genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80951528--80951565	14	2.7	14	87	0	58	55	5	0	39	1.23
80959500--80959577	26	3.1	25	74	3	68	41	15	20	23	1.90
80959842--80959881	21	2.0	21	85	5	55	22	25	40	12	1.89
80960970--80961286	46	6.7	48	79	12	277	25	28	19	27	1.99
80960970--80961283	140	2.2	141	80	9	354	25	28	19	27	1.98
80960970--80961283	94	3.3	94	75	14	283	25	28	19	27	1.98
80963174--80963296	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
80963174--80963296	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
80963199--80963309	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
80970011--80970089	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
80972001--80972025	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
80975667--80975789	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
80975667--80975789	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
80975692--80975802	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
80977438--80977486	24	2.0	24	100	0	98	51	4	12	32	1.58
80979406--80979657	40	6.5	40	89	7	378	23	23	28	25	2.00
80979406--80979657	74	3.2	77	88	9	345	23	23	28	25	2.00
80979417--80979643	114	2.0	114	93	3	386	22	23	28	25	1.99
80980617--80980703	43	2.0	43	97	0	165	34	9	12	43	1.75
80981736--80981878	65	2.2	65	84	2	180	34	23	17	24	1.96
80987847--80987910	32	2.0	32	96	0	119	43	7	12	35	1.71
80991638--80991906	46	5.8	47	78	10	207	27	17	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80991687--80991902	47	4.6	46	77	11	165	27	16	29	25	1.97
80996611--80996635	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
80998546--80998593	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
80998704--80998773	25	2.8	25	88	0	104	27	22	22	27	1.99
80998703--80998786	25	3.4	25	79	12	77	29	21	22	26	1.99
80998704--80998798	50	1.9	50	80	8	113	28	22	23	26	1.99
81000075--81000248	92	1.9	91	88	4	262	50	12	17	18	1.77
81010872--81011015	51	2.9	49	83	4	198	25	20	27	27	1.99
81015985--81016042	30	1.9	30	85	0	80	17	29	37	15	1.90
81016340--81016391	22	2.5	21	82	17	65	21	0	1	76	0.87
81016424--81016511	17	5.6	16	76	10	85	21	2	1	75	0.99
81016345--81016510	7	21.5	8	67	24	67	25	1	1	71	1.06
81016340--81016510	15	11.3	14	70	21	89	25	1	1	71	1.05
81016427--81016479	9	6.1	9	77	18	51	24	1	0	73	0.93
81016478--81016527	22	2.3	22	86	6	66	14	6	4	76	1.13
81016340--81016502	6	24.7	6	67	21	51	25	1	1	70	1.07
81016424--81016511	8	10.1	8	69	19	52	21	2	1	75	0.99
81016573--81016610	17	2.2	17	90	0	58	23	0	2	73	0.95
81029280--81029323	19	2.3	19	88	4	61	68	0	0	31	0.90
81029263--81029322	30	2.0	30	81	12	70	65	0	1	33	1.03
81032200--81032264	27	2.4	27	97	2	123	30	13	18	36	1.90
81034065--81034110	18	2.6	18	86	3	58	56	0	6	36	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81034116--81034151	19	1.9	18	94	5	63	63	11	2	22	1.39
81034121--81034171	24	2.1	25	89	10	79	60	7	3	27	1.42
81034663--81034704	21	2.1	21	82	8	52	21	0	4	73	1.01
81034673--81034724	28	1.9	28	84	7	72	28	0	1	69	0.99
81034672--81034738	31	2.0	32	83	16	84	29	0	4	65	1.12
81035974--81036005	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
81035975--81036005	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
81040422--81040453	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
81048733--81048793	31	2.0	31	100	0	122	32	8	29	29	1.86
81055723--81055755	17	1.9	17	100	0	66	48	18	18	15	1.81
81056587--81056665	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
81056784--81057148	47	7.7	47	94	0	588	28	29	8	32	1.87
81060256--81060349	45	2.1	45	95	0	170	34	24	8	32	1.86
81072451--81072519	29	2.3	30	78	14	79	68	2	8	20	1.30
81075832--81075868	19	1.9	19	94	0	65	62	0	5	32	1.18
81083658--81083817	27	5.9	27	78	12	150	34	20	24	20	1.97
81083676--81083817	54	2.6	54	89	3	205	34	21	24	19	1.96
81091673--81091814	27	5.2	26	83	10	169	35	21	23	19	1.96
81091673--81091814	54	2.6	54	92	3	223	35	21	23	19	1.96
81094354--81094495	66	2.2	66	90	0	221	18	27	26	27	1.98
81094354--81094519	66	2.5	66	83	6	192	17	27	24	30	1.97
81102592--81102768	40	4.5	40	87	5	236	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81102592--81102768	79	2.2	80	86	5	236	25	27	22	24	2.00
81109904--81110079	40	4.5	40	85	6	218	24	27	22	25	2.00
81109904--81110079	78	2.2	80	84	6	218	24	27	22	25	2.00
81116321--81116355	4	8.8	4	100	0	70	48	0	0	51	1.00
81118668--81118723	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
81118674--81118737	17	3.6	17	87	8	92	39	12	12	35	1.81
81118666--81118744	35	2.2	37	86	13	121	39	10	15	35	1.81
81119086--81119146	21	3.0	21	80	7	63	32	6	0	60	1.22
81119239--81119317	25	3.2	24	72	15	72	36	2	3	56	1.31
81124986--81125042	6	9.7	6	78	16	57	84	0	14	1	0.71
81124986--81125044	23	2.5	24	82	15	79	83	0	15	1	0.74
81124987--81125044	29	2.0	30	86	3	82	82	0	15	1	0.74
81125922--81126096	44	4.0	44	75	11	178	29	15	25	29	1.96
81125927--81126094	88	1.9	87	83	6	214	29	16	25	29	1.96
81126093--81126684	119	5.0	119	94	0	1001	33	17	19	29	1.95
81126608--81126960	83	4.2	83	92	3	559	31	20	20	26	1.98
81127344--81127424	18	4.5	18	89	4	119	39	11	12	37	1.78
81127339--81127422	35	2.3	36	89	6	134	40	10	10	38	1.75
81127776--81127836	21	3.0	21	80	7	63	34	4	0	60	1.18
81142853--81142877	13	1.9	13	100	0	50	32	28	40	0	1.57
81155208--81155263	28	2.0	28	100	0	112	32	35	17	14	1.90
81156273--81156566	145	2.0	145	95	0	534	35	12	18	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81159048--81159231	43	4.3	43	92	1	282	12	24	32	30	1.92
81159208--81159247	16	2.5	16	100	0	80	10	27	30	32	1.89
81159165--81159281	59	2.0	59	94	0	207	11	24	34	29	1.90
81183921--81184089	35	4.8	35	77	2	169	28	9	19	42	1.82
81183921--81184099	70	2.6	70	81	1	189	29	10	19	41	1.84
81198414--81198442	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
81201212--81201271	30	2.0	30	90	0	93	40	5	25	30	1.77
81203763--81203826	33	1.9	33	96	0	119	59	7	9	23	1.54
81208990--81209160	93	1.8	93	94	0	306	28	27	21	22	1.99
81208985--81209157	46	3.7	46	77	13	201	29	26	20	23	1.99
81209581--81209640	30	2.0	30	90	0	93	35	25	3	36	1.72
81212435--81212463	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
81221951--81222061	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
81221974--81222118	40	3.6	40	85	4	184	24	26	24	25	2.00
81226526--81226590	26	2.5	26	89	2	103	40	21	20	18	1.92
81230983--81231027	24	1.9	23	82	13	56	48	17	4	28	1.66
81232941--81233085	43	3.4	43	85	3	211	28	20	24	26	1.99
81233664--81233696	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
81240802--81240858	28	2.0	28	100	0	114	24	17	26	31	1.97
81241763--81241992	40	5.8	40	86	5	315	23	20	28	27	1.99
81247926--81248158	43	5.6	43	80	5	219	25	19	27	27	1.99
81248642--81248674	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81250229--81250299	24	3.0	24	93	0	115	38	16	5	39	1.73
81250423--81250478	20	2.8	21	78	10	64	33	19	30	16	1.94
81252170--81252213	22	2.0	21	83	12	54	38	4	15	40	1.68
81252779--81252962	40	4.6	41	83	11	215	25	21	27	25	1.99
81252779--81252962	79	2.3	80	84	8	225	25	21	27	25	1.99
81252780--81252995	79	2.7	78	80	9	199	26	21	27	24	1.99
81260454--81260497	22	2.0	21	83	12	54	38	4	15	40	1.68
81261062--81261246	40	4.7	40	84	6	209	25	22	27	24	2.00
81261062--81261246	79	2.3	82	82	9	222	25	22	27	24	2.00
81261092--81261278	79	2.4	78	79	7	198	28	21	26	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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