genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1970572--1970673	30	3.4	30	86	2	134	45	3	21	29	1.70
1970943--1971250	53	5.8	52	88	6	435	37	18	15	28	1.92
1970943--1971248	104	2.9	106	89	6	464	36	18	15	29	1.92
1970943--1971248	54	5.8	54	91	6	477	36	18	15	29	1.92
1971332--1971369	13	2.9	13	96	0	67	65	10	7	15	1.45
1971450--1971814	73	5.1	71	86	9	501	35	18	16	29	1.93
1971450--1971808	143	2.5	142	89	6	539	34	18	16	30	1.94
1971877--1972433	72	8.0	71	87	10	724	32	17	17	32	1.93
1971452--1972348	269	3.2	276	82	13	1033	33	18	16	31	1.93
1971886--1972433	138	3.9	141	87	9	711	32	17	17	32	1.93
1972326--1972792	121	3.9	118	76	16	380	36	18	15	29	1.91
1972374--1972792	121	3.5	119	77	16	444	36	18	15	28	1.92
1981139--1981207	30	2.3	31	92	2	113	43	7	23	26	1.79
1981131--1981196	4	16.0	4	75	12	62	42	6	24	27	1.78
1982727--1982774	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
1982723--1982778	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
1982723--1982774	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
1982890--1982947	22	2.8	20	69	20	57	55	5	6	32	1.49
1982976--1983042	27	2.6	25	80	4	80	58	4	5	31	1.42
1982919--1983060	74	1.9	73	82	4	178	55	4	7	33	1.46
1982920--1983135	25	8.7	25	69	16	128	55	4	6	33	1.46
1983096--1983141	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1983628--1983742	30	3.8	30	92	0	194	21	3	49	25	1.65
1985523--1985562	21	1.9	21	84	0	53	62	2	7	27	1.35
1985676--1985755	33	2.5	31	77	13	83	18	6	2	72	1.17
1985691--1985775	33	2.5	33	77	7	82	22	5	4	67	1.32
1988670--1989052	210	1.8	210	81	6	481	34	19	16	29	1.94
1991443--1991484	21	2.0	21	86	9	59	26	28	19	26	1.98
1992479--1992527	20	2.3	22	86	6	66	32	2	2	63	1.17
1995437--1995535	29	3.4	29	91	1	146	30	27	15	27	1.96
1998582--1998623	18	2.3	18	84	15	59	69	2	2	26	1.13
1998592--1998650	25	2.3	26	86	11	79	71	5	0	23	1.06
2000979--2001011	17	1.9	17	88	11	50	66	0	12	21	1.23
2002249--2003039	210	3.8	208	92	1	1246	34	18	17	29	1.94
2016429--2016932	192	2.6	192	92	0	846	30	16	21	31	1.95
2020889--2020959	29	2.5	28	75	11	72	56	4	5	33	1.42
2022451--2022477	13	2.1	13	100	0	54	18	29	14	37	1.91
2028012--2028260	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
2028011--2028260	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
2028355--2028386	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
2028598--2028655	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
2046357--2046386	15	2.0	15	93	0	51	40	10	3	46	1.54
2050902--2050949	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
2055336--2055383	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056744--2056828	39	2.2	39	93	0	143	40	20	23	16	1.91
2056746--2056810	21	3.2	21	78	12	91	41	18	24	15	1.89
2056744--2056842	39	2.5	39	88	0	117	40	21	22	16	1.91
2059866--2059903	11	3.5	11	85	7	51	55	7	0	36	1.29
2060089--2060113	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
2061215--2061265	22	2.2	24	86	10	79	45	7	0	47	1.32
2062430--2062460	16	1.9	16	100	0	62	51	0	3	45	1.17
2063864--2063904	17	2.5	17	84	11	50	68	4	0	26	1.10
2073910--2073956	23	2.0	23	95	0	85	29	14	12	42	1.83
2075886--2075985	50	2.0	50	94	3	175	32	13	11	44	1.78
2091472--2091527	29	1.9	29	100	0	112	32	12	17	37	1.88
2099399--2099456	29	2.0	29	100	0	116	31	13	17	37	1.89
2100615--2100642	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
2101181--2101226	23	2.0	23	100	0	92	39	13	13	34	1.83
2106522--2106773	131	1.9	132	80	4	294	35	18	19	27	1.95
2106566--2106806	131	1.8	131	79	5	281	34	18	19	28	1.95
2110112--2110143	13	2.4	14	85	15	50	62	6	6	25	1.42
2110130--2110165	17	2.1	18	89	5	56	52	2	2	41	1.30
2110955--2111175	107	2.1	107	85	2	293	37	12	18	31	1.88
2131411--2131455	15	2.8	17	74	16	51	55	11	4	28	1.54
2133037--2133064	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
2133259--2133306	25	2.0	25	83	4	62	45	37	0	16	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2133788--2133901	15	7.9	14	72	17	65	27	8	0	63	1.30
2133817--2133901	44	1.9	44	84	13	113	28	9	0	62	1.26
2133776--2133895	29	4.1	29	69	16	88	27	7	1	63	1.31
2135988--2136039	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
2136102--2136157	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
2139732--2139793	31	2.0	32	90	3	99	37	4	8	50	1.54
2146010--2146040	15	2.1	15	93	0	53	32	3	12	51	1.56
2147289--2147339	19	2.9	17	83	11	66	35	17	9	37	1.83
2149018--2149064	22	2.1	22	100	0	94	17	36	23	23	1.95
2152426--2152483	22	2.6	22	78	7	64	39	17	6	36	1.76
2152455--2152505	19	2.9	17	83	11	66	35	17	9	37	1.83
2154204--2154290	43	2.0	43	86	0	120	22	22	0	54	1.46
2154224--2154262	15	2.6	14	80	11	51	23	23	0	53	1.46
2156394--2156430	18	2.1	17	90	5	56	40	5	0	54	1.24
2182291--2182403	47	2.4	47	81	0	154	30	11	21	36	1.89
2183505--2183566	30	2.1	30	100	0	124	33	12	12	40	1.82
2194017--2194057	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2200986--2201039	5	11.0	5	77	18	60	77	1	0	20	0.86
2200980--2201036	19	2.9	19	77	12	62	75	1	0	22	0.90
2200985--2201031	24	2.0	24	87	8	69	76	2	0	21	0.89
2206270--2206341	3	23.7	3	74	13	58	29	4	1	65	1.20
2206497--2206526	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2206724--2206748	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2206895--2206962	24	2.7	26	84	15	90	25	0	0	75	0.81
2206893--2206962	28	2.5	29	86	11	94	25	0	0	74	0.82
2206886--2206962	3	25.3	3	80	17	72	25	1	0	72	0.92
2211350--2211424	37	2.0	37	94	0	132	34	16	18	30	1.93
2213979--2214066	41	2.2	39	81	6	95	25	2	5	67	1.25
2221010--2221049	19	2.0	22	85	14	59	32	47	2	17	1.61
2221112--2221250	27	5.1	28	87	6	164	35	22	23	18	1.96
2221353--2221428	26	2.8	26	80	11	73	32	13	19	34	1.90
2222870--2222978	26	4.2	26	96	1	184	36	24	4	33	1.76
2235883--2236057	70	2.5	70	85	4	212	30	14	22	33	1.93
2235883--2236497	192	3.2	192	96	0	1122	29	13	20	35	1.92
2236516--2236549	16	2.1	17	88	5	52	17	11	5	64	1.45
2236455--2236851	177	2.2	176	85	8	520	27	17	18	36	1.94
2236441--2236851	87	4.7	87	79	10	451	27	17	18	37	1.93
2236795--2237012	54	4.1	55	87	8	315	28	16	17	37	1.91
2237254--2237287	14	2.4	15	90	9	54	70	2	0	26	1.01
2237283--2237384	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
2237753--2237784	3	10.3	3	93	6	55	68	0	31	0	0.90
2237755--2237797	19	2.3	19	88	8	61	74	0	25	0	0.82
2237896--2237969	31	2.3	31	84	11	87	71	20	6	1	1.16
2238094--2238181	7	11.9	7	79	13	88	80	0	19	0	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2238092--2238184	8	11.2	8	76	15	91	79	0	20	0	0.73
2238092--2238185	42	2.3	42	83	10	122	78	0	21	0	0.75
2238094--2238184	15	6.1	15	80	10	105	80	0	19	0	0.72
2238504--2238542	21	1.9	21	84	5	53	53	10	2	33	1.48
2238727--2238769	22	2.0	22	86	8	63	53	16	4	25	1.62
2238765--2238927	17	9.4	17	77	9	150	29	12	10	47	1.74
2238786--2238926	35	4.1	35	80	7	157	29	12	10	48	1.74
2250766--2250834	32	2.2	32	82	12	88	36	0	4	59	1.17
2251885--2251926	19	2.3	19	80	15	52	42	4	0	52	1.22
2253022--2253086	24	2.6	25	82	2	78	69	4	1	24	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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