genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22532091--22532273	79	2.3	81	85	7	241	24	22	27	25	2.00
22532092--22532308	79	2.7	78	79	12	237	25	21	27	25	1.99
22537209--22537362	52	3.0	52	76	11	154	30	26	16	25	1.97
22542259--22542324	34	1.9	34	100	0	132	33	25	16	24	1.96
22543756--22543798	20	2.1	21	91	4	70	9	30	37	23	1.86
22544544--22544746	105	2.0	102	80	8	227	30	28	17	24	1.97
22544593--22544746	52	2.9	52	79	6	177	30	26	16	25	1.97
22550833--22550888	25	2.2	26	84	12	73	41	5	16	37	1.71
22551226--22551333	53	2.0	53	87	0	153	37	13	11	37	1.81
22552436--22552483	20	2.3	20	85	7	60	33	2	6	58	1.35
22553444--22553490	6	7.5	6	81	9	58	23	0	0	76	0.78
22553435--22553490	19	2.9	19	97	0	103	26	1	0	71	0.96
22553435--22553527	13	7.3	13	70	20	54	29	6	0	64	1.18
22553435--22553532	38	2.6	38	80	3	117	28	6	0	65	1.16
22555199--22555267	23	3.2	22	76	19	74	28	0	1	69	0.97
22555188--22555244	28	2.0	27	83	12	71	29	0	0	70	0.88
22555205--22555245	18	2.2	19	95	4	75	26	0	0	73	0.84
22560166--22560215	25	2.0	25	100	0	100	24	0	28	48	1.52
22579748--22579797	16	3.2	16	72	13	50	48	0	4	48	1.20
22585837--22586779	263	3.6	261	81	5	878	32	11	18	36	1.87
22587591--22587719	64	2.0	63	92	1	213	25	23	8	42	1.82
22597957--22598081	50	2.5	51	90	2	198	34	15	24	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22598061--22598240	31	5.8	31	86	2	245	28	16	26	28	1.97
22598061--22598240	62	2.9	62	90	0	270	28	16	26	28	1.97
22599723--22599793	28	2.5	28	84	4	99	19	25	29	25	1.99
22601606--22601668	31	2.0	31	81	6	74	50	0	1	47	1.10
22604347--22604390	7	6.1	7	80	15	54	72	0	2	25	0.96
22606756--22606888	47	2.9	44	81	12	146	29	17	28	24	1.97
22611843--22611888	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
22612513--22612558	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
22612520--22612564	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
22615567--22615744	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22615588--22615743	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22627711--22628030	48	6.7	48	78	9	339	27	20	29	23	1.99
22627711--22628028	144	2.2	144	87	2	442	27	20	28	23	1.99
22629784--22630075	38	7.6	38	88	0	395	34	25	21	19	1.96
22629802--22630075	114	2.4	114	91	0	449	35	24	20	18	1.96
22635526--22635796	38	7.1	38	89	1	319	35	24	21	18	1.95
22635785--22635809	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
22635738--22635847	51	2.2	51	91	0	175	37	24	19	19	1.94
22635789--22635956	38	4.4	38	90	0	255	35	24	21	19	1.96
22635700--22635884	89	2.1	89	94	0	325	37	24	21	16	1.94
22635667--22635923	127	2.0	127	95	0	460	36	25	22	16	1.94
22635629--22635956	165	2.0	165	95	0	584	35	24	22	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22640672--22640721	11	4.5	11	80	14	66	38	0	2	60	1.09
22640675--22640724	23	2.3	21	89	6	73	38	0	2	60	1.09
22642403--22642515	33	3.5	33	85	4	149	36	12	24	26	1.91
22642508--22642681	31	5.5	31	85	2	215	27	17	28	25	1.98
22642745--22642809	27	2.4	27	89	5	96	38	12	26	23	1.90
22644594--22644691	27	3.7	26	84	9	108	29	8	21	40	1.82
22644564--22644723	54	3.0	53	74	10	144	31	8	20	39	1.83
22653486--22653644	27	5.9	27	82	10	191	35	22	23	18	1.95
22653486--22653644	54	3.0	54	90	2	241	35	22	23	18	1.95
22655261--22655318	26	2.2	26	100	0	116	34	25	8	31	1.86
22656912--22657287	27	13.9	27	75	7	228	40	20	7	31	1.80
22656921--22657287	54	6.8	54	76	4	296	41	20	7	30	1.80
22657273--22657709	27	16.3	27	88	1	592	31	19	23	25	1.98
22656921--22657289	81	4.6	81	76	8	297	40	20	7	31	1.80
22658136--22658200	22	3.0	22	82	8	87	20	24	23	32	1.98
22658359--22658460	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
22658621--22658681	6	10.0	6	78	16	63	19	14	16	49	1.80
22658597--22658678	31	2.6	31	88	3	110	19	13	14	52	1.74
22659921--22659947	11	2.5	11	100	0	54	7	7	22	62	1.46
22665463--22665504	20	2.1	20	100	0	84	30	21	9	38	1.85
22667856--22667927	37	1.9	37	94	0	126	36	33	12	18	1.88
22672087--22672211	27	4.7	26	80	7	126	26	29	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22672094--22672238	53	2.7	53	81	8	152	26	26	12	35	1.92
22672375--22672421	23	2.0	23	83	0	58	25	14	27	31	1.95
22677106--22677150	20	2.2	20	84	0	54	35	15	26	22	1.94
22681528--22681574	10	4.6	10	80	12	51	61	0	2	36	1.08
22683605--22683680	37	2.1	37	83	14	95	43	23	7	25	1.80
22689128--22689211	27	3.1	26	74	6	78	32	33	17	16	1.93
22689126--22689241	54	2.1	54	83	0	142	31	32	17	18	1.94
22695123--22695258	42	3.2	44	77	11	138	28	19	25	26	1.99
22705691--22705715	13	1.9	13	100	0	50	24	40	28	8	1.83
22707207--22707268	27	2.3	27	88	0	88	25	24	16	33	1.95
22708171--22708357	6	30.8	6	70	18	129	48	14	17	19	1.82
22708171--22708357	85	2.2	85	92	0	302	48	14	17	19	1.82
22708475--22708540	27	2.5	26	82	7	78	39	22	21	16	1.92
22708499--22708556	27	2.1	27	87	6	82	37	27	18	15	1.92
22708859--22708941	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
22709140--22709351	27	7.9	27	84	0	235	26	18	18	35	1.95
22709347--22709695	27	12.9	27	80	6	375	41	8	21	28	1.83
22711712--22711843	6	21.8	6	74	18	114	47	14	17	20	1.82
22711712--22711843	30	4.4	30	77	12	146	47	14	17	20	1.82
22711960--22712025	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
22711960--22712033	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
22711984--22712041	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22712198--22712256	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
22712374--22712426	27	1.9	28	88	3	81	37	20	18	22	1.94
22712627--22712833	54	3.8	54	82	1	236	27	19	17	35	1.94
22712627--22712824	27	7.3	27	79	4	193	27	20	16	35	1.94
22712830--22713179	27	13.0	27	82	3	409	42	10	20	27	1.84
22719576--22719855	105	2.7	104	86	3	375	31	17	22	28	1.97
22720000--22720044	21	2.2	21	84	11	58	24	2	20	53	1.57
22723956--22724131	46	3.8	45	75	11	160	21	19	28	30	1.98
22723952--22724124	93	1.9	93	88	2	267	21	20	28	28	1.98
22727021--22727106	29	3.0	29	82	12	99	10	15	16	58	1.63
22727030--22727107	14	5.4	15	75	13	74	10	15	14	60	1.59
22729448--22729623	46	3.8	46	73	11	171	21	18	28	30	1.97
22729444--22729616	93	1.9	93	90	2	276	21	19	29	29	1.98
22732126--22732460	118	3.0	115	82	12	437	37	5	3	53	1.42
22732126--22732318	62	3.2	61	74	14	211	36	5	2	55	1.37
22732240--22732508	103	2.7	99	92	5	450	38	6	3	51	1.45
22732618--22732661	9	5.1	9	86	10	65	47	13	0	38	1.43
22732626--22732658	16	2.1	16	94	0	57	48	15	0	36	1.45
22732644--22732711	30	2.3	30	89	0	100	41	13	4	41	1.64
22732726--22732760	18	1.9	18	94	0	61	48	14	0	37	1.44
22732726--22732759	9	3.8	9	84	0	50	50	14	0	35	1.44
22737588--22737625	14	2.5	15	83	16	51	39	13	0	47	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22737598--22737626	14	2.1	14	100	0	58	34	13	0	51	1.42
22738244--22738327	21	4.0	21	78	6	89	29	20	47	2	1.62
22741220--22741477	40	6.5	40	89	2	369	25	26	22	24	2.00
22743371--22744010	104	6.3	103	79	7	608	27	22	19	30	1.98
22743469--22743647	91	2.0	91	86	2	252	27	21	17	32	1.96
22750480--22750512	16	2.1	16	88	5	50	18	18	3	60	1.49
22752815--22752947	68	2.0	68	83	3	169	33	15	23	27	1.95
22771667--22771727	30	2.0	30	93	0	104	52	16	27	3	1.59
22774035--22774076	22	1.9	22	95	0	75	45	2	23	28	1.66
22775970--22776184	46	4.6	46	79	11	201	28	17	28	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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