genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.317.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102066990--102067023	18	1.9	17	88	5	50	44	0	2	52	1.16
102069809--102069842	17	2.0	17	100	0	68	29	23	11	35	1.90
102074087--102074121	17	2.1	17	89	10	54	37	0	17	45	1.48
102074212--102074253	22	1.9	22	85	9	59	35	7	4	52	1.50
102074461--102074508	24	2.0	24	100	0	96	25	20	25	29	1.99
102075071--102075112	21	1.9	23	90	9	70	73	4	7	14	1.21
102081127--102081320	38	5.1	38	92	0	307	17	21	25	36	1.95
102082009--102082184	86	2.0	87	96	2	327	42	4	20	32	1.72
102089167--102089428	46	6.0	40	82	13	233	38	15	23	22	1.92
102089206--102089458	46	5.5	46	90	0	355	41	14	22	21	1.90
102089160--102089468	138	2.3	130	85	5	386	40	15	22	22	1.91
102089729--102089775	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
102090424--102090580	38	4.1	39	90	4	241	17	19	24	38	1.93
102094004--102094030	12	2.2	12	100	0	54	33	14	0	51	1.43
102096536--102096700	87	1.9	87	93	0	285	27	11	9	51	1.69
102097943--102097967	13	1.9	13	100	0	50	56	16	12	16	1.68
102103253--102103283	14	2.2	14	94	0	53	35	6	3	54	1.42
102109242--102109294	26	2.1	25	82	6	63	54	3	1	39	1.29
102112762--102112921	53	3.0	53	84	6	216	43	13	4	38	1.64
102119110--102119164	15	3.9	15	79	13	71	25	32	14	27	1.95
102126511--102126548	15	2.5	16	79	12	53	44	15	31	7	1.75
102126570--102126609	21	1.9	21	84	0	53	30	22	32	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102126894--102126980	29	3.0	29	91	1	138	20	33	20	25	1.97
102126895--102126985	30	3.1	30	90	1	139	20	31	19	27	1.97
102129293--102129360	16	4.2	16	92	0	118	26	0	35	38	1.57
102129585--102129627	15	3.0	15	83	10	54	51	0	0	48	1.00
102129717--102129764	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
102129696--102129747	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
102129673--102129756	43	1.9	43	83	7	107	54	2	1	41	1.21
102132057--102132090	12	2.7	13	95	4	61	61	8	29	0	1.26
102132135--102132171	19	1.9	19	94	0	65	45	10	43	0	1.39
102133791--102133905	57	2.0	57	100	0	230	35	5	20	38	1.75
102133815--102133903	27	3.2	27	65	20	74	34	6	17	40	1.77
102136001--102136031	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
102140326--102140479	70	2.2	69	80	4	175	41	11	18	27	1.86
102143933--102143974	18	2.2	20	88	12	63	42	0	4	52	1.22
102150707--102150752	18	2.3	20	85	10	60	50	13	2	34	1.53
102153104--102153152	16	3.1	16	93	0	89	28	0	36	34	1.58
102153367--102153408	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
102153376--102153417	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
102153486--102153656	15	11.6	15	64	22	60	52	4	1	42	1.28
102153370--102153690	119	2.7	120	97	1	610	50	4	1	43	1.30
102153626--102153673	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
102153582--102153665	43	1.9	43	83	7	107	54	2	1	41	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102155966--102155999	12	2.7	13	95	4	61	61	8	29	0	1.26
102156044--102156080	19	1.9	19	94	0	65	45	10	43	0	1.39
102156663--102156691	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
102169991--102170087	40	2.4	41	91	1	151	12	42	23	21	1.87
102171280--102171315	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
102171267--102171307	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
102171454--102171565	39	2.8	40	70	5	93	31	25	18	24	1.98
102171805--102171843	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
102173144--102173200	5	11.0	5	78	14	62	56	1	0	42	1.10
102173143--102173198	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
102173145--102173200	26	2.2	26	90	6	69	55	1	0	42	1.10
102173647--102173776	65	2.0	65	92	0	215	16	30	13	40	1.87
102180470--102180538	29	2.3	29	82	7	77	52	1	5	40	1.34
102191873--102191902	9	3.2	9	95	4	51	66	0	0	33	0.92
102193450--102193532	45	1.9	42	83	9	105	36	9	4	49	1.57
102195555--102195679	61	2.0	61	100	0	250	45	8	6	40	1.59
102195558--102195653	30	3.2	30	61	19	72	45	7	5	41	1.54
102201658--102201694	17	2.2	17	100	0	74	21	32	5	40	1.76
102223041--102223140	49	2.1	48	96	1	182	44	5	7	44	1.53
102223059--102223138	21	3.5	21	69	20	61	46	3	5	45	1.43
102228119--102228143	9	2.8	9	100	0	50	0	8	0	92	0.40
102228990--102229036	14	3.4	14	74	11	51	59	2	6	31	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102230601--102230682	31	2.6	31	84	7	96	42	3	10	42	1.57
102233255--102233301	19	2.4	20	82	10	53	55	4	2	38	1.31
102233468--102233498	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
102237876--102237939	18	3.4	19	75	16	71	28	3	4	64	1.29
102244745--102244864	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
102245490--102245529	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
102245513--102245552	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
102245498--102245564	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
102245651--102245689	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
102245720--102245772	17	3.2	15	80	17	52	41	1	1	54	1.22
102245944--102245983	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
102248801--102248851	18	2.8	18	75	0	66	39	3	43	13	1.63
102251763--102251793	15	2.1	15	100	0	62	38	0	0	61	0.96
102253392--102253433	8	5.2	8	100	0	84	14	38	0	47	1.44
102261169--102261240	30	2.5	29	80	11	85	29	5	15	50	1.66
102261866--102261892	6	4.5	6	100	0	54	29	33	18	18	1.95
102266130--102266198	32	2.3	28	77	18	68	40	0	17	42	1.49
102267008--102267095	30	2.9	30	77	9	90	43	6	10	39	1.65
102270977--102271109	40	3.3	40	93	2	232	21	21	27	30	1.98
102280095--102280119	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
102285186--102285755	203	2.7	211	82	6	728	41	22	11	24	1.86
102287370--102287434	31	2.1	31	94	0	112	38	6	15	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102292370--102292458	37	2.3	38	84	11	117	53	5	1	39	1.32
102295844--102295908	32	2.0	32	96	0	121	18	21	18	41	1.90
102295850--102295904	16	3.4	16	69	18	51	18	23	18	40	1.91
102295414--102295877	96	4.8	96	97	0	883	17	22	14	45	1.85
102295878--102295969	46	2.0	46	97	0	175	22	23	15	38	1.92
102295796--102295954	78	2.0	80	86	7	225	19	22	16	41	1.90
102298013--102298062	21	2.4	22	70	19	52	0	34	0	66	0.92
102298020--102298053	17	2.0	17	94	0	59	0	26	0	73	0.83
102298093--102298124	16	1.9	17	93	6	57	6	12	0	81	0.87
102309086--102309180	42	2.3	42	89	5	142	41	5	10	43	1.62
102314228--102314368	51	2.8	51	75	6	135	42	5	14	37	1.69
102315457--102315498	15	2.9	15	80	16	52	26	11	0	61	1.30
102317601--102318584	215	4.6	216	89	4	1483	34	17	14	33	1.91
102317598--102318584	208	4.6	212	86	5	1276	34	17	14	33	1.90
102320867--102320901	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
102322987--102323038	24	2.2	23	96	3	95	21	26	11	40	1.87
102327642--102327691	22	2.4	21	78	12	59	62	4	4	30	1.32
102328901--102328938	13	2.8	14	84	8	60	36	7	7	47	1.62
102331085--102331133	22	2.2	22	77	0	53	22	4	6	67	1.30
102333128--102333178	25	2.0	26	88	3	77	31	7	1	58	1.37
102333128--102333178	26	2.0	25	85	11	68	31	7	1	58	1.37
102340288--102340453	30	5.5	30	90	1	226	16	56	6	20	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102340306--102340456	15	10.1	15	75	0	113	16	56	6	19	1.61
102341104--102341160	28	2.0	28	83	6	71	35	12	14	38	1.83
102343971--102344048	30	2.6	31	76	10	81	33	2	7	56	1.41
102344016--102344071	24	2.3	25	82	14	64	30	3	8	57	1.47
102344128--102344164	19	1.9	19	88	0	56	29	13	2	54	1.53
102344233--102344272	20	2.1	18	86	9	53	35	0	5	60	1.19
102355617--102355642	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
102359181--102359211	16	2.0	15	93	6	53	22	0	0	77	0.77
102359545--102359619	30	2.5	29	82	18	91	69	1	2	26	1.10
102361782--102361935	78	2.0	78	100	0	308	31	20	11	37	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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