genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.306.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99378545--99378585	20	2.0	20	90	0	64	46	9	2	41	1.50
99378648--99378709	33	1.9	32	90	3	97	35	9	16	38	1.81
99380731--99381009	125	2.2	125	91	3	447	23	28	20	26	1.99
99384340--99384376	19	1.9	19	88	0	56	40	18	10	29	1.85
99386239--99386295	28	2.1	27	83	9	71	57	5	1	35	1.31
99386656--99386699	22	2.0	23	81	4	54	56	13	2	27	1.49
99395144--99395199	28	2.0	28	86	10	78	50	0	3	46	1.19
99399552--99399595	21	2.1	21	84	16	56	72	2	6	18	1.17
99399703--99399735	3	10.7	3	93	6	57	66	0	3	30	1.06
99403052--99403134	42	2.0	42	85	0	112	19	20	15	44	1.86
99404785--99404882	48	2.0	48	94	3	171	45	20	7	26	1.76
99415761--99415972	42	4.7	44	81	11	195	30	25	14	29	1.95
99415831--99416089	48	5.2	48	79	10	265	31	26	14	27	1.95
99415982--99416089	53	2.0	53	87	3	155	29	26	14	28	1.95
99419095--99419140	23	2.0	23	95	0	83	45	17	0	36	1.49
99420006--99420064	17	3.5	17	71	0	55	35	27	11	25	1.91
99420210--99420395	34	5.5	34	81	2	194	46	21	7	24	1.77
99420209--99420395	68	2.8	68	82	3	225	45	21	7	24	1.77
99420216--99420397	51	3.6	51	78	5	188	47	20	7	24	1.75
99420210--99420397	17	11.1	17	78	2	162	46	21	7	25	1.77
99434862--99434899	16	2.2	18	86	13	53	44	7	0	47	1.32
99438393--99438417	11	2.3	11	100	0	50	16	36	8	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99441553--99441603	19	2.7	19	77	14	61	60	1	0	37	1.08
99443068--99443130	31	2.0	32	87	9	94	39	0	3	57	1.15
99443717--99443757	19	2.1	20	90	4	66	46	21	0	31	1.52
99451081--99451129	3	16.3	3	95	0	89	63	2	0	34	1.06
99453906--99453970	31	2.1	31	100	0	130	23	9	35	32	1.86
99454196--99454260	31	2.1	31	97	0	121	24	9	33	32	1.87
99453750--99454335	290	2.0	290	97	0	1109	35	10	23	30	1.88
99459604--99459657	23	2.3	24	83	3	65	9	7	16	66	1.42
99463056--99463098	19	2.3	19	84	11	54	39	0	0	60	0.97
99463056--99463103	13	3.8	13	76	20	57	39	0	0	60	0.97
99465134--99465206	35	2.1	35	97	0	137	35	17	10	35	1.85
99477990--99478015	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
99479654--99479691	15	2.4	16	86	4	51	42	18	2	36	1.64
99482662--99482716	27	2.0	27	92	0	92	32	18	16	32	1.93
99487542--99487566	12	2.1	12	100	0	50	56	8	16	20	1.65
99488447--99488522	20	3.8	20	71	1	62	23	9	10	56	1.62
99492455--99492481	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
99497588--99497701	46	2.5	46	91	0	183	33	14	23	28	1.94
99506738--99506867	46	2.8	46	89	4	172	30	19	29	21	1.97
99520744--99520788	10	4.4	10	81	13	56	62	6	0	31	1.21
99520744--99520846	20	5.2	20	72	11	77	62	4	0	32	1.23
99520755--99520814	19	3.1	19	73	2	57	61	5	0	33	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99524482--99524518	11	3.2	12	85	11	51	32	5	5	56	1.45
99527648--99527688	18	2.3	19	80	16	52	65	12	0	21	1.25
99528014--99528520	54	9.4	54	74	5	227	29	18	12	39	1.88
99528010--99528520	108	4.7	107	76	4	418	29	18	12	39	1.88
99528008--99528436	162	2.7	161	78	5	389	28	18	12	39	1.88
99529500--99529563	31	2.1	31	100	0	128	39	14	18	28	1.90
99531203--99531248	10	4.6	10	78	10	58	65	2	10	21	1.35
99531829--99531878	23	2.2	23	88	0	73	30	12	12	46	1.77
99532907--99532934	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
99532926--99532981	28	2.0	28	100	0	112	25	14	14	46	1.82
99542992--99543030	11	3.5	11	82	0	51	28	10	0	61	1.28
99542952--99543039	22	4.1	21	71	5	68	19	9	10	61	1.54
99544130--99544176	24	2.0	24	83	8	60	17	6	8	68	1.37
99544307--99544382	9	8.3	9	72	16	50	59	1	5	34	1.28
99544307--99544441	55	2.4	56	82	10	154	56	2	8	33	1.41
99544438--99544462	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
99544682--99544745	19	3.5	18	75	12	60	32	4	1	60	1.26
99544687--99544737	27	1.9	27	92	4	86	33	3	1	60	1.26
99544689--99544746	27	2.1	27	84	6	73	32	5	1	60	1.29
99560462--99560508	19	2.5	19	86	6	60	51	0	2	46	1.13
99566265--99566294	15	2.0	15	93	0	51	23	26	13	36	1.92
99567044--99567084	21	2.0	21	90	0	64	51	9	12	26	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99573982--99574033	20	2.6	20	100	0	104	19	36	32	11	1.87
99578200--99578376	46	3.8	46	92	0	291	40	14	25	20	1.90
99578638--99578683	23	1.9	25	82	8	60	54	0	15	30	1.41
99579146--99579173	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
99580581--99580611	15	2.1	15	93	0	53	51	16	9	22	1.73
99582149--99582422	46	6.0	46	89	0	361	21	24	14	39	1.90
99582154--99582426	92	3.0	92	90	0	402	21	24	13	39	1.90
99592095--99592145	25	2.1	25	88	3	77	33	11	25	29	1.91
99592458--99592530	20	3.6	21	77	15	73	53	9	15	21	1.70
99592857--99592888	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
99592857--99592887	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
99597296--99597323	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
99597410--99597611	74	2.6	76	76	15	173	57	7	16	17	1.62
99597534--99597589	21	2.7	20	83	5	76	58	5	17	17	1.56
99597414--99597614	40	5.1	41	70	18	135	57	8	15	18	1.62
99597513--99597621	20	5.2	21	77	14	93	59	7	13	19	1.57
99597409--99597600	20	9.7	19	70	19	101	57	8	16	17	1.62
99597537--99597703	60	2.8	58	77	15	146	56	6	16	20	1.61
99597656--99597700	20	2.2	21	88	11	67	60	0	17	22	1.37
99597767--99597804	20	2.0	20	85	10	53	60	0	18	21	1.36
99598105--99598144	21	1.9	21	84	0	53	65	5	12	17	1.44
99601756--99602010	3	85.3	3	67	13	89	60	3	6	29	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99601756--99602010	20	13.1	20	66	13	77	60	3	6	29	1.38
99603477--99604192	133	5.4	132	84	3	647	24	22	20	31	1.98
99603443--99604269	132	6.2	133	83	4	737	25	23	20	31	1.98
99603710--99603913	45	4.6	45	70	10	150	25	22	20	31	1.98
99603598--99604271	132	5.1	132	87	2	753	25	23	20	31	1.98
99606644--99606681	14	2.8	14	88	4	51	81	0	2	15	0.80
99606755--99606823	27	2.5	28	83	6	97	59	4	4	31	1.37
99606962--99607010	23	2.1	23	100	0	98	61	6	4	28	1.38
99609280--99609345	18	3.5	18	72	11	60	34	24	24	16	1.95
99609282--99609358	39	2.0	39	84	5	102	37	23	23	15	1.93
99617078--99617180	18	5.4	18	70	17	73	37	23	24	14	1.92
99617080--99617180	39	2.6	39	93	0	175	38	22	24	13	1.91
99619459--99619651	43	4.4	43	64	18	112	31	19	18	30	1.96
99619404--99619697	131	2.2	131	91	0	480	30	20	18	30	1.96
99619765--99619918	44	3.5	45	83	4	152	29	22	20	27	1.98
99619808--99619918	45	2.5	44	88	1	150	28	21	20	28	1.98
99619990--99620111	64	1.9	64	94	0	217	37	15	15	31	1.89
99632061--99632129	27	2.5	27	79	11	86	60	2	2	33	1.26
99637123--99637169	23	2.0	23	100	0	94	27	8	17	46	1.76
99640302--99640343	16	2.9	14	83	13	57	66	0	4	28	1.12
99646017--99646103	18	4.8	18	85	0	111	31	24	12	32	1.92
99646016--99646103	36	2.4	36	94	0	149	30	23	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99652355--99652391	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
99654551--99654686	46	3.0	46	91	2	202	39	14	23	22	1.91
99656876--99657036	42	3.7	43	77	13	166	33	26	10	29	1.90
99656932--99657038	49	2.2	49	93	1	178	33	27	10	28	1.89
99657044--99657137	47	2.0	48	87	4	138	34	22	14	28	1.94
99671253--99671293	21	2.0	21	85	0	55	51	2	21	24	1.60
99672546--99672579	18	1.9	17	88	5	50	50	0	0	50	1.00
99681504--99681642	59	2.4	59	92	0	224	36	12	18	31	1.89
99682039--99682092	21	2.6	21	93	0	90	22	9	42	25	1.83
99682809--99682986	83	2.1	84	88	4	261	43	20	8	26	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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