genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59133954--59134096	23	6.1	23	86	4	180	28	20	21	28	1.98
59133965--59134097	70	1.9	70	90	3	214	27	21	22	27	1.99
59134147--59134213	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
59141078--59141141	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
59141354--59141499	24	6.2	24	88	4	208	27	21	22	28	1.99
59141354--59141499	46	3.1	48	87	3	208	27	21	22	28	1.99
59141557--59141609	9	5.4	9	75	16	52	37	20	7	33	1.81
59141549--59141615	20	3.3	20	91	0	107	34	20	10	34	1.87
59141549--59141604	11	5.5	11	73	16	57	33	19	10	35	1.87
59151185--59151222	15	2.5	15	95	0	67	55	18	5	21	1.62
59158725--59158824	29	3.5	28	83	6	121	26	17	30	27	1.97
59160342--59160441	29	3.5	28	86	6	130	25	17	30	28	1.97
59162123--59162237	29	4.0	29	83	6	137	26	29	17	26	1.97
59162114--59162224	58	1.9	58	85	1	152	27	30	17	25	1.97
59166575--59166689	29	4.0	29	82	6	119	28	27	15	27	1.96
59166575--59166674	29	3.5	28	86	6	130	27	30	17	26	1.97
59166566--59166674	58	1.9	57	86	1	155	27	30	15	26	1.96
59170212--59170417	40	5.2	40	90	4	278	24	21	27	26	2.00
59170209--59170394	79	2.3	78	88	5	275	24	21	27	26	1.99
59170209--59170417	79	2.7	78	83	9	273	25	21	26	26	1.99
59179449--59179538	42	2.1	42	84	8	112	30	25	16	27	1.97
59179489--59179988	48	10.6	48	84	5	642	28	25	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59187989--59188049	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
59190582--59190692	42	2.6	42	75	10	102	31	22	13	32	1.93
59197182--59197219	19	2.1	19	90	5	60	68	2	2	26	1.16
59201029--59201154	28	4.5	28	93	1	200	26	12	28	32	1.93
59209317--59209359	22	2.0	20	82	13	50	37	4	16	41	1.69
59209938--59210108	38	4.6	38	83	11	189	26	23	25	23	2.00
59212620--59212773	42	3.6	42	82	6	186	29	16	23	30	1.96
59215189--59215370	78	2.3	81	83	8	223	24	28	23	24	2.00
59215168--59215370	40	5.1	40	81	9	229	24	28	22	24	2.00
59223345--59223527	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
59223324--59223527	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
59226680--59226772	27	3.5	26	82	8	107	37	11	21	29	1.89
59233364--59233788	96	4.4	96	82	7	448	27	28	18	25	1.98
59234488--59234527	15	2.7	15	96	0	71	47	22	0	30	1.52
59238937--59239199	39	6.7	40	88	6	344	25	22	27	25	2.00
59246667--59246710	22	2.0	21	83	12	54	38	4	15	40	1.68
59247278--59247498	39	5.6	40	87	7	276	25	21	28	24	1.99
59247278--59247498	79	2.8	81	85	8	285	25	21	28	24	1.99
59247278--59247498	40	5.6	40	86	7	249	25	21	28	24	1.99
59247282--59247531	79	3.2	79	82	9	228	26	21	27	24	1.99
59250125--59250195	28	2.5	28	93	0	115	25	14	29	30	1.94
59253318--59253349	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59261892--59261931	10	3.9	10	87	6	62	30	17	22	30	1.97
59261978--59262046	25	2.8	25	88	0	93	24	21	24	28	1.99
59269771--59269810	10	3.9	10	87	6	62	32	17	17	32	1.93
59269770--59269810	21	2.0	21	95	0	73	34	17	17	31	1.93
59269854--59269925	25	2.8	25	93	2	117	25	25	25	25	2.00
59270142--59270224	30	2.7	31	96	3	152	32	18	26	22	1.97
59271976--59272000	13	1.9	13	100	0	50	8	16	32	44	1.76
59285123--59285147	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
59286579--59287459	47	18.6	47	94	0	1501	33	8	28	29	1.86
59288909--59289338	198	2.2	199	89	2	659	24	20	28	26	1.99
59288918--59289338	40	10.6	40	91	1	632	24	20	28	26	1.99
59291532--59291556	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
59292987--59293721	47	15.6	47	93	2	1219	32	8	29	29	1.86
59296423--59296506	20	4.3	19	75	8	87	41	16	10	30	1.83
59296411--59296509	20	5.0	20	70	10	78	41	18	10	30	1.83
59296680--59296758	22	3.4	23	74	20	76	37	18	20	22	1.94
59296926--59296981	23	2.5	24	83	11	66	46	14	0	39	1.44
59298458--59298605	68	2.1	68	78	12	158	21	27	16	33	1.95
59300490--59300569	40	2.0	40	100	0	160	35	20	12	32	1.90
59300759--59300916	57	2.7	58	74	6	160	34	18	17	29	1.94
59304484--59304671	72	2.6	72	81	6	220	28	28	19	23	1.98
59305316--59305354	20	2.0	20	85	10	53	33	23	0	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59310904--59310942	20	2.0	20	85	10	53	33	23	0	43	1.54
59313342--59313507	43	3.9	42	78	5	138	31	25	15	27	1.95
59335996--59336416	49	8.6	49	88	6	597	33	7	29	28	1.85
59335996--59336416	47	8.6	48	89	5	571	33	7	29	28	1.85
59336162--59336276	57	2.0	57	100	0	230	34	6	30	27	1.83
59336113--59336416	106	3.0	106	82	11	420	33	8	30	27	1.86
59336182--59336272	27	3.3	27	66	19	78	35	4	28	31	1.77
59336017--59336416	202	2.0	198	94	1	692	33	8	30	28	1.86
59338641--59338994	40	9.1	40	86	4	465	25	22	27	25	2.00
59341169--59341567	143	2.9	141	88	6	573	33	8	28	29	1.86
59341169--59341567	45	8.5	47	88	6	544	33	8	28	29	1.86
59349506--59349566	30	2.0	30	87	0	86	29	24	8	37	1.84
59353982--59354087	43	2.5	43	78	3	115	30	23	16	30	1.96
59357853--59357939	43	2.0	43	90	0	138	25	13	25	35	1.93
59357863--59357955	43	2.2	43	88	3	134	26	12	24	35	1.92
59361885--59362031	43	3.4	43	82	1	161	26	16	23	33	1.96
59367034--59367211	40	4.5	40	90	3	254	25	28	23	23	2.00
59371933--59371988	26	2.2	26	93	0	94	23	14	10	51	1.73
59374318--59374493	46	3.8	46	77	5	176	28	28	21	21	1.98
59379745--59379914	46	3.7	44	73	10	153	30	28	19	21	1.97
59392584--59392707	47	2.7	45	81	12	153	27	16	29	25	1.97
59392676--59392848	46	3.8	47	80	6	144	28	17	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59394020--59394059	21	2.0	20	90	5	62	10	37	30	22	1.87
59401555--59401595	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
59407122--59407157	5	7.0	5	96	3	63	19	2	0	77	0.88
59409331--59409403	36	2.0	36	100	0	146	31	30	16	21	1.95
59413679--59413827	57	2.6	57	72	8	140	28	16	20	33	1.95
59418365--59418563	51	3.9	51	91	1	319	28	25	14	32	1.94
59418587--59418708	28	4.5	28	83	9	164	26	23	13	36	1.91
59425302--59425420	52	2.3	52	89	0	193	26	21	14	36	1.92
59425302--59425417	24	4.4	27	78	15	136	26	22	13	37	1.92
59427364--59427450	37	2.3	37	88	2	120	42	11	20	25	1.86
59429384--59429561	85	2.1	85	97	0	338	37	8	28	26	1.85
59430811--59431356	47	11.6	47	91	3	800	33	8	29	28	1.87
59431207--59431328	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
59440033--59440068	17	2.2	16	90	5	54	36	8	22	33	1.84
59440553--59440597	21	2.1	21	83	0	54	28	8	6	55	1.56
59441182--59441397	67	3.3	65	76	13	230	23	24	16	35	1.95
59450968--59450993	13	2.0	13	100	0	52	15	30	46	7	1.74
59455853--59455882	6	4.8	6	95	4	51	13	0	0	86	0.57
59464077--59464302	40	5.7	40	90	4	314	24	22	26	26	2.00
59464077--59464335	120	2.2	120	82	6	303	25	21	27	25	2.00
59471811--59471980	46	3.7	45	70	12	130	30	27	20	21	1.98
59471819--59471989	93	1.8	93	86	2	245	29	26	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59477493--59477529	19	2.0	18	89	5	56	29	18	37	13	1.90
59477598--59477744	29	5.2	29	79	6	142	27	13	31	27	1.94
59479807--59479988	40	4.6	40	91	6	273	26	26	22	24	2.00
59479807--59479988	80	2.3	80	93	2	305	26	26	22	24	2.00
59481293--59481558	130	2.1	130	98	0	516	28	22	7	41	1.80
59488921--59488994	31	2.4	31	95	0	130	21	37	25	14	1.92
59499071--59499108	16	2.4	16	90	0	67	52	21	18	7	1.70
59499325--59499447	29	4.3	29	82	3	142	29	13	30	26	1.93
59500994--59501023	14	2.1	14	93	0	51	33	0	13	53	1.40
59500929--59501378	232	1.9	232	95	0	810	29	12	18	39	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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