genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83714368--83714417	12	3.9	13	71	12	50	60	0	6	34	1.21
83714469--83714517	20	2.5	20	83	9	66	59	0	4	36	1.17
83714594--83714643	19	2.7	19	84	6	68	68	2	4	26	1.18
83715964--83715995	8	4.0	8	95	0	55	65	0	0	34	0.93
83716305--83716348	20	2.2	20	84	8	54	56	6	0	36	1.26
83717655--83717713	27	2.2	27	78	3	66	33	10	13	42	1.78
83722573--83722731	27	5.9	27	82	11	184	35	21	23	19	1.96
83722591--83722731	54	2.6	54	94	2	239	35	22	23	18	1.96
83724352--83724433	26	3.2	26	96	0	155	35	25	7	31	1.84
83727802--83727842	6	6.5	6	89	10	64	80	2	0	17	0.82
83727805--83727844	20	2.0	20	95	0	71	77	5	0	17	0.94
83727862--83727920	9	6.6	9	80	7	66	25	11	22	40	1.88
83729549--83729780	116	2.0	116	98	0	446	25	12	9	52	1.70
83730250--83731668	708	2.0	708	99	0	2811	29	12	11	45	1.78
83748648--83748689	19	2.2	19	91	4	66	38	4	2	54	1.34
83749176--83749220	22	2.0	23	82	4	56	2	22	31	44	1.65
83750511--83750541	4	7.8	4	92	0	53	25	25	0	48	1.52
83752158--83752350	102	1.9	103	84	7	259	31	16	14	37	1.89
83752318--83752545	101	2.3	99	86	3	305	34	19	14	30	1.92
83753382--83753412	16	1.9	16	93	0	53	77	3	0	19	0.90
83753457--83753742	100	2.8	101	77	4	317	30	17	20	31	1.96
83753457--83753752	103	2.9	100	76	3	324	31	16	20	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83753646--83753851	111	1.9	111	83	3	272	33	15	18	32	1.93
83756941--83756985	22	2.1	22	83	4	56	37	0	4	57	1.19
83759230--83759267	18	2.1	18	100	0	76	28	15	23	31	1.96
83768906--83769020	44	2.6	44	81	8	126	33	17	20	29	1.95
83768957--83769263	88	3.3	87	72	17	253	30	18	22	28	1.97
83769134--83769290	44	3.6	43	75	5	152	30	18	19	31	1.96
83768843--83769290	233	1.9	231	79	4	497	31	16	20	30	1.95
83773934--83773963	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
83776001--83776176	40	4.4	40	87	3	232	27	28	21	22	1.99
83776023--83776176	79	1.9	79	88	2	229	27	28	20	22	1.99
83782747--83782923	40	4.4	40	90	2	250	27	29	22	20	1.98
83785338--83785456	33	3.6	34	79	9	122	31	5	2	59	1.34
83785406--83785462	8	7.5	8	72	18	50	35	5	0	59	1.20
83786084--83786112	15	1.9	15	100	0	58	27	17	20	34	1.95
83787479--83787506	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
83795791--83795850	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
83814391--83814434	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
83815276--83815312	18	2.1	18	100	0	74	45	5	10	37	1.62
83818636--83818731	24	4.0	24	78	6	77	38	12	20	28	1.89
83827779--83827848	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
83835652--83835721	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
83844045--83844216	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83844038--83844213	46	3.8	46	79	12	207	29	29	20	20	1.98
83844087--83844225	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
83848532--83848842	47	6.6	47	92	1	496	33	8	29	29	1.86
83848532--83848842	143	2.2	141	93	1	523	33	8	29	29	1.86
83850252--83850523	40	6.8	40	92	0	420	23	21	29	25	1.99
83854522--83854830	47	6.6	47	93	3	505	33	8	29	29	1.86
83854522--83854830	93	3.3	94	92	3	523	33	8	29	29	1.86
83857807--83857881	38	2.0	38	97	2	143	32	13	24	30	1.93
83859067--83859208	39	3.6	39	83	5	169	25	23	26	24	2.00
83859067--83859235	78	2.2	79	80	4	182	24	22	27	26	2.00
83865134--83865190	28	2.1	27	96	3	105	28	15	28	28	1.96
83865626--83865759	69	1.9	70	81	6	164	26	24	27	20	1.99
83865696--83865794	39	2.6	39	80	3	112	25	24	27	23	2.00
83871205--83871376	93	1.8	93	94	0	308	28	29	21	20	1.98
83871198--83871373	46	3.8	46	79	12	207	29	28	21	20	1.98
83877332--83877372	20	2.0	20	90	0	64	29	29	9	31	1.89
83888761--83888899	49	2.8	49	85	2	197	28	27	18	25	1.98
83891161--83891206	24	1.9	24	86	8	67	26	6	4	63	1.38
83897714--83897985	150	1.8	150	79	3	323	31	16	20	30	1.95
83900544--83900588	21	2.1	22	83	4	56	57	0	4	37	1.19
83902593--83902660	34	2.0	34	97	0	127	41	25	2	30	1.70
83903967--83904145	27	6.7	27	85	0	207	45	21	11	22	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83908670--83908933	81	3.3	81	76	6	232	43	18	14	23	1.87
83908670--83908925	27	9.5	27	75	3	210	43	18	14	23	1.87
83909053--83909086	17	1.9	18	94	5	61	17	41	26	14	1.88
83909053--83909093	18	2.3	18	87	8	57	21	41	24	12	1.87
83911813--83911905	47	2.0	47	100	0	186	50	17	10	21	1.76
83919805--83919868	5	13.0	5	95	1	112	57	0	1	40	1.08
83926117--83926211	41	2.3	41	90	1	147	32	29	15	22	1.95
83946579--83946686	26	4.2	26	91	0	171	37	24	5	33	1.79
83949774--83949891	41	2.9	41	82	2	114	34	23	16	25	1.95
83949797--83949891	41	2.3	40	89	1	136	33	26	16	23	1.96
83951726--83951774	22	2.1	24	85	7	66	73	4	8	14	1.21
83957615--83957662	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
83957698--83957744	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
83957793--83957886	25	3.8	24	78	9	91	25	22	22	29	1.99
83957817--83957899	25	3.4	24	81	8	96	27	20	21	30	1.98
83958108--83958200	38	2.4	38	92	0	159	35	15	23	25	1.94
83976788--83976918	47	2.8	47	85	0	172	35	25	16	23	1.95
83995244--83995310	34	2.0	34	90	0	107	32	20	8	37	1.84
83999049--83999156	27	4.0	26	88	5	144	37	22	24	16	1.94
83999424--83999479	19	2.9	19	81	2	67	23	32	16	28	1.96
84000556--84000637	24	3.4	23	86	9	119	18	36	6	39	1.75
84002998--84003098	24	4.2	23	90	6	148	20	39	4	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84005508--84005743	50	4.8	50	78	8	243	27	19	29	23	1.98
84005517--84005774	50	5.3	48	75	10	222	27	19	29	24	1.98
84005517--84005692	95	1.9	95	86	0	253	27	19	30	22	1.98
84011794--84011854	31	2.0	31	83	3	79	32	9	24	32	1.88
84012411--84012693	48	5.9	48	81	5	295	25	17	32	25	1.97
84012411--84012694	50	5.9	50	82	4	280	25	17	32	25	1.97
84015304--84015338	16	2.1	17	89	5	54	37	14	20	28	1.91
84015591--84015718	47	2.7	47	83	4	159	32	27	16	23	1.96
84016261--84016320	29	2.1	28	84	3	75	28	25	3	43	1.70
84017067--84017187	35	3.5	35	78	2	100	29	24	16	28	1.97
84022991--84023042	26	2.0	26	92	0	86	61	11	9	17	1.55
84025652--84025972	48	6.7	48	78	6	301	22	30	19	27	1.98
84025652--84026009	48	7.5	50	77	10	270	22	29	19	27	1.98
84025663--84026018	95	3.8	93	76	16	313	23	28	19	28	1.98
84025653--84025968	143	2.2	143	84	7	390	23	30	19	27	1.98
84031935--84032245	48	6.6	49	72	13	201	23	29	18	28	1.98
84033473--84033531	29	2.0	29	100	0	118	32	13	16	37	1.88
84033709--84033740	16	1.9	17	93	6	57	43	0	12	43	1.42
84034608--84034705	45	2.2	45	94	1	171	34	14	5	45	1.67
84036638--84036678	20	2.1	20	86	13	59	12	12	12	63	1.53
84042901--84042971	19	3.8	19	77	1	72	35	25	21	18	1.95
84042945--84042993	19	2.6	19	83	0	53	26	28	26	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84046827--84046864	16	2.4	16	100	0	76	26	26	7	39	1.83
84048142--84048276	68	2.0	68	85	0	180	37	17	22	23	1.94
84053355--84053476	55	2.2	55	77	2	129	18	29	27	24	1.98
84068553--84068588	18	2.0	18	100	0	72	38	5	11	44	1.63
84071407--84071720	38	8.3	38	89	0	466	33	24	21	20	1.97
84074713--84075106	27	14.7	26	78	8	101	35	22	9	32	1.86
84074781--84074961	81	2.2	81	91	0	290	29	22	8	39	1.84
84074781--84074961	54	3.4	54	93	1	301	29	22	8	39	1.84
84074940--84075052	54	2.1	54	82	9	133	41	22	7	29	1.80
84074832--84075003	81	2.1	81	81	4	195	32	22	8	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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