genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81570273--81570497	40	5.7	40	81	5	251	26	27	20	25	1.99
81570275--81570497	119	1.9	120	82	6	283	26	27	21	25	1.99
81583314--81583366	22	2.4	22	87	6	72	32	30	26	11	1.91
81583882--81583922	17	2.3	18	84	15	59	21	43	24	9	1.83
81587249--81587291	22	2.0	22	95	0	77	44	16	6	32	1.74
81587251--81587304	12	4.7	12	79	9	67	38	16	9	35	1.81
81588282--81588333	25	1.9	27	81	14	63	42	13	9	34	1.77
81590796--81590953	6	25.7	6	70	14	90	49	13	18	18	1.79
81590822--81590953	19	6.7	19	68	19	83	48	13	18	18	1.81
81590805--81590890	37	2.3	37	87	0	118	51	12	17	18	1.76
81590817--81590970	62	2.5	62	83	0	200	48	12	18	19	1.80
81591492--81591841	27	13.0	27	86	0	475	23	20	19	36	1.95
81591496--81591841	81	4.3	81	93	0	568	23	20	19	36	1.95
81597686--81597869	67	2.8	64	80	8	203	23	30	16	28	1.96
81608870--81608905	16	2.2	17	90	5	56	44	33	2	19	1.65
81608884--81608928	23	2.0	23	87	12	67	46	35	0	17	1.49
81609864--81609911	21	2.3	21	96	3	89	37	8	8	45	1.64
81610186--81610263	40	2.0	39	82	7	95	38	5	5	51	1.46
81611366--81611404	18	2.2	18	90	9	62	41	2	0	56	1.13
81620505--81620689	40	4.7	40	81	6	207	25	27	22	24	2.00
81620505--81620689	79	2.3	81	80	7	200	25	27	22	24	2.00
81622979--81623096	45	2.7	44	80	3	121	27	16	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81623961--81623987	11	2.5	11	100	0	54	66	14	7	11	1.43
81626639--81626861	40	5.7	39	84	6	272	26	28	21	24	1.99
81626639--81626861	79	2.8	78	82	6	272	26	28	21	24	1.99
81630096--81630124	12	2.5	12	94	5	51	37	0	10	51	1.36
81630196--81630228	15	2.2	15	94	0	57	39	9	15	36	1.79
81630616--81630682	34	2.0	34	100	0	134	58	5	20	14	1.58
81643710--81643739	15	2.0	15	93	0	51	56	6	3	33	1.42
81649109--81649200	40	2.3	39	86	3	121	33	33	18	14	1.91
81649113--81649304	39	5.1	38	79	12	150	31	31	20	16	1.95
81649186--81649243	30	1.9	30	100	0	116	32	27	22	17	1.96
81649377--81649453	28	2.8	28	85	0	109	29	23	10	36	1.88
81655572--81655655	40	2.1	39	82	2	105	33	29	19	17	1.95
81655645--81655702	30	1.9	30	96	0	107	34	27	20	17	1.95
81655675--81655802	39	3.3	39	93	0	220	32	28	19	19	1.96
81655875--81655947	28	2.6	28	84	0	101	30	24	9	35	1.87
81655875--81655956	28	2.9	28	80	3	94	30	24	10	34	1.90
81669141--81669181	18	2.3	18	91	8	66	17	24	41	17	1.89
81671893--81671975	40	2.1	40	100	0	166	51	7	12	28	1.65
81674009--81674073	34	1.9	34	87	0	94	41	13	12	32	1.82
81673999--81674084	34	2.5	34	76	0	91	43	13	9	33	1.77
81679062--81679115	24	2.2	24	83	6	65	46	5	22	25	1.73
81680302--81680334	17	1.9	17	100	0	66	39	24	6	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81681614--81681663	10	5.0	10	80	0	64	66	2	8	24	1.29
81682288--81682356	30	2.3	31	82	7	79	47	2	20	28	1.64
81682297--81682356	31	2.0	30	83	9	77	50	3	21	25	1.64
81693029--81693058	10	3.0	10	90	0	51	66	3	10	20	1.35
81694014--81694050	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
81696558--81696627	33	2.1	33	97	0	131	58	7	10	24	1.55
81699588--81699695	26	4.2	26	89	2	164	37	23	6	33	1.80
81700096--81700120	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
81700363--81700418	22	2.6	21	80	11	60	60	0	8	30	1.27
81700310--81700444	19	7.0	19	69	23	70	62	0	4	32	1.21
81702072--81702571	205	2.4	206	90	1	806	28	21	19	31	1.97
81702691--81702790	44	2.2	45	80	5	114	23	22	16	39	1.92
81703649--81703673	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
81714944--81715005	22	2.8	24	78	11	69	61	1	6	30	1.31
81714987--81715098	3	38.0	3	67	22	51	61	1	3	33	1.23
81715006--81715087	22	3.6	21	74	12	65	58	2	4	34	1.32
81715050--81715116	7	10.1	7	78	15	63	56	2	1	38	1.24
81715050--81715098	20	2.5	20	87	12	68	61	2	0	36	1.08
81715049--81715098	22	2.3	22	86	13	68	62	2	0	36	1.07
81718198--81718231	16	2.1	16	88	0	50	55	2	2	38	1.30
81726604--81726746	43	3.3	43	74	11	134	27	16	24	31	1.97
81735532--81735781	129	1.9	128	80	5	281	32	16	17	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81735996--81736053	3	19.3	3	79	13	57	67	1	5	25	1.21
81737834--81737877	22	2.0	21	87	12	63	34	4	13	47	1.63
81745579--81745648	16	4.4	16	94	0	113	20	41	25	12	1.88
81748278--81748305	11	2.5	11	100	0	56	50	0	14	35	1.43
81749983--81750855	44	19.7	44	70	11	426	30	19	15	34	1.93
81750017--81750855	89	9.4	87	68	13	347	31	19	14	34	1.93
81750017--81750851	133	6.3	134	79	7	648	31	20	14	34	1.93
81750186--81750692	135	3.8	127	79	15	510	31	18	14	35	1.91
81750299--81750855	140	4.1	136	81	6	542	31	18	15	34	1.92
81755663--81755701	17	2.2	18	86	4	53	5	30	0	64	1.15
81762741--81762785	21	2.3	18	85	11	54	68	0	8	22	1.16
81765173--81765425	98	2.6	98	80	6	248	22	26	20	30	1.98
81765296--81765425	49	2.7	49	80	4	147	21	28	22	27	1.99
81765988--81766029	20	2.0	21	90	4	68	35	21	2	40	1.66
81769986--81770026	19	2.2	19	95	0	73	39	17	26	17	1.91
81779424--81779462	18	2.2	18	90	0	60	30	10	33	25	1.89
81779457--81779608	46	3.3	44	79	12	162	28	16	28	26	1.97
81784005--81784056	25	2.1	25	96	0	95	53	3	7	34	1.48
81787287--81787464	76	2.3	80	82	9	224	25	27	21	24	2.00
81787268--81787468	40	5.1	40	84	8	236	25	27	22	24	2.00
81795226--81795409	40	4.7	40	87	6	243	25	27	22	24	2.00
81795226--81795409	78	2.3	82	84	9	247	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81797736--81797862	40	3.2	40	84	8	161	31	15	28	24	1.96
81803079--81803147	29	2.4	29	85	4	77	18	26	23	31	1.97
81803126--81803352	101	2.2	101	85	3	305	26	23	16	33	1.96
81806155--81806180	13	2.0	13	100	0	52	30	23	0	46	1.53
81808002--81808026	13	1.9	13	100	0	50	24	32	0	44	1.54
81808565--81808686	46	2.7	45	82	2	145	27	14	10	47	1.77
81820958--81821022	31	2.1	31	100	0	130	40	12	18	29	1.87
81829532--81829558	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
81830641--81830701	13	4.7	12	77	20	52	80	1	3	14	0.92
81830885--81830917	5	6.8	5	93	3	50	63	0	3	33	1.10
81832512--81832758	49	5.0	49	84	2	314	25	17	27	29	1.97
81832616--81832699	28	3.2	28	68	25	92	22	15	30	30	1.95
81832514--81832758	101	2.5	98	82	2	310	25	17	26	30	1.97
81835203--81835303	50	2.0	50	94	0	175	32	22	21	22	1.98
81845588--81845624	14	2.6	14	91	0	56	2	32	0	64	1.07
81845952--81846019	31	2.2	30	82	12	77	19	1	4	75	1.06
81845969--81846019	15	3.2	17	74	23	56	17	0	3	78	0.90
81847665--81847717	6	8.7	6	75	4	52	16	3	3	75	1.10
81848582--81848680	49	2.0	49	100	0	198	18	14	18	49	1.80
81860300--81860353	26	2.2	25	83	12	67	20	0	22	57	1.41
81864237--81864312	30	2.5	30	82	0	89	28	23	9	38	1.86
81864297--81864490	30	6.5	30	71	12	112	24	23	11	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81864432--81864487	29	1.9	29	88	0	85	16	25	14	44	1.84
81866069--81866176	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
81867659--81867711	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
81870882--81870914	14	2.4	14	100	0	66	27	0	12	60	1.32
81874133--81874174	22	1.9	22	85	9	59	38	0	19	42	1.51
81874835--81875059	40	5.6	40	97	0	414	24	23	27	25	2.00
81883207--81883391	40	4.6	40	97	0	352	23	22	28	25	2.00
81883207--81883414	80	2.6	80	93	2	357	24	22	27	25	2.00
81893769--81893793	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
81898164--81898191	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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