genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13164211--13164264	23	2.4	22	72	9	54	29	5	1	62	1.28
13164839--13164889	26	2.0	26	100	0	102	39	15	13	31	1.87
13166822--13166872	21	2.4	21	81	12	61	64	1	0	33	1.05
13169519--13169575	26	2.2	26	81	6	71	17	22	19	40	1.91
13170528--13170606	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
13170518--13170605	36	2.4	36	80	17	119	38	10	15	35	1.82
13173152--13173498	174	2.0	176	98	1	671	39	15	21	23	1.91
13175956--13176007	15	3.4	16	79	10	65	84	0	11	3	0.74
13175956--13176006	22	2.3	22	87	9	77	86	0	11	1	0.66
13176962--13177659	44	15.9	43	75	12	494	29	15	25	29	1.96
13177093--13177527	176	2.5	175	91	1	701	29	14	26	29	1.95
13176963--13177711	176	4.2	177	78	10	590	30	15	25	28	1.96
13177814--13177990	44	4.0	44	73	11	146	31	16	24	27	1.96
13177719--13177931	44	4.7	46	71	11	152	33	17	22	26	1.96
13177712--13178031	134	2.4	134	86	1	426	32	16	22	27	1.96
13178064--13178191	45	2.9	44	89	3	177	31	14	28	26	1.95
13178073--13178191	44	2.7	45	89	3	170	30	14	27	27	1.95
13178561--13178677	19	6.2	19	89	6	175	39	9	14	36	1.79
13178561--13178677	36	3.1	38	88	7	175	39	9	14	36	1.79
13178567--13178677	55	2.0	56	91	3	179	39	9	13	36	1.78
13181545--13181612	32	2.1	32	83	5	84	45	10	4	39	1.58
13184520--13184589	28	2.5	28	77	13	72	60	2	1	35	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13190451--13190510	13	4.5	13	72	2	57	36	1	21	40	1.64
13190414--13190493	26	3.0	26	77	14	74	41	2	18	37	1.64
13191328--13191364	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
13191576--13191634	30	2.0	30	90	3	93	18	37	0	44	1.50
13196551--13196605	24	2.3	23	84	9	74	49	0	0	50	1.00
13196600--13196640	20	2.1	20	86	4	57	56	4	2	36	1.34
13198098--13198184	37	2.4	37	80	3	104	40	14	26	18	1.89
13198186--13198301	37	3.1	37	83	0	151	49	8	19	22	1.75
13199834--13199909	39	2.0	38	84	7	100	31	9	5	53	1.55
13199934--13199975	22	1.9	22	90	0	66	38	7	11	42	1.69
13208758--13209062	84	3.6	84	77	2	299	33	31	9	24	1.88
13210895--13210932	15	2.7	15	88	8	53	34	0	2	63	1.09
13211577--13211601	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
13215270--13215295	10	2.6	10	100	0	52	23	11	30	34	1.90
13216063--13216096	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
13219278--13219307	16	1.9	16	93	6	53	33	23	6	36	1.81
13226727--13226941	63	3.3	62	68	23	152	39	13	15	31	1.86
13226484--13227068	134	4.4	134	84	3	719	39	13	16	31	1.87
13226963--13227174	99	2.1	99	84	0	262	41	14	13	30	1.85
13227051--13227310	133	2.0	133	87	0	376	39	15	14	31	1.86
13228035--13228065	16	1.9	16	100	0	62	54	6	6	32	1.51
13232985--13233033	24	2.1	23	84	3	62	61	0	6	32	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13232981--13233035	21	2.5	21	80	11	58	61	0	5	32	1.19
13240528--13240581	25	2.3	25	75	18	62	53	7	3	35	1.47
13255332--13255383	25	2.0	25	81	3	59	36	23	13	26	1.92
13259926--13260021	3	32.3	3	71	10	63	56	3	6	34	1.40
13266109--13266137	14	2.1	14	93	6	51	55	0	0	44	0.99
13266105--13266137	14	2.2	15	89	10	50	57	0	0	42	0.98
13266103--13266140	15	2.6	14	84	16	51	55	0	0	44	0.99
13278057--13278095	17	2.4	17	95	4	71	20	5	0	74	1.01
13281096--13281161	31	2.1	32	82	5	80	43	1	7	46	1.41
13281426--13281488	31	2.0	32	84	9	85	26	4	1	66	1.20
13281762--13281786	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
13284507--13284563	18	3.2	17	80	9	69	33	0	0	66	0.92
13285599--13285843	124	2.0	124	95	0	436	31	18	23	26	1.98
13313344--13313381	20	1.9	20	94	0	67	23	28	7	39	1.83
13313342--13313387	20	2.3	20	80	0	65	23	28	6	41	1.79
13313521--13313617	33	2.8	35	72	20	89	45	2	1	51	1.19
13319629--13319794	39	4.2	40	87	5	171	25	27	20	26	1.99
13319629--13319855	79	2.8	79	81	9	230	25	26	21	26	2.00
13319629--13319855	40	5.7	40	81	9	243	25	26	21	26	2.00
13325720--13325892	46	3.8	46	77	11	194	28	29	20	21	1.98
13325728--13325900	92	1.9	93	91	1	285	27	29	20	22	1.98
13325771--13325912	45	3.1	44	70	22	105	28	28	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13327810--13327886	15	5.4	15	77	10	81	61	11	16	10	1.57
13327821--13327895	15	5.2	15	76	12	61	58	13	16	12	1.63
13330799--13330973	46	3.8	46	78	15	189	28	28	20	22	1.98
13330806--13330975	93	1.8	93	89	0	268	28	28	20	23	1.99
13332894--13332956	15	4.3	15	80	9	76	60	14	15	9	1.59
13344253--13344287	16	2.1	18	89	10	56	42	0	11	45	1.40
13345581--13345757	45	3.8	46	81	3	167	26	16	31	25	1.97
13345637--13345757	48	2.6	48	85	3	149	26	19	31	23	1.98
13351432--13351576	46	3.1	46	70	13	152	26	29	19	24	1.98
13353516--13353565	15	3.3	15	85	0	64	56	14	20	10	1.66
13356489--13356660	46	3.8	46	76	16	178	29	29	20	20	1.98
13356496--13356662	92	1.8	90	88	2	253	29	28	20	21	1.98
13358563--13358623	14	4.3	15	78	15	67	62	13	16	8	1.53
13358942--13358976	16	2.2	16	100	0	70	51	20	17	11	1.75
13369909--13369943	16	2.1	18	89	10	56	42	0	11	45	1.40
13371232--13371412	45	3.9	47	81	3	188	26	17	30	24	1.97
13371285--13371412	48	2.7	48	83	3	145	27	20	31	21	1.98
13377486--13377661	46	3.8	46	76	5	176	21	20	29	28	1.98
13377482--13377654	93	1.9	93	90	2	276	21	20	30	27	1.98
13380532--13380654	45	2.7	45	92	0	201	27	17	28	26	1.98
13386384--13386427	19	2.2	20	84	8	54	72	9	13	4	1.24
13390565--13390669	23	4.6	23	75	8	97	22	20	19	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13402167--13402370	27	7.6	27	85	4	232	29	27	14	27	1.95
13410200--13410375	26	6.6	27	83	7	180	28	28	14	27	1.95
13410221--13410374	81	1.9	80	84	6	204	29	28	14	27	1.95
13410200--13410375	53	3.3	54	83	8	200	28	28	14	27	1.95
13429130--13429193	13	4.9	13	92	0	110	42	28	6	23	1.78
13429219--13429286	34	2.0	34	100	0	136	38	23	8	29	1.85
13429345--13429391	24	2.0	24	91	0	76	46	25	2	25	1.64
13433181--13433223	23	1.9	22	90	4	68	39	2	0	58	1.11
13443431--13443462	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
13448494--13448534	2	20.5	2	94	0	73	53	46	0	0	1.00
13449037--13449098	21	3.0	21	69	9	54	48	14	20	16	1.81
13451015--13451343	162	2.0	162	88	1	500	41	14	4	39	1.68
13454344--13454393	23	2.2	23	85	7	66	30	0	6	64	1.18
13454816--13454868	25	2.1	25	85	0	70	39	15	24	20	1.91
13455742--13455970	27	8.5	27	80	2	192	39	21	9	29	1.85
13455742--13455953	54	3.9	54	87	2	284	39	22	9	29	1.85
13455756--13455953	80	2.5	79	83	3	243	39	21	9	29	1.85
13455742--13455953	107	2.0	108	86	0	300	39	22	9	29	1.85
13455992--13456307	27	11.7	27	89	2	438	34	16	20	27	1.95
13456526--13456595	25	2.8	25	91	0	113	25	27	22	24	2.00
13457697--13457726	14	2.1	14	100	0	60	20	6	20	53	1.67
13468439--13468491	26	2.0	26	85	7	72	37	22	13	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13474719--13474761	15	3.0	15	83	10	54	13	11	13	60	1.59
13477393--13477444	18	2.8	19	72	13	54	48	0	23	28	1.51
13482770--13482813	22	2.0	23	86	4	63	29	4	4	61	1.36
13482810--13482853	18	2.4	18	84	3	52	29	0	4	65	1.12
13482801--13482873	20	3.7	20	75	14	53	27	0	6	65	1.17
13484359--13484441	39	2.1	39	97	0	157	38	8	21	31	1.83
13486637--13486679	21	2.1	21	87	8	63	48	6	18	25	1.73
13487997--13488039	18	2.3	19	84	4	52	60	25	2	11	1.43
13494403--13494441	18	2.1	18	90	4	60	51	25	12	10	1.71
13494949--13495074	59	2.1	59	92	0	207	38	13	19	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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