23	16	19	1.91
21121652--21121790	25	5.6	25	75	5	138	39	25	15	19	1.91
21121941--21122031	41	2.2	41	86	0	119	28	25	21	24	1.99
21121956--21122061	41	2.6	41	83	3	124	30	27	18	23	1.98
21122321--21122641	27	11.9	27	81	4	245	31	8	18	41	1.81
21122302--21122616	54	5.8	54	80	3	294	30	8	19	41	1.81
21122302--21122616	81	3.9	81	78	5	289	30	8	19	41	1.81
21122630--21122703	27	2.7	27	95	0	130	28	21	16	33	1.95
21125487--21125556	25	2.8	25	80	0	86	41	27	14	17	1.87
21125699--21125821	41	3.0	41	87	0	192	26	27	21	23	1.99
21126047--21126102	26	2.1	27	86	3	78	32	12	16	39	1.85
21126061--21126407	27	12.9	27	81	5	176	30	8	19	41	1.82
21126040--21126371	54	6.2	53	75	8	233	30	8	19	41	1.81
21126040--21126399	81	4.5	82	76	5	277	30	8	19	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21126349--21126407	26	2.2	27	93	3	102	33	11	18	35	1.88
21126396--21126496	27	3.7	27	87	0	130	28	18	15	36	1.92
21128710--21128843	26	5.1	26	90	4	198	26	18	22	32	1.97
21128710--21128843	53	2.5	52	90	3	198	26	18	22	32	1.97
21132110--21132216	53	2.0	53	100	0	214	41	20	5	32	1.76
21135200--21135242	10	4.1	10	80	11	50	53	27	2	16	1.55
21140642--21140679	19	2.0	19	90	10	60	60	15	5	18	1.53
21149514--21149636	28	4.4	28	88	2	167	26	12	27	33	1.92
21149514--21149636	55	2.2	57	86	2	169	26	12	27	33	1.92
21149539--21149649	28	4.0	27	88	3	89	29	11	25	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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