genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61028805--61028918	54	2.1	54	96	0	210	16	31	28	23	1.96
61029755--61029963	46	4.5	45	78	8	199	22	30	19	27	1.98
61029755--61029971	94	2.3	92	81	8	246	23	30	19	26	1.98
61036622--61036647	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
61045616--61045661	23	2.0	22	87	4	65	32	4	8	54	1.51
61045689--61045729	19	2.2	19	95	0	73	31	12	4	51	1.60
61045775--61045825	18	2.7	18	78	18	59	33	3	0	62	1.13
61045734--61045837	20	5.2	20	68	23	60	32	2	7	56	1.42
61046207--61046261	22	2.5	23	77	14	62	34	7	3	54	1.46
61058256--61058560	73	4.2	73	86	6	409	28	16	20	33	1.95
61058255--61058627	148	2.4	150	84	9	450	28	17	20	33	1.95
61058470--61058791	88	3.7	86	80	8	350	27	15	19	37	1.92
61060467--61060551	3	27.7	3	68	17	50	32	5	2	58	1.35
61060661--61060706	23	2.0	22	87	4	65	32	4	8	54	1.51
61060734--61060774	19	2.2	19	95	0	73	31	12	4	51	1.60
61060772--61060880	20	5.7	17	69	23	51	33	2	7	56	1.41
61061176--61061247	27	2.9	24	79	8	74	33	4	4	58	1.36
61061127--61061248	26	4.8	24	70	24	74	31	7	2	58	1.39
61061187--61061245	24	2.5	22	82	17	75	32	5	5	57	1.42
61061187--61061260	13	6.2	12	69	30	52	32	4	5	58	1.40
61064363--61064390	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
61072403--61072713	100	3.1	100	93	0	532	30	22	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61075145--61075305	70	2.3	72	91	2	272	11	33	4	50	1.57
61078279--61078345	33	2.0	33	94	0	116	25	13	22	38	1.90
61078810--61078842	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
61078789--61078920	58	2.3	57	83	8	155	43	0	3	51	1.25
61079087--61079124	16	2.4	16	90	0	58	34	23	5	36	1.78
61085053--61085078	12	2.2	12	100	0	52	34	0	0	65	0.93
61093506--61093553	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
61096089--61096164	36	2.1	36	100	0	152	36	7	15	39	1.77
61100569--61100601	12	2.8	12	95	4	59	60	18	0	21	1.36
61102464--61102646	47	4.0	45	83	7	190	32	27	18	20	1.96
61105636--61105692	30	1.9	30	85	0	78	28	22	7	42	1.80
61111420--61111598	52	3.5	51	84	6	222	27	28	15	28	1.96
61111420--61111598	51	3.5	51	85	6	231	27	28	15	28	1.96
61119462--61119645	40	4.7	40	84	7	225	25	27	22	24	2.00
61119462--61119645	79	2.3	82	83	8	229	25	27	22	24	2.00
61120284--61120323	17	2.3	18	87	12	66	50	32	0	17	1.47
61127701--61127885	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
61127682--61127885	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
61129791--61129975	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
61129792--61129975	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
61129844--61130008	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
61132236--61132266	16	1.9	16	93	0	53	3	19	22	54	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61137641--61137929	50	5.7	50	76	5	235	23	17	26	31	1.97
61137685--61137936	101	2.5	99	81	3	301	24	17	26	30	1.97
61137648--61137968	150	2.1	152	82	4	371	23	16	28	31	1.97
61149715--61149984	49	5.7	46	69	13	138	28	19	28	23	1.98
61149857--61149994	49	2.8	51	77	8	142	31	18	26	23	1.97
61163714--61163965	49	5.0	49	74	6	193	24	17	26	30	1.97
61163716--61163899	101	1.8	99	85	1	251	26	17	25	30	1.98
61164152--61164181	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
61166659--61166735	40	1.9	40	86	5	111	35	25	15	23	1.94
61172790--61172897	46	2.4	43	81	10	119	31	27	12	27	1.93
61172628--61172990	47	7.7	46	71	11	168	25	28	17	28	1.97
61177197--61177317	40	2.9	40	79	9	109	33	28	13	23	1.93
61184576--61184649	19	4.0	18	77	10	69	60	2	1	35	1.19
61184576--61184649	17	4.0	18	79	10	69	60	2	1	35	1.19
61186341--61186470	46	2.7	47	80	11	149	23	20	32	23	1.98
61188895--61188951	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
61188893--61188963	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
61188904--61188958	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
61189008--61189133	23	5.4	24	88	6	179	30	22	20	26	1.98
61189335--61189398	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
61196490--61196653	36	4.5	36	83	11	165	26	27	20	25	1.99
61196515--61196698	39	4.9	37	79	12	182	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61204454--61204678	40	5.7	40	87	5	287	25	27	22	24	2.00
61204454--61204678	119	1.9	120	84	6	305	25	27	22	24	2.00
61207414--61207470	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
61207412--61207482	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
61207423--61207477	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
61207527--61207628	24	4.2	24	97	0	177	30	22	20	26	1.98
61207840--61207903	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
61209472--61209540	34	2.1	34	91	2	113	40	7	27	24	1.81
61210950--61211013	31	2.1	31	85	8	87	56	10	6	26	1.57
61227068--61227157	40	2.2	40	92	0	153	37	21	21	20	1.94
61227936--61227970	15	2.4	14	90	4	52	20	2	31	45	1.65
61227979--61228052	14	5.2	14	72	4	51	20	4	39	36	1.71
61228196--61228299	7	14.4	7	71	13	59	22	1	26	49	1.60
61228250--61228299	15	3.4	15	83	2	66	18	0	32	50	1.47
61228195--61228299	22	4.8	22	67	15	65	22	1	26	48	1.61
61229170--61229278	41	2.7	42	84	5	134	33	10	24	31	1.89
61229578--61229623	3	15.7	3	90	4	76	67	0	32	0	0.91
61229616--61229659	20	2.5	16	80	20	52	45	0	54	0	0.99
61233411--61233440	8	3.8	8	95	0	51	26	20	10	43	1.83
61234410--61234526	43	2.7	43	81	1	146	30	17	24	27	1.97
61241832--61241865	6	5.7	6	100	0	68	52	47	0	0	1.00
61242216--61242302	9	8.9	9	68	20	50	31	1	2	65	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61246062--61246186	46	2.7	45	83	2	151	36	27	19	17	1.94
61255654--61255732	25	3.3	25	64	10	74	32	27	5	34	1.79
61255604--61256178	49	11.9	49	93	2	954	30	29	8	32	1.86
61255604--61256178	96	6.0	96	93	3	942	30	29	8	32	1.86
61255604--61256178	145	4.0	145	94	1	978	30	29	8	32	1.86
61264691--61264770	41	2.0	41	100	0	160	25	22	7	45	1.78
61267097--61267132	7	5.1	7	100	0	72	58	0	0	41	0.98
61272217--61272265	17	2.8	17	78	3	53	26	2	0	71	0.97
61272222--61272267	15	2.9	16	84	12	60	23	2	0	73	0.94
61273057--61273232	97	1.8	97	86	4	257	30	15	23	30	1.95
61273836--61273897	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
61273893--61273924	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
61275572--61275621	11	4.7	11	80	7	59	46	10	8	36	1.67
61279854--61279940	25	3.5	25	93	0	147	20	21	18	39	1.93
61280607--61280645	19	2.1	19	85	4	53	38	0	15	46	1.46
61282958--61283003	19	2.4	19	92	0	74	30	23	6	39	1.80
61283025--61283129	3	35.0	3	98	0	201	67	0	32	0	0.91
61286694--61286912	46	4.6	47	76	12	180	27	19	30	22	1.98
61292732--61293210	48	9.9	48	75	8	359	26	27	18	27	1.98
61292730--61293209	96	5.0	96	82	4	423	26	27	18	27	1.98
61292730--61293210	144	3.3	144	83	3	504	26	27	18	27	1.98
61305922--61306007	27	3.2	27	75	6	93	32	22	11	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61311470--61311599	42	3.0	43	69	15	113	46	10	8	34	1.69
61312514--61312544	15	2.1	15	93	0	53	54	12	3	29	1.53
61318273--61318406	50	2.7	49	86	2	153	29	24	18	27	1.98
61329904--61329981	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
61330100--61330684	49	12.1	49	93	2	995	29	30	8	31	1.87
61333953--61334045	37	2.5	37	91	0	150	39	24	13	21	1.90
61342280--61342382	41	2.6	40	84	4	127	37	20	30	11	1.88
61343381--61343420	13	3.0	14	82	17	50	40	5	0	55	1.22
61346395--61346495	49	2.1	49	98	0	193	33	18	8	38	1.82
61349142--61349202	18	3.3	17	77	18	59	31	0	0	68	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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