genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72051683--72051987	141	2.1	142	83	5	384	30	21	19	29	1.97
72051831--72052086	102	2.5	101	86	5	345	27	21	19	30	1.98
72052034--72052189	40	3.9	40	80	0	161	28	21	19	30	1.98
72055653--72055694	12	3.2	13	87	12	68	64	0	0	35	0.94
72055655--72055695	14	3.1	14	86	13	68	65	0	0	34	0.93
72057519--72058072	175	3.2	175	92	0	894	26	18	20	34	1.96
72057478--72057974	87	5.7	87	66	15	290	27	19	19	33	1.96
72067836--72068011	46	3.8	46	76	4	183	22	19	27	30	1.98
72067832--72068003	93	1.8	93	89	0	272	22	20	28	29	1.98
72072808--72072865	5	11.2	5	75	14	55	63	0	5	31	1.16
72072906--72072956	22	2.3	23	80	12	63	62	1	1	33	1.17
72072891--72072970	14	6.4	13	70	21	55	61	1	2	35	1.18
72073976--72074013	18	2.2	18	90	4	60	36	31	7	23	1.84
72082198--72082233	16	2.2	16	90	0	54	63	2	5	27	1.30
72082594--72082674	40	2.0	40	100	0	162	27	17	14	40	1.88
72085383--72085681	47	6.3	47	88	3	399	27	30	9	32	1.88
72085383--72085681	93	3.2	93	85	4	395	27	30	9	32	1.88
72085469--72085609	46	3.2	41	86	9	124	26	30	11	31	1.91
72089075--72089424	39	8.9	40	91	3	534	25	26	22	26	2.00
72089075--72089424	79	4.5	79	91	2	537	25	26	22	26	2.00
72089481--72089555	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
72091993--72092114	22	5.3	22	62	21	61	24	29	11	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72091965--72092268	47	6.4	47	90	3	416	26	30	9	33	1.88
72098032--72098079	24	2.0	24	100	0	96	29	25	29	16	1.97
72104883--72105057	52	3.5	51	84	4	221	29	30	13	26	1.94
72107491--72107754	40	6.6	40	83	5	293	25	20	28	26	1.99
72115105--72115366	78	3.3	78	83	6	264	24	20	28	25	1.99
72115105--72115364	118	2.2	119	81	6	298	25	21	28	25	1.99
72115105--72115364	40	6.6	40	85	5	273	25	21	28	25	1.99
72115106--72115399	78	3.7	80	82	5	228	25	21	28	24	1.99
72115106--72115399	118	2.5	117	79	8	276	25	21	28	24	1.99
72120021--72120117	26	3.7	26	90	4	151	25	23	22	27	2.00
72120167--72120213	20	2.3	20	89	7	69	31	19	12	36	1.89
72123111--72123157	23	2.0	23	100	0	94	25	38	17	19	1.92
72129110--72129294	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
72129111--72129294	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
72129111--72129327	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
72136983--72137167	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
72136984--72137167	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
72136984--72137200	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
72140742--72140897	74	2.1	74	92	0	258	30	33	13	22	1.92
72142726--72142877	43	3.5	43	71	7	121	27	17	20	34	1.95
72145115--72145368	55	4.8	53	81	8	263	36	16	25	21	1.94
72145122--72145321	108	1.8	109	88	5	307	35	17	25	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72145560--72145590	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
72152679--72152934	55	4.8	53	80	9	249	35	16	25	22	1.95
72152687--72152887	108	1.8	110	87	4	300	34	16	25	23	1.95
72153055--72153085	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
72163914--72163961	25	1.9	25	87	8	71	64	0	6	29	1.18
72163903--72163963	25	2.6	22	72	22	54	65	0	8	26	1.20
72172193--72172240	25	1.9	25	87	8	71	64	0	6	29	1.18
72173565--72173590	11	2.4	11	100	0	52	0	23	15	61	1.33
72173562--72173590	11	2.5	12	88	11	51	0	27	13	58	1.36
72174563--72174694	54	2.4	54	93	0	219	30	25	18	25	1.98
72184562--72184600	19	2.1	19	100	0	78	23	5	15	56	1.59
72190541--72190661	39	3.1	39	91	0	188	23	29	23	22	1.99
72198457--72198530	28	2.6	28	91	4	114	28	14	25	31	1.95
72209700--72209738	20	1.9	21	89	5	62	30	15	12	41	1.85
72213311--72213565	40	6.5	40	85	6	317	25	23	27	23	2.00
72213314--72213565	79	3.2	80	86	6	311	25	23	26	24	2.00
72213311--72213565	119	2.2	118	85	5	338	25	23	27	23	2.00
72221496--72221751	40	6.5	40	85	5	326	25	22	27	24	2.00
72224189--72224266	38	2.1	38	92	7	133	30	8	15	44	1.77
72224693--72224802	58	1.9	56	92	3	184	54	12	7	25	1.63
72227305--72227528	47	4.8	49	75	11	202	22	29	19	28	1.98
72227305--72227577	47	5.8	46	73	13	161	23	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72232472--72232531	30	2.0	30	83	0	75	36	6	26	30	1.82
72237578--72237799	46	4.7	48	78	12	212	22	28	19	28	1.98
72237578--72237798	47	4.7	47	78	10	186	23	28	19	28	1.98
72237630--72237845	94	2.3	91	81	10	233	22	28	19	29	1.98
72237578--72237840	140	1.9	141	84	4	352	23	27	19	29	1.98
72248085--72248269	40	4.6	40	95	0	325	22	22	28	27	1.99
72256314--72256531	40	5.5	40	88	1	305	23	22	27	26	2.00
72260414--72260466	17	2.8	19	75	13	56	47	13	0	39	1.43
72269908--72269982	22	3.4	22	73	14	82	14	14	10	60	1.60
72270118--72270179	31	2.0	31	90	0	97	45	11	17	25	1.82
72272220--72272278	30	2.0	30	93	0	100	37	13	23	25	1.92
72272600--72272908	93	3.3	94	76	13	284	28	19	28	22	1.98
72272599--72272912	46	6.7	47	74	15	226	28	19	28	22	1.98
72274702--72274835	46	2.8	49	79	14	172	29	28	20	22	1.98
72274707--72274850	46	3.1	46	71	18	136	29	27	20	22	1.98
72277220--72277336	62	1.9	59	84	5	153	41	5	4	49	1.44
72279240--72279280	12	3.3	13	80	13	50	48	0	2	48	1.14
72279815--72279858	20	2.2	20	100	0	88	34	9	9	47	1.67
72281136--72281201	33	2.0	33	100	0	132	27	9	6	57	1.53
72283787--72283819	16	2.1	16	88	5	50	60	0	3	36	1.12
72292580--72292613	16	2.1	16	100	0	68	35	11	29	23	1.90
72307211--72307467	43	6.0	43	90	1	390	30	28	15	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72307457--72307481	13	1.9	13	100	0	50	48	24	4	24	1.68
72308095--72308123	14	2.0	15	93	6	51	51	27	0	20	1.47
72312737--72312792	18	3.1	18	86	0	85	37	16	19	26	1.92
72313787--72313850	22	3.2	21	66	25	57	23	1	32	42	1.64
72313766--72313850	38	2.2	38	95	0	161	23	1	34	41	1.62
72316104--72316386	48	5.9	48	77	7	277	26	27	18	28	1.98
72316054--72316386	98	3.4	97	81	4	316	25	27	18	28	1.98
72316054--72316386	146	2.3	145	91	2	524	25	27	18	28	1.98
72331313--72331431	44	2.7	43	79	8	125	25	12	27	34	1.92
72332161--72332190	15	1.9	16	93	6	53	40	0	20	40	1.52
72340713--72340893	43	4.2	44	85	6	221	30	24	17	27	1.97
72350942--72351074	6	21.8	6	78	9	135	48	12	18	20	1.79
72350942--72351052	24	4.6	24	86	6	152	47	12	19	19	1.81
72351219--72351360	67	2.1	67	86	5	194	30	23	27	18	1.97
72351576--72351949	27	13.9	27	85	1	435	41	7	20	30	1.79
72351980--72352105	27	4.7	27	77	8	105	26	7	24	40	1.83
72351956--72352080	54	2.3	54	79	5	144	27	8	22	42	1.81
72352057--72352106	26	2.0	26	84	4	66	22	10	28	40	1.86
72352511--72352536	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
72353910--72354195	40	7.2	40	94	0	493	23	23	25	28	1.99
72359899--72360055	43	3.7	42	79	9	167	33	26	17	23	1.96
72359899--72360058	86	1.9	84	85	8	225	33	26	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72365144--72365191	23	2.1	23	100	0	96	31	35	4	29	1.76
72370448--72370703	40	6.5	40	89	2	367	25	28	21	23	1.99
72370448--72370701	79	3.2	80	89	3	363	25	28	21	24	1.99
72370448--72370700	119	2.1	118	88	4	375	26	28	21	24	1.99
72379119--72379193	34	2.2	34	95	0	132	29	20	20	30	1.97
72380885--72381005	35	3.5	35	76	4	84	27	6	19	46	1.75
72386593--72386831	48	5.0	48	89	0	316	35	29	15	19	1.93
72391257--72391298	15	2.8	15	92	0	66	9	21	40	28	1.84
72391759--72391823	32	2.0	32	90	0	103	24	13	30	30	1.94
72394051--72394308	40	6.5	40	89	3	378	25	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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