genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26396715--26396845	65	2.0	65	98	0	253	20	27	30	21	1.98
26403428--26403545	38	3.1	38	95	2	202	21	24	30	23	1.99
26410019--26410253	40	5.9	40	88	3	330	24	28	23	23	2.00
26414337--26414515	28	6.4	28	91	1	270	34	26	11	27	1.90
26421464--26421666	40	5.1	40	88	3	286	24	28	23	23	1.99
26428048--26428266	40	5.7	39	86	8	272	24	27	22	24	2.00
26428029--26428266	113	2.0	120	82	8	296	24	27	22	25	2.00
26435946--26436063	39	3.1	39	85	7	161	27	28	19	24	1.99
26475227--26475264	8	4.8	8	96	0	67	52	31	0	15	1.43
26475227--26475271	8	5.6	8	94	0	54	53	26	0	20	1.46
26476644--26476681	19	2.1	19	90	5	60	28	15	36	18	1.92
26476760--26476871	29	3.9	29	79	5	138	27	15	31	25	1.95
26476752--26476864	58	2.0	57	85	5	156	30	14	30	25	1.95
26477918--26477952	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
26482708--26482744	17	2.2	17	100	0	74	51	0	16	32	1.45
26484438--26484619	92	2.0	92	96	0	337	28	21	29	20	1.98
26487290--26487340	26	2.0	26	84	7	68	45	29	7	17	1.77
26490028--26490140	27	4.2	26	82	8	127	16	23	22	37	1.94
26490028--26490140	55	2.1	54	85	5	147	16	23	22	37	1.94
26494178--26494281	40	2.6	41	84	3	140	34	24	15	25	1.94
26497758--26497941	92	2.0	92	98	0	359	22	32	10	34	1.88
26499151--26499241	32	2.8	32	76	12	87	29	6	25	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26503355--26503465	29	3.9	28	80	11	111	32	27	11	27	1.92
26503342--26503457	57	2.0	57	85	6	155	30	29	13	26	1.94
26503675--26503725	16	3.2	16	77	8	50	7	19	19	52	1.70
26503680--26503725	24	1.9	24	90	0	74	6	19	21	52	1.69
26509672--26509716	21	2.1	21	83	0	54	68	4	2	24	1.19
26518729--26518846	42	2.8	42	83	2	148	28	21	14	35	1.92
26524810--26524854	21	2.1	21	95	0	81	35	11	24	28	1.90
26527280--26527425	51	2.9	49	80	2	157	27	26	20	26	1.99
26527291--26527425	49	2.7	51	81	2	148	28	27	19	25	1.99
26532164--26532332	85	2.0	85	83	2	214	31	14	21	32	1.93
26543297--26543519	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	24	1.99
26543295--26543519	40	5.7	40	84	6	278	25	28	21	24	1.99
26549539--26549709	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
26549534--26549706	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	21	1.98
26552778--26552817	21	2.0	20	90	5	62	17	27	40	15	1.89
26553983--26554246	47	5.7	44	77	10	212	23	29	18	28	1.98
26553985--26554246	46	5.7	46	77	13	186	24	29	18	28	1.98
26554669--26554715	23	2.0	23	95	0	85	36	25	10	27	1.89
26557197--26557264	20	3.4	20	76	8	66	38	13	14	33	1.85
26557207--26557268	20	3.1	19	79	9	70	37	9	16	37	1.81
26557237--26557284	20	2.4	20	86	6	62	31	10	18	39	1.85
26564746--26564790	20	2.1	22	80	16	58	51	8	15	24	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26564755--26564796	20	2.1	20	100	0	84	47	11	19	21	1.81
26577308--26577346	19	2.0	20	95	5	71	17	0	10	71	1.12
26577308--26577372	19	2.9	23	84	13	66	24	0	9	66	1.21
26585069--26585128	30	2.0	30	87	6	86	15	20	41	23	1.89
26590368--26590457	42	2.1	42	83	0	108	34	27	10	27	1.89
26590478--26590649	48	3.6	48	84	0	227	24	27	19	28	1.98
26593418--26593485	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
26593587--26593665	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
26597053--26597102	23	2.2	23	96	0	91	22	34	14	30	1.93
26601542--26601659	42	2.8	42	85	0	146	31	27	15	26	1.96
26601588--26601703	42	2.6	44	82	8	128	30	28	16	25	1.97
26601583--26601858	48	5.9	48	79	6	228	26	28	17	27	1.97
26603313--26603514	40	5.1	40	85	3	266	26	25	21	25	2.00
26603313--26603529	80	2.7	80	84	6	314	25	25	22	26	2.00
26616258--26616360	42	2.4	43	80	6	120	29	17	23	30	1.97
26622372--26622781	47	8.7	47	93	2	655	33	8	29	29	1.87
26622899--26622976	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
26624191--26624420	40	5.8	40	93	0	370	24	21	28	25	1.99
26628010--26628051	21	1.9	23	90	9	70	35	0	26	38	1.57
26628074--26628527	47	9.7	47	94	2	774	32	8	29	29	1.86
26628645--26628722	37	2.1	36	88	2	111	24	19	32	24	1.98
26631868--26632329	47	9.7	47	93	1	744	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26632448--26632526	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
26636642--26637242	47	12.5	47	91	4	818	33	9	29	27	1.88
26637093--26637214	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
26650569--26650747	78	2.3	77	95	2	315	32	29	18	18	1.96
26651083--26651139	30	1.9	30	82	3	71	29	22	7	40	1.80
26654880--26655510	47	13.4	47	91	1	985	32	8	30	28	1.87
26654935--26655057	22	5.3	22	64	21	72	32	10	30	26	1.90
26659104--26659273	46	3.7	44	80	10	137	28	18	28	24	1.98
26666294--26666478	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
26666294--26666473	79	2.3	80	83	7	224	25	22	27	24	2.00
26666347--26666501	79	2.0	79	83	7	199	24	21	27	25	1.99
26671664--26671783	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
26672911--26673135	40	5.7	40	86	5	287	24	21	27	26	1.99
26672911--26673168	119	2.2	119	81	6	283	25	20	27	26	1.99
26679524--26679643	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
26680775--26680999	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
26680775--26681032	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
26686872--26687224	48	7.6	48	73	13	134	28	28	16	26	1.97
26686919--26687221	48	6.6	42	73	15	165	28	28	16	26	1.97
26687051--26687235	48	3.9	48	89	0	262	27	29	15	27	1.96
26691283--26691332	17	2.9	17	79	5	57	40	22	18	20	1.92
26695358--26695612	55	4.8	54	78	9	231	36	16	23	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26695366--26695565	108	1.8	108	88	6	305	34	16	24	24	1.95
26695803--26695833	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
26699855--26699962	43	2.5	43	83	3	146	37	22	13	25	1.91
26707017--26707113	43	2.3	42	84	8	117	28	18	22	29	1.97
26715504--26715645	69	2.1	69	98	0	275	33	15	11	39	1.84
26720083--26720225	43	3.3	43	79	10	161	30	24	20	24	1.98
26727578--26727689	42	2.7	42	82	8	129	32	26	16	25	1.96
26735569--26735672	41	2.5	41	77	9	104	30	27	20	21	1.98
26745694--26745743	24	2.0	24	84	7	64	34	0	22	44	1.53
26748204--26748245	13	3.2	13	100	0	84	28	9	7	54	1.59
26750270--26750316	20	2.3	20	88	0	76	29	17	12	40	1.86
26752765--26752821	29	2.1	28	90	9	91	35	0	8	56	1.31
26758522--26758570	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
26760665--26760708	22	2.0	22	100	0	88	36	22	4	36	1.75
26761757--26761804	21	2.2	21	92	3	78	62	8	2	27	1.35
26761755--26761797	21	2.0	21	100	0	86	55	9	0	34	1.32
26773260--26773322	30	2.1	30	93	0	108	26	1	12	58	1.43
26773701--26773739	16	2.3	17	82	13	53	38	7	0	53	1.30
26773706--26773738	16	2.1	16	94	0	57	36	6	0	57	1.23
26787301--26787325	5	5.0	5	100	0	50	0	20	20	60	1.37
26796803--26796831	14	2.1	14	100	0	58	48	13	6	31	1.69
26798727--26798779	6	8.8	6	95	0	97	52	0	47	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26799737--26799765	14	2.1	14	100	0	58	34	0	6	58	1.25
26800783--26800846	32	2.0	33	84	9	87	48	1	1	48	1.20
26803751--26803783	15	2.2	15	100	0	66	27	33	21	18	1.96
26809569--26809628	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
26811564--26811669	44	2.5	43	79	13	121	33	26	18	20	1.96
26823368--26823466	28	3.5	28	81	9	103	30	27	14	28	1.95
26825671--26825719	20	2.5	19	76	3	53	42	8	8	40	1.64
26825989--26826032	21	2.1	21	91	0	70	18	13	29	38	1.89
26832391--26832477	40	2.2	40	85	4	113	34	22	20	21	1.97
26833217--26833268	15	3.5	15	81	2	61	26	0	32	40	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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