genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.320.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102938051--102938100	20	2.5	20	81	9	57	46	0	0	54	1.00
102939538--102939645	56	1.9	55	84	1	144	20	9	16	53	1.70
102940215--102940276	31	2.0	31	84	6	81	48	9	9	32	1.69
102942739--102942946	54	3.9	53	83	6	242	32	16	26	24	1.96
102942744--102942906	53	3.0	54	88	4	224	34	14	26	25	1.94
102942757--102942995	107	2.3	105	80	7	260	30	17	27	24	1.97
102950355--102950545	53	3.6	53	81	8	217	33	13	25	27	1.93
102952485--102952509	13	1.9	13	100	0	50	88	0	4	8	0.64
102954664--102954710	18	2.8	16	84	12	58	48	25	0	25	1.51
102962855--102962895	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
102974960--102975003	4	11.2	4	81	13	56	70	0	29	0	0.88
102974969--102975009	19	2.2	20	91	8	68	70	0	29	0	0.87
102976380--102976417	16	2.4	16	84	16	53	55	0	7	36	1.29
102976363--102976428	23	3.1	23	75	20	63	59	0	9	31	1.29
102976538--102976562	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
102976542--102976658	47	2.5	46	87	5	155	17	20	23	39	1.92
102976787--102976977	18	10.6	18	77	10	167	34	13	15	37	1.86
102976775--102976972	72	2.7	71	80	6	220	34	13	14	37	1.85
102976787--102976977	54	3.5	53	77	7	188	34	13	15	37	1.86
102977015--102977070	18	3.2	18	76	2	51	35	10	16	37	1.83
102979687--102979852	35	4.6	35	78	7	161	30	10	24	34	1.89
102983255--102983281	14	1.9	14	100	0	54	44	14	7	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102987155--102987292	35	3.9	36	79	16	137	29	10	26	34	1.89
102987175--102987292	35	3.4	33	92	2	146	27	10	26	35	1.89
102987167--102987367	110	1.9	105	82	5	249	30	11	23	33	1.90
102989201--102989281	29	2.7	29	71	17	76	59	3	6	30	1.39
102992574--102992609	14	2.6	14	90	0	54	72	5	0	22	1.05
102993876--102993941	31	2.1	31	86	10	91	31	13	15	39	1.86
103004551--103004590	20	2.1	19	86	13	55	60	2	0	37	1.11
103015017--103015905	381	2.3	381	96	0	1634	33	16	25	24	1.96
103018202--103018763	222	2.5	221	88	0	818	35	12	25	25	1.92
103031576--103031661	31	2.7	31	78	7	75	29	12	9	48	1.72
103037280--103037472	66	3.0	66	89	2	275	45	7	30	17	1.76
103039751--103039790	13	3.1	13	100	0	80	45	0	30	25	1.54
103050395--103050449	17	3.1	18	80	15	60	58	1	0	40	1.09
103052753--103052794	12	3.4	12	86	3	57	19	2	7	71	1.20
103058301--103058385	45	1.9	43	81	15	102	35	7	14	43	1.72
103061775--103061805	15	2.1	15	93	0	53	25	9	12	51	1.70
103062176--103062233	30	1.9	30	85	3	80	50	1	15	32	1.55
103065977--103066029	25	2.2	23	75	15	54	50	9	5	33	1.58
103071085--103071160	3	25.3	3	86	5	109	31	3	1	63	1.21
103071291--103071370	36	2.2	36	82	8	101	37	8	1	52	1.41
103083817--103084101	46	6.6	44	71	14	177	31	21	19	27	1.97
103085630--103085710	3	27.3	3	85	7	112	30	3	1	64	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103085832--103085888	28	2.1	28	81	15	66	36	10	1	50	1.47
103085841--103085918	34	2.2	34	80	8	86	38	8	1	51	1.42
103089223--103089251	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
103091634--103092187	208	2.7	202	85	6	671	27	12	21	37	1.90
103098739--103098821	42	2.0	42	90	0	130	20	22	14	42	1.88
103101288--103101348	22	2.7	24	80	7	65	49	4	42	3	1.40
103102180--103102204	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
103104687--103104758	35	2.1	35	100	0	144	34	12	16	36	1.87
103108520--103108707	96	2.0	96	83	0	241	30	29	15	24	1.96
103108606--103108999	123	3.2	123	84	5	521	27	32	15	24	1.95
103109724--103109755	14	2.3	14	94	0	55	40	18	15	25	1.90
103109712--103109755	21	2.1	21	87	8	63	40	20	13	25	1.89
103110341--103110392	21	2.5	20	84	9	68	63	0	3	32	1.12
103117990--103118227	91	2.6	89	79	8	241	48	13	9	28	1.72
103117910--103118344	92	4.8	93	76	10	346	48	12	6	32	1.67
103118721--103118939	95	2.3	94	83	6	264	47	13	5	32	1.66
103119282--103119485	96	2.1	97	83	6	263	38	1	17	42	1.59
103119461--103119490	15	2.0	15	93	0	51	16	0	36	46	1.47
103119574--103120112	126	4.3	126	89	1	812	33	18	21	26	1.96
103123126--103123739	116	5.3	116	94	1	1052	46	9	4	39	1.55
103123513--103123690	54	3.2	54	70	17	173	47	8	3	41	1.50
103123126--103123739	233	2.6	233	95	0	1072	46	9	4	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103124123--103124165	18	2.4	18	88	0	59	44	13	25	16	1.85
103124219--103124284	30	2.2	30	81	10	73	7	18	43	30	1.77
103125952--103126010	31	1.9	31	85	0	82	40	1	30	27	1.66
103125959--103126010	11	4.9	11	79	9	63	42	1	28	26	1.66
103127496--103127668	46	3.6	46	78	15	206	28	30	19	20	1.97
103130415--103130471	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
103130648--103130698	13	3.9	13	80	10	68	37	19	5	37	1.76
103135926--103135985	23	2.7	22	82	7	59	71	3	3	21	1.15
103141321--103141387	32	2.1	32	94	0	116	40	11	10	37	1.77
103146075--103146103	14	2.1	14	100	0	58	44	0	6	48	1.29
103150135--103150171	2	18.5	2	94	0	65	0	48	2	48	1.15
103151019--103151057	21	1.9	20	89	5	60	41	5	10	43	1.61
103167124--103167251	60	2.1	62	81	7	147	44	15	14	25	1.84
103169614--103169674	23	2.7	22	82	10	61	72	3	3	21	1.14
103175017--103175085	32	2.1	32	89	5	102	40	11	10	37	1.75
103179787--103179815	14	2.1	14	100	0	58	44	0	6	48	1.29
103183862--103183898	2	18.5	2	94	0	65	0	48	2	48	1.15
103184755--103184794	21	1.9	21	89	0	62	40	5	12	42	1.64
103185245--103185319	31	2.5	31	80	6	73	56	9	9	25	1.61
103185898--103185925	14	2.0	14	100	0	56	64	7	21	7	1.43
103189964--103189996	14	2.4	14	90	5	50	30	9	9	51	1.64
103203135--103203172	18	2.1	18	100	0	76	39	18	10	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103210909--103210964	30	1.9	30	85	3	78	48	8	1	41	1.45
103213107--103213211	31	3.5	30	79	6	104	44	13	3	38	1.62
103213666--103213724	31	1.9	31	89	3	93	27	18	6	47	1.74
103221685--103221730	24	2.0	22	83	8	56	36	0	0	63	0.95
103221875--103221921	14	3.6	14	78	21	57	61	0	0	38	0.96
103221874--103221921	25	1.9	25	87	8	71	62	0	0	37	0.95
103222269--103222298	7	4.3	7	91	0	51	36	0	3	60	1.14
103227415--103227509	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
103227519--103227553	5	7.0	5	90	9	54	57	0	0	42	0.99
103231210--103231310	39	2.6	39	93	0	166	37	24	25	11	1.90
103231228--103231292	21	3.2	21	71	20	66	41	23	24	10	1.86
103231210--103231325	39	3.0	39	85	7	155	37	25	24	12	1.91
103232623--103232670	17	2.8	18	75	9	55	39	18	0	41	1.51
103234095--103234130	5	7.4	5	87	6	56	38	0	2	58	1.13
103234095--103234144	15	3.4	15	82	17	61	40	0	4	56	1.18
103234108--103234192	3	29.7	3	72	17	65	35	0	4	60	1.18
103234443--103234509	33	2.0	33	83	11	84	41	0	5	52	1.26
103235716--103235823	45	2.6	39	76	16	108	22	20	18	38	1.93
103235729--103235825	45	2.2	45	90	0	149	22	18	18	40	1.92
103238566--103238856	148	2.0	147	95	0	528	24	9	42	23	1.83
103254443--103254485	18	2.2	21	84	12	56	32	6	4	55	1.47
103266420--103266447	13	2.2	13	100	0	56	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103271186--103271239	26	2.2	24	86	6	72	59	1	0	38	1.08
103272947--103273010	31	2.1	31	87	0	92	18	10	15	54	1.70
103275821--103275858	19	2.1	18	85	14	51	36	0	2	60	1.11
103276108--103276139	13	2.5	13	94	0	55	34	3	0	62	1.11
103276687--103276725	21	1.9	20	84	5	51	64	0	0	35	0.94
103280451--103280495	16	2.9	16	78	18	51	44	0	0	55	0.99
103289805--103289862	30	1.9	30	82	6	73	44	8	6	39	1.62
103292574--103292628	23	2.3	24	90	3	85	21	18	10	49	1.78
103298765--103299154	195	2.0	192	93	1	672	42	18	15	23	1.89
103300130--103300192	31	2.0	31	87	0	90	44	11	11	33	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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