genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58825648--58825725	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
58825678--58826004	173	1.9	174	92	0	557	30	14	24	31	1.94
58840866--58840931	25	2.6	25	85	0	96	33	16	22	27	1.96
58844189--58844214	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
58847151--58847735	47	12.4	47	94	0	972	33	8	28	29	1.87
58847854--58847929	37	2.1	37	85	5	100	26	18	28	26	1.98
58856880--58857055	46	3.8	46	78	14	200	20	20	30	28	1.98
58856877--58857048	93	1.8	93	93	2	301	20	20	30	27	1.98
58864449--58864624	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
58864446--58864617	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
58871440--58871527	43	2.0	43	100	0	176	27	9	30	32	1.88
58872620--58872651	14	2.3	14	94	0	55	43	21	6	28	1.77
58875970--58876017	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
58876065--58876120	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
58876054--58876120	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
58876170--58876337	24	7.0	24	88	2	230	30	22	19	27	1.98
58879815--58879858	22	2.0	22	81	0	52	56	4	0	38	1.20
58882090--58882114	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
58882636--58882681	21	2.2	21	88	3	67	28	2	21	47	1.62
58889247--58889318	27	2.7	27	84	0	99	29	12	22	36	1.91
58889636--58889726	29	3.2	29	84	3	105	28	29	15	26	1.96
58889949--58889978	15	2.0	15	93	0	51	13	16	20	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58893646--58893865	40	5.4	40	83	3	253	24	24	25	25	2.00
58905419--58905497	42	1.9	41	84	7	106	25	20	27	26	1.99
58905362--58905533	43	4.0	44	75	11	151	26	18	25	29	1.98
58913259--58913371	43	2.7	43	79	6	140	32	28	15	23	1.95
58917192--58917293	6	16.8	6	76	13	102	48	13	17	20	1.81
58917171--58917293	30	4.1	29	83	5	138	47	13	17	20	1.81
58917411--58917476	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
58917411--58917484	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
58917435--58917492	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
58917795--58917904	27	4.1	26	90	3	130	38	21	20	20	1.94
58918103--58918290	27	7.0	27	85	0	223	25	19	19	36	1.95
58918303--58919224	27	34.2	27	81	7	1016	42	10	20	27	1.84
58925198--58925252	15	3.8	15	85	2	69	1	21	1	74	1.01
58931797--58931979	50	3.7	49	84	3	213	31	27	16	24	1.96
58931983--58932101	52	2.3	51	82	2	141	35	26	14	23	1.93
58948388--58948497	47	2.3	47	90	3	177	34	28	14	22	1.94
58949292--58949423	48	2.7	48	88	3	185	30	28	15	25	1.96
58949456--58949490	17	2.1	17	100	0	70	28	31	11	28	1.92
58953104--58953134	5	6.2	5	92	0	53	80	0	0	19	0.71
58953961--58954198	40	6.1	40	86	9	280	25	27	22	24	2.00
58953961--58954198	77	3.1	76	81	12	279	25	27	22	24	2.00
58962541--58962685	40	3.6	40	90	2	211	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58971309--58971338	15	2.0	15	93	0	51	26	23	20	30	1.98
58972865--58972975	29	3.9	28	77	4	105	27	13	27	30	1.94
58985053--58985167	29	4.0	28	78	4	113	29	13	27	29	1.94
58990881--58991097	40	5.5	40	88	3	280	23	23	28	25	2.00
58999007--58999224	40	5.5	40	87	2	280	23	22	27	26	2.00
59007880--59007940	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
59009636--59009705	28	2.5	28	90	4	106	32	25	14	27	1.94
59022804--59022863	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
59029971--59030028	25	2.3	24	80	8	71	37	1	1	58	1.18
59031767--59031842	37	2.1	37	97	0	143	42	3	13	40	1.62
59032894--59032933	18	2.2	18	90	0	62	52	2	0	45	1.14
59033918--59034039	39	3.1	39	87	0	118	28	30	19	21	1.98
59033952--59034043	39	2.4	39	96	0	166	29	28	20	21	1.98
59039833--59039861	7	4.1	7	100	0	58	31	13	0	55	1.39
59039848--59039911	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
59040127--59040289	23	7.0	23	90	1	227	29	20	21	28	1.98
59040339--59040405	20	3.3	20	91	0	107	34	19	11	34	1.88
59040442--59040489	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
59047668--59047832	23	7.0	24	88	6	239	26	21	23	28	1.99
59047668--59047832	71	2.3	70	91	4	260	26	21	23	28	1.99
59047882--59047948	20	3.3	20	91	0	107	34	20	11	32	1.90
59047985--59048032	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59051004--59051147	39	3.7	40	88	3	172	26	27	22	24	2.00
59063542--59063594	26	2.0	26	96	0	97	28	33	22	15	1.94
59063510--59063872	103	3.6	102	90	5	549	30	29	19	20	1.97
59063750--59063797	25	1.9	25	95	0	87	31	35	20	12	1.90
59065893--59065918	12	2.2	12	100	0	52	23	23	7	46	1.78
59070839--59070890	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
59070606--59070968	103	3.6	104	93	3	582	30	30	20	19	1.97
59074209--59074233	12	2.1	12	100	0	50	40	24	8	28	1.83
59079954--59080013	30	2.0	30	83	0	75	31	23	6	38	1.81
59080829--59080874	20	2.3	20	96	0	83	10	23	43	21	1.84
59082483--59082588	50	2.1	50	85	3	142	32	20	17	29	1.96
59088689--59088781	42	2.2	42	79	7	100	31	27	12	27	1.93
59092399--59092641	48	5.2	48	84	7	329	27	25	19	27	1.99
59092399--59092619	90	2.4	90	84	7	282	28	24	20	26	1.99
59094031--59094207	40	4.5	40	82	7	184	26	27	21	24	1.99
59094031--59094208	39	4.5	40	81	7	177	26	26	21	24	2.00
59094031--59094208	79	2.2	80	80	7	202	26	26	21	24	2.00
59095342--59095461	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
59095759--59095991	48	5.3	47	81	11	182	28	27	18	25	1.98
59095855--59095951	37	2.6	37	100	0	194	24	27	18	28	1.98
59095988--59096810	144	6.0	143	73	12	624	30	26	17	26	1.97
59095988--59096270	48	5.9	48	83	0	343	30	25	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59096338--59096811	48	9.9	48	85	0	599	30	26	17	25	1.97
59095758--59096617	349	2.5	352	85	4	1135	30	26	17	26	1.97
59096905--59097211	96	3.2	96	88	3	433	30	23	17	28	1.97
59096883--59097211	48	6.9	48	79	2	308	30	23	17	29	1.97
59096911--59097174	144	1.8	144	83	0	348	31	22	17	28	1.96
59097285--59101280	48	85.9	48	73	12	1612	30	25	18	25	1.98
59097287--59101280	96	42.9	96	70	13	1853	30	25	18	25	1.98
59097762--59097820	29	2.0	29	86	0	82	32	27	13	27	1.94
59097715--59097868	77	2.0	77	85	0	209	31	25	16	26	1.96
59097619--59097959	173	2.0	173	86	0	484	30	24	17	27	1.97
59097571--59098473	221	4.0	221	77	8	628	30	24	18	26	1.98
59097792--59101280	144	25.0	144	72	12	1901	30	25	18	25	1.98
59098142--59098395	133	1.9	133	86	0	364	29	25	17	26	1.98
59098732--59098788	29	2.0	29	82	0	69	35	33	7	24	1.82
59099730--59099839	37	2.9	38	82	4	134	26	26	20	26	1.99
59099846--59099902	29	2.0	29	82	0	69	35	33	7	24	1.82
59100585--59100730	77	1.9	77	81	2	177	33	26	13	26	1.94
59100489--59100830	173	2.0	173	86	2	481	30	26	16	26	1.97
59102912--59102945	10	3.4	10	100	0	68	50	20	8	20	1.75
59104461--59104496	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
59110556--59110780	40	5.6	40	83	2	281	23	26	24	25	2.00
59117379--59117602	40	5.6	40	83	3	281	23	27	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59117343--59117602	80	3.3	80	82	4	294	23	26	24	25	2.00
59126788--59126851	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
59127045--59127210	24	7.0	24	87	4	230	26	21	23	28	1.99
59127044--59127210	47	3.5	48	88	4	232	26	20	23	29	1.99
59127045--59127210	71	2.3	71	90	3	253	26	21	23	28	1.99
59127260--59127326	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
59127260--59127315	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
59127363--59127410	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
59133676--59133739	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
59133954--59134096	47	3.1	46	83	7	189	28	20	21	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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