genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18685127--18685389	94	2.8	93	76	10	259	23	28	19	28	1.98
18691414--18691508	29	3.3	29	63	16	70	47	25	9	17	1.78
18691391--18691509	58	2.1	57	95	1	211	46	24	10	18	1.81
18692316--18692479	43	3.9	43	75	2	134	32	25	14	28	1.94
18693537--18693561	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
18695770--18695804	18	1.9	18	88	0	52	54	5	28	11	1.59
18698307--18698331	12	2.1	12	100	0	50	40	16	32	12	1.84
18706811--18706836	12	2.2	12	100	0	52	30	11	15	42	1.82
18712013--18712038	13	2.0	13	100	0	52	38	0	38	23	1.55
18717343--18717456	42	2.7	42	76	0	129	30	14	26	28	1.95
18721681--18721735	20	2.8	20	75	10	58	45	18	25	10	1.82
18723852--18723884	15	2.2	15	89	10	50	18	6	0	75	1.00
18723909--18724021	58	1.9	58	94	0	199	20	20	4	54	1.61
18727853--18727996	40	3.6	40	87	1	182	36	25	15	22	1.94
18733471--18733556	42	2.0	42	90	0	136	39	9	10	40	1.72
18744426--18744492	31	2.2	31	88	0	98	31	32	25	10	1.89
18747636--18747718	40	2.1	40	100	0	166	19	8	21	50	1.73
18749040--18749078	20	2.0	20	100	0	78	41	5	12	41	1.65
18751275--18751450	46	3.8	46	79	12	207	29	29	20	20	1.98
18751282--18751453	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
18758852--18759023	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
18758845--18759020	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18762627--18762683	11	5.1	11	72	19	55	64	0	5	29	1.15
18762727--18762866	16	9.1	15	67	18	67	57	0	8	32	1.34
18762725--18762767	14	2.8	16	77	22	56	65	2	4	27	1.25
18764670--18765217	206	2.7	206	87	2	823	29	22	17	30	1.97
18766094--18766123	16	1.9	16	93	6	53	0	26	0	73	0.84
18777123--18777262	16	9.1	15	67	18	67	57	0	8	32	1.34
18777121--18777163	14	2.8	16	77	22	56	65	2	4	27	1.25
18782116--18782226	42	2.6	42	76	8	109	29	14	23	32	1.94
18785708--18785805	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
18785736--18785818	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
18785708--18785819	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
18793808--18793905	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
18793836--18793918	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
18793808--18793919	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
18799710--18799842	46	2.9	47	82	3	153	18	21	27	31	1.97
18805002--18805079	23	3.5	23	73	18	74	44	19	10	25	1.82
18805144--18805184	20	2.0	20	95	0	73	41	4	12	41	1.64
18807281--18807328	23	2.1	23	84	3	62	25	18	12	43	1.85
18807293--18807338	23	2.0	23	86	4	65	23	15	13	47	1.80
18808469--18808506	15	2.5	15	86	0	58	36	5	5	52	1.47
18808464--18808501	15	2.4	16	82	13	51	28	7	7	55	1.57
18809791--18809837	22	2.1	22	81	14	53	8	6	4	80	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18811755--18811828	34	2.2	34	97	0	139	43	10	13	32	1.79
18812270--18812304	15	2.2	16	90	5	54	51	2	28	17	1.59
18815169--18815330	42	3.8	42	79	3	173	46	14	20	18	1.84
18815241--18815305	21	3.1	20	82	8	76	43	15	18	23	1.88
18815172--18815360	85	2.2	84	84	2	245	45	14	20	19	1.85
18815214--18815357	42	3.4	41	76	10	139	45	14	20	20	1.85
18822474--18822498	13	1.9	13	100	0	50	24	4	24	48	1.68
18826208--18826279	29	2.6	26	79	16	81	50	1	20	27	1.57
18826221--18826279	29	2.0	29	93	0	100	47	0	23	28	1.52
18826695--18826723	14	2.1	14	100	0	58	24	6	6	62	1.45
18829039--18829208	92	1.8	92	93	2	297	21	20	30	28	1.98
18829043--18829215	45	3.8	46	78	14	196	20	20	30	28	1.98
18836574--18836747	44	3.8	45	79	13	194	20	20	29	29	1.98
18836571--18836739	46	3.7	47	78	15	167	21	20	28	28	1.98
18843597--18843643	24	1.9	25	91	4	78	44	6	0	48	1.28
18847684--18847719	3	12.0	3	93	0	54	27	0	5	66	1.13
18851469--18851516	7	6.9	7	86	9	71	29	2	0	68	1.01
18859665--18859713	24	2.0	25	84	8	64	36	0	20	42	1.52
18861893--18861957	34	1.9	34	90	0	103	15	32	35	16	1.91
18867146--18867319	46	3.8	46	72	13	167	21	20	27	31	1.98
18874264--18874439	46	3.8	46	76	12	198	22	19	27	30	1.98
18874261--18874431	93	1.8	93	93	0	297	22	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18877298--18877330	12	2.8	12	95	0	57	9	18	48	24	1.76
18882048--18882082	15	2.4	15	90	4	54	48	2	0	48	1.16
18882481--18882532	18	2.8	18	75	16	52	59	1	0	38	1.08
18882790--18882912	28	4.4	28	70	12	92	30	3	2	64	1.22
18882770--18882912	57	2.5	56	81	10	141	30	2	2	64	1.22
18883930--18883963	16	2.1	16	88	0	50	29	0	0	70	0.87
18884650--18884688	17	2.2	18	86	13	55	5	15	2	76	1.06
18892295--18892403	26	4.2	26	93	0	182	37	24	5	32	1.79
18892730--18893223	269	1.8	269	92	0	828	35	18	6	39	1.77
18893522--18893566	19	2.3	20	81	14	58	40	13	0	46	1.43
18896084--18896244	41	3.8	42	81	11	186	34	18	22	24	1.96
18903505--18903542	19	2.0	19	94	0	67	26	31	18	23	1.97
18903620--18903820	42	4.8	42	76	5	194	33	16	23	26	1.96
18904632--18904657	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
18905319--18905487	43	4.0	43	76	8	148	27	16	24	31	1.96
18915375--18915399	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
18915595--18915644	25	2.0	26	84	4	66	48	0	2	50	1.12
18916476--18916520	19	2.4	19	96	0	81	28	33	13	24	1.93
18919691--18919771	42	1.9	42	92	0	135	49	13	4	32	1.63
18919691--18919784	42	2.3	42	86	1	127	50	13	4	31	1.61
18927849--18927890	19	2.2	20	83	12	52	59	0	7	33	1.25
18927828--18927936	10	11.1	10	70	16	59	56	0	5	36	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18931211--18931240	14	2.1	14	93	0	51	30	6	0	63	1.20
18931865--18931907	14	3.0	14	82	3	50	41	0	2	55	1.12
18932486--18932555	23	3.3	22	76	13	74	44	8	0	47	1.34
18932562--18932604	20	2.1	21	91	4	70	46	4	9	39	1.57
18933970--18934016	23	2.1	22	84	4	58	51	2	4	42	1.33
18935249--18935365	51	2.3	51	90	0	180	27	22	16	34	1.95
18939704--18939869	46	3.6	47	74	16	148	21	16	28	33	1.95
18943589--18943622	14	2.4	14	90	0	50	44	35	0	20	1.52
18945246--18945277	7	4.6	7	96	0	55	40	9	31	18	1.83
18945195--18945315	58	2.1	58	93	0	206	34	16	23	25	1.95
18948543--18948596	27	2.0	27	82	13	67	53	5	0	40	1.24
18953394--18953433	21	1.9	21	84	0	53	15	2	10	72	1.21
18964022--18964047	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
18964103--18964154	22	2.3	23	80	9	63	32	0	1	65	1.04
18964134--18964226	19	5.3	19	64	25	53	30	1	6	62	1.27
18964350--18964503	68	2.2	71	78	8	172	64	4	3	27	1.31
18964333--18964448	19	5.9	19	71	14	74	66	3	2	27	1.21
18964372--18964506	70	2.0	70	86	2	193	62	5	3	28	1.33
18964513--18964542	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
18973563--18973591	9	3.0	10	90	10	51	58	0	20	20	1.39
18974368--18974478	53	2.1	54	94	1	197	27	16	9	45	1.79
18976567--18976604	19	2.0	19	94	0	67	10	7	36	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18987577--18987625	19	2.6	19	80	0	53	38	12	20	28	1.89
18992577--18992740	46	3.5	46	81	6	179	28	18	28	24	1.98
19000294--19000508	46	4.6	46	78	9	188	28	17	28	25	1.98
19000478--19000654	49	3.6	50	75	8	152	26	16	29	26	1.97
19008948--19008998	20	2.7	20	74	22	56	37	3	0	58	1.16
19009099--19009135	15	2.6	14	91	4	56	35	2	0	62	1.10
19010855--19010912	29	2.0	29	93	0	98	41	24	17	17	1.90
19050923--19051097	95	1.8	95	81	2	217	33	16	23	26	1.95
19051734--19051773	13	2.9	15	78	14	50	10	10	5	75	1.19
19052456--19052501	17	2.7	18	76	10	51	41	2	0	56	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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