genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75674598--75674716	60	2.0	60	96	0	220	32	1	12	52	1.49
75674775--75675100	104	3.1	106	88	3	507	30	0	14	54	1.40
75676302--75676389	30	2.9	29	91	3	131	22	38	27	11	1.88
75677601--75677711	29	3.8	29	86	0	123	27	28	15	28	1.96
75677634--75677723	29	3.1	28	84	7	101	28	27	13	30	1.94
75683094--75683267	48	3.6	48	86	3	235	25	30	19	24	1.98
75683094--75683267	97	1.8	95	86	5	251	25	30	19	24	1.98
75689729--75689890	41	3.9	40	75	18	170	27	29	22	20	1.99
75698129--75698290	41	3.9	40	72	18	143	27	28	22	21	1.99
75701931--75702164	48	4.9	48	86	0	288	24	31	18	25	1.98
75703990--75704042	23	2.3	23	96	0	97	30	18	7	43	1.78
75704780--75704874	33	2.9	33	75	6	84	14	44	12	28	1.82
75705069--75705208	76	1.9	74	86	3	199	27	7	10	54	1.62
75706642--75706679	3	13.0	3	94	5	69	31	0	0	68	0.90
75706750--75706789	20	2.1	19	90	4	62	65	0	35	0	0.93
75708043--75708106	18	3.6	18	80	0	74	37	18	12	31	1.88
75708114--75708158	18	2.5	18	77	0	54	35	6	13	44	1.70
75709018--75709078	30	2.0	30	96	0	113	45	9	24	19	1.80
75711304--75711363	27	2.2	27	87	0	84	26	33	21	18	1.96
75713118--75713220	51	2.0	51	98	1	199	23	19	5	51	1.68
75718015--75718082	34	2.0	34	100	0	136	32	20	26	20	1.97
75719320--75719353	16	2.1	16	88	0	50	58	11	11	17	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75723065--75723308	90	2.7	90	87	1	337	27	24	14	34	1.94
75723441--75723490	24	2.1	24	92	0	82	30	2	12	56	1.47
75741424--75741490	20	3.5	19	83	4	73	41	25	5	26	1.78
75744139--75744277	48	2.9	48	79	2	163	28	19	27	25	1.99
75749686--75750006	40	8.1	40	87	1	430	24	22	27	25	2.00
75752217--75752370	56	2.8	56	77	4	150	29	32	17	20	1.95
75754550--75754763	47	4.6	47	90	0	320	32	8	30	28	1.87
75754550--75754763	94	2.3	94	93	0	356	32	8	30	28	1.87
75758707--75758765	29	2.0	29	100	0	118	40	6	27	25	1.80
75760702--75760752	19	2.7	19	87	0	75	21	23	39	15	1.92
75769632--75769675	17	2.6	17	96	0	79	36	27	11	25	1.90
75772834--75772873	21	1.9	21	85	10	55	7	25	15	52	1.68
75774480--75774538	30	2.0	30	83	6	75	47	11	6	33	1.67
75775716--75775767	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
75776367--75776473	27	4.0	27	90	0	160	25	20	18	35	1.95
75776388--75776503	54	2.1	54	82	3	135	25	17	20	36	1.94
75776494--75776662	27	6.3	27	77	4	135	30	9	21	38	1.85
75776576--75776678	54	1.9	53	80	7	120	30	7	22	39	1.82
75783326--75783406	27	3.0	26	80	7	72	35	20	23	19	1.96
75783353--75783492	67	2.1	67	89	2	208	30	22	28	17	1.97
75783422--75783473	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
75784132--75784239	27	4.0	27	82	0	126	26	18	17	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75784138--75784244	54	2.0	54	84	0	142	27	16	17	38	1.92
75784260--75784435	54	3.3	54	78	4	176	31	7	20	40	1.80
75784284--75784429	27	5.4	27	79	6	136	30	6	19	43	1.77
75787643--75787695	27	2.0	27	85	7	72	35	22	15	26	1.93
75790200--75790374	37	4.7	37	93	0	287	26	32	16	24	1.96
75790568--75790641	22	3.3	22	64	17	62	28	31	10	29	1.91
75790493--75791191	49	14.6	49	93	3	1074	29	29	8	33	1.86
75794760--75794812	27	2.0	27	88	0	79	37	22	13	26	1.91
75802168--75802234	27	2.5	27	72	11	66	49	2	4	43	1.38
75808421--75808776	47	7.8	46	69	20	209	27	17	29	26	1.97
75810414--75810453	20	2.0	21	85	14	57	20	20	7	52	1.70
75812270--75812311	22	1.9	22	85	0	57	45	9	4	40	1.58
75812398--75812439	16	2.6	17	81	11	52	66	2	0	30	1.04
75814680--75814814	40	3.4	40	94	0	234	29	31	18	20	1.97
75817727--75817765	15	2.6	15	84	11	53	48	0	0	51	1.00
75817731--75817765	16	2.2	16	90	5	54	48	0	0	51	1.00
75817929--75817967	21	1.9	21	94	5	71	30	25	10	33	1.89
75819416--75819466	16	3.2	16	94	0	84	54	13	9	21	1.67
75819780--75819816	18	2.0	19	89	5	58	43	10	8	37	1.69
75821095--75821152	28	2.1	28	100	0	116	43	6	25	24	1.79
75829907--75829932	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
75830727--75830758	13	2.4	14	94	5	57	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75833648--75833807	43	3.7	43	73	10	130	24	15	25	34	1.95
75838587--75838648	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38
75842855--75843126	40	6.8	40	90	1	418	26	20	28	23	1.99
75842847--75843126	122	2.3	122	90	1	431	27	20	27	24	1.99
75845761--75845827	10	6.7	10	77	13	57	71	1	4	22	1.12
75851428--75851461	17	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
75852209--75852270	27	2.3	26	76	13	63	50	11	1	37	1.48
75855786--75855944	43	3.7	42	79	15	157	25	19	23	30	1.98
75855783--75855944	85	1.9	85	82	13	208	25	19	23	32	1.98
75856088--75856123	18	2.0	18	89	10	56	38	0	19	41	1.52
75857605--75857740	52	2.6	52	83	3	166	32	26	13	27	1.94
75865156--75865290	52	2.6	51	82	5	162	31	29	14	23	1.95
75870575--75870629	29	1.9	28	92	3	92	20	1	16	61	1.43
75873880--75874051	79	2.2	78	81	7	204	25	21	28	25	1.99
75873827--75874049	40	5.6	39	78	7	198	25	21	27	25	1.99
75881769--75881944	39	4.5	39	84	5	203	26	19	28	25	1.99
75881802--75881977	78	2.2	79	81	5	187	26	21	28	24	1.99
75889537--75889755	39	5.6	38	74	15	146	26	21	27	25	1.99
75918901--75919074	46	3.8	46	76	14	187	29	29	19	20	1.97
75918908--75919078	92	1.8	93	93	1	299	29	29	19	21	1.98
75930109--75930154	23	2.0	23	100	0	92	30	13	17	39	1.87
75931646--75931711	30	2.2	30	78	2	80	39	4	9	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75933959--75934001	20	2.2	20	91	0	68	27	9	9	53	1.63
75934519--75934549	15	2.1	15	93	0	53	64	0	3	32	1.09
75936262--75936788	132	4.0	133	78	6	480	24	24	19	31	1.98
75936337--75936788	133	3.4	133	77	7	402	24	24	19	31	1.98
75939437--75939648	48	4.3	48	83	7	264	37	6	24	32	1.80
75939441--75939650	102	2.1	102	92	0	348	36	6	24	32	1.80
75939786--75939890	37	2.8	38	89	4	160	24	16	30	28	1.96
75949695--75949769	20	3.7	21	72	12	75	13	29	6	50	1.66
75949690--75949773	41	2.0	41	100	0	168	11	29	7	51	1.65
75952708--75952885	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
75952729--75952884	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
75960871--75961048	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
75960892--75961047	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
75974560--75974676	42	2.7	43	84	6	157	35	19	12	31	1.90
75990676--75990736	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
75994083--75994297	80	2.7	78	88	4	297	26	27	21	24	1.99
75994116--75994297	40	4.6	40	93	0	294	26	27	21	23	1.99
76002036--76002181	37	3.9	37	90	3	204	27	32	16	23	1.96
76002323--76002527	48	4.3	48	89	2	313	29	27	6	36	1.81
76005274--76005446	39	4.4	39	87	7	217	24	27	22	26	2.00
76005307--76005453	39	3.7	40	89	7	237	24	27	23	25	2.00
76013240--76013380	37	3.8	37	88	1	203	27	31	15	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76013240--76013383	73	2.0	74	88	1	218	27	31	16	24	1.96
76013525--76013813	48	6.0	48	94	0	488	29	28	6	35	1.83
76017209--76017424	39	5.5	40	90	4	307	24	27	22	25	2.00
76017242--76017428	39	4.7	40	91	5	308	25	27	22	24	2.00
76017242--76017428	79	2.4	79	92	1	313	25	27	22	24	2.00
76025315--76025538	39	5.7	39	90	6	346	25	27	22	25	2.00
76025282--76025532	78	3.2	79	90	3	375	24	27	21	25	1.99
76030019--76030075	25	2.2	25	82	14	71	33	1	1	63	1.15
76034575--76034628	21	2.5	22	79	8	58	38	0	3	57	1.17
76034721--76034766	5	9.6	5	90	9	78	39	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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