genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21482454--21482561	26	4.2	26	90	0	162	36	25	7	31	1.83
21489455--21489562	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
21493518--21493723	40	5.2	40	91	1	308	28	27	21	22	1.99
21507718--21507923	40	5.2	40	90	1	299	28	27	21	22	1.99
21513846--21513953	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
21516636--21516754	46	2.6	46	85	1	150	34	21	15	27	1.94
21520689--21520715	6	4.5	6	100	0	54	29	37	0	33	1.58
21520780--21520810	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
21524216--21524266	3	16.7	3	95	4	93	66	0	0	33	0.92
21527742--21527881	43	3.3	41	79	12	149	25	15	25	33	1.95
21534321--21534387	32	2.1	32	100	0	134	43	0	25	31	1.55
21534963--21535101	42	3.2	43	77	13	151	24	14	25	35	1.93
21535022--21535114	42	2.2	42	84	5	125	27	17	22	32	1.96
21534963--21535132	43	4.0	43	74	10	150	25	15	24	34	1.95
21537794--21537857	28	2.3	28	94	2	112	15	48	21	14	1.80
21538749--21539018	47	5.8	45	77	9	197	24	28	18	28	1.98
21559969--21560085	62	1.9	59	84	5	153	41	5	3	50	1.41
21564612--21564756	35	4.1	34	75	6	137	28	12	16	42	1.85
21564719--21564847	50	2.5	50	81	2	132	27	6	22	42	1.79
21571820--21572044	122	1.9	120	92	1	378	39	12	20	28	1.88
21577240--21577280	20	2.0	20	90	0	64	36	19	19	24	1.95
21579176--21579320	35	4.1	35	73	2	121	26	13	17	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21586970--21587032	20	3.3	20	70	17	71	20	3	25	50	1.63
21586971--21587042	36	2.0	36	100	0	144	22	2	22	52	1.59
21587659--21587715	29	1.9	30	85	3	80	22	22	19	35	1.96
21607732--21607840	58	1.9	58	84	5	150	33	22	16	28	1.95
21610781--21610821	20	2.1	19	90	4	64	43	9	4	41	1.59
21614187--21614330	40	3.6	40	85	5	184	25	24	26	23	2.00
21622168--21622310	40	3.6	39	81	8	164	26	25	25	23	2.00
21622168--21622346	79	2.3	79	81	2	191	25	25	25	23	2.00
21624852--21624935	42	2.0	42	90	0	132	30	11	13	44	1.79
21629414--21629478	32	2.0	32	100	0	130	46	12	12	29	1.78
21637227--21637271	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
21638669--21638708	13	3.1	13	100	0	80	45	17	15	22	1.85
21642698--21642740	22	1.9	23	90	4	70	23	53	2	20	1.57
21644763--21644938	46	3.8	45	74	12	178	22	20	27	28	1.99
21644759--21644930	93	1.8	93	90	2	274	22	20	28	27	1.99
21647687--21647765	15	5.4	15	77	10	83	8	16	15	59	1.60
21650148--21650320	46	3.8	45	75	18	162	20	20	30	28	1.98
21650144--21650312	90	1.9	92	91	2	279	20	21	30	27	1.98
21654169--21654303	40	3.4	40	85	5	159	25	22	25	25	2.00
21658115--21658179	30	2.2	30	91	0	103	44	32	7	15	1.75
21661367--21661391	6	4.2	6	100	0	50	32	16	16	36	1.90
21667280--21667457	40	4.5	40	93	2	288	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21671545--21671597	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
21676573--21676629	30	1.9	30	89	3	89	36	8	22	31	1.85
21677442--21677650	53	3.9	53	79	4	204	36	17	24	21	1.95
21677450--21677663	55	4.0	54	78	6	191	37	17	24	20	1.94
21683227--21683284	30	1.9	31	89	3	91	36	8	25	29	1.86
21684087--21684283	54	3.7	53	82	4	216	36	18	23	21	1.95
21700109--21700146	20	1.9	20	94	0	67	42	26	5	26	1.76
21700299--21700395	24	4.1	24	76	4	99	40	19	21	18	1.92
21705886--21705910	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
21706356--21706438	28	3.0	28	78	16	93	26	14	27	31	1.95
21707904--21707952	14	2.8	19	71	28	63	22	6	22	48	1.72
21711581--21711653	26	2.8	27	83	6	96	27	19	9	43	1.81
21713507--21713566	31	1.9	31	83	6	77	61	6	1	30	1.31
21714375--21714412	18	2.1	19	90	5	60	42	15	13	28	1.85
21724483--21724647	91	1.8	90	81	3	206	35	15	20	27	1.93
21725115--21725181	30	2.2	31	78	7	75	22	32	23	20	1.98
21726343--21726406	25	2.6	25	87	0	83	37	20	18	23	1.94
21726363--21726418	25	2.2	25	87	3	76	42	16	19	21	1.89
21734230--21734279	14	3.6	14	74	12	50	40	2	0	58	1.10
21734717--21734784	30	2.4	29	72	18	72	45	0	14	39	1.45
21735028--21735107	34	2.4	34	86	0	115	35	1	17	46	1.56
21735204--21735597	126	3.1	127	84	5	507	37	16	15	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21742083--21742130	11	4.6	10	77	10	51	2	8	6	83	0.88
21742990--21743014	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
21748190--21748357	86	2.0	86	95	2	302	44	10	9	36	1.71
21749855--21749893	20	2.0	20	89	0	60	41	12	5	41	1.65
21756176--21756336	35	4.7	35	83	6	197	36	21	14	26	1.93
21766334--21766360	6	4.5	6	100	0	54	33	18	14	33	1.92
21776750--21777537	264	3.0	264	87	2	1158	37	15	18	28	1.91
21780872--21780976	27	3.9	27	83	7	124	34	21	23	20	1.97
21784037--21784215	57	3.1	56	83	5	223	46	7	17	29	1.75
21785790--21785913	62	2.0	62	98	0	239	31	8	15	45	1.75
21785806--21785944	62	2.2	61	83	7	147	33	5	15	45	1.70
21792499--21792543	15	2.8	16	83	6	56	26	0	24	48	1.51
21792576--21792718	39	3.6	39	80	9	139	32	6	18	41	1.77
21803282--21803389	53	2.1	51	82	5	128	37	25	22	14	1.92
21805419--21805469	27	1.9	26	96	4	93	43	15	9	31	1.80
21813146--21813191	16	2.7	18	86	13	78	0	26	0	73	0.83
21822436--21822527	48	1.9	48	100	0	184	35	13	15	35	1.86
21825698--21825847	28	5.4	28	92	1	221	34	28	11	26	1.91
21831377--21831417	16	2.6	16	100	0	82	56	0	12	31	1.36
21834170--21834207	16	2.3	17	86	13	53	21	2	7	68	1.28
21838647--21838696	25	2.0	25	96	0	91	32	14	20	34	1.92
21840824--21841009	67	2.6	70	84	7	207	52	10	9	28	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21841207--21841281	33	2.3	33	82	13	84	25	12	45	17	1.82
21841372--21841603	41	5.6	41	84	3	279	40	16	23	19	1.91
21842471--21843006	236	2.3	234	80	5	553	34	13	21	31	1.91
21842277--21842913	117	5.4	116	76	9	522	35	13	20	30	1.91
21844742--21845054	47	6.7	48	71	9	189	23	27	21	27	1.99
21844880--21845051	94	1.8	93	89	1	272	23	27	21	26	1.99
21849694--21849740	23	2.0	24	84	12	62	21	25	0	53	1.46
21851340--21851552	9	23.9	9	77	10	188	44	18	1	35	1.59
21851340--21851499	70	2.3	70	86	4	214	45	18	1	35	1.58
21857161--21857211	26	2.0	26	92	0	84	23	27	23	25	2.00
21857221--21857280	23	2.6	23	83	0	75	40	16	25	18	1.91
21859894--21859943	21	2.4	21	93	0	82	36	12	46	6	1.66
21860235--21860450	43	5.0	43	82	3	236	27	19	22	31	1.98
21860598--21860661	33	2.0	33	87	9	96	31	9	42	17	1.81
21862445--21862538	48	1.9	49	82	8	120	17	22	21	39	1.92
21862515--21862574	25	2.4	25	77	0	66	26	28	15	30	1.96
21865143--21865574	106	4.3	100	77	11	397	54	14	1	29	1.48
21865542--21865669	38	3.5	38	64	14	97	54	14	0	29	1.46
21865548--21865716	72	2.3	72	93	1	284	55	14	0	28	1.44
21865578--21865692	38	3.1	38	66	14	105	55	12	0	31	1.42
21868919--21869069	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
21871141--21871183	20	2.2	20	91	0	68	23	0	18	58	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21879135--21879571	144	3.0	144	93	0	739	35	13	17	33	1.88
21881804--21881850	20	2.4	19	83	13	60	51	8	8	31	1.63
21882120--21882247	63	2.0	63	98	0	247	30	21	6	42	1.77
21885257--21885426	88	1.9	88	82	9	213	48	11	10	30	1.71
21885257--21885515	89	3.0	86	78	11	233	46	9	10	33	1.70
21885347--21885515	84	2.0	88	84	5	229	43	8	10	37	1.68
21890447--21890666	121	1.8	120	95	2	397	39	11	20	29	1.87
21896107--21896211	27	3.9	27	84	9	126	35	21	23	19	1.96
21896317--21896390	28	2.8	26	85	4	85	31	8	22	37	1.84
21897825--21897932	26	4.2	26	90	2	164	36	22	7	34	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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