genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30102720--30102895	27	6.6	27	83	5	196	28	28	15	27	1.96
30102740--30102894	81	1.9	81	88	5	233	29	28	15	27	1.96
30110733--30110910	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
30110754--30110909	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
30133737--30134046	40	7.8	40	90	0	476	23	21	28	25	1.99
30137401--30138007	47	12.7	47	93	3	1011	31	8	29	29	1.87
30137401--30138007	96	6.4	96	94	3	1018	31	8	29	29	1.87
30137421--30138007	239	2.5	238	95	1	1034	32	8	29	29	1.87
30138125--30138203	37	2.1	37	86	4	106	25	18	30	25	1.98
30142198--30142225	14	2.0	14	100	0	56	35	14	7	42	1.73
30146970--30147029	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
30146984--30147055	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
30152013--30152219	28	7.3	28	73	3	180	29	34	17	17	1.93
30151982--30152219	57	4.1	57	91	1	359	30	34	16	18	1.93
30152037--30152195	29	5.6	29	75	3	169	28	36	17	16	1.92
30159946--30160043	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
30160457--30160504	24	2.0	24	100	0	96	45	12	20	20	1.83
30164855--30165117	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
30164894--30165152	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
30172778--30173040	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
30172817--30173075	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
30181289--30181327	20	2.0	20	85	10	53	38	2	17	41	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30181736--30181781	21	2.1	21	84	4	56	39	15	8	36	1.78
30183533--30183596	28	2.3	28	81	13	78	64	4	4	26	1.33
30183982--30184034	26	2.1	25	92	3	88	35	0	9	54	1.33
30184415--30184469	20	2.8	21	74	20	55	25	3	5	65	1.31
30185581--30185643	21	3.0	20	72	20	58	55	1	0	42	1.09
30185610--30185682	35	2.1	36	84	7	96	52	1	0	46	1.09
30191916--30191991	31	2.5	31	86	4	100	19	28	34	17	1.94
30194701--30194741	19	2.2	19	95	0	73	39	7	19	34	1.80
30204430--30204486	20	2.8	19	79	10	60	40	21	10	28	1.86
30204670--30204726	22	2.5	23	82	5	71	38	17	29	14	1.89
30207200--30207445	49	4.9	50	84	2	307	26	18	26	29	1.98
30207305--30207388	28	3.2	27	65	25	72	25	16	28	29	1.97
30207203--30207444	100	2.4	98	86	2	313	25	18	26	29	1.98
30212977--30213024	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
30213061--30213103	20	2.2	20	100	0	86	37	11	18	32	1.87
30213068--30213111	20	2.2	20	91	0	70	34	11	22	31	1.90
30213158--30213255	47	2.1	47	94	5	171	30	20	20	28	1.98
30213157--30213276	24	5.0	24	88	10	174	30	20	21	27	1.98
30221010--30221057	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
30221096--30221152	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
30221094--30221156	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
30221210--30221334	24	5.2	24	91	6	209	31	19	20	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30221546--30221609	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
30227113--30227297	101	1.8	101	95	0	334	40	7	11	40	1.70
30227977--30228039	24	2.5	25	79	5	65	39	17	19	23	1.92
30230369--30230406	14	2.8	14	88	4	60	47	0	7	44	1.32
30236097--30236144	23	2.1	23	96	0	87	18	16	20	43	1.88
30240563--30240824	40	6.6	40	93	1	420	26	22	25	24	2.00
30244599--30244650	26	2.0	26	96	0	95	44	11	17	26	1.83
30246559--30246653	27	3.5	27	74	5	93	16	28	15	38	1.90
30249629--30249812	67	2.9	63	76	8	183	30	17	29	22	1.96
30249605--30249758	67	2.3	64	82	7	173	33	16	28	21	1.95
30252891--30252962	24	3.0	24	85	0	108	37	16	22	23	1.94
30262885--30263006	43	2.9	43	86	1	156	26	16	25	31	1.96
30264624--30264674	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
30265319--30265724	48	8.6	47	75	12	311	27	20	28	23	1.99
30265316--30265537	95	2.3	95	96	1	401	29	20	28	21	1.98
30265319--30265724	95	4.3	97	83	9	328	27	20	28	23	1.99
30267684--30267885	40	5.1	40	92	0	316	25	27	23	23	2.00
30269313--30269355	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
30269313--30269351	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
30275778--30275942	40	4.2	40	88	1	235	27	27	21	23	1.99
30277367--30277409	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
30277367--30277405	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30280947--30281129	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
30280926--30281129	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
30361971--30362193	40	5.6	39	83	5	232	24	20	28	26	1.99
30362046--30362228	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
30369858--30370080	40	5.6	39	83	5	232	24	20	28	26	1.99
30369933--30370115	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
30372101--30372209	43	2.5	43	79	4	130	28	13	25	32	1.94
30372100--30372231	43	3.1	41	78	5	129	28	12	26	32	1.93
30374202--30374262	30	2.0	30	96	0	113	44	6	24	24	1.77
30377376--30377468	46	2.0	46	91	4	152	23	12	20	43	1.86
30383857--30384027	45	3.7	46	80	14	210	29	28	20	21	1.98
30383862--30384030	92	1.8	92	94	2	304	28	29	20	21	1.98
30384450--30384509	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
30384739--30384779	20	2.0	20	100	0	82	26	19	14	39	1.90
30403365--30403553	50	3.8	49	82	2	207	25	17	26	29	1.98
30405988--30406056	26	2.7	26	75	4	68	37	30	13	18	1.89
30407606--30407665	29	2.1	29	87	0	84	35	5	6	53	1.49
30413484--30413556	35	2.1	35	82	5	85	32	2	0	64	1.08
30414775--30414890	46	2.5	46	98	0	223	22	22	26	28	1.99
30417923--30417978	30	1.9	28	89	7	85	12	17	16	53	1.73
30420239--30420354	46	2.5	46	97	0	214	22	21	26	29	1.99
30424790--30425099	69	4.5	69	78	4	268	20	20	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30430507--30430619	4	28.5	4	77	1	84	41	7	6	45	1.56
30430507--30430619	24	4.5	24	75	9	100	41	7	6	45	1.56
30430508--30430613	18	5.9	18	77	9	101	42	6	6	44	1.56
30431945--30432046	19	5.3	19	82	8	109	42	1	4	50	1.35
30445397--30445439	18	2.4	17	81	11	50	51	18	2	27	1.59
30449427--30449566	55	2.5	55	80	6	149	27	29	26	17	1.97
30462487--30462559	31	2.4	31	82	8	80	39	17	4	38	1.69
30470180--30470233	18	3.0	18	100	0	108	33	22	11	33	1.89
30474065--30474098	17	2.0	17	100	0	68	29	23	5	41	1.78
30475167--30475283	43	2.7	43	86	2	155	28	23	16	32	1.96
30475034--30475319	146	2.0	144	83	5	362	29	22	16	31	1.96
30481347--30481379	16	2.0	17	88	5	50	45	9	9	36	1.68
30484531--30484571	18	2.3	18	91	0	73	24	36	0	39	1.56
30484653--30484708	19	3.3	19	62	27	52	21	39	0	39	1.54
30484648--30484718	32	2.2	32	100	0	142	23	32	0	43	1.54
30494056--30494280	40	5.7	40	85	5	260	24	28	22	25	2.00
30494058--30494280	119	1.9	120	82	8	285	24	27	22	25	2.00
30495407--30495526	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
30497662--30497686	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
30498389--30498805	46	8.8	47	70	17	176	26	18	30	24	1.98
30505517--30505541	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
30506249--30506559	46	6.6	46	75	12	208	27	18	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30512780--30512958	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
30514130--30514314	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
30514183--30514347	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	25	1.99
30519419--30519601	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
30519398--30519601	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
30520728--30520899	56	3.1	55	93	6	305	23	23	9	44	1.82
30527363--30527507	78	1.8	79	89	1	229	26	28	20	24	1.99
30527362--30527583	40	5.6	39	84	3	239	26	27	20	24	1.99
30531586--30531724	48	2.9	48	88	1	199	32	15	22	29	1.95
30531682--30531764	38	2.2	38	82	2	114	30	15	24	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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