genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  55  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16647814--16647838	5	5.0	5	100	0	50	60	40	0	0	0.97
16650224--16650267	22	1.9	24	81	9	56	50	15	6	27	1.70
16650832--16650875	19	2.3	19	84	7	54	43	0	4	52	1.22
16651677--16651712	18	2.0	18	100	0	72	61	5	0	33	1.19
16651745--16651812	29	2.3	29	84	0	82	29	20	4	45	1.70
16652253--16652291	20	2.0	20	85	5	53	20	0	5	74	1.01
16653607--16653682	35	2.2	35	81	13	86	14	6	13	65	1.44
16659121--16659152	15	2.1	15	94	0	55	21	3	25	50	1.64
16660425--16660482	30	1.9	30	89	0	89	15	37	15	31	1.89
16661145--16661226	29	2.9	29	85	1	94	45	25	6	23	1.76
16661161--16661226	29	2.3	29	91	0	105	39	27	7	25	1.83
16669741--16669772	6	5.3	6	100	0	64	50	0	15	34	1.45
16669901--16669936	2	18.0	2	88	0	54	55	0	0	44	0.99
16676190--16676229	21	1.9	21	89	0	62	25	12	7	55	1.63
16676460--16676508	21	2.3	22	78	3	55	42	10	4	42	1.57
16679464--16679516	25	2.1	25	89	0	79	22	30	1	45	1.63
16691617--16691813	42	4.5	42	77	3	160	32	17	22	27	1.96
16691660--16691815	84	1.9	84	87	0	231	32	17	23	27	1.96
16693277--16693306	15	2.1	15	93	6	53	13	3	20	63	1.43
16699036--16699068	15	2.3	15	90	10	52	33	0	27	39	1.57
16702488--16702641	65	2.4	64	76	8	143	24	27	27	20	1.99
16703664--16703781	23	5.0	23	75	7	94	37	19	22	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16703710--16703772	24	2.5	24	79	5	72	38	20	19	22	1.94
16709580--16709623	2	22.0	2	90	0	70	54	0	45	0	0.99
16710644--16710704	31	2.0	30	87	9	88	27	4	9	57	1.52
16713586--16713627	19	2.2	19	87	8	59	26	2	2	69	1.13
16715415--16715457	23	1.9	22	95	4	77	60	11	4	23	1.50
16721562--16721629	34	2.0	34	97	0	127	32	29	10	27	1.90
16724397--16724442	24	1.9	24	86	0	65	26	17	0	56	1.41
16724411--16724546	67	2.1	63	82	10	159	22	14	4	58	1.55
16728452--16728489	19	2.0	20	84	5	51	0	26	0	73	0.83
16731073--16731284	46	4.5	45	78	8	185	28	18	29	24	1.98
16731072--16731297	93	2.4	94	79	10	257	28	18	29	23	1.98
16731040--16731296	47	5.5	47	76	11	210	28	19	28	24	1.98
16732286--16732323	13	2.9	13	88	0	58	31	28	39	0	1.57
16732461--16732523	22	2.9	22	92	2	101	11	39	25	23	1.88
16734034--16734084	20	2.5	20	100	0	102	39	21	0	39	1.54
16743300--16743356	27	2.1	27	100	0	114	14	17	29	38	1.89
16744488--16744607	13	9.2	13	71	5	71	44	2	17	35	1.62
16745844--16745898	18	2.9	18	77	17	58	60	0	1	38	1.08
16745839--16745900	10	6.4	10	72	20	51	58	0	1	40	1.08
16745878--16745903	10	2.6	10	100	0	52	61	0	0	38	0.96
16745912--16745936	13	1.9	13	100	0	50	80	4	8	8	1.03
16751824--16751871	23	2.0	25	84	11	66	56	0	6	37	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16751876--16751900	13	1.9	13	100	0	50	80	4	8	8	1.03
16775482--16775982	132	3.8	132	77	4	404	34	18	18	27	1.95
16779244--16779268	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
16779364--16779432	36	1.9	36	100	0	138	63	8	13	14	1.51
16783317--16783350	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
16783897--16783943	19	2.4	20	79	13	53	68	6	0	25	1.13
16784017--16784068	17	3.1	17	81	10	54	59	0	3	36	1.16
16784114--16784152	17	2.4	16	87	12	53	61	2	0	35	1.10
16784075--16784161	16	5.1	17	70	20	58	58	2	3	35	1.27
16784113--16784187	28	2.8	27	76	8	73	58	1	1	38	1.15
16784113--16784219	41	2.6	42	78	10	114	60	1	1	35	1.18
16785680--16785866	83	2.3	82	82	4	232	28	20	15	35	1.93
16785789--16786099	119	2.6	119	91	0	478	29	21	18	31	1.96
16785704--16786403	321	2.2	321	93	0	1184	28	19	17	33	1.95
16786117--16786459	119	2.9	119	93	0	580	29	18	17	34	1.94
16797839--16797872	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
16798405--16798519	23	4.9	23	71	17	69	65	4	4	26	1.30
16798409--16798460	19	2.6	20	80	20	56	69	5	0	25	1.10
16798534--16798585	17	3.1	17	81	10	54	59	0	3	36	1.16
16798631--16798669	17	2.4	16	87	12	53	61	2	0	35	1.10
16798592--16798678	16	5.1	17	70	20	58	58	2	3	35	1.27
16798630--16798704	28	2.8	27	76	8	73	58	1	1	38	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16798630--16798723	41	2.3	41	78	7	102	60	2	1	36	1.16
16807744--16807814	35	2.0	35	97	0	133	21	19	12	46	1.83
16810145--16810174	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
16812083--16812122	19	2.1	19	86	9	55	67	20	12	0	1.22
16815336--16815381	19	2.4	19	81	3	56	39	2	4	54	1.32
16818348--16818403	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
16818494--16818523	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
16818949--16818978	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
16830793--16831535	206	3.7	206	84	9	1003	30	17	22	29	1.96
16831102--16831461	186	1.9	186	88	1	542	30	16	23	30	1.96
16833156--16833211	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
16833641--16833669	13	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
16833717--16833775	10	5.7	10	76	13	57	28	6	0	64	1.19
16837014--16837055	21	2.0	21	85	4	57	64	14	4	16	1.45
16839627--16839658	16	2.0	16	93	0	55	31	28	0	40	1.57
16839680--16839743	32	2.0	32	100	0	128	37	12	6	43	1.68
16840390--16840443	27	2.0	27	100	0	108	29	7	14	48	1.71
16846109--16846424	47	6.7	45	75	15	218	28	17	30	24	1.97
16846206--16846423	48	4.6	46	80	8	156	27	16	31	24	1.96
16849738--16849775	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
16881524--16881646	46	2.7	44	87	7	158	26	28	19	26	1.99
16885109--16885202	40	2.3	40	92	0	152	19	22	43	14	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16885338--16885385	22	2.2	22	92	0	78	16	35	27	20	1.94
16885344--16885394	22	2.3	21	86	6	66	11	29	33	25	1.91
16898291--16898408	46	2.6	46	81	5	123	30	19	26	23	1.98
16899375--16899430	28	2.0	28	89	10	87	14	23	46	16	1.83
16900869--16900899	16	1.9	16	100	0	62	25	51	0	22	1.48
16904050--16904337	143	2.0	143	89	1	443	46	8	23	21	1.78
16906167--16906206	16	2.4	17	87	4	55	77	0	15	7	0.98
16906173--16906210	10	3.7	10	86	13	51	78	0	15	5	0.91
16907636--16907697	32	1.9	32	96	0	115	51	4	16	27	1.64
16908391--16908713	46	6.9	46	86	4	414	41	14	22	21	1.89
16908402--16908766	46	7.7	47	85	8	352	41	14	22	20	1.89
16908403--16908766	92	3.9	95	88	3	440	41	14	22	20	1.89
16920389--16920613	40	5.7	40	84	5	278	24	21	28	25	1.99
16920389--16920646	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	24	1.99
16924688--16924730	18	2.4	18	84	0	59	30	18	32	18	1.95
16924959--16925331	48	7.8	48	86	0	487	26	15	30	27	1.96
16924959--16925323	143	2.5	144	88	0	534	26	15	30	27	1.96
16928973--16929022	26	1.9	26	95	0	91	30	34	24	12	1.91
16928836--16929101	104	2.6	103	88	6	412	30	30	19	19	1.97
16930168--16930196	14	2.0	15	93	6	51	37	13	13	34	1.85
16936326--16936590	103	2.5	105	90	4	412	30	29	20	19	1.97
16936917--16936980	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16936924--16936980	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
16946856--16946934	40	2.0	40	87	2	115	53	15	18	12	1.73
16948084--16948117	14	2.4	14	90	0	50	26	17	0	55	1.42
16947999--16948190	87	2.2	87	89	2	298	31	18	14	35	1.91
16948098--16948294	73	2.7	72	88	3	286	29	16	20	32	1.95
16948243--16948427	90	2.1	88	83	3	237	29	14	15	41	1.86
16948586--16948624	19	2.1	19	95	0	69	33	17	20	28	1.96
16951312--16951341	16	1.9	16	93	6	53	23	0	6	70	1.11
16951415--16951460	22	2.2	22	84	7	60	34	4	6	54	1.46
16957166--16957201	18	2.0	18	100	0	72	61	5	16	16	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325