Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  318  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102372104--102372185
41
2.0
41
100
0
164
19
17
19
43
1.88
102373239--102373291
21
2.4
21
76
14
54
45
0
0
54
0.99
102374530--102374568
2
19.5
2
100
0
78
51
48
0
0
1.00
102376859--102376912
16
3.5
15
79
18
58
31
1
0
66
1.02
102378805--102379006
55
3.8
53
78
8
180
38
16
23
21
1.93
102389128--102389258
19
6.9
19
74
10
81
31
5
0
62
1.23
102389149--102389238
10
9.3
9
71
17
56
25
6
0
67
1.14
102390180--102390232
22
2.4
22
81
12
63
30
0
0
69
0.88
102403018--102403051
16
2.1
16
89
10
52
50
0
47
2
1.16
102414629--102414942
125
2.5
125
89
0
484
38
19
15
26
1.91
102415749--102415810
24
2.8
22
75
7
63
58
1
12
27
1.44
102416144--102416182
17
2.3
17
90
0
60
23
0
48
28
1.51
102420273--102420313
21
1.9
22
90
5
66
56
0
4
39
1.21
102420317--102420362
20
2.4
19
89
10
67
63
2
0
34
1.07
102422940--102423029
46
2.0
46
93
0
153
43
37
11
7
1.69
102424129--102424193
28
2.7
23
75
17
60
36
10
3
49
1.53
102424378--102424441
27
2.4
25
78
14
67
35
9
3
51
1.50
102424602--102424632
5
6.4
5
96
3
55
19
0
0
80
0.71
102435334--102435398
28
2.7
23
75
17
60
36
10
3
49
1.53
102435806--102435836
5
6.4
5
96
3
55
19
0
0
80
0.71
102438351--102438434
28
2.8
29
80
10
73
36
4
0
58
1.19
102446404--102446442
16
2.3
17
82
13
53
38
2
0
58
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102446409--102446442
16
2.1
16
94
0
59
44
0
0
55
0.99
102446457--102446501
19
2.3
19
88
3
63
35
2
6
55
1.38
102446471--102446510
20
2.0
20
90
5
62
37
2
5
55
1.35
102450140--102450177
19
2.0
19
89
0
58
36
0
18
44
1.50
102450395--102450438
22
2.0
22
86
0
61
52
0
0
47
1.00
102450530--102450586
15
3.5
15
71
17
51
49
0
1
49
1.11
102450532--102450568
19
1.9
19
88
0
56
48
0
0
51
1.00
102451046--102451084
14
2.8
14
92
0
60
33
17
7
41
1.79
102461269--102461936
23
29.1
23
79
7
626
37
24
5
32
1.79
102461823--102461879
22
2.5
23
77
2
62
47
22
0
29
1.52
102466807--102466863
16
3.7
16
83
6
73
35
0
0
64
0.93
102466797--102466862
7
9.0
7
79
9
69
40
0
0
59
0.98
102466802--102466863
15
4.1
15
79
8
72
37
0
0
62
0.95
102467676--102467713
15
2.6
15
80
19
53
47
31
0
21
1.51
102467669--102467718
22
2.3
22
80
13
59
48
28
0
24
1.52
102467855--102467987
7
19.0
7
72
11
51
43
35
0
20
1.57
102467878--102467924
14
3.4
14
81
0
58
51
27
2
19
1.58
102467855--102467902
22
2.2
22
89
10
73
45
31
0
22
1.53
102467852--102467923
35
2.1
35
84
5
92
48
29
1
20
1.58
102472900--102473007
54
2.0
54
85
3
146
43
5
19
31
1.74
102480732--102480888
85
1.8
86
87
1
235
39
14
19
26
1.90
102481780--102481819
3
13.3
3
89
0
62
70
2
0
27
1.01
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102483918--102483950
16
2.0
17
88
5
50
51
3
0
45
1.16
102484491--102484559
27
2.6
27
81
4
77
23
26
24
26
2.00
102484550--102484600
26
2.0
26
96
0
93
25
25
35
13
1.93
102488189--102488301
33
3.4
32
75
4
91
28
8
43
19
1.81
102490312--102490375
22
2.9
22
77
13
60
62
4
1
31
1.25
102490424--102490864
112
3.9
114
91
4
707
51
15
1
31
1.51
102490424--102490864
228
1.9
223
90
5
706
51
15
1
31
1.51
102491138--102491194
13
4.4
13
74
14
55
0
35
0
64
0.93
102491138--102491166
7
4.3
7
91
8
51
0
27
0
72
0.85
102491138--102491195
20
3.0
20
80
10
66
0
36
0
63
0.94
102495699--102495752
17
3.1
18
84
12
60
31
0
0
68
0.90
102504315--102504355
21
2.0
21
90
0
64
60
4
4
29
1.38
102504295--102504357
21
3.0
22
77
11
60
65
3
6
25
1.32
102504646--102504686
7
6.0
7
82
5
57
41
0
0
58
0.98
102505153--102505182
15
2.0
15
93
0
51
36
0
6
56
1.26
102505301--102505361
20
3.2
20
86
4
81
29
3
1
65
1.18
102507694--102507735
21
2.0
21
90
0
66
35
11
11
40
1.79
102509381--102509424
22
2.0
22
100
0
88
40
18
13
27
1.88
102512810--102512834
10
2.5
10
100
0
50
8
20
8
64
1.46
102517656--102517713
24
2.4
25
85
2
73
56
0
1
41
1.09
102517787--102517843
22
2.4
25
82
14
75
54
0
0
45
0.99
102518003--102518028
12
2.2
12
100
0
52
50
0
7
42
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102519016--102519082
32
2.1
32
97
0
125
34
19
17
28
1.95
102519290--102519346
29
2.0
29
82
6
71
33
3
1
61
1.23
102519294--102519401
11
9.7
11
68
17
55
35
1
1
61
1.18
102519373--102519415
9
4.7
9
82
11
52
37
0
2
60
1.10
102519353--102519414
27
2.3
28
83
8
76
37
0
1
61
1.06
102521673--102521713
3
13.7
3
94
0
73
63
0
2
34
1.08
102521529--102521847
147
2.1
151
85
6
416
59
4
5
30
1.39
102525148--102525181
15
2.3
15
90
10
52
23
8
5
61
1.47
102528465--102528501
3
12.3
3
100
0
74
32
0
0
67
0.91
102534829--102534907
34
2.3
34
97
0
149
24
8
12
54
1.66
102534994--102535027
16
2.1
16
88
0
50
23
2
0
73
0.97
102536834--102536915
37
2.2
37
77
0
92
45
6
14
34
1.70
102541449--102541532
25
3.4
24
77
12
64
32
17
29
20
1.96
102541469--102541542
25
3.0
25
84
5
96
33
18
29
17
1.94
102542622--102542675
20
2.7
20
91
0
81
9
31
38
20
1.84
102544053--102544092
9
4.4
9
93
0
62
65
7
2
25
1.32
102544272--102544518
3
80.7
3
66
21
90
58
3
5
31
1.39
102544445--102544518
22
3.4
22
75
15
64
58
2
6
32
1.39
102546623--102546723
52
1.9
52
86
4
141
29
24
19
25
1.99
102551829--102551875
22
2.1
23
88
4
69
4
21
4
70
1.22
102555676--102556024
80
4.3
80
88
2
479
38
31
4
26
1.76
102555900--102556137
114
2.1
113
86
2
336
40
26
4
28
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102556013--102556297
80
3.6
77
80
8
277
39
28
4
27
1.77
102555831--102556215
194
2.0
190
83
6
490
39
27
4
28
1.76
102556067--102556296
78
2.9
78
83
7
259
38
30
5
25
1.78
102556191--102556408
113
1.9
112
89
0
337
40
29
4
25
1.75
102556284--102556490
80
2.6
80
84
3
263
36
30
5
27
1.79
102556095--102556596
193
2.6
192
88
3
719
38
29
5
26
1.78
102556365--102556684
112
2.9
114
85
4
436
36
30
5
27
1.79
102560957--102560994
18
2.1
19
90
5
60
28
23
5
42
1.76
102562823--102562866
21
2.0
22
86
4
63
59
2
31
6
1.36
102579578--102579620
21
2.0
21
100
0
86
39
13
18
27
1.89
102582191--102582229
18
2.0
20
85
9
55
64
2
0
33
1.08
102587622--102587655
13
2.4
14
90
9
52
29
0
0
70
0.87
102593823--102593862
18
2.2
19
90
4
64
55
22
0
22
1.44
102600618--102600690
29
2.5
30
76
22
75
45
0
4
50
1.20
102603514--102603856
23
14.9
23
65
23
120
33
4
6
55
1.46
102603766--102603856
25
3.7
25
79
5
96
34
5
6
53
1.50
102603919--102603943
11
2.3
11
100
0
50
40
8
0
52
1.31
102603930--102603968
21
1.9
20
89
5
60
35
10
2
51
1.50
102603903--102603993
22
4.0
23
68
14
64
36
5
3
54
1.40
102607527--102607567
21
2.0
21
85
0
55
17
19
48
14
1.81
102609119--102609206
45
2.0
45
90
0
140
44
12
11
31
1.78
102615766--102615801
16
2.2
17
95
5
65
61
11
2
25
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102621038--102621086
21
2.3
21
83
10
64
6
12
14
67
1.40
102621050--102621095
21
2.2
21
84
7
58
6
13
13
67
1.41
102622052--102622077
12
2.2
12
100
0
52
30
0
42
26
1.56
102624651--102624710
6
10.3
6
94
3
52
8
71
8
11
1.30
102624670--102624710
12
3.4
12
96
0
73
2
68
12
17
1.31
102624670--102624710
18
2.3
18
95
0
73
2
68
12
17
1.31
102624619--102624779
81
2.0
81
85
4
218
14
59
6
18
1.57
102636249--102636320
36
2.0
36
94
0
126
16
47
4
31
1.66
102636743--102636774
16
2.0
16
93
0
55
12
15
18
53
1.73
102636852--102636942
45
2.0
45
93
0
155
34
14
12
39
1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325