genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28440311--28440575	80	3.3	80	88	4	367	25	21	26	26	1.99
28440364--28440598	120	2.0	118	85	6	323	26	20	26	26	1.99
28449492--28449674	79	2.3	80	84	7	230	25	27	22	24	2.00
28449475--28449674	40	5.0	40	82	7	237	26	27	22	24	2.00
28452950--28453010	27	2.3	26	82	5	68	29	9	22	37	1.87
28456797--28456890	40	2.3	40	87	0	125	23	18	24	34	1.96
28456875--28456945	28	2.6	29	77	8	85	26	9	29	33	1.89
28457693--28457762	35	2.0	35	97	0	131	38	11	32	17	1.85
28460480--28460858	47	8.1	47	93	0	616	34	11	27	25	1.90
28460509--28460580	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
28460646--28460768	22	5.3	22	65	24	74	33	13	28	25	1.93
28460832--28460950	46	2.6	46	93	0	202	34	9	31	25	1.87
28463213--28463272	6	9.8	6	76	16	61	46	15	20	18	1.84
28463258--28463302	19	2.4	19	88	7	65	48	17	15	17	1.81
28463227--28463284	25	2.3	25	93	0	98	46	15	20	17	1.84
28463451--28463552	27	3.8	26	84	5	114	37	20	22	19	1.95
28463711--28463775	22	3.0	21	73	13	60	32	21	24	21	1.98
28464230--28464528	27	11.2	27	84	5	365	25	21	19	33	1.97
28464564--28464907	27	12.7	27	83	2	341	31	9	20	38	1.84
28466744--28466826	41	2.0	41	95	0	148	36	14	20	28	1.92
28484859--28484897	12	3.2	12	86	13	62	30	15	7	46	1.74
28486040--28486204	40	4.2	40	88	1	244	27	26	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28491327--28491504	45	3.9	45	80	8	207	30	26	14	28	1.95
28491335--28491504	93	1.8	94	88	1	261	30	26	15	27	1.96
28491757--28491852	31	3.3	31	65	21	89	32	18	4	44	1.69
28491748--28491858	56	2.0	56	96	0	204	33	19	5	41	1.75
28494316--28494561	40	6.2	40	89	2	327	29	28	19	22	1.98
28498790--28498834	22	2.1	21	88	12	65	35	26	11	26	1.90
28498790--28498834	21	2.1	22	88	12	67	35	26	11	26	1.90
28501631--28501674	21	2.0	22	95	4	81	27	25	20	27	1.99
28502740--28502985	40	6.2	39	88	3	321	29	27	19	23	1.98
28502736--28502985	79	3.2	79	86	3	342	29	27	20	23	1.99
28515620--28515762	49	3.0	47	83	9	166	24	16	27	31	1.97
28526593--28526816	40	5.6	40	85	7	287	24	22	28	25	1.99
28526599--28526849	119	2.1	119	82	7	296	25	21	27	25	1.99
28532530--28532571	11	4.1	10	82	11	50	16	0	28	54	1.42
28534513--28534781	47	5.8	46	78	11	228	27	18	30	23	1.98
28534511--28534776	94	2.8	92	84	6	322	27	18	30	24	1.98
28537539--28537668	27	4.8	27	79	2	127	33	16	15	34	1.90
28537646--28537722	27	2.9	27	88	3	111	41	22	16	19	1.90
28538062--28538119	18	3.2	18	71	9	55	27	18	12	41	1.86
28538110--28538179	34	2.1	34	88	0	104	35	22	17	24	1.95
28543025--28543119	40	2.4	40	81	0	118	29	13	28	28	1.94
28547597--28547700	27	3.9	27	81	3	113	18	25	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28547597--28547700	54	1.9	53	82	5	129	18	25	19	36	1.94
28551784--28551966	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
28551763--28551966	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
28554036--28554260	79	2.8	80	86	5	305	25	20	26	26	1.99
28554036--28554260	40	5.7	40	84	7	280	25	20	26	26	1.99
28557110--28557295	40	4.7	40	79	12	150	26	26	22	24	2.00
28557138--28557295	80	2.0	80	80	7	178	26	26	21	25	1.99
28565824--28566044	40	5.6	40	85	7	283	24	21	28	25	1.99
28565824--28566077	79	3.2	79	78	7	216	25	21	27	25	1.99
28571773--28571814	11	4.1	10	82	11	50	16	0	28	54	1.42
28573755--28574023	47	5.8	46	77	11	219	27	18	30	23	1.98
28573753--28574018	94	2.8	92	83	7	315	27	18	30	24	1.98
28575494--28575617	55	2.2	56	85	2	162	24	29	25	21	1.99
28576054--28576083	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
28577481--28577597	44	2.6	47	83	6	152	27	29	18	23	1.98
28577478--28577745	94	2.9	94	80	2	256	24	30	19	25	1.98
28577381--28577741	47	7.6	47	71	13	179	24	29	19	26	1.99
28583232--28583407	46	3.8	44	80	14	178	29	17	29	23	1.97
28583277--28583542	47	5.7	46	80	8	234	28	15	30	24	1.96
28583237--28583541	140	2.2	140	81	7	334	29	15	29	25	1.96
28583278--28583547	94	2.9	92	77	9	260	28	15	30	25	1.96
28586306--28586406	27	3.7	27	82	0	130	33	14	14	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28586413--28586545	27	4.9	27	79	7	115	40	17	19	22	1.91
28586413--28586545	54	2.4	54	80	5	133	40	17	19	22	1.91
28586932--28587001	34	2.1	34	88	0	104	35	22	17	24	1.95
28591844--28591938	40	2.4	40	81	0	118	29	13	28	28	1.94
28594152--28594347	55	3.6	53	78	8	189	35	17	24	22	1.95
28597517--28597680	84	2.0	84	93	0	283	25	10	25	39	1.87
28597816--28597846	15	2.1	15	93	0	53	48	9	16	25	1.76
28601753--28602007	55	4.8	54	78	12	244	36	16	26	21	1.94
28601763--28601960	108	1.8	110	91	4	330	33	16	26	23	1.95
28604496--28604749	55	4.8	54	78	12	244	35	16	26	21	1.94
28604506--28604703	108	1.8	110	91	4	330	33	16	26	23	1.95
28610349--28610574	43	5.3	43	88	0	299	31	26	13	28	1.94
28618360--28618403	10	4.4	10	100	0	88	9	31	31	27	1.88
28621634--28621802	6	27.8	6	75	15	143	48	13	17	20	1.80
28621613--28621802	30	6.1	29	74	14	96	48	13	17	20	1.80
28621639--28621802	85	1.9	85	94	0	292	48	13	17	20	1.81
28621920--28621985	27	2.5	26	82	7	78	36	22	22	18	1.95
28621944--28622001	27	2.1	27	81	6	64	34	27	20	17	1.95
28622304--28622386	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
28622612--28622780	81	2.1	81	88	2	259	26	17	18	37	1.93
28622586--28622780	27	7.2	27	83	2	221	27	18	17	35	1.94
28622785--28623409	27	23.2	27	84	4	715	41	10	21	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28622775--28623440	108	6.2	108	87	2	896	40	10	21	27	1.86
28628089--28628114	11	2.4	11	100	0	52	50	0	19	30	1.48
28632622--28632696	28	2.6	28	83	10	80	44	2	22	30	1.67
28635596--28635816	101	2.2	101	86	2	300	25	15	25	33	1.95
28643876--28643926	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
28644578--28644738	27	6.0	27	80	4	146	25	19	19	35	1.95
28644578--28644749	54	3.2	54	81	1	184	25	18	19	36	1.94
28644596--28644750	81	1.9	81	87	0	229	23	18	20	38	1.93
28652119--28652291	27	6.4	27	83	2	186	25	17	19	36	1.94
28652119--28652291	81	2.1	81	82	4	215	25	17	19	36	1.94
28653055--28653105	26	1.9	27	84	4	68	58	23	5	11	1.55
28655874--28656048	46	3.8	45	79	7	190	28	29	20	21	1.98
28655882--28656053	93	1.8	93	91	0	281	27	30	20	20	1.98
28655879--28656068	46	4.1	44	70	18	118	28	28	20	21	1.98
28663841--28663971	45	3.0	46	83	6	157	27	28	20	23	1.99
28663969--28664241	38	7.1	38	86	2	366	29	24	23	22	1.99
28663969--28664241	116	2.4	114	87	2	384	29	24	23	22	1.99
28669188--28669276	33	2.6	34	80	3	99	25	24	21	28	1.99
28675174--28675398	79	2.8	80	81	10	246	25	21	27	25	1.99
28675174--28675398	119	1.9	120	82	8	289	25	21	27	25	1.99
28675174--28675398	40	5.7	40	85	5	262	25	21	27	25	1.99
28682736--28682826	40	2.3	39	81	11	105	23	18	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28685954--28686077	46	2.7	44	84	10	169	20	21	28	29	1.98
28693394--28693565	46	3.7	46	77	11	190	22	20	27	29	1.98
28693391--28693560	92	1.8	93	91	1	279	22	20	28	28	1.99
28693790--28693827	19	2.0	20	85	15	53	39	0	21	39	1.53
28697726--28697759	16	2.2	16	89	5	52	41	0	2	55	1.15
28702059--28702180	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
28707149--28707177	14	2.0	15	93	6	51	31	34	0	34	1.58
28712729--28713092	49	7.6	49	92	1	564	33	8	29	28	1.86
28718764--28718820	27	2.2	26	81	6	62	29	15	21	33	1.94
28722910--28722986	20	3.8	20	91	0	127	27	27	24	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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