genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56247511--56247663	81	1.9	81	90	0	243	36	18	20	24	1.95
56250102--56250368	118	2.3	117	90	3	418	25	17	24	32	1.96
56250102--56250422	56	5.6	56	87	4	417	25	16	24	33	1.96
56250102--56250422	174	1.8	174	89	0	498	25	16	24	33	1.96
56256830--56257023	48	4.0	48	89	0	289	28	24	19	27	1.99
56261299--56261345	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
56262755--56262780	13	2.0	13	100	0	52	69	0	7	23	1.14
56278201--56278262	24	2.6	24	81	0	70	32	11	22	33	1.90
56279190--56279256	33	2.0	33	97	0	125	38	19	8	32	1.83
56288507--56288662	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
56288506--56288659	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
56288507--56288662	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
56288499--56288683	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
56288499--56288683	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
56296411--56296566	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
56296410--56296563	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
56296411--56296566	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
56296403--56296587	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
56296403--56296587	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
56300323--56300426	42	2.5	41	79	4	118	27	27	16	27	1.97
56306373--56306418	19	2.4	19	89	7	67	13	30	34	21	1.91
56307753--56307876	46	2.7	46	82	5	133	29	22	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56321992--56322077	43	2.0	43	88	4	129	48	1	24	25	1.58
56327070--56327240	92	1.8	92	89	1	270	29	29	19	21	1.98
56329595--56329658	15	4.4	15	84	11	89	60	12	15	10	1.58
56332552--56332724	46	3.8	45	78	13	201	28	29	20	20	1.98
56332559--56332728	91	1.8	93	93	2	299	28	29	21	21	1.98
56336732--56336763	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
56345680--56345711	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
56347350--56347522	40	4.3	40	90	0	256	23	18	25	32	1.97
56349878--56349999	43	2.9	41	83	7	154	30	16	25	27	1.97
56351420--56351599	89	2.0	89	95	0	324	28	16	21	33	1.95
56352956--56352988	7	5.0	7	92	7	52	0	60	0	39	0.97
56352956--56352988	13	2.5	14	85	14	52	0	60	0	39	0.97
56353248--56353287	18	2.2	18	86	0	53	0	32	5	62	1.17
56357766--56357811	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
56361623--56361792	88	1.9	88	91	0	277	36	4	27	31	1.77
56363760--56363909	40	3.8	40	91	5	234	22	23	28	25	1.99
56363763--56363935	40	4.4	40	87	5	221	25	23	26	24	2.00
56363763--56363935	78	2.2	79	87	5	244	25	23	26	24	2.00
56371914--56372178	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
56372506--56372570	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
56372513--56372570	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
56379407--56379670	103	2.6	103	90	2	404	29	29	20	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56379998--56380062	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
56380005--56380062	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
56381921--56382082	40	4.1	40	91	3	238	24	24	27	24	2.00
56386917--56386951	2	17.5	2	93	0	61	0	2	45	51	1.16
56387855--56387972	6	19.2	6	75	14	107	49	16	17	16	1.81
56387855--56387972	19	6.4	18	77	14	107	49	16	17	16	1.81
56387866--56387972	31	3.5	31	74	14	112	48	16	17	16	1.81
56387860--56387954	37	2.6	37	86	0	136	48	16	17	16	1.82
56387860--56387972	25	4.6	25	77	11	101	48	16	17	16	1.81
56388086--56388222	70	2.0	70	95	0	247	31	20	29	18	1.97
56388414--56388476	27	2.3	27	72	0	63	38	25	17	19	1.93
56388457--56388867	27	15.3	27	83	3	443	25	19	18	36	1.95
56388457--56388813	136	2.6	133	82	5	430	25	20	18	35	1.95
56388872--56388963	27	3.4	26	85	5	121	43	8	20	27	1.81
56388924--56389357	27	16.0	27	79	6	191	33	8	21	35	1.85
56388941--56389071	28	4.8	28	77	10	119	29	10	22	37	1.88
56388872--56389235	54	6.7	55	77	8	280	36	8	22	32	1.85
56388872--56389249	81	4.6	81	73	7	298	36	8	21	33	1.84
56389214--56389389	54	3.3	54	80	5	205	30	9	20	39	1.83
56393668--56393733	28	2.3	29	82	5	73	56	6	1	36	1.34
56393686--56393759	26	2.9	25	82	9	87	60	1	1	36	1.13
56393719--56393781	24	2.7	23	90	5	90	58	0	3	38	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56394469--56394497	13	2.1	14	93	6	51	82	0	17	0	0.66
56396038--56396077	17	2.4	16	83	4	53	67	0	0	32	0.91
56396019--56396073	18	3.0	18	81	10	67	63	3	0	32	1.12
56396012--56396073	10	6.6	10	74	9	51	62	3	0	33	1.11
56397361--56397525	49	3.4	49	75	5	136	23	23	21	31	1.98
56397941--56397984	21	2.1	21	83	8	54	25	25	31	18	1.97
56411384--56411460	40	1.9	40	86	5	111	38	12	19	28	1.89
56412325--56412384	26	2.3	26	88	0	84	45	11	8	35	1.71
56417689--56417723	17	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
56418075--56418118	22	2.0	22	95	0	79	43	9	6	40	1.63
56418589--56418634	22	2.1	22	100	0	92	30	13	8	47	1.72
56426104--56426208	27	3.9	27	67	9	70	36	23	7	32	1.83
56426552--56426663	55	2.0	55	98	0	215	44	9	22	23	1.82
56427525--56427749	40	5.7	40	85	5	278	23	21	28	26	1.99
56434128--56434246	55	2.1	55	95	1	211	43	9	25	21	1.82
56435109--56435333	40	5.7	40	84	5	269	24	21	27	26	1.99
56435109--56435366	80	3.3	79	81	8	249	25	21	27	25	1.99
56436702--56436924	27	8.3	27	84	3	254	36	18	20	25	1.95
56436712--56436920	54	3.9	54	85	2	280	35	18	21	24	1.95
56436707--56436916	107	2.0	106	89	0	321	35	18	20	25	1.96
56437312--56437376	22	3.0	22	77	8	69	20	24	23	32	1.98
56437535--56437642	27	4.0	26	79	5	90	20	22	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56443027--56443090	31	2.1	31	90	0	101	25	23	14	37	1.92
56443284--56443427	24	6.0	24	89	6	204	25	20	24	30	1.98
56443283--56443426	47	3.0	47	89	5	200	25	20	23	31	1.98
56443284--56443427	71	2.0	73	86	8	206	25	20	24	30	1.98
56444743--56444826	27	3.1	27	87	3	116	22	26	20	30	1.98
56444888--56444939	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
56444975--56445156	27	6.8	26	77	8	152	30	8	19	41	1.82
56444978--56445156	54	3.3	54	81	7	168	30	8	19	41	1.81
56444976--56445170	81	2.4	81	86	2	250	30	8	21	40	1.82
56445148--56445304	27	5.9	27	88	2	192	39	10	22	27	1.86
56445044--56445197	80	1.9	81	81	4	186	36	9	17	37	1.82
56448066--56448128	31	2.0	31	87	0	90	26	23	12	36	1.91
56448343--56448505	23	7.1	23	90	3	249	26	20	23	28	1.99
56448343--56448505	45	3.6	45	92	1	263	26	20	23	28	1.99
56448619--56448666	25	2.0	24	87	4	69	25	16	25	33	1.96
56449802--56449899	27	3.7	27	86	8	107	22	25	21	30	1.99
56449817--56449899	27	3.1	27	89	6	125	20	26	21	31	1.98
56449961--56450012	27	1.9	27	88	7	79	36	11	11	40	1.78
56450010--56450228	27	8.1	27	77	9	164	30	8	20	41	1.82
56450049--56450228	81	2.2	81	89	2	265	30	8	20	40	1.83
56449958--56450228	54	5.0	54	75	9	160	31	9	18	40	1.83
56450049--56450270	81	2.8	81	84	4	200	32	9	20	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56450231--56450377	27	5.5	27	84	4	163	40	10	22	26	1.86
56452907--56453129	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
56452987--56453164	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
56460806--56461028	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
56460886--56461063	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
56474075--56474396	47	6.8	46	73	15	234	27	17	31	24	1.97
56481661--56481738	40	2.0	40	94	0	138	29	29	19	21	1.98
56485476--56485526	25	2.0	25	100	0	102	49	15	11	23	1.78
56491607--56491685	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
56491594--56491863	47	5.7	47	95	1	459	31	9	30	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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