genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85881955--85881988	9	3.8	9	92	7	52	47	8	11	32	1.71
85882737--85882771	17	1.9	18	88	11	54	60	0	22	17	1.37
85883069--85883095	14	1.9	14	100	0	54	29	7	29	33	1.85
85887515--85887618	49	2.1	49	94	0	181	29	19	7	43	1.79
85906771--85906860	25	3.6	25	76	11	87	28	20	23	27	1.99
85913454--85913488	16	2.2	16	100	0	70	54	0	11	34	1.37
85916526--85916656	35	3.7	35	74	11	108	28	8	20	42	1.81
85923664--85923768	42	2.5	42	81	6	115	30	17	20	31	1.96
85926252--85926292	20	2.0	20	86	9	57	73	0	0	26	0.84
85928203--85928242	20	2.0	21	90	9	66	50	2	0	47	1.14
85936546--85936577	16	1.9	17	93	6	57	25	31	0	43	1.55
85940637--85940662	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
85941159--85941256	30	3.3	30	79	0	115	31	42	14	11	1.80
85941309--85941352	18	2.4	18	88	0	61	18	27	9	45	1.79
85944265--85944314	24	2.1	24	88	7	75	20	16	14	50	1.78
85944938--85945209	126	2.2	126	89	0	418	30	17	17	34	1.93
85945059--85945360	154	2.0	155	91	0	498	32	17	17	32	1.93
85945214--85945634	125	3.4	126	87	3	609	31	17	15	34	1.92
85945540--85945736	102	1.9	103	86	1	279	34	14	14	36	1.87
85945540--85945736	103	1.9	102	85	3	270	34	14	14	36	1.87
85945637--85945938	126	2.4	127	89	1	457	30	15	14	40	1.87
85945903--85945973	28	2.5	28	86	0	88	29	14	5	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85947187--85947211	13	1.9	13	100	0	50	16	0	16	68	1.22
85947320--85947356	17	2.2	17	100	0	74	18	0	10	70	1.16
85951519--85951557	17	2.3	17	95	0	69	58	12	5	23	1.54
85966163--85966191	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
85966133--85966269	58	2.4	58	80	4	152	45	1	3	48	1.28
85966232--85966282	26	2.0	25	84	3	66	52	3	0	43	1.19
85966364--85966450	44	1.9	46	88	9	135	37	27	4	29	1.77
85966437--85966476	16	2.5	16	91	0	62	37	17	7	37	1.78
85969020--85969115	33	2.9	33	82	0	120	19	42	14	22	1.88
85971173--85971209	13	2.8	13	91	4	56	51	21	0	27	1.48
85973067--85973092	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
85975148--85975291	42	3.4	42	62	9	94	18	22	33	25	1.97
85975104--85975279	85	2.1	85	90	4	275	20	21	32	25	1.97
85976458--85976513	24	2.4	24	81	3	69	35	16	28	19	1.93
85976460--85976596	48	2.9	47	70	14	127	39	18	23	18	1.92
85979191--85979226	4	8.5	4	88	11	54	0	25	0	75	0.81
85979195--85979229	18	1.9	18	100	0	70	0	28	0	71	0.86
85979189--85979241	22	2.4	22	87	6	72	0	32	0	67	0.91
85979197--85979241	18	2.5	18	85	7	56	0	33	0	66	0.92
85987430--85987488	30	1.9	31	82	3	75	64	0	27	8	1.22
85989362--85989401	18	2.2	19	86	13	57	65	5	7	22	1.38
85989396--85989475	23	3.3	23	70	29	67	57	0	3	38	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85989396--85989498	13	8.6	11	71	25	52	58	0	3	36	1.23
85989539--85989592	22	2.5	22	82	8	58	64	1	0	33	1.04
85989543--85989592	11	4.3	12	78	14	52	66	2	0	32	1.03
85989532--85989600	33	2.1	32	82	12	79	65	1	2	30	1.16
85993851--85994025	46	3.8	46	76	13	187	30	29	20	20	1.97
85993859--85994028	93	1.8	93	90	0	277	30	28	20	20	1.98
85996956--85997019	31	2.1	31	85	5	85	21	12	20	45	1.84
86017928--86017979	18	2.9	17	77	11	50	34	0	0	65	0.93
86018190--86018225	15	2.4	14	90	9	54	66	0	30	2	1.06
86019338--86019369	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
86019338--86019368	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
86023767--86023798	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
86023767--86023797	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
86024088--86024115	11	2.5	11	100	0	56	35	0	7	57	1.26
86024807--86024864	24	2.4	23	83	8	71	65	0	0	34	0.93
86025848--86025882	17	2.0	18	88	5	54	62	0	0	37	0.95
86031352--86031590	126	1.9	126	92	1	408	39	15	15	29	1.88
86031697--86031746	13	4.2	12	80	14	52	68	0	4	28	1.08
86032061--86032091	14	2.2	14	94	0	53	67	0	0	32	0.91
86032063--86032099	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
86032072--86032214	63	2.2	64	80	12	161	65	4	4	25	1.31
86032485--86032520	18	2.0	18	88	0	54	19	0	55	25	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86032499--86032573	37	2.0	37	97	0	141	17	0	53	29	1.44
86032540--86032602	29	2.2	29	85	5	83	17	1	50	30	1.55
86032840--86033250	85	4.8	85	84	4	522	21	26	22	30	1.99
86032839--86033400	87	6.6	85	81	4	522	22	24	21	31	1.98
86033367--86033860	132	3.7	132	84	4	611	24	21	23	30	1.99
86033718--86034076	180	2.0	178	85	8	489	25	23	23	28	2.00
86035395--86035467	9	7.5	10	72	18	57	1	16	1	80	0.85
86035396--86035469	18	4.2	18	77	13	75	1	14	1	82	0.81
86035391--86035467	24	3.1	24	81	9	84	1	15	2	80	0.89
86035396--86035469	11	6.2	12	75	10	64	1	14	1	82	0.81
86035396--86035469	35	2.1	35	82	9	89	1	14	1	82	0.81
86035396--86035469	6	12.7	6	73	18	59	1	14	1	82	0.81
86038437--86038481	21	2.1	21	91	0	72	15	24	22	37	1.93
86041967--86042205	126	1.9	127	95	0	435	38	15	15	30	1.90
86042311--86042360	13	4.2	12	80	14	52	68	0	4	28	1.08
86042704--86042807	30	3.4	29	67	20	70	60	6	5	26	1.45
86042684--86042815	59	2.2	61	82	10	166	62	6	4	25	1.39
86043090--86043162	18	4.0	18	71	16	69	17	0	54	27	1.43
86043105--86043175	37	1.9	37	100	0	142	18	0	52	29	1.46
86043146--86043200	28	2.0	28	92	0	92	18	0	45	36	1.49
86046023--86046060	18	2.1	18	95	0	67	0	55	0	44	0.99
86048466--86048492	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86056621--86056678	6	9.8	6	78	14	50	75	0	1	22	0.89
86056635--86056677	6	7.7	6	89	5	56	81	0	0	18	0.69
86056614--86056678	5	12.6	5	75	18	62	76	0	1	21	0.86
86056617--86056678	17	3.6	17	79	20	67	77	0	1	20	0.85
86057763--86057813	26	2.0	26	92	0	84	17	25	29	27	1.98
86060169--86060222	24	2.2	24	83	0	63	40	9	7	42	1.65
86069670--86069870	50	4.0	50	74	3	206	27	17	26	28	1.98
86069679--86069864	101	1.8	101	88	0	282	26	18	26	27	1.98
86076300--86076407	26	4.2	26	92	0	180	32	8	24	35	1.85
86077859--86077934	26	2.8	26	88	4	98	34	19	13	32	1.90
86078038--86078142	27	3.9	26	82	5	120	19	23	20	36	1.95
86083352--86083458	26	4.2	26	91	2	180	32	6	24	36	1.81
86083352--86083458	51	2.1	52	94	1	189	32	6	24	36	1.81
86085067--86085171	27	3.9	27	86	9	126	20	24	20	34	1.96
86086612--86086861	50	5.0	50	76	3	216	27	16	25	30	1.97
86087059--86087088	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
86089127--86089202	24	3.2	24	84	0	98	36	5	5	52	1.47
86089134--86089213	24	3.3	23	82	3	88	37	6	6	50	1.53
86097681--86097729	17	2.8	18	77	22	59	67	2	14	16	1.33
86097687--86097739	17	3.1	17	77	2	61	69	1	15	13	1.27
86097689--86097739	18	2.9	18	82	2	59	70	1	13	13	1.25
86097737--86097778	21	2.0	21	90	4	66	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86097735--86097784	22	2.3	22	82	6	66	42	0	2	56	1.11
86100364--86100417	3	18.0	3	96	0	99	1	33	0	64	1.04
86105428--86105484	27	2.1	27	87	12	82	40	24	0	35	1.56
86105429--86105470	16	2.6	16	81	7	50	40	23	0	35	1.55
86106174--86106209	17	2.3	15	90	9	54	0	33	0	66	0.92
86106180--86106237	21	2.7	21	78	19	57	3	27	1	67	1.17
86106287--86106325	16	2.4	16	91	4	60	48	2	0	48	1.15
86108040--86108065	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
86120028--86120058	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
86128737--86128766	15	2.0	15	100	0	60	13	40	13	33	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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