genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12599195--12599228	11	3.1	11	95	0	59	35	0	20	44	1.52
12599606--12599971	46	8.0	46	86	5	422	42	13	22	21	1.88
12599616--12599971	92	3.9	92	89	0	480	42	14	22	21	1.88
12599606--12599989	138	2.8	138	84	2	477	43	13	21	21	1.87
12603186--12603278	7	13.0	7	81	4	114	46	35	2	16	1.59
12603186--12603278	22	4.3	21	83	4	114	46	35	2	16	1.59
12603187--12603277	36	2.5	37	82	8	116	47	34	2	16	1.59
12606035--12606158	23	5.4	22	75	10	97	30	17	22	29	1.97
12606063--12606158	23	4.2	23	81	6	106	30	19	21	28	1.98
12606032--12606158	46	2.8	45	84	4	139	31	18	22	28	1.97
12606072--12606168	23	4.3	23	79	11	101	30	19	23	25	1.98
12606072--12606168	46	2.1	45	84	5	124	30	19	23	25	1.98
12609018--12609050	13	2.6	13	90	4	50	24	9	0	66	1.20
12609898--12609928	7	4.4	7	95	0	53	67	0	32	0	0.91
12615992--12616105	27	4.2	27	84	6	151	17	24	22	35	1.95
12615996--12616102	54	2.0	54	90	3	171	18	25	20	35	1.95
12615992--12616123	27	4.9	26	82	7	122	18	25	21	34	1.96
12626682--12626743	19	3.2	19	95	4	106	37	9	17	35	1.83
12627092--12627135	19	2.3	19	84	0	52	34	6	4	54	1.47
12627423--12627472	24	2.1	23	82	17	59	34	2	10	54	1.45
12630652--12630897	92	2.7	92	89	0	366	25	22	19	32	1.97
12632226--12632275	7	7.1	7	76	17	50	54	18	0	28	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12632230--12632274	21	2.0	23	87	8	67	57	17	0	24	1.40
12632358--12632414	30	1.9	30	92	0	96	31	19	19	29	1.96
12633556--12633595	21	1.9	21	85	10	55	50	20	12	17	1.78
12635145--12635252	26	4.2	26	91	0	180	37	24	7	31	1.83
12640824--12640885	26	2.4	27	78	8	74	50	1	0	48	1.10
12641914--12641971	29	2.0	30	100	0	102	62	17	3	17	1.47
12649856--12650029	46	3.8	46	80	9	203	21	20	29	29	1.98
12649853--12650022	92	1.8	92	92	2	288	21	20	29	28	1.98
12652953--12653020	15	4.6	15	79	3	75	11	17	13	57	1.65
12652944--12653030	29	3.0	29	78	11	79	10	17	16	56	1.67
12652951--12653027	15	5.4	14	73	15	68	10	16	16	55	1.68
12655401--12655575	46	3.8	46	78	10	196	21	21	29	28	1.98
12655398--12655567	93	1.8	93	93	0	295	21	21	28	27	1.99
12658802--12658856	23	2.5	22	79	5	65	60	7	0	32	1.24
12659021--12659049	14	2.1	14	100	0	58	51	13	6	27	1.66
12661708--12661815	26	4.2	26	86	0	162	31	8	25	34	1.86
12663304--12663353	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
12666049--12666172	38	3.3	40	77	16	106	42	2	3	51	1.31
12666257--12666362	44	2.4	44	88	3	160	40	25	4	29	1.76
12666375--12666426	16	3.2	16	81	10	70	28	23	5	42	1.77
12666983--12667069	27	3.2	27	67	25	74	62	12	5	19	1.50
12670690--12670724	14	2.5	14	90	9	54	45	2	0	51	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12674043--12674100	29	2.0	29	100	0	116	31	13	13	41	1.84
12676680--12676704	11	2.3	11	100	0	50	40	0	0	60	0.97
12677941--12678007	36	2.0	33	83	16	86	40	11	23	23	1.88
12685308--12685337	15	2.0	15	93	0	51	53	36	0	10	1.35
12686898--12686953	22	2.6	23	80	11	64	30	3	0	66	1.09
12687628--12687694	30	2.3	30	94	5	120	34	17	2	44	1.64
12703876--12703915	7	5.7	7	90	0	62	15	0	37	47	1.45
12707011--12707046	7	5.1	7	87	12	56	86	0	11	2	0.68
12707421--12707459	20	2.0	20	89	0	60	43	12	12	30	1.81
12709991--12710184	27	7.1	27	87	0	262	25	13	18	42	1.87
12710513--12710546	18	1.9	17	94	5	59	17	20	17	44	1.87
12711512--12711553	18	2.4	18	80	4	50	23	23	7	45	1.78
12711519--12711570	18	2.9	18	74	5	52	26	25	5	42	1.77
12712385--12712448	26	2.4	27	81	5	85	25	20	4	50	1.67
12712385--12712461	27	2.9	25	79	11	66	27	16	6	49	1.70
12720237--12720324	27	3.2	27	77	7	97	15	21	23	38	1.92
12720237--12720348	54	2.1	53	81	9	129	15	21	22	41	1.90
12725915--12725957	22	2.0	22	90	0	68	37	4	9	48	1.56
12727592--12727725	5	27.0	5	67	7	67	55	15	22	6	1.64
12727620--12727689	20	3.5	20	84	3	88	54	17	20	8	1.68
12727622--12727724	35	2.9	35	80	5	100	51	15	25	7	1.70
12736150--12736183	18	1.9	18	88	5	52	11	26	41	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12739341--12739408	20	3.2	20	81	18	84	33	1	16	48	1.55
12749322--12749468	42	3.5	42	90	3	215	18	23	46	11	1.81
12749322--12749468	63	2.3	63	87	4	215	18	23	46	11	1.81
12749322--12749445	21	5.9	21	95	0	212	16	22	50	10	1.76
12751898--12752101	103	2.0	103	94	0	354	35	17	14	32	1.91
12752402--12752450	25	2.0	25	87	0	71	28	4	8	59	1.45
12761017--12761173	43	3.7	42	77	12	160	24	19	25	30	1.98
12781096--12781141	24	1.9	24	86	0	65	36	21	21	19	1.95
12784352--12784392	21	2.0	21	90	0	64	21	19	12	46	1.82
12790879--12790945	20	3.0	20	66	22	53	19	17	29	32	1.95
12790879--12791143	46	5.7	46	73	15	242	20	18	29	31	1.96
12790875--12791138	92	2.8	93	94	0	449	20	18	30	31	1.96
12795519--12795555	18	2.1	18	94	0	65	27	2	0	70	1.01
12800074--12800147	22	3.6	21	77	13	64	41	16	6	35	1.74
12800110--12800200	19	4.9	19	89	8	152	37	14	10	37	1.81
12800112--12800200	35	2.4	37	88	9	137	38	13	11	37	1.81
12809968--12810132	35	4.7	35	81	1	179	30	10	24	33	1.90
12817352--12817516	35	4.7	35	87	1	233	30	12	24	32	1.92
12820663--12820722	31	1.9	31	89	0	93	16	23	18	41	1.90
12822598--12822944	184	1.9	184	89	1	534	46	6	8	38	1.60
12825010--12825038	14	2.0	15	93	6	51	58	0	0	41	0.98
12831536--12831672	28	5.1	27	67	15	70	31	2	2	64	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12831611--12831674	7	9.0	7	78	10	67	37	1	1	59	1.16
12831736--12831814	23	3.3	23	68	28	65	39	3	0	56	1.17
12831807--12831854	20	2.4	19	80	16	53	27	6	4	62	1.38
12832235--12832283	24	2.0	26	84	8	66	32	6	4	57	1.42
12837251--12837481	43	5.3	43	92	1	372	26	16	32	24	1.96
12837251--12837481	87	2.7	86	93	2	392	26	16	32	24	1.96
12837252--12837501	130	1.9	128	86	1	347	25	18	31	24	1.97
12843519--12843598	9	8.6	9	77	8	79	32	0	20	47	1.50
12843522--12843581	21	3.0	21	73	14	72	30	0	23	46	1.52
12843718--12845114	241	5.8	241	98	0	2681	32	15	17	34	1.91
12845237--12845286	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
12847774--12847803	14	2.1	15	93	6	53	36	0	13	50	1.42
12849477--12849566	43	2.0	45	82	4	112	38	25	6	28	1.81
12849776--12849822	21	2.2	22	84	3	60	31	0	21	46	1.51
12850113--12850380	41	6.6	40	78	8	247	25	17	23	33	1.97
12850604--12850714	49	2.2	52	88	6	165	42	9	15	33	1.78
12850847--12850895	7	6.7	7	79	9	53	55	0	0	44	0.99
12852786--12852842	23	2.5	24	80	8	64	28	1	3	66	1.18
12852767--12852822	28	2.1	28	84	12	75	37	5	0	57	1.22
12858612--12858776	43	3.9	44	76	5	160	27	12	25	33	1.92
12863013--12863119	26	4.2	26	93	1	189	30	6	25	37	1.81
12864591--12864643	26	2.0	26	82	7	63	39	20	11	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12867332--12867356	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
12867625--12867683	30	1.9	31	86	10	86	28	20	0	50	1.48
12869082--12869109	14	2.0	14	100	0	56	35	7	28	28	1.84
12875183--12875257	27	2.6	29	81	8	82	52	9	16	22	1.72
12880369--12880394	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
12881114--12881337	89	2.5	90	84	7	273	37	21	8	32	1.83
12881817--12881857	21	2.0	21	85	9	57	29	2	2	65	1.18
12891012--12892344	448	3.0	448	99	0	2639	40	19	8	31	1.82
12893587--12893718	39	3.4	39	90	0	210	37	21	25	15	1.92
12896708--12897033	43	7.8	43	86	6	474	24	19	33	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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