Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  58  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17725365--17725393
3
9.7
3
100
0
58
31
0
0
68
0.89
17729669--17729702
17
2.0
17
88
0
50
32
11
8
47
1.71
17730694--17730718
13
1.9
13
100
0
50
84
8
0
8
0.79
17753317--17753370
27
2.0
27
82
10
65
48
1
3
46
1.30
17757355--17757420
33
2.0
33
100
0
132
42
27
9
21
1.83
17761763--17761992
50
4.8
48
75
8
164
24
27
18
29
1.98
17764873--17764983
35
3.1
35
77
1
96
41
26
10
21
1.86
17771348--17771433
9
9.6
9
68
22
56
65
1
1
32
1.08
17771694--17771786
29
3.2
29
69
14
75
30
7
1
61
1.31
17771752--17771799
19
2.6
18
83
9
60
33
8
2
56
1.41
17771813--17771866
19
2.8
20
83
8
67
35
0
1
62
1.06
17774939--17774972
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
17777770--17777810
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
17779715--17779748
16
2.1
16
88
0
50
50
14
17
17
1.79
17780614--17780655
21
2.0
20
82
13
50
59
0
2
38
1.10
17781981--17782041
26
2.4
25
78
10
70
31
8
16
44
1.77
17784964--17785032
29
2.3
31
80
9
81
60
4
0
34
1.16
17784967--17784991
8
3.1
8
100
0
50
76
0
0
24
0.80
17786940--17787027
37
2.3
39
84
3
108
32
15
15
35
1.90
17787813--17787873
22
2.7
23
82
10
72
44
13
4
37
1.65
17800413--17800464
15
3.2
15
73
19
50
44
1
0
53
1.11
17800497--17800533
16
2.3
16
86
13
58
40
0
0
59
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17800548--17800590
12
3.4
12
77
22
52
51
0
0
48
1.00
17800528--17800590
26
2.2
29
86
13
87
55
0
0
44
0.99
17802428--17802502
20
3.7
20
70
16
55
44
1
4
50
1.29
17805993--17806129
48
2.9
48
86
2
179
25
19
16
37
1.93
17810633--17810721
44
2.0
44
97
0
169
30
14
15
39
1.88
17810768--17810794
14
1.9
14
100
0
54
40
0
0
59
0.98
17822694--17822739
18
2.9
17
78
21
55
32
0
0
67
0.91
17822710--17822760
19
2.6
21
84
9
63
33
0
1
64
1.05
17822686--17822760
19
4.0
19
73
23
61
34
0
1
64
1.02
17825545--17825582
18
2.1
18
95
0
67
63
7
0
28
1.23
17827032--17827072
20
2.0
20
85
4
55
29
0
7
63
1.21
17830326--17830623
84
3.5
84
77
10
261
41
16
22
20
1.90
17830665--17831082
81
5.2
81
91
2
660
35
20
20
22
1.96
17842286--17842422
56
2.4
55
77
7
141
32
14
25
27
1.95
17842397--17842451
26
2.1
26
86
0
74
29
14
27
29
1.95
17845389--17845441
14
3.7
15
76
16
51
64
0
11
24
1.26
17845679--17845731
27
2.0
25
85
7
70
54
9
15
20
1.68
17845942--17845975
16
2.0
17
88
11
52
58
0
8
32
1.29
17858059--17858418
199
1.8
199
89
2
571
24
25
31
18
1.97
17858438--17858489
15
3.7
15
72
12
56
23
0
0
76
0.78
17858438--17858488
22
2.4
21
87
9
77
21
0
0
78
0.75
17858438--17858496
22
2.8
21
78
19
68
25
1
0
72
0.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17858564--17858615
22
2.4
22
83
6
70
9
9
1
78
1.03
17858642--17858676
18
1.9
18
88
11
54
28
0
11
60
1.32
17862646--17862671
12
2.2
12
100
0
52
23
38
30
7
1.83
17869923--17870106
40
4.6
40
82
6
196
23
20
27
28
1.99
17869923--17870103
80
2.3
81
83
9
221
23
20
27
27
1.99
17870004--17870153
40
3.8
38
80
10
131
25
22
28
24
1.99
17870044--17870166
40
3.1
39
80
6
97
26
21
28
23
1.99
17877928--17878058
40
3.3
40
88
2
192
23
19
27
29
1.99
17877956--17878105
40
3.8
38
80
10
131
25
22
28
24
1.99
17877996--17878118
40
3.1
39
80
6
97
26
21
28
23
1.99
17881120--17881163
22
2.0
22
90
0
70
31
18
27
22
1.97
17884433--17884462
7
4.3
7
91
0
51
70
30
0
0
0.88
17886248--17886279
15
2.1
15
94
0
55
37
0
34
28
1.57
17889829--17889872
21
2.0
22
82
4
54
29
45
0
25
1.54
17894789--17894873
42
2.0
42
93
0
143
22
30
18
28
1.97
17896872--17896931
30
2.0
30
90
0
93
38
8
25
28
1.84
17902933--17903001
20
3.1
20
65
31
50
18
17
33
30
1.94
17912678--17912757
30
2.7
29
90
7
124
38
37
3
20
1.70
17913716--17913751
18
2.0
18
100
0
72
44
16
5
33
1.71
17915645--17915775
69
1.9
69
91
0
217
35
29
11
24
1.90
17915714--17915814
43
2.3
43
75
6
105
28
33
14
22
1.94
17920292--17920355
21
3.0
22
78
13
64
4
39
1
54
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17921043--17921088
14
3.3
14
81
0
56
50
23
2
23
1.61
17921179--17921230
7
7.3
7
76
4
50
44
34
0
21
1.52
17921239--17921296
14
4.1
14
73
6
55
37
43
0
18
1.51
17921268--17921329
32
1.9
32
83
6
81
43
35
0
20
1.53
17921854--17922078
41
5.5
41
86
0
288
21
21
23
33
1.97
17922057--17922094
19
2.0
20
94
5
69
18
13
21
47
1.82
17922372--17922424
25
2.1
25
100
0
106
64
3
3
28
1.28
17922378--17922425
14
3.6
15
71
28
54
60
4
4
31
1.35
17926110--17926443
143
2.3
143
86
1
454
26
20
19
33
1.96
17929576--17929760
79
2.3
81
84
7
236
24
22
27
25
2.00
17929577--17929760
40
4.6
40
83
9
216
24
22
27
25
2.00
17929629--17929793
79
2.1
79
84
6
210
26
21
27
25
1.99
17937514--17937698
79
2.3
81
84
7
236
24
22
27
25
2.00
17937515--17937698
40
4.6
40
83
9
216
24
22
27
25
2.00
17937567--17937731
79
2.1
79
84
6
210
26
21
27
25
1.99
17949607--17949632
3
8.7
3
100
0
52
65
0
0
34
0.93
17951207--17951259
25
2.2
24
86
10
72
47
0
0
52
1.00
17952860--17952898
21
1.9
20
84
5
51
58
5
2
33
1.33
17953011--17953053
11
3.9
11
75
0
50
48
9
20
20
1.77
17954479--17954789
49
6.6
48
74
8
174
28
18
27
25
1.98
17954573--17954789
98
2.3
92
82
7
240
27
17
27
27
1.98
17956011--17956085
36
2.1
36
100
0
150
33
20
8
38
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17956593--17956665
29
2.5
28
80
12
85
60
2
5
31
1.34
17956839--17957033
9
21.0
9
66
20
73
30
4
2
62
1.29
17956841--17956894
19
2.6
22
80
16
71
29
5
1
62
1.28
17956844--17956910
19
3.4
19
80
15
66
28
7
2
61
1.38
17956938--17957024
10
9.2
10
73
12
51
29
1
1
67
1.05
17956938--17957034
17
5.3
18
71
15
74
29
1
1
68
1.03
17956939--17957034
28
3.5
27
76
15
92
30
1
1
67
1.04
17957201--17957232
16
2.0
16
100
0
64
25
0
6
68
1.12
17960744--17960780
17
2.2
17
90
0
56
10
10
2
75
1.14
17965301--17965355
24
2.4
22
80
16
67
72
1
14
10
1.19
17965940--17965984
19
2.4
19
85
14
58
60
4
0
35
1.17
17965929--17965992
29
2.2
30
83
8
78
62
4
0
32
1.16
17973731--17973760
14
2.1
14
100
0
60
70
0
0
30
0.88
17979960--17980030
15
4.7
15
85
3
81
57
18
14
9
1.63
17981964--17982008
21
2.1
21
83
0
54
51
8
11
28
1.68
17991112--17991153
21
2.0
21
100
0
84
52
9
23
14
1.71
17993519--17993552
13
2.5
14
90
9
61
5
20
0
73
1.04
17993530--17993583
28
2.0
28
85
10
76
5
27
0
66
1.13
18004269--18004441
46
3.7
46
79
10
208
21
20
27
29
1.98
18004266--18004436
93
1.8
93
93
0
297
21
21
28
28
1.98
18007242--18007267
13
2.0
13
100
0
52
30
15
15
38
1.88
18011377--18011436
30
2.0
30
90
0
93
38
8
25
28
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18016675--18016739
32
2.0
32
96
0
121
30
7
24
36
1.84
18027787--18027825
6
6.5
6
91
8
62
56
0
28
15
1.40
18027787--18027821
11
3.0
11
91
8
52
54
0
28
17
1.43
18027967--18028037
26
2.8
25
79
8
72
40
5
16
36
1.73
18030113--18030322
46
4.6
45
79
10
196
44
16
21
17
1.87
18032385--18032548
29
5.7
29
76
4
116
20
23
10
45
1.81
18032416--18032551
29
4.7
29
79
3
121
19
25
11
44
1.83
18032472--18032561
29
3.1
29
77
6
92
22
25
11
41
1.86
18034675--18034719
21
2.1
21
87
0
63
37
2
4
55
1.32
18055870--18055971
49
2.2
48
81
10
122
34
16
1
47
1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325