genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  169  of  325  ( 38900 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54763385--54763421	15	2.6	14	91	8	58	83	0	16	0	0.64
54764674--54764811	40	3.5	40	88	3	181	24	23	28	23	2.00
54769335--54769580	40	6.2	41	83	5	249	23	23	27	25	2.00
54776832--54776964	49	2.7	49	79	6	162	27	20	28	23	1.99
54780978--54781033	15	3.6	15	81	9	67	16	14	19	50	1.79
54788230--54788361	48	2.8	48	84	0	183	21	18	28	31	1.97
54789965--54790038	37	2.0	37	100	0	148	43	21	13	21	1.87
54791540--54791569	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
54791781--54792058	50	5.5	50	77	3	227	32	27	16	23	1.96
54791830--54792011	101	1.8	101	87	0	274	29	25	19	25	1.98
54795106--54795322	46	4.7	46	74	11	169	24	29	17	27	1.98
54797373--54797421	22	2.1	24	81	11	57	30	26	10	32	1.89
54801517--54801556	21	2.0	21	90	5	64	25	27	35	12	1.92
54802657--54802826	46	3.7	47	79	8	147	26	27	17	28	1.97
54804917--54804976	15	4.0	15	84	0	75	55	13	18	13	1.70
54808419--54808448	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
54808659--54808834	50	3.5	49	75	6	174	29	27	19	23	1.98
54811395--54811580	55	3.5	53	82	9	216	23	23	18	34	1.96
54811395--54811588	54	3.6	54	82	8	234	23	23	18	35	1.96
54811567--54811688	47	2.6	47	93	2	201	24	24	13	37	1.91
54818361--54818868	49	10.6	49	94	2	813	28	29	8	33	1.86
54818361--54818868	145	3.5	144	92	2	810	28	29	8	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54818361--54818868	194	2.7	194	94	2	886	28	29	8	33	1.86
54822162--54822337	40	4.5	40	88	4	243	25	22	27	24	2.00
54830187--54830334	79	1.9	80	90	4	237	25	22	27	25	2.00
54830187--54830367	79	2.3	79	85	5	233	26	22	27	24	2.00
54830187--54830334	40	3.7	40	90	5	237	25	22	27	25	2.00
54831822--54831881	27	2.2	27	82	5	68	26	16	21	35	1.95
54842162--54842296	27	5.0	27	81	0	135	40	22	18	19	1.92
54842158--54842268	54	2.1	54	89	0	168	41	21	18	18	1.90
54842261--54842325	27	2.4	27	94	0	112	33	15	18	32	1.92
54842261--54842334	27	2.7	26	89	4	103	31	17	17	33	1.93
54846213--54846383	46	3.7	46	74	7	166	28	19	27	24	1.98
54846213--54846413	94	2.1	94	82	1	251	29	19	26	24	1.99
54848162--54848270	18	6.1	18	97	0	200	22	43	22	12	1.87
54849504--54849615	43	2.6	43	78	5	136	31	25	15	27	1.95
54857605--54857714	52	2.1	52	100	0	220	31	10	22	35	1.87
54863655--54863710	29	1.9	29	92	0	94	33	12	12	41	1.81
54864070--54864151	40	2.0	40	100	0	164	36	24	7	31	1.83
54864996--54865080	36	2.4	36	84	5	102	41	14	20	24	1.89
54871672--54871830	43	3.7	43	75	13	148	25	17	25	31	1.97
54881698--54881758	25	2.4	25	86	10	79	63	1	11	22	1.36
54887008--54887108	51	2.0	51	100	0	202	36	19	9	33	1.85
54889137--54889328	49	3.9	49	79	6	206	30	26	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54889144--54889325	50	3.7	49	84	2	193	30	26	17	25	1.97
54889144--54889325	101	1.8	99	85	4	258	30	26	17	25	1.97
54890754--54890819	32	2.1	32	97	0	123	43	16	9	30	1.79
54892538--54892636	28	3.5	29	86	9	125	27	15	28	29	1.96
54896370--54896394	8	3.1	8	100	0	50	40	12	24	24	1.88
54903865--54903925	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
54906157--54906332	46	3.8	46	77	8	169	28	21	28	21	1.98
54911610--54911711	35	2.9	36	85	1	125	42	17	16	23	1.89
54920314--54920412	28	3.5	29	81	12	107	29	28	15	27	1.96
54923235--54923280	19	2.5	19	86	6	60	47	0	8	43	1.34
54923372--54923400	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
54924337--54924395	5	11.0	5	82	13	73	3	23	0	72	0.99
54924337--54924395	16	3.7	15	84	11	73	3	23	0	72	0.99
54929176--54929236	5	12.0	5	75	16	54	3	22	0	73	0.97
54937812--54937922	43	2.6	42	75	2	123	29	22	15	32	1.95
54951654--54951860	46	4.5	45	77	16	176	28	17	29	23	1.97
54958076--54958187	43	2.6	43	80	4	138	32	25	16	25	1.97
54961112--54961620	48	10.9	48	90	7	704	31	30	6	31	1.84
54961112--54961620	237	2.2	231	87	9	722	31	30	6	31	1.84
54961112--54961620	189	2.7	189	89	8	762	31	30	6	31	1.84
54972954--54973477	47	10.9	49	94	2	883	29	29	8	32	1.86
54972954--54973477	96	5.5	96	94	2	894	29	29	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54978557--54978603	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
54980018--54980102	27	3.1	28	83	8	79	14	22	23	40	1.90
54980028--54980102	27	2.8	26	84	9	96	14	24	21	40	1.90
54985373--54985426	28	1.9	28	84	0	72	33	14	22	29	1.94
54989655--54989722	21	3.1	21	65	19	57	20	11	26	41	1.87
54989645--54989735	45	2.0	45	91	0	146	23	13	25	38	1.91
54993385--54993422	18	2.1	18	90	0	58	50	10	15	23	1.75
54993787--54993875	27	3.3	27	90	0	133	43	16	11	28	1.82
54993970--54994016	20	2.3	20	92	0	76	21	36	27	14	1.93
54997206--54997260	18	3.1	18	86	0	74	43	12	21	21	1.86
54997552--54997724	54	3.2	53	82	8	183	39	17	16	26	1.91
54997579--54997748	27	6.4	27	90	1	254	41	17	15	25	1.88
54997578--54997748	53	3.2	54	89	3	256	41	17	15	25	1.89
55000387--55000719	163	2.0	163	95	0	605	28	12	25	33	1.93
55003970--55003998	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
55005139--55005295	43	3.7	43	84	3	201	26	17	26	29	1.98
55005138--55005300	84	1.9	84	87	0	236	25	17	26	30	1.97
55007554--55007702	40	3.7	40	90	0	235	26	26	22	24	2.00
55007522--55007702	80	2.3	80	88	4	260	26	25	22	24	2.00
55014718--55014936	40	5.6	40	85	6	279	26	26	22	24	2.00
55014718--55014936	81	2.8	80	84	6	286	26	26	22	24	2.00
55018364--55018404	22	1.9	22	85	5	57	14	41	24	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55021023--55021058	18	2.0	18	88	0	54	30	25	25	19	1.98
55021406--55021587	27	7.0	27	74	12	103	41	14	15	28	1.87
55021452--55021490	19	2.1	19	95	0	69	35	12	17	33	1.88
55021425--55021517	46	2.0	46	83	4	116	41	15	15	27	1.86
55021471--55021587	54	2.2	54	80	0	135	41	14	14	29	1.85
55021579--55021907	27	12.2	27	88	1	428	17	19	22	39	1.92
55024651--55024767	43	2.8	42	86	1	144	19	20	29	30	1.97
55025682--55025745	32	2.0	32	100	0	128	46	12	25	15	1.81
55034385--55034451	24	2.8	24	75	6	66	25	22	14	37	1.93
55034407--55034495	23	3.9	23	73	8	83	25	24	15	33	1.95
55035501--55035582	42	2.0	43	82	4	105	14	26	36	21	1.93
55037093--55037224	48	2.8	48	82	0	165	19	18	28	34	1.95
55039303--55039399	27	3.6	27	91	0	149	28	14	16	40	1.88
55039303--55039414	27	4.1	27	88	0	125	29	13	16	40	1.87
55039303--55039414	54	2.1	54	84	0	143	29	13	16	40	1.87
55044173--55044334	80	2.0	80	100	0	324	22	20	13	42	1.87
55052074--55052530	47	9.7	47	98	0	853	31	8	29	29	1.87
55052648--55052726	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
55054633--55054706	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
55055096--55055372	40	6.9	40	89	0	374	24	22	27	25	2.00
55055017--55055372	80	4.4	80	84	3	371	25	22	27	25	2.00
55055536--55055586	25	2.0	25	85	7	68	33	7	29	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55058774--55059140	47	7.7	47	98	0	689	31	8	29	29	1.87
55059257--55059335	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
55065963--55066223	46	5.5	46	72	11	163	28	18	28	24	1.98
55065960--55066181	46	4.7	47	77	6	207	28	18	28	23	1.98
55069825--55069885	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
55070539--55070794	68	3.9	64	75	10	207	30	16	28	24	1.96
55078929--55079051	49	2.5	48	84	3	149	29	21	26	23	1.99
55078838--55079059	46	4.7	48	77	8	222	28	20	27	22	1.99
55084305--55084437	48	2.8	48	87	2	178	21	15	27	36	1.93
55090795--55090832	19	2.0	19	89	0	58	42	26	2	28	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325