genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87195593--87195790	94	2.1	94	86	1	281	24	26	18	30	1.98
87208719--87208939	46	4.8	46	76	11	177	25	28	18	27	1.98
87214411--87214472	20	3.3	20	67	28	64	19	20	24	35	1.96
87214411--87214482	35	2.1	35	100	0	144	22	19	23	34	1.96
87216290--87216332	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
87216313--87216345	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
87216324--87216418	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
87216580--87216614	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
87216499--87216770	144	1.9	147	92	3	460	46	3	3	46	1.37
87216724--87216758	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
87220248--87220317	30	2.3	30	90	4	106	44	24	15	15	1.86
87231182--87231217	15	2.3	16	90	4	56	50	25	0	25	1.50
87240026--87240124	49	2.0	49	98	0	189	35	20	13	31	1.91
87240430--87240465	15	2.4	15	90	0	54	47	2	2	47	1.31
87250574--87250683	41	2.7	41	80	5	123	25	22	28	23	2.00
87262038--87262068	15	2.0	16	93	6	55	16	32	6	45	1.72
87267364--87267456	48	1.9	48	97	0	177	22	12	31	33	1.92
87267379--87267481	48	2.1	48	82	3	118	27	14	29	29	1.95
87274791--87274861	36	2.0	36	94	0	124	26	23	5	43	1.76
87281112--87281215	24	4.2	24	76	12	95	5	28	6	58	1.47
87288760--87288819	30	2.0	30	83	6	77	41	6	23	28	1.79
87292784--87292836	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87296843--87296928	42	2.1	41	82	6	102	46	18	22	12	1.83
87297498--87297593	34	2.8	34	77	4	95	19	23	25	31	1.98
87299885--87300023	60	2.3	61	82	8	169	27	26	18	27	1.98
87301454--87301496	14	3.0	14	86	10	52	72	2	20	4	1.14
87302948--87302972	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
87304299--87304503	56	3.8	56	87	3	285	25	14	24	35	1.94
87304331--87304532	112	1.8	112	83	0	269	26	14	24	35	1.93
87309374--87309437	34	1.9	33	87	3	92	18	26	26	28	1.98
87314231--87314293	32	2.0	32	100	0	126	31	15	19	33	1.93
87318916--87318996	25	3.2	25	80	5	92	34	19	23	22	1.96
87321084--87321169	42	2.0	42	84	0	109	33	26	15	24	1.95
87329780--87329831	18	2.8	18	82	2	59	21	0	11	67	1.22
87333965--87334036	36	2.0	36	100	0	144	33	8	22	36	1.84
87338680--87338852	45	3.9	46	82	8	173	26	28	21	23	1.99
87338845--87339015	38	4.5	38	87	0	234	32	25	21	21	1.97
87338875--87339042	76	2.2	76	85	6	216	32	22	22	23	1.98
87339312--87339446	43	3.1	43	81	6	155	29	28	16	25	1.97
87340657--87340735	39	2.0	39	92	0	131	34	24	17	24	1.96
87353171--87353736	275	2.1	275	98	0	1105	28	14	18	37	1.90
87358874--87359239	48	7.7	48	72	13	242	25	30	17	27	1.97
87358876--87359239	140	2.5	144	81	9	408	25	30	17	27	1.97
87358978--87359244	92	2.8	93	76	11	267	24	31	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87367181--87367225	21	2.1	21	84	8	56	37	4	8	48	1.55
87383767--87383806	14	2.9	14	78	14	55	50	0	0	50	1.00
87389021--87389078	29	2.0	30	89	3	91	32	0	13	53	1.40
87396890--87396949	28	2.1	28	84	6	77	63	3	0	33	1.11
87396890--87396942	19	2.7	20	75	11	56	62	1	0	35	1.06
87408605--87408748	72	2.0	72	94	0	252	27	22	13	36	1.92
87416011--87416055	20	2.2	20	88	0	63	40	13	0	46	1.43
87417139--87417181	17	2.4	18	80	3	52	32	9	2	55	1.44
87426714--87426753	19	2.2	19	95	4	73	57	0	15	27	1.38
87429781--87429867	27	3.2	27	96	1	156	44	18	6	29	1.75
87439739--87439775	17	2.1	18	90	5	58	10	5	8	75	1.17
87441560--87441613	22	2.5	22	84	3	65	18	35	31	14	1.91
87451106--87451174	24	2.9	24	97	0	129	34	0	37	27	1.57
87451106--87451199	48	1.9	49	83	10	122	36	3	36	24	1.72
87454051--87454119	24	2.9	24	95	0	120	36	0	37	26	1.57
87455540--87455651	27	4.2	26	79	12	118	16	22	22	38	1.93
87455540--87455651	54	2.1	54	86	3	154	16	22	22	38	1.93
87459801--87459865	34	2.0	34	81	6	80	32	26	15	26	1.95
87461689--87461772	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
87462088--87462258	85	2.0	85	100	0	342	43	12	19	24	1.86
87466945--87467081	70	2.0	70	94	0	238	37	29	7	25	1.83
87476570--87476994	48	8.8	47	77	5	393	26	27	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87476570--87476994	96	4.4	96	89	0	589	26	27	17	28	1.97
87476573--87476994	144	2.9	143	79	2	434	26	27	17	28	1.97
87483785--87483897	51	2.2	51	85	3	147	33	26	14	25	1.94
87483854--87483968	43	2.7	42	84	1	158	33	27	17	20	1.95
87490670--87490698	15	1.9	15	100	0	58	20	44	20	13	1.85
87494485--87494657	43	4.0	43	79	8	199	32	24	17	25	1.96
87494485--87494641	42	3.7	43	80	7	185	31	24	17	26	1.97
87495851--87495898	19	2.5	20	82	3	62	2	22	2	72	1.05
87500106--87500166	22	2.9	20	79	11	68	18	4	3	73	1.14
87500649--87500690	20	2.2	19	87	12	59	57	4	0	38	1.20
87506110--87506240	49	2.6	49	82	2	163	25	18	25	29	1.98
87506219--87506256	20	1.9	20	100	0	76	28	18	26	26	1.98
87506340--87506458	58	2.1	58	100	0	238	42	10	21	26	1.84
87506356--87506444	26	3.2	26	66	22	72	44	7	20	26	1.78
87506362--87506453	29	3.2	29	66	22	84	43	8	20	27	1.81
87517794--87517920	35	3.6	35	81	7	123	42	29	10	18	1.83
87519253--87519371	59	2.0	59	98	0	229	25	15	24	35	1.94
87528351--87528533	35	5.2	35	85	0	222	39	32	9	17	1.83
87529270--87529335	30	2.2	30	88	0	96	21	33	22	22	1.97
87536257--87536295	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
87536521--87536618	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
87536523--87536611	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87543153--87543191	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
87543417--87543514	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
87543419--87543507	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
87548489--87548517	9	3.2	9	100	0	58	41	34	0	24	1.55
87550317--87550379	21	3.0	21	76	6	56	44	0	1	53	1.10
87551651--87551908	130	2.0	130	89	1	401	33	15	18	32	1.92
87554472--87554641	46	3.7	46	77	13	195	28	27	20	22	1.99
87554477--87554647	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
87570325--87570354	15	1.9	15	93	6	51	40	0	0	60	0.97
87576754--87576912	49	3.3	49	74	7	155	28	20	27	23	1.99
87579090--87579229	75	1.9	75	90	0	226	47	9	12	30	1.73
87579205--87579492	138	2.1	138	86	4	395	39	7	4	47	1.54
87580764--87580907	40	3.6	39	85	1	171	24	16	25	33	1.96
87580764--87580911	80	1.9	80	84	2	199	25	16	25	32	1.96
87596192--87596241	24	2.1	24	81	7	57	76	4	8	12	1.15
87603102--87603151	25	2.0	25	100	0	100	36	12	8	44	1.71
87609513--87609635	40	3.1	39	82	4	156	32	25	17	25	1.96
87610921--87611200	138	2.0	138	86	1	391	45	5	9	40	1.60
87611158--87611312	77	2.0	75	83	8	197	33	11	7	47	1.67
87613571--87613786	92	2.4	91	79	6	222	27	29	16	26	1.97
87613610--87613781	46	3.7	47	76	5	170	24	27	18	29	1.98
87619946--87620184	118	2.0	118	99	0	469	30	7	3	57	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87620360--87620395	14	2.5	14	90	4	54	30	2	0	66	1.06
87620415--87620462	17	2.5	20	83	12	66	29	0	2	68	1.01
87620366--87620470	18	5.5	18	73	16	86	33	0	1	63	1.11
87620417--87620470	27	2.0	28	82	10	69	29	0	1	68	1.00
87620420--87620518	45	2.0	51	81	14	120	32	2	3	62	1.22
87620416--87620530	9	12.7	9	67	20	62	32	1	2	63	1.18
87620577--87620612	18	1.9	19	88	5	56	38	0	2	58	1.13
87627111--87627304	47	4.1	47	87	0	262	32	11	28	26	1.91
87627275--87627458	98	1.9	96	93	4	316	35	7	26	30	1.83
87627274--87627458	48	3.8	48	90	5	309	35	7	26	30	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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