genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92841870--92841909	6	6.8	6	88	5	64	2	12	0	85	0.71
92843346--92843422	26	2.9	27	79	11	70	70	2	16	10	1.27
92845785--92845821	15	2.5	15	90	0	56	13	2	70	13	1.28
92845781--92845821	18	2.3	18	82	0	55	17	2	68	12	1.31
92852954--92852991	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
92858555--92858589	13	2.8	12	83	8	52	25	8	11	54	1.64
92863044--92863084	15	2.7	16	85	11	59	48	4	0	46	1.23
92869366--92869404	21	1.9	20	84	5	51	48	7	23	20	1.75
92870087--92870137	22	2.3	22	83	10	59	15	3	13	66	1.39
92878730--92878797	9	7.6	9	81	6	84	44	19	10	26	1.82
92879189--92879284	37	2.6	38	82	11	112	40	1	26	32	1.63
92884435--92884735	154	2.0	154	91	2	489	30	11	10	46	1.75
92885737--92885773	6	6.2	6	100	0	74	67	0	0	32	0.91
92894897--92894958	31	2.0	31	96	0	115	40	16	11	32	1.83
92895493--92895545	25	2.2	24	89	3	79	37	18	22	20	1.94
92896061--92896085	12	2.1	12	100	0	50	44	16	16	24	1.86
92897396--92897534	60	2.3	59	79	10	140	27	26	18	27	1.98
92901675--92901719	22	2.0	22	86	0	63	26	24	13	35	1.92
92904305--92904399	43	2.2	44	84	5	122	31	26	16	25	1.97
92904644--92904687	16	2.7	16	89	10	63	52	2	0	45	1.13
92905357--92905439	26	3.3	27	74	17	63	42	0	1	56	1.07
92905353--92905477	59	2.1	60	86	5	173	44	0	1	53	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92913254--92913279	13	2.0	13	100	0	52	84	0	15	0	0.62
92926950--92926976	6	4.5	6	100	0	54	14	37	14	33	1.88
92928365--92928402	19	2.0	19	94	0	67	55	5	0	39	1.23
92930213--92930267	27	2.0	28	85	3	76	45	1	1	50	1.22
92930372--92930663	150	1.9	150	88	2	444	32	8	20	38	1.83
92932823--92932924	25	4.3	24	70	18	79	61	1	4	31	1.28
92932819--92932985	44	3.8	44	74	18	118	60	1	6	31	1.30
92932974--92933077	42	2.5	42	79	10	108	60	1	2	34	1.23
92934709--92934785	28	2.8	28	84	4	93	22	10	7	59	1.55
92935253--92935340	45	2.0	45	90	0	140	22	21	15	39	1.91
92936459--92936632	87	2.0	88	98	1	341	40	17	9	32	1.81
92939275--92939327	25	2.1	25	100	0	106	50	3	3	41	1.38
92941720--92941903	42	4.4	42	88	0	224	20	35	21	22	1.96
92945623--92945744	37	3.3	37	76	6	122	37	27	16	18	1.92
92953329--92953458	65	2.0	65	100	0	260	38	6	9	46	1.61
92953793--92953842	26	2.0	26	92	4	84	40	14	4	42	1.64
92954412--92954457	23	2.0	23	86	0	65	32	28	26	13	1.93
92958543--92958579	20	1.9	19	89	10	58	8	27	16	48	1.74
92962164--92962341	40	4.5	40	83	7	204	22	28	25	23	1.99
92962164--92962341	80	2.2	80	85	6	229	22	28	25	23	1.99
92965790--92965840	25	2.0	25	100	0	102	35	23	19	21	1.96
92970400--92970657	40	6.5	40	88	2	333	25	29	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92982045--92982078	6	5.5	6	96	3	59	14	2	0	82	0.79
92987348--92987405	29	2.0	29	100	0	116	55	0	13	31	1.39
92987990--92988028	18	2.1	19	85	4	53	17	15	0	66	1.25
92995889--92996005	62	1.9	59	86	5	162	52	3	3	41	1.35
93004973--93005190	40	5.5	40	87	4	266	24	23	27	23	2.00
93004969--93005190	80	2.8	79	85	7	297	25	23	27	23	2.00
93010711--93010752	15	2.8	15	85	0	57	52	11	16	19	1.74
93013715--93014093	38	9.0	38	69	18	218	31	23	13	30	1.94
93013722--93014013	85	3.4	85	94	0	521	32	25	13	29	1.94
93013845--93014093	47	5.7	47	76	13	237	31	23	14	30	1.94
93013930--93014063	48	2.8	48	87	1	180	32	22	14	31	1.93
93013845--93014093	133	1.9	132	87	0	363	31	23	14	30	1.94
93020498--93020535	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
93022796--93022941	43	3.4	43	69	13	113	23	21	25	29	1.99
93056064--93056105	15	2.9	15	85	3	59	83	0	16	0	0.65
93056064--93056105	14	2.9	14	86	6	57	83	0	16	0	0.65
93059984--93060060	28	2.7	29	73	15	88	42	2	0	54	1.14
93065903--93065931	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
93073555--93073801	46	5.4	46	96	0	404	40	14	23	21	1.91
93073555--93073851	92	3.2	92	88	2	398	40	14	23	21	1.90
93073555--93073851	138	2.1	140	86	3	402	40	14	23	21	1.90
93073555--93073856	46	6.4	49	91	3	276	40	14	23	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93076067--93076461	196	2.0	196	97	0	754	34	5	21	38	1.75
93076879--93077050	43	4.0	43	72	15	122	23	15	26	34	1.94
93080377--93080434	26	2.2	26	96	3	107	48	6	20	24	1.74
93084564--93084711	43	3.4	44	74	8	135	25	16	25	33	1.95
93084594--93084715	43	2.9	42	76	2	136	24	15	25	34	1.95
93087329--93087381	21	2.5	21	81	6	63	45	18	20	15	1.85
93087378--93087421	21	2.1	21	86	0	61	52	18	20	9	1.72
93087765--93087804	21	1.9	21	84	0	53	55	7	0	37	1.29
93090677--93090764	39	2.2	40	82	7	101	45	14	9	30	1.76
93090685--93090753	19	3.6	19	68	14	52	44	14	7	33	1.73
93096886--93096969	37	2.2	38	78	8	89	33	7	13	46	1.70
93102190--93102257	35	1.9	36	84	3	93	32	13	16	38	1.87
93115612--93115659	24	1.9	24	83	8	60	58	8	4	29	1.46
93116099--93116137	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
93126643--93126697	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
93126769--93126818	25	2.0	26	84	11	68	58	6	4	32	1.41
93126783--93126824	22	1.9	22	90	0	66	61	7	2	28	1.35
93126912--93126971	24	2.5	24	82	10	70	58	5	3	33	1.36
93127253--93127291	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
93127450--93127517	30	2.3	30	94	0	118	17	5	51	25	1.68
93134823--93134989	58	2.9	55	77	12	167	41	1	2	53	1.23
93135109--93135179	12	5.7	13	73	18	53	50	0	1	47	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93135370--93135459	44	2.0	46	89	4	139	34	27	6	31	1.83
93135445--93135496	16	3.2	16	86	0	68	28	28	5	36	1.80
93135813--93135864	15	3.2	15	73	19	50	46	0	0	53	1.00
93135826--93135862	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
93136281--93136391	53	2.1	53	89	0	168	51	6	13	28	1.65
93156984--93157237	43	5.9	43	71	7	192	36	22	20	20	1.95
93156977--93157314	129	2.6	130	84	2	432	36	21	21	21	1.96
93157689--93157744	24	2.3	23	82	8	67	46	41	1	10	1.49
93162281--93162420	46	3.0	47	86	2	178	21	23	14	40	1.90
93167130--93167259	65	2.0	65	86	5	183	29	13	14	42	1.84
93167314--93167685	84	4.4	85	86	5	477	37	23	20	18	1.94
93169278--93169334	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
93169706--93169792	21	4.0	23	77	10	83	14	22	25	36	1.93
93170891--93171285	84	4.7	84	90	0	583	38	21	21	18	1.93
93171004--93171221	44	5.1	42	64	24	118	38	22	20	18	1.94
93170975--93171184	40	5.1	40	64	22	110	39	21	20	18	1.93
93173458--93173873	125	3.3	125	81	5	483	27	14	18	39	1.90
93177231--93177270	18	2.2	19	90	4	64	52	5	10	32	1.56
93177303--93177337	5	7.2	5	96	3	63	40	0	0	60	0.97
93177389--93177458	25	2.9	24	71	24	58	68	2	22	5	1.24
93177672--93177718	24	2.0	24	84	16	62	31	2	14	51	1.55
93179139--93179283	71	2.0	71	100	0	290	31	17	13	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93186217--93186272	28	2.0	28	82	6	69	42	0	5	51	1.24
93190201--93190231	16	2.0	15	93	6	53	0	9	0	90	0.46
93191809--93191912	41	2.5	41	82	3	120	43	11	16	28	1.83
93195087--93195201	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
93195087--93195220	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
93198909--93199017	37	2.9	37	93	0	182	26	30	19	23	1.98
93199158--93200139	48	20.0	48	91	3	1523	31	26	6	35	1.82
93199158--93200139	148	6.7	146	94	2	1698	31	26	6	35	1.82
93199158--93200139	344	2.9	340	91	3	1553	31	26	6	35	1.82
93204146--93204185	13	3.2	13	85	7	64	65	2	0	32	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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