genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77216800--77216842	20	2.3	18	84	8	59	46	18	4	30	1.69
77220804--77221083	48	5.9	48	78	4	280	27	18	28	26	1.98
77220804--77221079	144	1.9	143	92	2	464	27	18	28	26	1.98
77225368--77225412	22	2.0	22	100	0	90	17	17	24	40	1.91
77225957--77226037	19	4.3	19	72	17	62	60	0	38	1	1.05
77228816--77228859	18	2.4	18	96	0	79	15	15	27	40	1.88
77231284--77231394	40	2.8	40	84	2	125	24	27	16	31	1.96
77237261--77237386	47	2.7	47	97	0	234	23	19	28	28	1.98
77239731--77239770	21	2.0	21	85	5	55	20	25	40	15	1.90
77240930--77241112	49	3.7	50	76	13	175	25	28	19	26	1.99
77240934--77241112	96	1.8	96	83	8	236	25	28	19	26	1.99
77240980--77241248	46	5.7	46	73	13	156	24	27	19	27	1.99
77248653--77248873	46	4.8	46	75	9	182	21	29	22	27	1.99
77248706--77248876	94	1.8	92	85	5	236	21	28	22	28	1.99
77250199--77250394	57	3.4	57	87	2	259	32	17	19	31	1.95
77250815--77250867	23	2.2	24	83	12	65	45	11	5	37	1.64
77263470--77263514	15	3.0	15	96	0	81	26	2	17	53	1.56
77271764--77271799	19	1.9	20	88	11	58	25	2	5	66	1.27
77273933--77273976	17	2.6	17	77	0	52	22	2	0	75	0.92
77273907--77273973	22	2.9	21	80	14	55	22	4	1	71	1.12
77283222--77283380	46	3.4	46	78	6	160	21	30	20	27	1.98
77284591--77284772	100	1.8	100	91	2	303	26	18	25	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77284596--77284783	49	3.8	49	79	9	211	27	17	25	29	1.97
77284606--77284816	100	2.1	100	82	5	248	28	17	25	28	1.97
77300187--77300257	36	2.0	36	97	0	133	18	29	8	43	1.79
77309235--77309277	21	2.0	21	100	0	86	13	39	9	37	1.78
77310460--77310502	21	2.0	21	100	0	86	48	9	0	41	1.35
77313152--77313338	40	4.7	39	84	4	205	24	27	24	24	2.00
77321241--77321431	40	4.9	39	80	5	206	24	27	23	25	2.00
77321241--77321432	80	2.4	78	83	5	235	24	27	22	25	2.00
77323971--77323995	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
77331704--77331777	37	2.0	37	100	0	148	59	16	5	18	1.55
77331974--77332097	35	3.5	35	80	6	153	42	20	8	27	1.82
77338122--77338339	39	5.5	39	90	1	321	17	22	28	31	1.97
77338122--77338356	117	2.0	118	89	4	359	17	21	29	31	1.96
77344621--77344783	39	4.3	39	85	10	214	17	22	30	29	1.97
77344643--77344783	72	2.0	72	88	2	212	17	21	31	29	1.96
77348530--77348747	40	5.5	40	90	2	325	25	27	22	23	2.00
77356758--77356933	40	4.4	40	88	3	241	24	28	22	23	1.99
77359413--77359571	43	3.7	43	79	12	175	29	25	20	24	1.99
77359413--77359572	85	1.9	85	82	8	200	30	25	20	24	1.99
77365249--77365419	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
77365244--77365416	46	3.7	46	79	10	208	28	27	20	22	1.99
77371097--77371267	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77371092--77371264	46	3.7	46	80	10	217	28	27	21	21	1.99
77371687--77371746	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
77388532--77388709	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
77388553--77388708	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
77396793--77396970	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
77396814--77396969	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
77410258--77410337	40	2.0	40	100	0	160	32	12	10	45	1.75
77414754--77414971	40	5.5	40	88	3	307	25	27	22	24	2.00
77418268--77418378	55	2.0	55	81	10	129	27	26	29	17	1.97
77424365--77424676	49	6.6	49	90	4	455	33	7	29	29	1.85
77424529--77424602	22	3.3	22	66	17	62	29	9	31	29	1.89
77424796--77424933	37	3.7	37	97	0	249	24	18	31	25	1.98
77426203--77426514	40	7.8	40	94	0	525	23	21	29	25	1.99
77430323--77430635	49	6.6	49	89	4	439	33	7	29	29	1.86
77430487--77430560	22	3.3	22	66	17	62	31	9	29	29	1.89
77430754--77430891	37	3.7	37	97	0	249	24	18	31	25	1.98
77432161--77432313	40	3.8	40	95	1	272	24	20	29	26	1.99
77432289--77432376	23	4.1	23	71	16	98	25	26	29	19	1.98
77432209--77432416	103	2.0	103	95	0	371	24	22	28	24	1.99
77432249--77432376	63	2.0	63	96	0	238	25	24	28	21	1.99
77432169--77432455	143	2.0	143	93	1	486	23	22	29	24	1.99
77432312--77432455	40	3.6	40	92	0	234	22	22	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77436286--77436598	49	6.6	49	91	4	466	33	7	29	28	1.86
77436450--77436523	22	3.3	22	64	17	62	29	10	31	28	1.91
77436717--77436859	37	3.9	37	95	0	241	23	18	31	26	1.98
77448976--77449031	27	2.1	27	86	0	76	32	12	25	30	1.92
77449013--77449327	27	11.7	27	79	3	240	41	20	8	29	1.81
77449565--77449683	41	2.9	41	82	5	116	24	21	24	29	1.99
77456369--77456454	43	2.0	43	84	8	113	26	29	19	24	1.99
77459946--77460029	43	2.0	43	81	13	102	25	19	29	26	1.98
77478225--77478368	43	3.4	42	77	12	152	33	25	15	25	1.95
77481424--77481457	14	2.5	14	90	4	52	20	2	5	70	1.21
77481606--77481886	50	5.6	50	81	3	303	24	16	26	32	1.96
77481658--77481886	101	2.3	99	85	8	295	25	17	26	30	1.98
77481608--77481894	151	1.9	152	91	2	479	24	17	26	32	1.96
77484331--77484409	25	3.2	24	87	5	104	29	21	24	25	1.99
77484348--77484413	24	2.7	25	90	4	107	31	21	22	24	1.98
77489048--77489133	40	2.2	40	84	0	109	12	27	17	41	1.86
77489104--77489149	20	2.3	20	88	0	65	10	32	15	41	1.82
77493064--77493121	29	2.0	30	86	3	82	41	5	22	31	1.76
77493412--77493483	32	2.2	32	95	0	126	27	12	26	33	1.92
77495962--77495988	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
77497923--77498165	122	2.0	122	87	0	351	14	26	28	30	1.95
77501990--77502301	47	6.6	47	89	2	453	29	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77501990--77502301	96	3.3	94	88	3	471	29	29	8	32	1.87
77505725--77506146	40	10.6	40	84	4	322	25	26	22	24	2.00
77505729--77506146	120	3.5	117	77	6	385	26	26	22	24	2.00
77508123--77508479	47	7.6	47	92	2	556	29	29	8	32	1.87
77508123--77508479	95	3.8	94	91	4	556	29	29	8	32	1.87
77508123--77508479	144	2.5	142	91	3	562	29	29	8	32	1.87
77513185--77513234	21	2.3	21	93	3	73	28	2	32	38	1.68
77513192--77513234	21	2.0	21	100	0	86	27	0	34	37	1.57
77513192--77513250	25	2.3	26	77	11	61	28	0	32	38	1.57
77514550--77514589	19	2.1	19	95	0	71	30	25	5	40	1.77
77514602--77514657	28	2.0	27	83	10	69	51	0	5	42	1.24
77514774--77514804	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
77516989--77517061	26	3.0	25	80	9	87	19	19	24	36	1.94
77530283--77530528	49	4.9	50	82	2	280	25	17	27	28	1.98
77530286--77530528	100	2.4	98	82	2	288	25	18	27	29	1.98
77536761--77536971	46	4.6	45	79	9	198	25	20	29	24	1.99
77539731--77539767	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
77543607--77543662	16	3.5	16	81	13	55	30	1	1	66	1.12
77556590--77556952	44	8.3	44	86	0	496	28	15	26	29	1.96
77556957--77557182	44	5.1	44	89	0	317	31	15	25	26	1.96
77556800--77557104	158	1.9	157	85	0	421	30	15	25	27	1.96
77558667--77558845	25	7.7	22	67	19	64	35	1	2	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77558683--77558730	21	2.3	21	83	16	57	45	0	2	52	1.12
77558664--77558846	81	2.3	81	75	9	187	35	1	2	60	1.19
77558723--77558843	59	2.0	62	84	9	160	32	2	2	62	1.21
77558741--77558826	27	3.0	27	71	17	75	31	2	2	63	1.19
77561487--77561670	40	4.6	40	86	2	228	23	27	25	23	2.00
77569453--77569645	40	4.9	39	79	5	190	23	27	22	25	1.99
77576797--77576839	11	4.0	11	93	3	70	37	13	18	30	1.90
77576799--77576847	21	2.3	20	86	13	64	36	10	18	34	1.85
77576897--77576942	25	1.9	24	82	8	58	26	21	23	28	1.99
77577136--77577219	29	2.8	29	84	10	107	29	20	23	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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