genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90905694--90905747	5	10.8	5	100	0	108	59	0	0	40	0.98
90907431--90907578	39	3.9	38	88	5	192	29	16	4	50	1.65
90907430--90907578	77	1.9	77	86	5	212	28	16	4	49	1.66
90911399--90911439	20	2.0	20	86	9	57	36	0	12	51	1.40
90917529--90917632	26	4.0	26	93	0	163	34	23	8	33	1.85
90921121--90921151	14	2.2	14	100	0	62	29	29	19	22	1.98
90950121--90950171	25	2.0	26	81	11	61	56	7	7	27	1.55
90952262--90952312	21	2.4	21	80	6	59	29	9	3	56	1.49
90961894--90961922	12	2.5	12	94	5	51	41	0	0	58	0.98
90964938--90964994	26	2.1	27	81	9	64	8	31	7	52	1.59
90972683--90972791	42	2.6	42	86	7	150	30	23	19	26	1.98
90972683--90972856	43	4.0	41	77	11	161	31	24	17	25	1.97
90980707--90980763	30	1.9	30	88	0	87	21	24	24	29	1.99
90982440--90982495	29	2.0	28	89	3	85	30	23	21	25	1.99
90986304--90986356	2	26.5	2	84	0	70	54	0	0	45	0.99
90986563--90986708	43	3.4	42	82	7	168	30	22	15	31	1.94
90986589--90986709	43	2.8	45	87	5	169	31	25	14	28	1.94
90987193--90987258	28	2.3	28	79	7	71	30	19	3	46	1.65
90987335--90987379	20	2.1	21	84	8	56	53	15	4	26	1.61
90994003--90994181	43	4.2	43	72	13	129	31	25	14	29	1.95
90997255--90997309	22	2.5	22	94	2	94	14	27	16	41	1.87
91000198--91000828	47	13.1	47	91	4	960	32	9	29	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91000198--91000817	143	4.3	145	92	4	1018	32	9	29	28	1.88
91000946--91001024	37	2.1	37	92	0	131	25	18	30	25	1.98
91009176--91009245	28	2.5	28	84	9	97	32	11	21	34	1.89
91009381--91009444	27	2.4	27	81	0	65	35	14	26	23	1.93
91011402--91011458	26	2.2	26	96	3	107	38	14	7	40	1.73
91011728--91011813	23	3.8	22	73	17	68	37	17	22	23	1.94
91011728--91011843	46	2.4	47	79	12	114	34	17	22	25	1.96
91018352--91018387	18	2.0	18	88	0	54	30	22	8	38	1.83
91035320--91035346	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
91038800--91038825	13	2.0	13	100	0	52	7	46	30	15	1.74
91046220--91046300	21	3.8	21	91	1	117	33	28	24	13	1.93
91046206--91046310	42	2.5	43	84	1	140	36	26	21	15	1.93
91046683--91046740	15	3.8	15	83	2	80	51	13	0	34	1.42
91051863--91051894	7	4.6	7	96	0	55	31	15	0	53	1.43
91052062--91052157	21	4.5	21	89	2	129	36	27	22	13	1.92
91052062--91052167	42	2.5	43	84	3	142	35	26	22	15	1.93
91052540--91052597	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
91058461--91058547	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
91058918--91058975	15	3.8	15	84	11	82	50	13	0	36	1.42
91063992--91064163	39	4.4	39	88	5	233	20	25	28	26	1.99
91077535--91077619	44	1.9	44	85	0	116	17	20	24	37	1.93
91087638--91087760	61	2.0	61	93	0	210	25	17	8	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91091263--91091294	12	2.7	12	100	0	64	53	0	15	31	1.43
91097865--91098160	18	16.1	18	73	7	191	36	14	11	36	1.83
91097958--91098160	72	2.8	71	82	5	221	36	13	11	37	1.82
91098323--91098438	45	2.6	44	79	6	135	42	17	18	21	1.89
91099339--91099459	7	16.4	7	81	8	134	16	0	37	45	1.53
91099339--91099459	15	8.2	14	78	10	134	16	0	37	45	1.53
91099342--91099459	22	5.3	22	79	6	123	16	0	36	45	1.54
91100275--91100332	5	11.6	5	96	0	107	60	1	0	37	1.07
91100425--91100477	21	2.5	22	78	9	65	58	3	0	37	1.16
91104236--91104287	24	2.2	24	82	0	59	53	7	3	34	1.48
91106674--91106734	25	2.4	25	100	0	122	11	21	14	52	1.73
91106674--91106748	25	3.1	24	92	5	109	12	21	17	49	1.78
91118649--91118703	16	3.4	16	84	0	65	36	7	27	29	1.84
91118999--91119040	21	2.0	21	90	9	68	59	7	0	33	1.25
91121474--91121520	5	9.8	5	78	17	55	38	0	0	61	0.96
91121474--91121519	8	6.0	8	80	10	60	36	0	0	63	0.95
91125976--91126095	50	2.3	52	80	4	127	30	31	19	18	1.95
91136577--91136695	62	1.9	62	84	1	157	29	8	31	30	1.87
91139785--91139897	27	4.2	27	85	7	133	37	23	23	16	1.94
91139785--91139899	54	2.1	54	87	3	160	37	23	22	16	1.94
91141518--91141731	26	8.2	26	95	0	374	35	23	6	34	1.81
91144875--91145098	104	2.2	104	91	1	360	31	32	18	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91145426--91145489	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
91145433--91145489	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
91149848--91150058	40	5.3	40	87	4	268	23	20	27	28	1.99
91157115--91157191	18	4.3	18	78	1	66	38	14	10	36	1.80
91157215--91157249	18	1.9	18	94	0	61	34	14	14	37	1.86
91157220--91157266	18	2.6	18	86	0	58	38	10	12	38	1.78
91157430--91157538	45	2.4	45	87	3	157	43	19	18	19	1.89
91159324--91159376	22	2.3	23	84	9	65	35	7	3	52	1.48
91169760--91169904	44	3.3	44	67	18	129	32	21	24	22	1.98
91169660--91169999	88	3.9	88	87	1	425	32	20	23	22	1.98
91173086--91173137	24	2.3	23	83	6	61	73	1	5	19	1.14
91173165--91173225	26	2.3	26	82	5	68	55	3	3	37	1.32
91184357--91184381	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
91185003--91185033	10	3.1	10	95	0	53	61	0	25	12	1.32
91187268--91187294	14	1.9	14	100	0	54	51	0	11	37	1.37
91193145--91193295	43	3.5	43	90	3	241	24	21	31	23	1.98
91193875--91193907	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
91195072--91195113	21	2.0	21	95	0	75	21	14	21	42	1.88
91202782--91202816	18	1.9	18	100	0	70	45	0	0	54	0.99
91202786--91202845	20	3.1	19	81	9	59	43	1	1	53	1.20
91202974--91203006	16	2.1	16	88	11	50	75	3	0	21	0.93
91203506--91203532	11	2.5	11	100	0	54	25	7	0	66	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91205382--91205408	13	2.1	13	100	0	54	29	0	14	55	1.40
91208246--91208388	46	3.1	44	73	16	123	29	28	19	22	1.98
91209611--91209685	37	2.0	37	97	0	141	38	13	17	30	1.88
91210787--91210906	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
91212034--91212257	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
91212034--91212257	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
91215314--91215378	29	2.2	30	81	13	80	29	18	3	49	1.63
91215730--91215820	47	1.9	47	95	0	164	26	25	10	37	1.89
91216108--91216163	26	2.0	28	86	10	80	60	0	8	30	1.27
91244125--91244186	32	2.0	31	84	9	81	25	8	4	61	1.44
91248848--91248889	20	2.0	21	95	4	77	40	4	0	54	1.21
91249029--91249074	23	2.0	23	91	0	74	43	26	17	13	1.85
91251513--91251587	12	6.0	12	72	9	51	48	6	44	1	1.37
91251980--91252009	15	2.0	15	100	0	60	0	46	0	53	1.00
91256163--91256227	29	2.2	28	78	10	69	26	1	12	60	1.41
91256288--91256363	20	3.8	21	75	16	72	35	1	3	59	1.24
91256308--91256403	48	2.0	49	83	6	124	35	1	3	60	1.19
91256325--91256389	28	2.3	29	81	5	80	36	1	3	58	1.23
91256280--91256411	48	2.7	50	73	15	123	37	0	3	59	1.19
91256591--91256656	29	2.3	29	84	10	98	25	12	30	31	1.92
91257993--91258034	19	2.2	20	82	4	50	69	0	2	28	1.01
91258176--91258215	20	2.0	21	90	5	64	57	0	15	27	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91265304--91265412	54	2.0	54	94	0	191	44	2	23	28	1.67
91266599--91266641	21	2.0	21	90	0	68	34	2	16	46	1.60
91271192--91271236	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
91273381--91273417	19	1.9	19	94	0	65	40	8	5	45	1.56
91280801--91280832	11	2.9	11	100	0	64	65	0	0	34	0.93
91281430--91281468	19	2.0	20	90	5	62	17	2	10	69	1.28
91281449--91281494	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
91284235--91284290	14	3.9	14	72	13	51	62	0	3	33	1.12
91291464--91291504	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
91296920--91296977	15	3.6	15	72	17	53	44	3	1	50	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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