genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28724235--28724308	5	14.6	5	71	12	53	35	4	0	60	1.15
28724213--28724303	24	3.7	25	70	22	68	34	5	0	60	1.20
28724235--28724312	34	2.4	31	85	8	93	34	3	0	61	1.14
28724275--28724312	8	4.9	8	90	3	51	31	0	0	68	0.90
28724275--28724393	13	8.3	14	66	21	52	31	4	2	62	1.28
28730785--28730987	50	4.0	50	81	6	223	29	27	18	25	1.98
28731635--28731694	30	2.0	30	83	6	77	30	26	6	36	1.82
28732948--28733044	50	1.9	50	100	0	194	25	23	18	31	1.97
28736848--28737092	49	4.9	49	81	3	274	28	26	19	26	1.99
28736905--28736988	28	3.2	28	65	25	83	28	29	17	23	1.97
28736861--28737092	100	2.3	98	84	4	295	28	26	18	26	1.98
28737740--28737800	30	2.0	30	84	6	79	31	26	6	36	1.82
28745432--28745978	206	2.7	205	91	0	862	30	17	23	28	1.97
28745936--28746023	43	2.0	44	82	2	106	32	14	28	23	1.94
28746515--28746568	20	2.7	20	97	0	99	29	29	22	18	1.97
28747812--28747929	5	23.6	5	67	12	55	33	5	1	59	1.32
28747790--28747879	24	3.8	25	71	23	70	31	5	1	62	1.25
28747852--28747881	8	3.9	8	95	4	53	26	0	0	73	0.84
28749823--28749855	16	2.1	16	88	5	50	39	0	3	57	1.14
28752724--28752843	24	5.0	24	88	10	174	27	21	20	30	1.98
28752745--28752842	47	2.1	47	94	5	171	28	20	20	30	1.98
28752901--28752957	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28752897--28752959	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
28752996--28753043	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
28767195--28767331	40	3.4	40	84	0	175	22	16	26	35	1.95
28767315--28767368	28	1.9	28	92	0	90	25	14	31	27	1.95
28776636--28776753	43	2.8	43	80	3	150	31	27	16	23	1.97
28783823--28783880	27	2.1	27	96	0	107	34	17	17	31	1.93
28786267--28786499	40	5.9	40	88	1	326	22	27	21	27	1.99
28786277--28786499	119	1.9	119	87	1	331	22	26	22	28	1.99
28794300--28794493	40	4.9	40	89	0	291	23	26	22	27	1.99
28800115--28800180	32	2.1	32	100	0	132	59	6	6	28	1.46
28801162--28801251	42	2.2	41	96	4	164	50	21	8	20	1.75
28802875--28802901	10	2.7	10	100	0	54	59	0	0	40	0.98
28813726--28813791	9	7.6	9	78	10	66	33	0	18	48	1.48
28813726--28813791	34	1.9	34	81	6	80	33	0	18	48	1.48
28813846--28813871	13	2.0	13	100	0	52	38	7	0	53	1.30
28814188--28814236	18	2.7	18	78	18	57	34	0	0	65	0.93
28823282--28823356	22	3.3	22	65	17	62	26	30	10	32	1.90
28823254--28823901	47	13.6	47	92	3	928	28	29	8	33	1.87
28823254--28823901	192	3.4	189	88	5	941	28	29	8	33	1.87
28825346--28825465	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
28833238--28833335	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
28841522--28841619	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28848640--28848797	68	2.3	71	79	5	171	35	12	29	22	1.91
28850692--28850841	44	3.5	43	81	11	166	26	17	26	30	1.97
28850692--28850841	42	3.5	43	79	11	164	26	17	26	30	1.97
28855389--28855435	24	2.0	24	100	0	94	34	0	38	27	1.57
28855389--28855460	24	3.0	23	84	10	74	37	2	36	23	1.70
28856851--28856962	27	4.2	26	81	12	127	16	23	22	37	1.94
28856851--28856962	54	2.1	54	86	3	154	16	23	22	37	1.94
28863208--28863267	24	2.5	24	100	0	120	33	0	38	28	1.57
28864698--28864802	27	3.9	26	83	7	129	17	23	21	37	1.94
28864698--28864809	54	2.1	54	86	3	154	16	23	22	37	1.94
28868425--28868678	27	9.4	27	84	6	309	27	21	9	41	1.84
28868425--28868678	54	4.7	54	88	1	341	27	21	9	41	1.84
28868425--28868678	81	3.1	81	85	5	343	27	21	9	41	1.84
28868682--28868779	27	3.7	26	82	6	81	40	22	10	26	1.86
28868710--28868862	27	5.7	27	80	6	134	40	20	9	29	1.84
28868677--28868804	54	2.4	55	79	7	147	38	18	12	30	1.88
28868813--28868890	27	2.9	26	73	5	75	41	17	12	28	1.87
28869108--28869226	25	4.8	25	92	1	186	27	26	21	24	1.99
28869108--28869251	50	2.9	50	84	6	152	28	25	22	24	1.99
28875076--28875199	42	2.9	42	76	9	126	23	16	23	37	1.94
28884407--28884614	47	4.4	47	90	2	308	33	8	30	27	1.86
28888087--28888209	43	2.9	43	83	1	131	24	18	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28891792--28891890	42	2.3	43	81	6	112	28	23	20	28	1.99
28891920--28892013	47	2.0	47	93	0	161	34	20	12	32	1.90
28893953--28894036	28	3.0	28	79	8	100	26	23	19	30	1.98
28894028--28894097	34	2.1	34	88	0	104	22	20	27	30	1.98
28894247--28894630	192	2.0	192	96	0	714	37	21	14	27	1.92
28910844--28910871	13	2.2	13	100	0	56	46	25	0	28	1.53
28911189--28911213	12	2.1	12	100	0	50	24	16	8	52	1.70
28911328--28911468	40	3.6	39	89	1	210	34	24	17	24	1.96
28913086--28913138	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
28914628--28914683	26	2.2	26	96	0	103	35	25	7	32	1.83
28917943--28918189	48	5.1	48	94	1	431	36	5	26	31	1.80
28917943--28918186	98	2.5	98	94	1	429	36	5	26	31	1.80
28918336--28918444	37	2.9	37	91	0	164	23	17	30	28	1.97
28919700--28920018	40	8.0	40	86	0	431	23	21	27	27	1.99
28920182--28920232	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
28923471--28923717	48	5.1	48	95	1	440	36	5	26	31	1.80
28923471--28923714	98	2.5	98	95	1	438	36	5	26	31	1.80
28923869--28923972	37	2.8	37	88	0	145	26	17	27	27	1.98
28927737--28927820	42	2.0	42	100	0	168	16	26	21	35	1.94
28930381--28930433	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
28935208--28935273	34	2.0	33	84	3	87	27	22	25	24	2.00
28938490--28938532	2	21.5	2	100	0	86	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28952692--28952755	31	2.1	31	90	0	101	21	23	15	39	1.92
28952969--28953090	24	5.2	24	93	5	205	27	20	20	31	1.98
28952969--28953090	46	2.6	48	88	10	196	27	20	20	31	1.98
28953136--28953206	20	3.5	20	92	0	115	32	21	12	33	1.91
28953141--28953195	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
28953243--28953290	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
28958469--28958890	47	8.9	47	96	1	731	31	29	8	31	1.86
28962411--28962747	40	8.5	40	82	5	348	24	27	22	24	2.00
28962396--28962666	79	3.4	79	86	3	348	25	28	21	24	1.99
28962415--28962709	118	2.5	118	86	2	378	25	27	22	25	2.00
28962415--28962747	118	2.8	117	82	6	368	25	27	22	24	2.00
28963052--28963130	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
28963112--28963214	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
28965076--28965154	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
28965271--28965678	47	8.7	47	95	2	732	30	29	8	31	1.87
28968474--28968537	31	2.1	31	87	0	92	21	21	15	40	1.91
28968731--28968874	24	6.0	24	88	8	213	28	21	20	29	1.98
28968932--28968988	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
28968928--28968990	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
28972770--28973026	55	4.9	53	76	10	235	36	17	24	21	1.95
28972933--28973026	49	1.9	49	91	0	152	38	15	24	21	1.92
28973218--28973265	4	12.0	4	77	0	51	41	0	29	29	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28973235--28973267	8	4.1	8	100	0	66	39	0	36	24	1.56
28975892--28976070	25	7.2	24	71	14	105	37	21	12	28	1.90
28975892--28976107	50	4.3	50	83	1	263	37	22	11	28	1.89
28984807--28984852	23	2.0	23	100	0	92	21	8	26	43	1.81
29002994--29003124	47	2.8	47	82	0	163	33	23	16	26	1.95
29012065--29012095	15	2.1	15	93	0	53	32	6	12	48	1.67
29013134--29013288	42	3.7	41	80	3	175	30	13	24	30	1.94
29014375--29014426	20	2.6	20	96	0	95	19	34	32	13	1.90
29017797--29017837	2	20.5	2	89	0	64	0	43	0	56	0.99
29017797--29017837	14	2.9	14	96	0	73	0	43	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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