genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89631488--89631675	40	4.7	40	91	3	308	25	27	22	25	2.00
89638808--89638978	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
89638800--89638975	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
89642253--89642440	40	4.7	40	91	3	308	25	27	22	25	2.00
89647315--89647479	24	6.9	24	80	10	176	21	12	31	34	1.91
89647315--89647449	72	1.9	72	87	3	200	20	12	31	35	1.90
89647315--89647479	72	2.3	72	84	2	197	21	12	31	34	1.91
89654739--89654769	13	2.4	13	94	0	53	74	3	22	0	0.96
89655588--89655747	43	3.7	42	76	6	151	25	18	26	28	1.98
89659273--89659315	17	2.5	17	96	0	77	67	4	27	0	1.10
89660617--89660684	34	2.0	35	85	8	95	22	23	11	42	1.86
89669952--89669989	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
89674597--89674656	30	2.0	30	86	0	84	28	25	6	40	1.80
89676708--89676858	68	2.3	64	81	10	162	31	15	27	26	1.96
89676781--89676960	67	2.8	63	77	9	184	30	17	27	24	1.97
89682522--89682546	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
89683646--89683795	43	3.5	43	79	13	159	25	18	24	32	1.97
89688794--89689199	47	8.6	47	93	2	659	32	8	29	29	1.86
89688794--89689199	143	2.9	143	94	0	690	32	8	29	29	1.86
89691118--89691151	9	3.9	9	96	3	61	70	0	29	0	0.87
89691116--89691159	18	2.4	18	85	7	63	72	0	27	0	0.85
89691115--89691152	4	9.0	4	88	11	58	71	0	28	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89691127--89691166	13	3.0	13	85	7	53	72	0	27	0	0.85
89696568--89696606	20	2.0	20	100	0	78	41	10	7	41	1.68
89707957--89708013	28	2.0	27	80	12	62	28	24	21	26	1.99
89714328--89714378	6	8.5	6	97	0	93	82	0	1	15	0.76
89719761--89719786	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
89728271--89728299	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
89735869--89735995	45	2.9	45	82	8	138	24	27	22	25	2.00
89736325--89736436	43	2.6	43	89	0	179	31	30	25	13	1.93
89736434--89736630	38	5.1	38	84	2	241	32	23	20	22	1.98
89736434--89736630	78	2.6	76	81	3	232	32	23	20	22	1.98
89741949--89742001	16	3.3	16	76	10	54	33	5	24	35	1.79
89743231--89743265	13	2.8	13	91	4	54	28	0	0	71	0.86
89743478--89743520	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
89743485--89743525	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
89747843--89748036	40	4.9	40	93	0	327	26	22	28	22	1.99
89747843--89748065	80	2.8	80	89	2	335	27	23	27	21	1.99
89755847--89756079	79	2.9	79	93	1	396	26	23	28	21	1.99
89755847--89756079	40	5.9	40	94	1	398	26	23	28	21	1.99
89755847--89756105	119	2.2	118	89	4	396	27	23	27	21	1.99
89759944--89759971	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
89765956--89766333	191	2.0	190	84	2	499	38	11	21	28	1.88
89769015--89769055	19	2.2	20	82	8	50	34	2	4	58	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89776303--89776343	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
89779777--89779814	16	2.4	16	86	4	51	34	5	5	55	1.45
89780432--89780501	28	2.4	30	81	9	83	27	14	8	50	1.72
89782818--89782843	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
89783371--89783411	19	2.2	19	91	4	66	51	0	14	34	1.43
89784085--89784169	43	2.0	43	88	0	125	49	3	24	22	1.65
89785193--89785234	22	2.0	22	85	4	59	33	11	7	47	1.68
89785473--89785580	49	2.2	49	89	1	162	43	6	24	25	1.78
89794498--89794550	23	2.3	23	74	3	54	54	0	3	41	1.18
89803282--89803320	17	2.3	17	86	0	51	69	5	0	25	1.09
89807101--89807177	39	2.0	39	100	0	154	38	11	12	36	1.80
89808999--89809165	46	3.6	46	74	16	148	29	18	28	23	1.98
89815871--89816360	47	10.6	47	89	4	735	33	8	28	29	1.87
89815989--89816067	39	2.0	39	92	0	131	34	11	26	27	1.91
89815871--89816360	133	3.5	141	88	5	726	33	8	28	29	1.87
89819627--89819747	47	2.6	46	82	7	145	29	15	30	23	1.96
89819721--89819843	46	2.7	44	82	7	131	29	18	27	24	1.98
89819666--89819988	48	6.8	49	73	14	153	28	17	29	24	1.97
89819813--89819986	49	3.6	49	80	9	178	27	17	29	25	1.98
89819808--89819986	50	3.6	50	80	8	181	27	17	29	25	1.98
89828987--89829150	46	3.5	46	79	11	149	29	18	28	22	1.98
89829170--89829342	49	3.6	48	76	5	152	28	20	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89838654--89838824	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
89838649--89838821	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
89839240--89839299	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
89846193--89846363	46	3.7	46	77	14	190	29	28	19	21	1.98
89846198--89846367	92	1.8	93	92	1	288	29	29	20	21	1.98
89848984--89849131	39	3.8	40	92	2	230	17	22	29	30	1.97
89855775--89855849	27	2.7	27	78	19	75	26	14	26	32	1.95
89863925--89864022	27	3.5	28	87	6	128	27	15	27	29	1.96
89871928--89872001	28	2.6	28	89	8	107	28	14	27	29	1.95
89878674--89878781	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
89881521--89881581	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
89884233--89884292	30	2.1	28	84	6	75	23	25	30	21	1.99
89885114--89885214	33	3.0	33	82	1	112	29	17	22	29	1.97
89886962--89886991	15	1.9	16	93	6	53	60	0	16	23	1.36
89893078--89893291	104	2.1	104	99	0	419	28	19	9	43	1.81
89895194--89895369	51	3.5	48	75	15	169	32	24	17	26	1.96
89901015--89901117	51	2.0	51	98	0	197	44	10	21	23	1.83
89901306--89901352	24	1.9	24	86	4	67	21	23	10	44	1.83
89901444--89901677	55	4.4	54	81	8	259	22	24	17	35	1.95
89901468--89901670	108	1.9	110	88	4	313	24	24	17	33	1.96
89906880--89907062	67	2.8	64	77	8	192	30	16	30	22	1.96
89911899--89912153	55	4.8	54	80	9	258	21	24	18	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89911944--89912142	108	1.8	110	87	6	298	23	24	17	34	1.96
89914492--89914668	88	2.0	88	96	0	327	38	9	15	36	1.79
89915764--89915889	21	6.1	21	79	9	125	16	22	15	46	1.84
89915764--89915889	63	2.0	61	83	3	153	16	22	15	46	1.84
89916702--89916761	30	2.0	30	96	0	111	23	28	33	15	1.94
89924624--89925161	47	11.4	47	92	1	860	28	30	8	33	1.86
89924749--89924824	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
89924937--89925012	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
89926610--89926737	40	3.2	40	91	4	199	24	23	27	25	2.00
89926972--89927015	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
89932259--89932306	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
89932255--89932306	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
89932254--89932310	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
89932434--89932520	25	3.7	24	79	10	83	55	5	6	32	1.50
89932539--89932591	14	4.1	13	74	16	56	64	0	3	32	1.12
89934077--89934328	72	3.5	72	91	4	391	30	18	17	32	1.95
89934261--89934506	88	2.8	87	83	4	280	34	19	18	28	1.95
89934505--89934870	77	4.9	74	84	6	434	32	19	16	31	1.94
89934888--89935063	71	2.5	70	84	3	203	34	22	14	28	1.93
89946901--89946948	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
89946897--89946948	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
89946896--89946952	24	2.4	24	79	5	71	64	1	3	29	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89947059--89947115	22	2.9	18	75	12	51	56	5	5	33	1.44
89947180--89947311	25	5.6	25	74	8	98	59	2	3	34	1.28
89947172--89947294	50	2.4	50	77	6	124	59	2	3	34	1.27
89950980--89951146	40	4.2	40	88	5	234	24	23	27	24	2.00
89950980--89951146	79	2.1	79	89	6	250	24	23	27	24	2.00
89951381--89951424	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
89961259--89961335	27	2.9	27	80	3	66	28	14	20	36	1.92
89961293--89961350	27	2.1	27	87	0	80	37	13	13	34	1.85
89961331--89961697	27	13.6	27	84	0	421	28	11	22	37	1.89
89961275--89961697	81	5.2	81	82	2	449	29	11	22	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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