genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27734364--27734428	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
27734871--27735366	27	18.6	27	87	2	653	22	21	21	33	1.97
27735351--27735529	54	3.3	54	86	4	245	29	8	21	40	1.83
27735351--27735529	27	6.6	27	84	0	214	29	8	21	40	1.83
27742874--27743058	40	4.7	40	86	6	243	24	22	27	25	2.00
27742874--27743058	79	2.3	81	87	4	252	24	22	27	25	2.00
27742875--27743091	79	2.7	79	83	5	226	25	22	27	24	2.00
27750749--27750933	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
27750750--27750933	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
27750750--27750966	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
27753015--27753045	16	1.9	16	100	0	62	6	22	19	51	1.69
27753839--27753870	5	6.2	5	92	7	55	78	0	21	0	0.76
27753815--27753870	15	3.6	16	78	7	71	71	0	25	3	1.02
27753818--27753870	25	2.1	26	82	10	65	71	0	24	3	1.02
27754626--27754656	16	1.9	16	100	0	62	6	22	19	51	1.69
27755450--27755481	5	6.2	5	92	7	55	78	0	21	0	0.76
27755426--27755481	15	3.6	16	76	7	62	71	0	23	5	1.06
27756444--27756487	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
27757207--27757246	20	2.0	20	100	0	80	15	5	35	45	1.68
27758659--27758704	24	1.9	24	90	0	74	34	13	17	34	1.88
27764069--27764144	40	1.9	41	91	5	129	25	18	30	26	1.98
27772416--27772636	40	5.6	41	81	9	246	25	23	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27773556--27773885	163	2.0	163	98	0	633	35	17	19	27	1.94
27780830--27781012	39	4.6	40	82	6	237	25	22	27	24	2.00
27780830--27781012	79	2.3	81	86	5	257	25	22	27	24	2.00
27780830--27781048	39	5.6	40	80	8	218	25	22	26	24	2.00
27780830--27781048	78	2.8	79	82	7	241	25	22	26	24	2.00
27782878--27782973	24	3.8	24	80	10	120	36	15	22	25	1.94
27782870--27782983	52	2.2	52	88	0	165	34	14	22	28	1.94
27783009--27783155	50	2.9	51	93	3	253	31	14	26	27	1.95
27787219--27787442	40	5.7	40	81	7	224	25	28	21	25	1.99
27787221--27787443	79	2.8	77	80	6	241	24	28	21	25	1.99
27793546--27793857	27	11.6	27	88	1	376	40	20	8	30	1.81
27793898--27794128	27	8.6	27	85	0	282	35	19	19	26	1.95
27794573--27794637	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
27794796--27794890	27	3.5	27	82	5	111	16	23	22	37	1.93
27795034--27795121	6	14.3	6	73	17	74	19	15	15	48	1.81
27795034--27795112	31	2.5	31	89	0	113	18	16	15	49	1.80
27804646--27804813	40	4.2	40	83	3	205	27	26	22	23	1.99
27811794--27811955	40	4.1	40	84	4	220	28	27	20	23	1.99
27819604--27819681	25	3.2	25	62	10	63	32	29	6	32	1.83
27819553--27819815	47	5.6	47	89	1	382	28	30	8	32	1.87
27826612--27826789	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
27826633--27826788	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27834711--27834888	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
27834732--27834887	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
27842918--27843017	24	4.2	24	96	0	173	33	3	41	23	1.69
27844425--27844535	27	4.2	26	86	5	141	17	24	21	36	1.94
27850756--27850808	24	2.2	24	89	0	79	30	1	45	22	1.63
27852217--27852327	27	4.2	26	89	5	159	15	24	23	36	1.93
27858431--27858651	122	1.8	120	89	1	343	40	9	19	30	1.83
27864867--27865011	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
27868886--27868925	13	3.1	13	96	0	71	15	25	42	17	1.88
27871287--27871314	8	3.5	8	100	0	56	53	21	0	25	1.46
27879810--27879931	47	2.6	46	90	2	190	34	13	26	25	1.93
27879910--27880147	54	4.4	54	82	3	273	37	16	23	22	1.93
27886080--27886201	47	2.6	46	88	2	181	35	13	25	25	1.93
27886180--27886417	54	4.4	54	80	7	259	37	16	23	22	1.93
27886179--27886430	108	2.3	106	81	5	301	36	16	23	23	1.94
27890695--27890870	46	3.8	46	77	12	180	21	19	28	30	1.97
27899028--27899061	4	8.5	4	86	0	50	73	0	20	5	1.04
27901251--27901289	16	2.6	14	81	14	51	23	23	2	51	1.61
27901231--27901316	43	2.0	43	82	8	104	25	20	3	50	1.64
27920004--27920105	29	3.6	29	83	1	125	28	28	15	27	1.96
27920177--27920210	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
27926692--27926747	21	2.7	21	75	2	60	60	3	5	30	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27927630--27927707	29	2.7	29	83	0	102	28	29	16	25	1.97
27928246--27928295	25	2.0	25	96	0	91	18	20	34	28	1.95
27930176--27930260	43	2.0	43	100	0	170	25	11	11	50	1.73
27932510--27932577	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
27932679--27932757	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
27940397--27940464	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
27940566--27940644	29	2.7	30	82	13	110	30	29	15	25	1.96
27940321--27940638	174	1.8	172	87	6	471	32	24	13	29	1.94
27949441--27949589	40	3.7	40	88	1	201	25	24	26	23	2.00
27957508--27957658	40	3.8	40	91	1	223	23	23	29	23	1.99
27976956--27977108	28	5.5	28	85	0	189	28	29	16	25	1.97
27977606--27977640	17	2.0	18	88	5	54	20	5	14	60	1.54
27979174--27979276	37	2.8	37	83	5	111	28	16	29	26	1.97
27979271--27979410	48	2.9	48	90	0	217	30	16	25	28	1.97
27979406--27979498	42	2.2	40	78	10	96	21	17	31	30	1.96
27988877--27988998	46	2.6	47	84	5	147	26	22	14	36	1.93
27994473--27994497	13	1.9	13	100	0	50	36	40	24	0	1.55
28000373--28000543	46	3.7	46	78	9	152	23	28	20	27	1.99
28004175--28004277	54	1.9	54	85	0	143	37	18	17	26	1.93
28004175--28004293	27	4.4	27	78	2	123	36	17	19	26	1.94
28004175--28004294	54	2.2	55	80	5	138	37	17	19	25	1.93
28005035--28005094	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28008609--28008672	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
28008893--28008963	26	2.8	26	89	4	110	29	21	25	23	1.99
28008880--28008963	26	3.4	25	86	6	109	28	21	22	27	1.99
28009011--28009056	19	2.3	20	96	3	85	34	19	10	34	1.87
28011590--28011735	39	3.7	39	92	0	229	30	26	20	22	1.98
28022051--28022187	70	2.0	70	91	0	220	21	13	21	43	1.87
28022974--28023125	81	1.9	81	91	0	250	36	18	20	24	1.94
28022973--28023126	27	5.7	27	86	0	218	36	18	20	24	1.95
28022977--28023146	81	2.1	81	85	4	236	36	18	20	25	1.94
28029173--28029377	27	7.6	27	85	4	252	26	15	28	29	1.96
28037280--28037484	27	7.6	27	85	4	252	26	15	28	29	1.96
28039544--28039588	18	2.6	18	85	3	56	66	2	2	28	1.15
28039554--28039588	18	1.9	18	94	0	61	71	0	2	25	1.00
28039662--28039708	25	1.9	25	86	4	69	61	0	4	34	1.15
28040007--28040048	22	2.0	21	95	4	75	66	0	0	33	0.92
28051801--28051879	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
28051998--28052581	47	12.1	47	90	4	871	28	29	9	32	1.88
28052009--28052581	145	3.9	147	91	4	910	28	29	9	32	1.88
28051998--28052581	245	2.4	241	93	2	974	28	29	9	32	1.88
28057947--28058092	29	5.1	29	84	2	170	26	30	15	27	1.96
28060375--28060423	21	2.3	21	96	0	89	18	36	14	30	1.90
28064337--28064438	43	2.4	43	81	0	132	25	17	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28064456--28064533	40	1.9	41	81	2	95	26	17	26	28	1.98
28070023--28070500	105	4.6	105	96	1	834	30	29	20	19	1.97
28077256--28077628	105	3.6	105	94	1	642	30	30	20	19	1.97
28080652--28080787	29	4.7	29	83	5	152	27	30	13	28	1.94
28088747--28088780	17	2.0	17	88	0	50	20	14	11	52	1.73
28090632--28090849	40	5.5	39	85	7	271	22	22	28	25	1.99
28093093--28093131	20	1.9	20	84	5	51	43	10	30	15	1.80
28098754--28098971	40	5.5	40	86	4	266	22	22	29	26	1.99
28103006--28103171	42	3.9	42	75	3	152	27	16	25	31	1.96
28105118--28105214	50	1.9	50	91	0	158	36	9	22	31	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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