genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22190876--22191121	56	4.4	56	84	2	341	28	14	22	34	1.93
22190876--22191152	56	4.9	56	83	3	326	28	14	23	34	1.93
22194060--22194086	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
22195918--22195948	12	2.6	12	100	0	62	29	9	16	45	1.79
22197627--22197716	27	3.2	27	84	7	110	33	23	23	20	1.97
22197822--22197914	28	3.3	28	93	3	152	30	6	27	35	1.82
22205307--22205420	55	2.1	56	83	8	144	35	20	23	21	1.96
22205340--22205420	27	2.9	27	81	7	101	32	20	24	22	1.98
22205527--22205591	28	2.3	28	92	5	105	29	6	29	35	1.82
22208300--22208535	56	4.2	56	92	0	382	28	13	23	34	1.93
22211498--22211575	41	1.9	41	97	0	147	43	14	14	28	1.83
22220802--22220907	42	2.4	45	85	6	137	35	25	13	25	1.92
22222962--22223002	18	2.3	18	91	0	64	26	17	21	34	1.95
22227948--22228009	28	2.2	28	91	0	106	38	9	22	29	1.86
22229959--22230174	29	7.6	29	75	3	222	17	18	35	28	1.93
22229929--22230207	57	4.9	57	91	0	459	18	18	34	28	1.95
22229931--22230202	28	9.6	28	69	9	165	18	18	34	28	1.94
22230190--22230227	20	1.9	20	94	0	67	13	18	42	26	1.87
22230133--22230284	77	2.0	77	90	0	241	18	18	34	28	1.94
22244341--22244613	94	2.9	93	77	10	288	25	30	16	27	1.97
22244341--22244613	46	5.8	48	79	10	257	25	30	16	27	1.97
22251107--22251164	28	2.1	28	83	6	73	25	22	8	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22254350--22254385	18	1.9	19	88	5	56	61	2	0	36	1.11
22254471--22254662	78	2.5	76	81	12	223	56	13	5	24	1.59
22254499--22254669	82	2.1	80	78	11	188	58	11	5	24	1.54
22254910--22254953	17	2.5	17	89	10	63	65	2	0	31	1.05
22259680--22259719	21	1.9	21	84	0	53	37	27	0	35	1.57
22259772--22259815	20	2.2	20	88	12	63	22	6	0	70	1.11
22260248--22260426	63	2.8	63	87	0	241	35	31	7	26	1.84
22262181--22262240	30	2.0	30	100	0	120	43	20	0	36	1.52
22275127--22275204	24	3.2	24	91	7	115	29	38	15	16	1.90
22278346--22278405	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
22280572--22280641	25	2.7	26	91	2	106	24	32	20	22	1.97
22285200--22285245	21	2.2	21	92	3	76	45	4	8	41	1.55
22286144--22286208	13	5.0	13	82	0	76	33	21	4	40	1.74
22287925--22288083	85	1.9	85	90	0	255	30	18	16	33	1.93
22288609--22288776	29	6.0	28	83	6	189	60	6	14	18	1.56
22292996--22293074	41	2.0	40	94	2	140	22	1	21	54	1.52
22302094--22302159	24	2.8	24	86	4	82	56	9	1	33	1.40
22309852--22309881	7	4.4	7	91	8	53	43	0	26	30	1.55
22317039--22317206	46	3.7	45	78	10	162	27	18	29	25	1.98
22318719--22318757	18	2.2	18	95	0	69	25	7	58	7	1.52
22327769--22327942	46	3.8	46	77	10	192	21	20	28	29	1.98
22327765--22327936	93	1.8	93	92	0	290	20	20	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22334204--22334257	21	2.6	21	96	0	99	27	31	25	14	1.95
22350986--22351041	28	2.0	28	96	0	103	39	16	7	37	1.76
22351039--22351183	38	3.8	38	83	3	184	38	28	19	13	1.89
22352451--22352490	16	2.6	15	88	7	62	17	10	0	72	1.11
22356223--22356445	79	2.8	79	84	8	292	25	27	22	24	2.00
22356223--22356445	40	5.7	40	84	8	278	25	27	22	24	2.00
22360326--22360509	79	2.3	81	83	8	227	25	27	22	24	2.00
22360307--22360509	39	5.1	40	81	9	229	24	27	22	25	2.00
22368273--22368457	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
22368254--22368457	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
22374741--22375165	138	3.1	137	85	6	602	42	7	4	45	1.53
22374741--22375165	142	3.0	142	86	5	573	42	7	4	45	1.53
22380606--22380840	45	5.2	45	84	1	301	26	24	20	28	1.99
22391634--22391658	13	1.9	13	100	0	50	72	12	0	16	1.13
22391662--22391729	15	5.2	13	74	19	61	72	2	17	7	1.21
22392725--22392841	6	19.2	6	65	10	58	70	2	18	7	1.22
22392726--22392795	34	2.0	35	88	2	106	74	4	14	7	1.19
22392725--22392796	18	4.1	18	78	8	76	72	4	16	6	1.23
22392802--22392839	13	2.8	13	82	17	51	73	0	18	7	1.06
22392803--22392853	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
22392856--22392918	33	1.9	33	84	12	85	53	6	26	12	1.62
22401493--22401608	44	2.6	44	79	6	126	25	30	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22401588--22401761	47	3.7	47	77	8	176	21	32	18	27	1.97
22401587--22401761	94	1.9	94	87	2	262	21	32	19	26	1.97
22409929--22409961	14	2.4	14	94	0	57	21	18	0	60	1.36
22412905--22413076	93	1.8	93	94	0	308	29	28	20	21	1.98
22412898--22413074	46	3.8	46	78	10	207	29	28	20	21	1.98
22417259--22417303	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
22420119--22420294	46	3.8	44	76	10	165	20	19	30	29	1.97
22420212--22420283	20	3.3	20	65	20	54	16	22	33	27	1.95
22420115--22420285	93	1.8	93	91	0	279	21	20	30	28	1.98
22422195--22422241	23	2.0	23	91	0	76	19	31	19	29	1.96
22427947--22427978	16	2.0	16	93	0	55	21	6	40	31	1.78
22430207--22430259	26	2.0	26	96	0	97	35	22	13	28	1.92
22430388--22430478	45	2.0	45	95	0	164	35	7	16	40	1.77
22433189--22433325	39	3.5	40	90	6	201	23	24	29	23	1.99
22441093--22441347	38	6.5	39	80	16	253	24	22	27	25	2.00
22443757--22443805	21	2.4	21	87	12	75	22	22	12	42	1.86
22443760--22443803	22	2.1	21	91	8	72	20	22	11	45	1.83
22457260--22457455	79	2.5	80	85	0	259	25	28	22	23	1.99
22457273--22457533	40	6.6	40	82	4	280	24	28	23	24	2.00
22457260--22457533	79	3.5	78	78	9	245	24	28	22	24	2.00
22457257--22457535	119	2.3	120	80	5	307	24	28	22	23	1.99
22457837--22457915	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22457897--22457999	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
22459844--22459922	37	2.1	37	86	4	106	25	31	17	25	1.97
22460040--22460380	47	7.2	47	90	2	506	28	29	9	32	1.88
22460352--22460402	22	2.3	22	100	0	102	25	31	15	27	1.96
22460302--22460446	71	2.0	71	94	4	256	28	28	11	31	1.91
22467791--22467815	13	1.9	13	100	0	50	36	32	24	8	1.84
22468242--22468305	29	2.2	30	81	13	80	31	9	0	59	1.29
22468261--22468307	19	2.5	20	80	16	55	27	10	0	61	1.29
22469823--22469906	26	3.4	25	73	18	70	20	10	2	66	1.33
22471374--22471406	15	2.1	17	88	11	52	69	15	9	6	1.34
22471372--22471413	17	2.4	18	77	22	54	64	19	7	9	1.46
22480472--22480540	34	2.0	34	100	0	138	26	5	11	56	1.57
22491061--22491111	6	9.0	6	84	4	54	15	3	1	78	0.99
22491065--22491131	5	12.8	5	76	17	57	17	4	1	76	1.04
22491069--22491131	23	2.7	23	82	7	74	19	4	1	74	1.08
22495159--22495358	40	5.0	40	96	0	364	19	23	30	26	1.98
22495540--22495638	28	3.5	28	70	10	103	23	20	28	28	1.99
22495537--22495665	56	2.3	56	92	5	224	21	19	31	27	1.97
22495568--22495665	28	3.5	28	67	19	78	20	19	33	26	1.96
22499866--22500025	40	4.0	40	95	0	284	19	23	30	26	1.98
22500208--22500306	28	3.5	28	70	10	103	22	19	28	30	1.98
22500209--22500333	56	2.2	56	92	0	214	19	19	32	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22504581--22504740	40	4.0	40	95	0	284	19	23	30	26	1.98
22504922--22505020	28	3.5	28	73	10	112	22	20	28	29	1.98
22504923--22505047	56	2.2	56	97	0	232	20	20	31	28	1.97
22504950--22505047	28	3.5	28	70	5	99	18	19	34	27	1.95
22515411--22515441	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
22519854--22519955	49	2.1	48	83	5	125	28	29	19	22	1.98
22524026--22524210	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99
22524026--22524208	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
22524027--22524243	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
22532091--22532275	40	4.7	40	84	7	227	23	22	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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