genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78208767--78208820	21	2.6	22	83	13	62	14	35	22	27	1.93
78209308--78209631	92	3.5	92	87	0	441	24	21	20	32	1.98
78211876--78211998	26	4.8	26	89	2	187	26	23	21	27	1.99
78212048--78212104	20	3.0	20	82	10	66	33	21	8	36	1.84
78219931--78220017	26	3.4	26	90	1	122	26	22	20	29	1.99
78220067--78220123	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
78220149--78220195	25	1.9	25	86	4	69	27	12	21	38	1.90
78227315--78227490	46	3.8	46	73	10	160	22	21	27	28	1.99
78227312--78227483	93	1.8	93	88	0	263	22	21	27	27	1.99
78235238--78235272	17	2.1	17	100	0	70	28	20	34	17	1.95
78248705--78248749	24	1.9	24	82	13	58	35	6	24	33	1.82
78256989--78257173	40	4.6	39	81	5	194	24	22	27	24	2.00
78257042--78257206	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	24	1.99
78265162--78265346	40	4.7	40	80	7	200	24	22	28	25	1.99
78265217--78265379	79	2.1	79	82	6	197	26	20	28	25	1.99
78274514--78274539	11	2.4	11	100	0	52	7	7	0	84	0.77
78295279--78295434	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
78295278--78295431	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
78295279--78295434	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
78295271--78295452	27	6.7	27	75	9	95	26	15	27	29	1.96
78295271--78295452	82	2.2	81	77	2	204	26	15	27	29	1.96
78303176--78303331	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78303175--78303328	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
78303176--78303331	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
78303168--78303352	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
78303168--78303352	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
78306890--78307047	68	2.3	68	77	11	160	20	28	15	34	1.94
78309971--78310032	30	2.1	30	93	0	106	24	16	22	37	1.94
78321876--78321928	24	2.2	24	100	0	106	39	3	13	43	1.62
78323155--78323249	44	2.2	44	85	7	124	31	23	18	26	1.98
78326088--78326205	45	2.7	44	80	7	125	27	30	16	25	1.97
78326125--78326217	45	2.1	45	85	4	125	34	29	13	22	1.93
78327335--78327367	15	2.2	16	89	10	52	54	15	0	30	1.41
78329379--78329650	40	6.8	40	92	1	445	23	28	21	26	1.99
78329379--78329658	122	2.3	122	92	1	458	23	28	21	26	1.99
78337851--78338150	47	6.4	47	91	0	474	33	8	30	28	1.86
78340808--78340893	26	3.3	27	83	3	104	43	22	8	26	1.81
78340808--78340975	27	6.3	27	77	4	110	36	21	10	32	1.87
78340901--78341488	27	21.9	27	82	6	604	28	22	9	40	1.84
78341504--78341697	27	7.2	27	81	3	221	36	17	19	26	1.94
78341840--78341870	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
78341897--78341952	27	2.1	26	93	3	94	17	23	23	35	1.95
78342265--78342336	27	2.7	27	82	6	76	19	25	19	36	1.95
78342454--78342646	6	31.8	6	78	13	191	20	18	13	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78342454--78342641	85	2.2	85	91	5	301	20	18	13	47	1.82
78342454--78342646	91	2.2	85	93	5	323	20	18	13	47	1.82
78342454--78342646	30	6.4	30	85	6	255	20	18	13	47	1.82
78344584--78344649	25	2.6	25	81	13	73	43	24	6	25	1.77
78344671--78345254	27	21.9	27	83	6	636	27	21	9	41	1.84
78345275--78345460	27	7.0	27	83	2	205	36	18	19	25	1.94
78345267--78345458	80	2.4	80	82	4	228	37	17	19	26	1.93
78345659--78345714	27	2.1	26	93	3	94	17	23	23	35	1.95
78346024--78346097	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
78346214--78346345	6	21.8	6	76	13	119	21	17	12	47	1.81
78346214--78346345	30	4.4	30	91	0	201	21	17	12	47	1.81
78348290--78348358	27	2.6	27	86	2	95	43	24	7	24	1.79
78348395--78349189	54	14.7	54	84	6	952	28	21	8	40	1.84
78348383--78349189	27	29.9	27	83	5	855	28	22	9	40	1.84
78349205--78349399	27	7.2	27	79	4	169	36	18	18	26	1.94
78349205--78349400	54	3.6	54	81	2	223	36	18	18	26	1.94
78349205--78349398	81	2.4	81	84	0	226	37	18	18	26	1.93
78349600--78349678	27	3.0	27	81	7	99	21	22	18	36	1.95
78350208--78350363	6	25.8	6	76	15	153	19	17	14	48	1.81
78350208--78350363	30	5.4	30	82	10	207	19	17	14	48	1.81
78350183--78350346	73	2.2	73	84	10	203	20	18	14	47	1.82
78355342--78355580	27	8.9	27	84	2	268	27	14	17	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78355329--78355578	81	3.1	79	85	3	322	27	15	16	40	1.89
78355908--78355944	18	2.1	17	95	5	65	24	24	10	40	1.87
78357026--78357056	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
78358464--78358549	6	14.5	6	69	11	61	62	0	31	5	1.18
78358464--78358549	15	6.2	15	68	26	64	62	0	31	5	1.18
78358464--78358562	24	3.7	26	85	9	103	59	0	34	6	1.22
78360907--78361008	43	2.4	42	75	4	105	27	12	21	38	1.90
78372010--78372135	47	2.7	47	87	0	180	24	17	27	30	1.97
78383491--78383637	57	2.6	58	81	7	183	29	15	20	34	1.94
78386009--78386156	45	3.4	44	80	4	147	34	20	14	29	1.93
78400172--78400270	49	2.0	49	98	0	189	37	22	9	31	1.85
78400649--78400707	23	2.4	24	83	8	66	38	20	25	15	1.91
78400617--78400707	25	3.7	23	72	10	65	37	20	25	16	1.93
78409868--78410079	106	2.0	106	97	0	397	27	17	29	24	1.98
78411828--78411941	27	4.2	27	70	12	81	33	24	14	28	1.94
78411828--78411941	54	2.1	54	81	3	131	33	24	14	28	1.94
78411930--78412010	27	3.0	27	82	7	92	35	22	19	22	1.96
78412147--78412238	27	3.5	26	82	8	105	19	21	21	36	1.95
78413049--78413235	48	3.9	48	85	0	221	25	16	28	29	1.97
78413045--78413268	48	4.7	46	80	4	169	25	16	28	29	1.97
78413043--78413268	96	2.3	95	81	7	276	26	16	28	29	1.97
78416973--78417005	15	2.2	15	100	0	66	6	12	24	57	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78418965--78418997	9	3.7	9	95	0	57	39	12	18	30	1.87
78419792--78420185	216	1.9	205	87	7	574	17	5	21	56	1.60
78420556--78420582	5	5.4	5	100	0	54	18	18	18	44	1.87
78420942--78421014	36	2.0	36	97	0	137	45	6	16	31	1.74
78421371--78421685	48	6.5	48	87	1	346	24	17	29	28	1.97
78421371--78421637	144	1.8	144	86	4	385	23	17	29	28	1.97
78424204--78424297	6	15.3	6	75	16	77	50	15	15	18	1.79
78424218--78424297	31	2.6	31	89	0	124	50	16	16	17	1.79
78424800--78425103	27	11.2	27	86	1	376	40	7	21	30	1.81
78425124--78425248	27	4.7	27	75	9	114	28	10	21	39	1.86
78425096--78425228	54	2.5	54	80	4	151	29	11	21	38	1.88
78438590--78438717	40	3.2	40	89	2	193	31	21	21	25	1.98
78438590--78438721	42	3.2	42	88	4	205	31	21	21	25	1.98
78440263--78440288	11	2.4	11	100	0	52	53	0	0	46	1.00
78445302--78445334	17	1.9	17	100	0	66	30	0	15	54	1.41
78446030--78446124	50	1.9	50	86	0	136	35	12	22	29	1.91
78449115--78449386	40	6.8	40	86	2	289	27	27	20	23	1.99
78449115--78449385	80	3.4	80	85	2	339	27	28	21	23	1.99
78449095--78449371	120	2.3	120	91	3	434	28	28	19	23	1.98
78454387--78454454	30	2.3	30	84	5	84	48	4	17	29	1.67
78456871--78457134	46	5.7	46	92	0	413	39	13	23	23	1.91
78464178--78464466	54	5.4	53	73	14	225	39	18	14	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78464178--78464464	27	10.7	26	75	11	199	40	18	14	27	1.89
78464456--78464703	27	9.3	27	83	0	275	20	16	20	43	1.88
78464198--78464493	81	3.7	81	81	4	330	39	18	14	28	1.89
78470132--78470205	24	3.0	24	86	2	103	39	5	35	20	1.75
78472677--78473163	27	18.0	27	82	1	501	41	18	13	26	1.88
78473155--78473404	27	9.3	26	85	4	304	19	16	21	42	1.89
78473156--78473404	81	3.1	80	86	5	340	19	16	21	42	1.89
78473182--78473404	80	2.8	80	89	2	331	18	16	21	43	1.88
78474622--78474652	16	1.9	16	93	0	53	64	9	0	25	1.24
78474742--78474805	30	2.1	30	94	0	110	28	28	25	18	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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