genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70625443--70625660	40	5.5	40	90	2	325	23	22	28	25	1.99
70627789--70627958	46	3.7	46	77	13	186	21	20	28	29	1.98
70627783--70627954	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	29	1.98
70633763--70633794	16	2.0	16	100	0	64	75	0	25	0	0.81
70637456--70637568	43	2.7	43	81	4	131	25	19	23	30	1.98
70643350--70643397	15	3.1	16	79	11	64	8	16	16	58	1.61
70643468--70643507	20	2.0	20	100	0	80	40	10	20	30	1.85
70645855--70646020	46	3.6	46	72	15	153	20	18	29	31	1.96
70645841--70646012	93	1.8	93	86	2	247	20	19	29	31	1.97
70664820--70664867	23	2.1	23	84	7	62	33	8	14	43	1.75
70671180--70671328	42	3.5	43	78	13	155	28	20	24	26	1.99
70671219--70671336	43	2.8	42	75	13	125	27	21	24	27	1.99
70675616--70675800	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
70675597--70675800	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
70706039--70706075	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
70719445--70719504	25	2.4	25	80	2	68	26	23	20	30	1.98
70719547--70719584	20	1.9	20	88	0	58	31	18	7	42	1.79
70727224--70727297	25	3.0	24	86	4	85	27	22	21	28	1.99
70729555--70729756	27	7.4	27	85	3	199	29	28	14	26	1.95
70729555--70729755	54	3.7	54	83	3	251	29	28	14	26	1.95
70729606--70729755	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
70734332--70734371	21	1.9	21	89	0	62	45	7	15	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70737065--70737358	40	7.4	40	88	3	391	23	22	28	25	1.99
70741956--70742051	43	2.2	43	83	3	113	27	15	26	31	1.96
70743673--70743738	33	2.0	33	81	3	78	30	25	19	24	1.98
70743773--70743854	31	2.7	31	92	3	132	29	24	15	30	1.96
70744074--70744143	25	2.8	25	84	0	95	24	21	27	27	1.99
70744953--70745016	26	2.4	26	79	7	67	20	25	18	35	1.95
70745070--70745289	27	8.1	27	79	5	138	31	10	19	39	1.84
70745089--70745281	81	2.4	81	73	7	178	30	8	19	41	1.81
70745047--70745298	54	4.7	55	74	9	187	30	10	20	38	1.86
70745286--70745433	27	5.5	27	85	0	206	42	8	22	27	1.81
70745257--70745433	81	2.2	81	85	2	212	40	8	22	28	1.83
70749884--70750008	47	2.7	46	85	4	153	33	28	16	21	1.95
70750273--70750358	42	2.0	42	95	0	154	26	20	16	36	1.94
70755529--70755651	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
70768010--70768194	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
70767991--70768194	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
70772081--70772188	37	2.9	37	94	0	180	25	32	19	22	1.97
70772351--70772771	47	9.0	47	90	1	637	25	29	12	32	1.92
70772368--70772772	141	2.9	141	95	1	722	26	29	11	32	1.92
70778411--70778594	68	2.7	68	89	5	250	33	14	27	24	1.94
70782266--70782325	27	2.3	26	82	2	66	31	21	23	23	1.98
70786345--70786369	9	2.8	9	100	0	50	56	20	0	24	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70787142--70787312	46	3.7	46	78	14	165	29	19	29	21	1.98
70787136--70787407	47	5.8	45	78	11	228	28	18	29	23	1.98
70787144--70787407	140	1.9	141	85	5	365	28	18	29	23	1.98
70801823--70801870	17	2.8	17	78	9	53	18	2	2	77	0.97
70804857--70804899	22	1.9	23	90	4	70	34	11	39	13	1.82
70808299--70808824	47	11.1	47	95	0	845	31	10	30	28	1.90
70808987--70809065	37	2.1	37	85	0	104	24	18	31	25	1.98
70811396--70811504	5	20.8	5	77	19	91	18	3	0	77	0.98
70811395--70811504	26	4.2	25	81	14	123	18	3	0	77	0.97
70811395--70811484	18	5.5	18	77	15	72	16	3	1	78	0.94
70815257--70815303	23	2.0	25	84	12	64	46	0	0	53	1.00
70824580--70824626	18	2.6	19	80	10	62	23	29	10	36	1.89
70827918--70828238	48	6.7	48	75	7	251	24	28	18	28	1.98
70827918--70828251	144	2.3	142	80	5	350	25	29	17	27	1.98
70832901--70832934	15	2.3	15	94	0	59	8	29	0	61	1.26
70832900--70832934	10	3.5	10	88	0	52	8	31	0	60	1.27
70834425--70834462	20	1.9	20	88	0	58	28	5	36	28	1.79
70835218--70835250	13	2.8	12	90	9	50	36	0	3	60	1.12
70841473--70841497	13	1.9	13	100	0	50	0	0	68	32	0.90
70844178--70844224	19	2.3	20	85	7	60	48	0	0	51	1.00
70844249--70844285	16	2.3	17	86	13	60	40	2	0	56	1.13
70846781--70846827	25	1.9	24	83	12	60	74	2	10	12	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70846858--70846890	17	1.9	17	93	0	57	72	0	24	3	0.98
70851088--70851134	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
70851883--70851931	5	9.8	5	95	0	89	57	0	2	40	1.10
70853558--70853728	63	2.7	63	75	1	173	27	9	29	33	1.89
70855668--70855704	19	1.9	19	88	0	56	45	8	18	27	1.77
70855750--70855786	17	2.2	17	100	0	74	29	0	29	40	1.57
70856732--70856784	20	2.5	21	87	9	81	13	33	30	22	1.92
70862559--70862612	5	10.6	5	76	11	56	18	0	5	75	0.98
70862559--70862613	25	2.1	27	87	12	80	18	0	5	76	0.97
70885126--70885154	12	2.3	13	94	5	51	72	3	0	24	1.00
70887510--70887618	45	2.3	46	86	7	141	33	10	28	27	1.89
70891561--70891823	46	5.7	45	74	12	228	20	19	30	29	1.97
70891601--70891769	47	3.6	47	78	7	209	21	20	30	27	1.98
70891561--70891816	93	2.8	93	95	0	440	20	19	30	28	1.97
70894144--70894195	22	2.4	21	81	9	59	50	3	1	44	1.31
70895708--70895786	39	2.0	39	95	0	140	45	15	13	25	1.83
70895721--70895784	21	3.2	21	62	20	55	48	12	14	25	1.78
70896350--70896433	40	2.2	38	84	4	105	26	23	21	28	1.99
70896957--70896991	17	2.0	18	88	5	54	17	40	25	17	1.90
70899319--70899563	49	4.9	49	80	3	256	28	26	18	26	1.98
70899332--70899562	100	2.3	99	81	5	277	29	25	18	25	1.98
70906973--70907559	292	2.0	292	97	0	1111	35	18	10	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70910908--70911100	6	31.8	6	74	19	170	47	14	18	19	1.82
70910908--70911100	91	2.2	90	89	7	299	47	14	18	19	1.82
70911456--70911514	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
70911602--70911684	27	3.1	26	84	5	103	36	21	22	19	1.95
70911882--70912094	27	7.9	27	85	1	248	26	20	19	34	1.96
70912090--70912438	27	13.0	27	85	5	429	40	9	21	27	1.85
70913681--70913798	46	2.6	45	87	5	157	30	17	29	22	1.97
70913785--70913817	16	2.1	16	100	0	66	18	30	33	18	1.94
70916560--70916787	46	5.1	47	86	10	338	28	29	8	32	1.87
70916605--70916731	38	3.1	38	70	24	114	27	30	9	32	1.88
70916577--70916787	84	2.4	89	89	7	317	28	29	9	32	1.88
70916654--70916787	47	2.9	45	92	6	223	29	28	8	34	1.86
70920175--70920357	40	4.6	40	80	6	194	24	26	22	26	2.00
70920665--70920743	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
70922799--70923122	47	7.1	47	88	6	459	28	30	9	32	1.88
70922904--70923076	85	2.0	85	98	0	337	28	28	9	34	1.88
70922857--70923122	132	2.0	132	97	0	496	29	28	8	33	1.87
70922857--70923164	132	2.3	130	86	6	379	30	28	7	33	1.85
70936384--70936470	27	3.2	27	83	0	111	24	13	20	41	1.89
70941522--70941696	46	3.8	46	76	14	180	21	20	29	29	1.98
70941518--70941687	92	1.8	93	91	1	279	21	20	29	28	1.98
70947371--70947432	20	3.0	21	75	13	65	35	24	19	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70985530--70985655	46	2.7	46	95	0	216	20	22	26	30	1.98
70992356--70992571	39	5.5	40	81	7	219	23	23	28	25	2.00
70992356--70992545	79	2.4	79	84	6	226	22	23	28	25	1.99
70992356--70992557	40	5.1	40	81	9	209	22	23	28	25	1.99
70992356--70992571	79	2.7	79	80	7	217	23	23	28	25	2.00
70996347--70996519	46	3.7	46	76	17	196	21	19	28	30	1.98
70996344--70996513	93	1.8	93	93	2	297	21	19	29	30	1.97
70998955--70999051	34	2.8	36	81	6	103	22	27	20	28	1.99
71005611--71005780	93	1.8	93	89	0	268	28	27	21	22	1.99
71005604--71005776	46	3.8	45	75	13	163	28	28	20	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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