genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63258240--63258279	21	1.9	21	89	0	62	30	15	20	35	1.93
63258240--63258278	10	3.8	10	83	6	51	30	15	20	33	1.94
63280026--63280165	57	2.5	57	83	4	167	32	20	18	27	1.96
63288045--63288166	53	2.3	53	84	5	156	31	12	18	38	1.87
63288054--63288166	27	4.2	26	80	6	111	29	13	18	38	1.89
63288152--63288328	27	6.6	27	78	7	155	41	16	18	23	1.89
63288152--63288328	54	3.3	54	81	7	173	41	16	18	23	1.89
63292142--63292348	53	3.8	54	77	6	224	38	17	22	21	1.93
63294506--63294629	27	4.7	26	84	4	133	29	12	18	39	1.87
63294624--63294709	27	3.2	27	83	3	102	45	19	16	18	1.86
63294633--63294790	27	5.9	27	77	9	117	41	17	17	23	1.89
63294624--63294791	54	3.1	53	76	4	140	41	17	17	23	1.89
63306827--63306853	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
63307300--63307397	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
63307328--63307410	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
63315108--63315134	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
63315581--63315678	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
63315609--63315691	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
63318941--63319089	43	3.5	43	78	7	133	25	13	26	34	1.93
63318941--63319065	43	2.9	43	84	3	137	22	13	28	36	1.92
63326645--63326813	43	4.0	43	80	6	175	26	14	24	33	1.94
63326657--63326768	42	2.6	43	90	4	165	23	16	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63328309--63328439	6	21.3	6	72	16	90	48	12	18	19	1.80
63328330--63328439	31	3.4	31	82	7	112	48	12	19	20	1.81
63328317--63328417	37	2.7	37	90	0	148	46	11	20	20	1.82
63328318--63328439	37	3.5	37	78	13	139	49	12	18	19	1.79
63328934--63329424	27	18.2	27	82	1	509	40	6	21	31	1.77
63328934--63329397	54	8.6	54	86	1	563	41	5	20	31	1.76
63329374--63329545	27	6.4	26	82	7	134	30	9	22	37	1.86
63329446--63329569	53	2.3	53	84	2	158	31	8	20	39	1.83
63329447--63329569	27	4.6	27	86	2	158	30	8	20	39	1.83
63329564--63329633	27	2.6	27	88	0	95	28	24	15	31	1.96
63331438--63331479	18	2.3	18	91	0	66	21	28	33	16	1.95
63331447--63331481	18	1.9	18	100	0	70	20	28	28	22	1.98
63334736--63334800	21	3.4	21	64	24	61	49	15	26	9	1.74
63334737--63334808	36	2.0	36	100	0	144	47	16	27	8	1.75
63346718--63346772	29	1.9	28	82	10	67	36	14	30	18	1.91
63348876--63348900	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
63354787--63355118	47	6.9	47	92	3	529	32	8	29	28	1.87
63358119--63358143	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
63358542--63358662	60	2.0	60	96	0	224	41	22	19	17	1.90
63363675--63363724	20	2.5	20	93	0	91	20	36	32	12	1.89
63364001--63364121	39	3.1	39	81	0	152	35	13	9	42	1.76
63364045--63364108	18	3.4	18	73	12	65	39	15	3	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63371601--63371736	39	3.5	39	81	0	173	38	13	7	40	1.73
63371880--63371968	44	2.0	44	82	8	110	34	24	20	20	1.96
63373167--63373229	20	2.8	23	74	18	60	55	1	3	39	1.25
63376974--63377003	14	2.1	14	93	0	51	56	6	0	36	1.26
63378620--63378850	40	5.8	40	88	2	270	24	28	24	23	2.00
63386752--63386971	40	5.6	40	91	3	358	25	26	23	23	2.00
63386752--63386971	118	1.9	119	92	2	372	25	26	23	23	2.00
63386752--63386971	78	2.8	80	93	3	367	25	26	23	23	2.00
63391842--63392026	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
63391842--63392026	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
63394875--63394924	25	2.0	24	84	7	64	38	12	10	40	1.76
63395032--63395149	62	1.9	60	84	6	157	46	4	5	44	1.45
63397266--63397310	21	2.2	21	88	7	67	46	20	22	11	1.81
63397304--63397373	21	3.3	21	70	7	61	47	15	22	14	1.82
63397281--63397437	42	3.7	42	78	3	145	42	15	24	17	1.88
63397344--63397399	21	2.6	22	72	5	53	41	19	25	14	1.89
63399835--63400118	140	2.0	140	89	1	435	35	13	20	30	1.91
63401852--63401904	26	2.0	26	100	0	106	35	3	33	26	1.75
63407052--63407085	17	2.0	17	94	0	59	61	5	11	20	1.50
63407196--63407234	17	2.5	15	84	12	51	0	28	0	71	0.86
63407508--63407532	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
63408074--63408141	31	2.2	31	94	2	118	41	7	23	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63410998--63411034	5	7.4	5	93	0	56	43	24	0	32	1.55
63411719--63411759	19	2.2	19	90	0	64	7	12	4	75	1.16
63411763--63411796	8	4.2	8	84	0	50	55	0	2	41	1.15
63416772--63416848	40	1.9	40	100	0	154	37	15	14	32	1.88
63417532--63417691	27	5.9	27	88	1	214	41	18	15	24	1.89
63435083--63435115	13	2.6	13	90	4	50	54	9	0	36	1.32
63448522--63448556	18	1.9	18	88	0	52	54	8	17	20	1.68
63448674--63448740	27	2.5	26	88	9	100	38	20	20	19	1.93
63448940--63449004	22	3.0	22	77	8	69	30	21	26	21	1.98
63449393--63449749	27	13.2	27	84	4	427	26	18	18	36	1.94
63451893--63451926	12	2.8	12	83	16	52	41	0	5	52	1.25
63457038--63457303	27	9.9	26	86	6	311	34	23	24	18	1.96
63457056--63457303	81	3.1	81	87	5	360	34	24	23	17	1.96
63458925--63459032	26	4.2	26	96	0	198	36	25	6	31	1.82
63468432--63468484	27	2.0	27	85	7	72	32	26	24	16	1.97
63468625--63468667	22	2.0	22	95	0	77	27	27	27	16	1.97
63468911--63468996	27	3.2	27	83	0	100	30	18	20	30	1.97
63468953--63469014	27	2.3	27	82	0	70	29	16	14	40	1.88
63471938--63471990	26	2.0	26	85	7	72	32	28	20	18	1.97
63478610--63478756	41	3.5	42	89	3	224	36	23	19	21	1.95
63479050--63479097	21	2.3	21	96	0	87	0	58	20	20	1.40
63484645--63484772	9	13.6	9	76	9	112	31	0	20	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63484645--63484772	57	2.2	57	84	0	166	31	0	20	47	1.56
63486233--63486602	183	2.0	184	96	0	688	42	14	15	27	1.86
63486673--63486702	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
63489233--63489329	28	3.5	28	81	7	108	43	31	1	23	1.61
63489428--63489579	49	3.0	49	81	12	189	42	30	0	26	1.60
63489449--63489489	21	2.0	21	95	0	73	41	31	0	26	1.56
63489516--63489556	21	2.0	21	90	4	66	39	36	0	24	1.56
63489686--63489731	14	3.4	14	71	17	51	39	32	2	26	1.68
63489763--63489842	22	3.7	22	74	12	67	40	38	1	20	1.60
63489749--63489882	15	9.4	14	73	16	53	41	37	2	17	1.65
63489772--63489853	29	2.9	28	78	5	76	40	37	3	18	1.68
63489764--63489882	15	8.3	15	72	17	58	42	37	2	17	1.63
63490437--63490679	40	6.0	40	90	2	337	24	26	19	29	1.99
63490437--63490679	81	3.0	80	87	4	346	24	26	19	29	1.99
63502662--63502741	31	2.6	31	80	9	92	60	3	0	36	1.15
63502668--63502727	23	2.7	23	71	16	56	63	1	0	35	1.05
63509509--63509541	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
63511008--63511041	16	2.1	17	89	10	54	23	14	0	61	1.33
63512666--63512721	24	2.3	25	84	3	69	32	25	17	25	1.97
63512715--63512766	25	2.1	24	89	3	77	34	15	25	25	1.95
63515430--63515494	2	32.5	2	100	0	130	0	50	0	49	1.00
63515663--63515702	19	2.1	19	86	9	55	40	5	7	47	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63521695--63521733	20	2.0	20	84	0	51	35	12	2	48	1.55
63523967--63524007	21	2.0	20	85	4	55	19	14	26	39	1.90
63525172--63525378	56	3.7	56	91	1	308	38	12	22	26	1.90
63527605--63527656	20	2.5	21	75	12	54	19	13	5	61	1.52
63527633--63527697	20	3.2	20	74	8	60	21	16	10	50	1.75
63527803--63527847	22	2.0	22	86	0	63	48	4	2	44	1.35
63535685--63535806	43	2.9	42	83	2	172	28	25	14	31	1.95
63537941--63537986	20	2.2	20	88	3	65	10	19	10	58	1.61
63537941--63537986	21	2.2	22	88	7	69	10	19	10	58	1.61
63538014--63538062	22	2.2	22	85	0	62	67	6	10	16	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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