genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87627604--87627675	37	1.9	37	91	0	117	23	19	29	27	1.98
87637422--87637450	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
87642872--87642966	25	3.8	25	77	4	102	29	20	23	27	1.98
87643168--87643384	27	8.0	27	84	2	256	23	20	19	35	1.96
87643167--87643382	54	4.0	54	87	0	297	24	20	19	36	1.95
87643372--87643474	27	3.9	27	79	1	91	28	10	20	40	1.85
87643348--87643526	54	3.3	53	77	5	137	26	9	21	42	1.83
87643400--87643540	27	5.2	26	73	12	115	28	7	21	42	1.79
87643387--87643540	54	2.9	54	76	7	152	29	8	20	41	1.82
87643400--87643551	81	1.9	81	79	5	173	30	7	20	41	1.79
87643519--87643821	27	11.2	27	88	0	399	41	7	20	30	1.79
87677250--87677418	46	3.7	46	75	10	164	23	20	25	30	1.99
87677247--87677417	93	1.8	93	88	0	261	23	21	25	29	1.99
87677647--87677684	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
87679635--87679821	40	4.7	40	84	2	225	24	22	28	24	2.00
87687651--87687840	40	4.8	40	88	3	260	23	24	29	23	1.99
87687648--87687852	78	2.6	78	83	7	263	23	23	28	23	1.99
87701587--87701651	28	2.3	28	97	0	121	26	10	30	32	1.90
87701614--87701701	44	2.0	44	100	0	176	22	15	34	27	1.95
87701683--87701756	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
87702066--87702261	40	4.9	40	81	5	184	26	22	27	24	2.00
87702066--87702262	80	2.5	81	82	5	222	25	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87704745--87705311	47	12.1	47	92	3	901	31	8	30	29	1.88
87705430--87705508	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
87707217--87707254	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
87709776--87709895	60	2.0	60	100	0	240	33	13	5	48	1.64
87709789--87709884	30	3.2	30	63	26	76	33	13	5	47	1.65
87711570--87711611	20	2.1	20	90	0	66	45	9	0	45	1.36
87714204--87714250	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
87718580--87718605	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
87726910--87726947	17	2.2	17	90	0	58	36	18	13	31	1.89
87734731--87734908	28	6.4	28	92	1	270	26	11	28	33	1.92
87743086--87743263	28	6.4	28	92	1	270	26	11	28	33	1.92
87747402--87747448	22	2.1	22	84	7	60	42	6	17	34	1.74
87756038--87756081	18	2.4	18	100	0	88	47	0	18	34	1.49
87756071--87756202	39	3.4	39	87	0	183	29	18	28	23	1.98
87756073--87756228	78	2.0	77	82	3	188	29	19	27	23	1.98
87765330--87765540	40	5.3	40	82	3	239	24	23	27	25	2.00
87765776--87765819	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
87780268--87780395	39	3.3	39	87	0	184	32	19	25	22	1.98
87780270--87780425	78	2.0	77	83	3	197	31	19	26	22	1.98
87784558--87784628	6	11.3	6	72	8	52	74	2	5	16	1.13
87784538--87784631	24	3.8	24	74	12	82	72	2	6	19	1.17
87789845--87789905	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87802103--87802130	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
87805543--87805676	44	3.0	44	82	4	142	35	14	24	26	1.93
87805543--87805676	46	3.0	45	81	4	135	35	14	24	26	1.93
87810088--87810152	30	2.1	31	85	2	87	21	20	32	26	1.97
87810251--87810279	13	2.2	13	100	0	58	17	6	34	41	1.76
87815820--87815879	29	2.0	29	80	3	75	26	31	15	26	1.95
87822443--87822537	46	2.1	46	97	0	181	44	9	11	34	1.73
87823487--87823588	29	3.6	29	81	7	120	24	30	15	29	1.96
87825198--87825305	44	2.5	44	79	13	141	23	18	27	30	1.98
87827630--87827660	14	2.2	14	94	0	53	83	3	12	0	0.75
87828668--87829085	43	9.7	43	78	4	374	23	15	21	39	1.91
87829444--87829472	12	2.5	12	94	5	51	68	10	0	20	1.18
87830041--87830080	21	1.9	21	85	10	55	60	12	22	5	1.52
87831106--87831135	14	2.2	13	94	5	51	33	0	13	53	1.40
87831764--87831817	27	2.0	27	100	0	108	44	14	11	29	1.80
87835794--87835840	12	3.9	12	80	0	58	12	8	2	76	1.09
87835784--87835853	29	2.4	30	78	4	72	18	8	1	71	1.19
87842580--87842640	19	3.2	19	85	0	77	14	26	32	26	1.95
87845172--87845245	33	2.3	33	83	6	89	37	16	24	21	1.93
87855482--87855563	28	2.9	28	89	5	121	26	14	29	29	1.95
87855489--87855594	28	3.8	28	83	3	97	25	15	32	27	1.95
87855482--87855591	56	2.0	56	81	3	132	26	14	31	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87856480--87856587	54	2.0	54	100	0	216	24	14	14	46	1.83
87857951--87857990	21	2.0	20	85	5	53	30	0	22	47	1.52
87858019--87858081	29	2.3	27	83	10	74	41	0	26	31	1.56
87860934--87861053	46	2.6	46	83	2	141	29	18	28	24	1.98
87861074--87861246	49	3.5	48	81	5	172	24	22	30	22	1.99
87860937--87861244	142	2.2	138	80	8	343	25	20	29	24	1.99
87876627--87876712	45	1.9	45	85	4	120	27	13	20	37	1.91
87881159--87881197	19	2.0	20	90	5	62	61	0	20	17	1.34
87891159--87891301	65	2.2	65	87	2	198	21	18	24	35	1.95
87908309--87908347	16	2.4	16	87	8	53	76	0	2	20	0.90
87908914--87909177	48	5.5	49	76	8	199	28	20	27	24	1.99
87908954--87909132	97	1.8	97	86	2	261	28	19	28	23	1.98
87908914--87909132	48	4.6	48	78	6	214	28	20	27	23	1.99
87911111--87911157	22	2.1	22	92	0	76	19	31	21	27	1.97
87912283--87912325	21	2.0	21	86	8	61	25	4	11	58	1.52
87914223--87914270	22	2.1	23	84	3	62	31	0	14	54	1.41
87916247--87916367	42	2.9	40	81	7	125	28	12	26	33	1.92
87917204--87917283	42	2.0	42	82	9	103	17	18	36	27	1.94
87923232--87923277	21	2.2	21	100	0	92	30	21	21	26	1.99
87923232--87923288	21	2.7	21	91	2	69	29	24	19	26	1.98
87929559--87929670	43	2.6	42	82	8	129	30	16	24	29	1.96
87932122--87932146	10	2.5	10	100	0	50	48	8	12	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87932142--87932249	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
87939876--87940172	40	7.5	40	86	2	386	23	22	27	26	1.99
87947207--87947469	40	6.6	40	90	0	402	22	23	28	26	1.99
87954310--87954572	40	6.6	40	89	1	377	22	23	27	26	2.00
87960505--87960774	40	6.6	40	87	6	371	22	22	28	26	1.99
87962257--87962364	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
87966150--87966319	46	3.7	46	72	7	137	23	30	20	25	1.99
87966055--87966316	94	2.8	91	73	8	233	23	29	19	27	1.98
87977900--87977941	21	2.2	18	87	12	57	35	9	2	52	1.47
87986962--87987104	6	23.3	6	71	14	105	48	13	17	20	1.80
87986962--87987082	49	2.5	49	87	2	163	47	13	18	20	1.81
87987008--87987104	31	3.2	31	80	4	117	49	13	17	19	1.79
87987223--87987282	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
87987250--87987389	67	2.0	67	82	8	165	31	21	27	20	1.98
87987635--87987866	27	8.6	27	86	0	284	23	21	19	35	1.96
87987631--87987863	81	2.9	81	87	0	313	24	21	19	34	1.96
87987898--87988164	27	9.9	27	79	3	250	32	7	19	40	1.80
87987902--87988164	81	3.3	79	81	6	294	31	7	19	40	1.81
87987957--87988164	27	7.7	27	83	0	254	31	7	19	41	1.79
87987959--87988174	54	4.0	53	87	3	290	32	7	19	40	1.79
87990141--87990249	6	17.8	6	70	14	71	46	13	19	20	1.83
87990150--87990249	37	2.7	37	88	0	146	47	13	20	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87990151--87990271	37	3.5	35	74	15	99	47	12	19	20	1.82
87990390--87990470	27	3.0	26	80	7	72	37	20	22	19	1.95
87990417--87990548	67	1.9	67	86	3	183	31	21	28	18	1.97
87990486--87990537	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
87990782--87991033	27	9.3	27	82	8	248	24	21	18	35	1.95
87990782--87991031	54	4.6	54	82	4	299	24	22	18	35	1.96
87990786--87991025	81	3.0	81	88	1	349	23	22	18	35	1.96
87991081--87991250	27	6.3	28	86	4	127	30	7	20	41	1.80
87991071--87991383	81	3.9	81	84	3	272	30	8	21	40	1.83
87991124--87991383	27	9.6	27	87	0	322	30	8	20	40	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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