genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15760942--15761037	6	16.0	6	100	0	192	50	16	0	33	1.46
15761985--15762009	13	1.9	13	100	0	50	56	8	4	32	1.47
15762318--15762355	18	2.1	18	100	0	76	28	10	10	50	1.70
15767221--15767392	48	3.6	49	81	6	192	27	27	19	26	1.99
15767162--15767384	96	2.4	91	80	8	236	27	27	19	25	1.99
15767513--15767704	6	32.0	6	100	0	384	50	16	0	33	1.46
15769422--15769481	29	2.1	29	100	0	120	33	16	13	36	1.88
15769968--15770016	23	2.1	23	84	0	62	61	12	4	22	1.48
15771282--15771334	19	2.7	20	74	8	56	13	15	9	62	1.54
15791278--15791355	23	3.5	23	69	13	81	11	10	53	24	1.67
15791275--15791365	44	2.1	44	95	0	164	14	12	48	25	1.78
15793211--15793271	28	2.2	27	85	2	77	21	26	22	29	1.99
15793209--15793319	27	4.1	27	77	11	102	21	24	20	33	1.97
15802882--15802933	26	2.0	25	82	14	61	30	9	1	57	1.42
15803615--15803670	21	2.7	21	80	0	67	35	16	30	17	1.92
15803577--15803731	42	3.7	41	75	5	114	41	14	25	18	1.88
15812353--15812413	20	3.2	20	65	25	60	39	11	22	26	1.88
15815591--15815672	35	2.3	35	83	4	103	35	21	19	23	1.96
15821047--15821197	22	6.9	22	70	7	110	45	13	22	19	1.85
15821031--15821163	43	3.1	43	77	1	131	42	16	22	18	1.88
15822354--15822398	23	2.0	23	82	8	56	31	17	8	42	1.80
15825190--15825495	41	7.5	41	83	2	341	33	15	28	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15825190--15825495	121	2.5	120	81	4	337	33	15	28	21	1.94
15825429--15825495	21	3.2	21	71	12	66	29	14	32	22	1.94
15825190--15825495	162	1.9	162	84	2	418	33	15	28	21	1.94
15825425--15825488	20	3.2	20	72	12	67	34	15	29	20	1.94
15834303--15834343	20	2.0	20	100	0	82	39	14	4	41	1.67
15834478--15834555	24	3.3	24	76	3	77	42	16	19	21	1.89
15839411--15839742	165	2.0	165	91	1	531	31	15	13	40	1.85
15839877--15840289	204	2.0	207	90	2	654	39	17	10	31	1.84
15844675--15844717	16	2.4	18	77	18	54	48	4	4	41	1.44
15844684--15844715	16	2.0	16	93	0	55	53	6	0	40	1.26
15847087--15847142	27	2.0	28	82	6	69	55	7	0	37	1.27
15849881--15849938	29	2.0	29	96	0	107	34	25	10	29	1.89
15851497--15851623	45	2.8	45	84	1	157	43	15	15	25	1.86
15866805--15867676	131	6.6	132	76	11	622	29	15	25	29	1.96
15866982--15867677	306	2.3	303	84	6	863	29	15	25	29	1.96
15866807--15867525	175	4.1	175	95	0	1249	29	15	26	29	1.96
15867580--15867751	44	4.1	40	78	10	148	31	14	24	29	1.95
15867113--15867787	87	7.7	86	72	13	255	29	15	25	29	1.96
15873361--15873412	3	17.7	3	80	11	63	65	0	34	0	0.93
15875016--15875059	22	2.0	22	95	0	79	40	0	15	43	1.47
15881604--15881630	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
15889035--15889059	6	4.2	6	100	0	50	20	16	32	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15889877--15889901	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
15892293--15892376	36	2.3	36	93	0	141	27	13	29	29	1.94
15895648--15895683	17	2.1	17	94	0	63	22	8	25	44	1.80
15897600--15897639	15	2.7	15	92	0	62	10	0	35	55	1.34
15897619--15897697	42	1.9	41	89	2	122	26	1	26	45	1.61
15897735--15897853	34	3.5	34	83	12	154	36	1	13	48	1.52
15897923--15898315	125	3.1	125	88	2	549	36	17	17	29	1.92
15898972--15899011	18	2.2	18	100	0	80	25	20	20	35	1.96
15900707--15900744	18	2.1	18	95	0	67	39	10	26	23	1.87
15902492--15902551	30	2.0	30	96	0	111	38	3	28	30	1.73
15905254--15905350	46	2.1	47	86	3	135	21	20	15	42	1.89
15908594--15908647	28	1.9	28	85	7	74	25	20	25	27	1.99
15909882--15909923	20	2.0	21	86	9	59	64	2	2	30	1.19
15909574--15910148	314	1.8	310	85	4	816	41	17	5	36	1.72
15916740--15916803	27	2.2	28	81	15	69	3	17	7	71	1.22
15918506--15918536	13	2.4	13	94	0	53	67	12	3	16	1.35
15921171--15921197	14	1.9	14	100	0	54	25	14	7	51	1.68
15925152--15925727	47	12.1	47	91	2	918	32	9	29	28	1.89
15925152--15925727	96	6.0	96	92	3	916	32	9	29	28	1.89
15925152--15925727	143	4.0	143	94	0	985	32	9	29	28	1.89
15925846--15925924	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
15928158--15928196	20	2.0	20	85	10	53	20	5	2	71	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15933755--15933833	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
15933952--15934403	47	9.4	47	91	2	616	29	29	8	32	1.87
15947071--15947189	27	4.4	27	83	8	152	30	24	6	38	1.81
15947071--15947189	54	2.2	54	89	0	184	30	24	6	38	1.81
15947221--15947344	27	4.6	27	85	4	160	45	21	5	27	1.74
15947356--15947407	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
15948334--15948403	25	2.8	24	80	4	77	27	25	21	25	1.99
15948346--15948416	25	2.9	25	76	14	67	29	23	19	26	1.98
15948551--15948684	42	3.2	42	96	2	243	32	14	20	33	1.92
15948697--15948767	23	3.1	23	100	0	142	21	28	25	25	1.99
15948754--15948836	31	2.7	31	92	1	132	28	16	25	28	1.97
15955997--15956063	33	2.0	33	100	0	134	44	11	11	31	1.78
15956141--15956344	40	5.1	40	79	4	198	34	20	27	17	1.95
15956145--15956344	79	2.5	79	84	3	240	34	20	28	17	1.95
15957457--15957660	40	5.1	40	82	3	198	31	22	28	17	1.96
15957457--15957660	79	2.6	80	82	6	245	31	22	28	17	1.96
15966347--15966395	25	2.0	25	87	0	71	30	22	18	28	1.97
15970237--15970279	20	2.1	20	91	4	68	34	2	0	62	1.08
15976729--15976788	13	4.9	13	80	12	56	58	0	40	1	1.08
15976724--15976780	19	3.2	18	80	12	64	56	0	42	1	1.10
15976728--15976788	3	19.3	3	77	9	59	59	0	39	1	1.08
15977056--15977501	115	3.9	115	90	5	699	31	1	15	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15977063--15977501	227	1.9	228	90	6	699	31	1	14	52	1.49
15977558--15977589	15	2.1	16	94	5	57	37	0	6	56	1.25
15979639--15979731	33	2.8	33	76	12	100	17	45	12	24	1.83
15980759--15980842	42	2.0	42	95	2	152	26	17	21	34	1.96
15983384--15983444	27	2.3	26	77	8	68	29	26	22	21	1.99
15990321--15990364	23	1.9	23	81	9	54	31	6	0	61	1.22
15998890--15999016	62	2.0	62	84	0	164	29	22	22	25	1.99
16004587--16004622	9	4.0	9	85	0	54	41	19	2	36	1.66
16004588--16004622	18	1.9	18	94	0	61	40	20	2	37	1.67
16014402--16014448	17	2.9	16	81	6	58	4	8	6	80	1.00
16015299--16015395	50	2.0	49	83	6	124	27	5	3	63	1.30
16015363--16015468	51	2.1	51	83	3	133	33	5	1	59	1.32
16015325--16015522	27	7.6	27	73	10	101	30	6	2	61	1.32
16015378--16015483	51	2.1	51	80	7	117	33	7	0	58	1.33
16015308--16015589	26	10.8	26	72	7	196	30	6	3	59	1.37
16015600--16015669	30	2.2	31	80	10	79	30	2	2	64	1.22
16015311--16015753	26	16.6	27	67	18	116	30	4	4	60	1.37
16018403--16018474	35	2.1	35	100	0	144	36	26	16	20	1.94
16021993--16022022	5	5.8	5	96	4	51	0	16	0	83	0.65
16027255--16027352	43	2.3	43	83	0	124	34	16	15	33	1.90
16029217--16029253	14	2.7	14	84	16	51	83	8	8	0	0.80
16031090--16031125	18	2.0	18	94	0	63	38	30	16	13	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16031496--16031539	14	3.1	14	87	6	54	9	6	2	81	0.94
16031489--16031536	20	2.4	20	85	0	60	10	4	4	81	0.97
16039022--16039055	14	2.4	15	85	14	54	29	11	5	52	1.61
16039744--16039849	51	2.1	51	94	0	185	25	21	8	44	1.80
16040256--16040291	18	1.9	18	88	5	54	44	0	0	55	0.99
16040278--16040307	15	1.9	16	93	6	53	56	3	0	40	1.16
16047370--16047641	46	5.7	47	71	13	141	24	28	19	27	1.99
16052933--16052980	24	2.0	24	100	0	96	29	29	16	25	1.97
16055219--16055440	46	4.7	47	74	11	145	24	27	19	28	1.99
16055276--16055440	46	3.5	47	76	4	156	23	27	19	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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