genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16065561--16065862	27	11.2	27	78	7	267	39	10	21	28	1.86
16065719--16065881	54	3.0	54	76	10	131	38	12	21	26	1.90
16067824--16068047	41	5.5	40	82	4	214	20	28	15	34	1.94
16067824--16068045	82	2.7	81	82	4	266	21	28	15	34	1.94
16075841--16075891	18	2.8	17	78	21	59	52	5	0	41	1.25
16075841--16075912	36	2.0	36	83	5	92	52	6	0	40	1.28
16076641--16076699	3	19.7	3	100	0	118	0	32	0	67	0.91
16081418--16081465	23	2.1	23	84	7	62	39	4	6	50	1.47
16089614--16089672	29	2.0	29	81	12	68	27	8	1	62	1.33
16089640--16089684	15	2.9	15	93	6	72	26	8	0	64	1.23
16089660--16089698	21	1.9	20	89	5	60	28	7	0	64	1.21
16089655--16089705	21	2.5	20	78	12	59	33	5	0	60	1.21
16090044--16090089	3	15.0	3	81	4	56	28	4	4	63	1.33
16090044--16090089	15	3.2	15	87	6	69	28	4	4	63	1.33
16095832--16095978	53	2.8	53	93	0	249	23	17	8	51	1.71
16097619--16097668	25	2.0	26	88	4	75	22	4	2	72	1.12
16110206--16110496	132	2.2	132	83	7	367	28	17	25	28	1.98
16112628--16112666	15	2.5	15	87	4	51	33	2	0	64	1.08
16113819--16113966	46	3.2	46	87	0	206	34	14	25	25	1.94
16114314--16114440	44	2.9	43	78	13	125	28	14	25	32	1.94
16114397--16114763	143	2.6	143	85	2	479	29	18	23	28	1.98
16114397--16114822	143	3.0	143	82	4	380	30	18	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16117727--16117799	37	1.9	38	88	2	112	34	1	1	63	1.12
16120446--16120494	25	2.0	25	84	11	66	67	4	28	0	1.09
16122723--16122758	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
16124708--16124887	44	4.1	44	80	2	191	25	19	22	33	1.97
16142915--16142953	19	2.0	20	85	5	53	46	5	20	28	1.72
16146682--16146738	3	18.7	3	92	3	96	66	1	1	29	1.12
16146783--16146830	22	2.1	23	81	11	55	72	2	8	16	1.18
16149185--16149274	40	2.2	40	84	0	117	31	10	21	37	1.86
16152255--16152331	39	2.0	39	82	7	95	25	0	25	48	1.52
16152390--16152460	19	3.7	19	67	16	56	35	0	22	42	1.54
16152791--16152903	34	3.4	34	66	18	92	38	4	15	41	1.68
16152991--16153501	126	4.0	126	84	3	621	37	17	16	28	1.92
16153694--16153731	16	2.4	16	100	0	76	44	15	18	21	1.86
16156687--16156777	29	3.2	29	87	1	130	26	15	29	28	1.96
16161210--16161345	48	2.8	47	84	5	166	54	6	8	30	1.55
16161483--16161520	11	3.5	11	92	0	67	36	0	18	44	1.50
16161480--16161545	22	3.0	22	82	8	82	45	1	15	37	1.55
16165439--16165496	29	2.0	30	89	3	91	51	0	0	48	1.00
16165439--16165496	30	2.0	29	86	10	82	51	0	0	48	1.00
16165458--16165509	21	2.5	22	81	9	63	53	0	0	46	1.00
16165477--16165524	18	2.5	18	83	10	51	56	0	2	41	1.11
16166544--16166586	19	2.2	20	91	4	70	48	13	9	27	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16170642--16170789	53	2.8	53	84	0	188	37	10	22	29	1.88
16170909--16171074	61	2.7	61	87	0	242	33	13	24	28	1.93
16179839--16179899	17	3.5	17	76	10	61	73	0	3	22	0.97
16179839--16179902	22	2.8	22	79	11	67	75	0	3	21	0.95
16185537--16185686	45	3.4	45	73	9	137	37	14	21	26	1.92
16185754--16185833	34	2.4	34	84	12	96	42	16	11	30	1.83
16187297--16187502	63	3.3	63	82	2	263	25	22	27	24	2.00
16192380--16192409	15	2.0	15	100	0	60	26	6	0	66	1.16
16192383--16192416	15	2.3	15	89	0	50	32	2	0	64	1.08
16196427--16196464	9	4.2	9	83	9	51	26	0	0	73	0.83
16199251--16199303	20	2.6	21	79	11	65	62	1	0	35	1.06
16200196--16200228	14	2.2	16	89	10	52	27	3	6	63	1.32
16201362--16201422	21	3.0	20	81	6	79	54	0	0	45	1.00
16203206--16203273	31	2.2	31	84	5	93	47	14	5	32	1.69
16206346--16206608	130	2.0	130	98	0	508	41	5	18	34	1.74
16209676--16209751	40	1.9	40	88	0	116	22	13	30	34	1.92
16211411--16211437	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
16220304--16220357	27	2.0	27	100	0	108	40	7	29	22	1.81
16224435--16224467	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
16237870--16237970	12	8.8	11	73	17	57	17	5	1	74	1.12
16237868--16237970	5	20.2	5	70	21	56	18	5	1	73	1.12
16237868--16237920	9	6.1	9	75	16	58	20	1	1	75	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16237870--16237925	25	2.3	25	87	9	80	19	1	1	76	0.96
16239792--16239831	21	1.9	21	84	0	53	57	17	22	2	1.52
16243927--16244004	40	2.0	40	89	0	120	20	14	32	33	1.92
16246619--16246665	24	2.0	24	83	8	60	14	2	23	59	1.46
16257803--16257834	16	2.0	16	100	0	64	37	12	18	31	1.88
16262146--16262170	13	1.9	13	100	0	50	8	32	40	20	1.81
16269506--16269552	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
16269508--16269549	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
16269618--16269665	22	2.1	24	85	14	66	39	6	0	54	1.26
16280830--16280895	34	1.9	34	96	0	123	34	15	9	40	1.78
16285943--16286113	46	3.7	45	78	10	175	23	29	19	27	1.98
16286454--16286511	30	1.9	30	92	0	98	27	22	15	34	1.94
16293633--16293721	4	21.8	4	77	4	79	5	24	3	66	1.29
16299349--16299394	18	2.6	19	80	13	53	56	8	0	34	1.30
16306424--16306467	17	2.6	17	89	7	63	43	9	0	47	1.35
16310831--16310859	12	2.3	13	94	5	51	0	27	0	72	0.85
16310875--16310904	15	1.9	16	93	6	53	16	13	3	66	1.37
16314698--16314776	37	2.1	38	95	2	142	20	20	16	43	1.89
16315566--16315640	36	2.1	36	89	0	114	37	2	18	41	1.65
16315699--16315877	71	2.5	70	83	3	216	24	21	22	31	1.98
16320210--16320577	35	10.5	35	83	0	425	31	24	12	31	1.93
16322245--16322308	31	2.1	31	100	0	128	32	15	3	48	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16325098--16325465	35	10.5	35	84	0	425	30	25	13	30	1.93
16325099--16325465	105	3.5	105	84	2	470	30	25	13	31	1.93
16330214--16330252	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
16331158--16331232	36	2.1	34	88	7	114	34	1	20	44	1.60
16331320--16331498	70	2.6	70	82	3	234	25	24	20	30	1.99
16334077--16334175	44	2.3	43	83	11	121	34	25	15	25	1.94
16341930--16341967	20	1.9	20	84	10	51	39	23	0	36	1.55
16363594--16363624	16	1.9	16	93	0	53	41	35	6	16	1.74
16365752--16365797	23	2.0	22	87	4	65	41	2	15	41	1.59
16365751--16365805	25	2.3	23	78	12	58	43	1	16	38	1.58
16365865--16366011	25	5.8	24	72	16	84	56	4	6	32	1.45
16365939--16366002	14	4.6	14	78	16	62	56	1	4	37	1.30
16367255--16367729	90	5.4	87	76	12	327	36	19	16	28	1.93
16367255--16367555	87	3.4	86	81	11	337	35	18	15	30	1.93
16367569--16368555	146	6.6	159	78	13	456	34	20	16	29	1.94
16367430--16367750	90	3.7	87	82	8	329	37	19	16	27	1.92
16367674--16368630	73	13.1	73	83	6	1043	33	20	15	30	1.94
16367680--16368697	146	6.8	147	84	6	1188	33	20	15	30	1.94
16367663--16368630	221	4.4	222	87	3	1266	33	20	15	29	1.94
16368800--16368844	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
16368636--16368930	99	3.0	101	88	3	429	39	18	18	23	1.92
16374691--16374925	91	2.6	90	81	8	243	37	19	16	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16374833--16375799	72	13.3	74	82	7	1133	33	20	15	29	1.94
16374833--16375794	145	6.6	143	84	6	1063	33	20	16	30	1.94
16375965--16376008	13	3.4	13	84	9	63	70	6	11	11	1.33
16375962--16376003	14	3.1	14	86	6	68	61	7	14	16	1.53
16375804--16376150	99	3.6	99	82	8	395	37	19	18	24	1.94
16380291--16380388	25	3.9	25	75	17	69	59	5	6	29	1.43
16380341--16380413	28	2.6	29	82	6	87	58	4	6	30	1.43
16380376--16380506	25	5.6	25	71	19	86	55	3	5	35	1.38
16380292--16380416	28	4.7	27	70	16	84	58	4	6	30	1.44
16380376--16380500	50	2.6	47	73	12	110	55	3	5	36	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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