genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10465623--10465978	27	13.2	26	82	5	336	30	20	6	42	1.77
10465623--10465978	54	6.6	54	85	0	401	30	20	6	42	1.77
10465623--10465978	81	4.4	81	85	1	428	30	20	6	42	1.77
10466153--10466294	71	2.1	67	82	5	167	20	28	21	29	1.98
10466439--10466548	31	3.5	31	79	7	118	19	19	13	48	1.81
10466439--10466548	6	17.8	6	71	15	82	19	19	13	48	1.81
10466461--10466560	37	2.7	37	87	0	146	20	20	12	48	1.80
10467892--10468000	24	4.5	24	78	4	94	30	29	13	26	1.94
10483038--10483118	27	3.0	26	78	7	72	34	22	22	20	1.97
10483065--10483204	67	2.1	67	86	2	190	30	22	27	19	1.98
10483134--10483185	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
10483836--10483980	27	5.4	27	91	1	202	25	22	18	33	1.96
10483838--10483980	53	2.7	54	87	2	198	25	22	17	34	1.96
10498527--10498571	23	2.0	23	100	0	90	22	17	17	42	1.89
10502957--10503066	26	4.2	26	92	2	168	33	6	24	35	1.81
10504689--10504801	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
10504687--10504801	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
10508770--10508878	26	4.2	26	96	1	175	33	5	24	35	1.79
10510406--10510517	27	4.2	27	85	4	129	16	24	23	35	1.95
10510404--10510517	54	2.1	53	88	4	167	16	23	23	35	1.95
10514446--10514491	15	3.1	15	81	12	58	78	0	2	19	0.86
10517089--10517124	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10518000--10518025	13	2.0	13	100	0	52	53	0	15	30	1.42
10522711--10522761	22	2.3	21	75	15	50	52	1	1	43	1.23
10524353--10524390	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
10526437--10526470	10	3.3	10	88	8	50	55	0	0	44	0.99
10531166--10531222	15	3.5	15	78	17	69	52	0	0	47	1.00
10531171--10531221	15	2.9	18	81	18	72	52	0	0	47	1.00
10536341--10536516	46	3.8	46	76	12	189	20	20	29	29	1.98
10536338--10536509	93	1.8	93	92	0	290	20	20	29	28	1.98
10539270--10539390	39	3.1	39	91	0	188	25	31	23	19	1.98
10544361--10544388	8	3.5	8	100	0	56	64	14	21	0	1.29
10545203--10545506	47	6.4	47	88	3	389	26	30	9	33	1.89
10551647--10551686	20	1.9	22	90	10	66	37	0	2	60	1.11
10552069--10552109	21	2.0	21	100	0	82	68	0	0	31	0.90
10552545--10552656	55	2.0	56	98	1	217	41	7	14	37	1.73
10563327--10563429	39	2.6	39	83	6	109	25	22	27	25	2.00
10563340--10563429	39	2.3	40	84	5	121	24	22	27	25	2.00
10563288--10563431	40	3.6	39	78	7	132	24	22	27	25	2.00
10571432--10571614	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
10571433--10571616	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
10571485--10571649	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
10579259--10579336	38	2.1	38	97	0	147	20	24	32	23	1.98
10598318--10598451	39	3.5	40	88	2	132	26	30	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10598336--10598461	39	3.2	39	90	0	189	28	29	19	22	1.98
10604023--10604127	28	3.7	27	70	25	74	25	26	20	27	1.99
10604028--10604163	59	2.3	59	85	10	170	25	25	20	28	1.99
10606465--10606489	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
10617722--10617830	12	9.1	12	70	16	59	33	3	1	60	1.25
10617722--10617831	20	5.5	18	70	23	71	33	3	1	60	1.24
10617794--10617839	21	2.2	21	85	14	60	30	6	4	58	1.43
10618095--10618131	16	2.3	17	81	13	51	18	0	2	78	0.87
10621873--10621933	32	1.9	32	96	0	113	50	19	19	9	1.75
10629916--10630484	220	2.6	220	90	1	836	31	17	22	29	1.96
10632147--10632230	12	7.0	12	76	14	52	35	3	1	59	1.22
10632177--10632223	14	3.4	14	74	11	51	34	4	2	59	1.29
10632172--10632224	28	1.9	28	85	11	74	33	3	1	60	1.26
10632310--10632381	26	2.7	27	74	6	76	34	2	2	59	1.26
10632517--10632561	22	2.0	22	83	8	56	24	0	2	73	0.95
10639595--10639637	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
10644281--10644344	30	2.2	29	94	2	110	29	3	7	59	1.41
10644292--10644356	30	2.2	30	85	0	85	30	3	9	56	1.46
10645601--10645637	14	2.4	16	86	8	51	13	0	21	64	1.27
10645603--10645644	22	1.9	22	85	9	59	14	2	19	64	1.39
10657317--10657499	47	3.9	48	80	6	196	28	18	29	22	1.98
10657276--10657497	94	2.4	93	84	3	266	28	18	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10658899--10658960	31	2.0	31	93	0	106	27	29	9	33	1.88
10678808--10678837	16	1.9	15	93	6	51	60	3	20	16	1.50
10685576--10685632	6	9.5	6	76	14	55	77	0	3	19	0.92
10691656--10691689	16	2.1	17	88	5	52	17	14	14	52	1.74
10701210--10701377	46	3.6	45	76	15	164	27	19	29	23	1.98
10701207--10701473	47	5.7	45	76	11	209	28	17	28	24	1.98
10707550--10707575	8	3.2	8	100	0	52	0	11	0	88	0.52
10708093--10708125	16	2.1	16	88	5	50	30	0	0	69	0.88
10722758--10722831	26	2.9	26	85	2	96	35	16	5	43	1.71
10724355--10724406	26	2.0	26	96	0	95	28	15	25	30	1.96
10724394--10724467	38	1.9	38	83	0	94	25	13	25	35	1.93
10725024--10725389	180	2.0	180	88	1	554	33	18	9	38	1.83
10725968--10726412	50	8.8	50	78	4	394	30	25	16	26	1.97
10725972--10726408	151	2.9	151	86	1	588	31	25	16	26	1.96
10725968--10726411	101	4.4	101	78	4	410	30	25	16	26	1.97
10727643--10727743	38	2.6	37	76	6	103	26	15	24	32	1.96
10728425--10728530	50	2.1	50	98	0	203	30	7	23	38	1.82
10729269--10729331	30	2.0	32	84	6	85	7	30	4	57	1.48
10729830--10729861	11	2.8	12	81	18	50	78	0	21	0	0.76
10742890--10742947	28	2.1	27	87	9	82	32	6	6	53	1.54
10743073--10743208	46	3.0	46	86	0	182	37	14	25	22	1.92
10747302--10747344	19	2.2	20	91	4	70	48	30	9	11	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10757006--10757043	6	6.3	6	100	0	76	0	15	0	84	0.63
10766763--10766810	25	1.9	25	83	8	62	35	4	14	45	1.64
10767380--10767413	15	2.3	15	90	10	52	35	14	26	23	1.94
10769847--10769905	31	1.9	31	89	0	91	40	3	3	52	1.35
10773174--10773216	15	2.7	16	78	10	52	46	0	0	53	1.00
10773315--10773361	23	2.0	23	88	8	69	53	0	2	44	1.12
10775106--10775134	3	9.7	3	100	0	58	31	34	0	34	1.58
10777699--10777772	38	1.9	38	88	0	112	56	0	2	40	1.13
10780569--10780703	17	7.6	17	85	6	171	35	14	11	37	1.83
10780569--10780711	35	4.0	35	88	6	198	35	15	11	37	1.83
10780569--10780711	52	2.7	54	87	5	218	35	15	11	37	1.83
10780562--10780723	35	4.6	36	84	11	187	35	14	11	38	1.82
10781102--10782229	207	5.5	207	95	0	1954	29	23	17	29	1.97
10782363--10782562	87	2.3	84	85	6	278	22	21	24	32	1.98
10782409--10782551	43	3.3	43	73	11	148	23	19	23	33	1.97
10783500--10783566	7	8.9	7	81	15	80	0	14	0	85	0.61
10783493--10783566	8	9.5	8	84	8	91	1	13	0	85	0.67
10783501--10783557	6	9.8	6	80	16	59	0	15	0	84	0.63
10787500--10787605	53	2.0	53	98	0	203	21	30	16	32	1.95
10789348--10789465	35	3.3	35	93	3	191	36	15	11	37	1.83
10791953--10791995	17	2.5	17	96	3	77	20	16	11	51	1.75
10792303--10792340	14	2.9	13	81	11	51	57	7	13	21	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10794670--10794721	23	2.3	23	83	9	63	65	3	7	23	1.35
10800450--10800487	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
10803009--10803041	13	2.6	13	85	4	50	81	0	9	9	0.87
10803065--10803109	20	2.4	18	92	7	72	68	0	31	0	0.89
10805014--10805039	6	4.3	6	100	0	52	19	19	15	46	1.85
10810320--10810364	21	2.1	22	91	4	74	46	17	2	33	1.61
10811384--10811425	21	1.9	22	85	9	59	40	9	4	45	1.58
10811512--10811671	47	3.4	47	90	1	250	33	21	14	30	1.93
10811717--10811756	20	2.0	20	90	0	62	40	17	0	42	1.49
10818308--10818347	19	2.1	19	100	0	80	30	17	10	42	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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