genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25327569--25327665	27	3.6	25	73	15	70	27	6	20	45	1.75
25327697--25327761	27	2.4	27	82	10	87	40	9	24	26	1.85
25330062--25330140	31	2.5	31	93	0	131	27	26	16	29	1.97
25330164--25330255	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
25330388--25330522	51	2.7	52	85	7	190	26	25	20	28	1.99
25330388--25330522	25	5.3	26	81	5	154	26	25	20	28	1.99
25330572--25330658	20	4.3	20	88	2	122	28	18	11	41	1.85
25331011--25331058	20	2.4	20	92	0	78	14	37	22	25	1.92
25331502--25331610	27	3.9	27	73	15	96	33	7	15	43	1.75
25331479--25331616	27	5.0	26	71	11	87	34	8	16	40	1.79
25331698--25331811	27	4.2	27	82	2	113	35	7	26	31	1.83
25333782--25334748	47	20.6	47	92	2	1355	32	10	29	27	1.89
25334545--25334615	23	3.1	23	66	18	67	28	8	33	29	1.86
25337166--25337240	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
25337294--25337650	40	9.1	40	93	2	544	24	21	28	25	1.99
25337294--25337650	79	4.5	80	92	2	544	24	21	28	25	1.99
25337298--25337650	157	2.2	159	89	3	550	24	21	28	25	1.99
25338910--25339043	44	3.1	44	61	25	104	36	8	26	27	1.86
25340349--25341041	47	14.6	47	92	5	981	32	9	29	28	1.88
25340343--25341041	242	2.9	242	87	7	997	33	9	29	28	1.88
25345649--25345698	25	2.1	24	85	10	68	48	4	8	40	1.51
25349494--25349553	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25356317--25356377	30	2.0	30	84	6	79	31	24	6	37	1.81
25359243--25359302	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
25360988--25361146	44	3.7	43	73	10	137	30	25	17	25	1.97
25371374--25371549	47	3.7	48	78	10	168	24	28	19	27	1.99
25371430--25371746	46	6.6	48	72	15	178	23	30	18	27	1.98
25371551--25371661	55	2.0	55	87	0	159	20	31	17	30	1.95
25373341--25373419	31	2.5	31	95	0	140	26	26	17	29	1.98
25373443--25373534	42	2.2	42	90	0	139	35	21	14	28	1.92
25373679--25373832	26	5.8	26	82	8	177	27	21	22	27	1.99
25373679--25373832	57	2.9	52	79	11	177	27	21	22	27	1.99
25374638--25374724	27	3.2	27	91	3	131	18	26	20	34	1.96
25374866--25375100	81	2.9	80	89	3	337	29	7	20	42	1.79
25374840--25375236	27	14.7	27	81	5	259	32	8	20	37	1.83
25374786--25375168	54	7.1	54	78	5	274	32	8	20	39	1.82
25375064--25375267	81	2.5	81	77	6	214	36	8	21	33	1.84
25382806--25382845	18	2.2	19	86	4	55	30	22	0	47	1.52
25383019--25383106	46	2.0	46	86	6	128	35	22	21	20	1.96
25383019--25383106	23	4.0	22	82	8	108	35	22	21	20	1.96
25386879--25386939	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
25391318--25391378	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
25392814--25392862	25	2.0	25	83	0	62	40	12	6	40	1.67
25394118--25394142	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25396185--25396296	28	4.0	28	84	2	127	25	11	31	31	1.91
25396183--25396293	56	2.0	57	83	5	145	26	11	31	30	1.92
25397581--25397607	10	2.7	10	100	0	54	92	0	7	0	0.38
25408238--25408305	34	2.0	34	100	0	136	35	11	11	41	1.78
25408617--25408881	46	5.6	46	75	9	198	28	20	29	22	1.98
25411848--25412032	40	4.7	40	82	6	216	26	27	21	24	1.99
25422927--25423110	40	4.6	40	80	9	200	25	21	27	25	1.99
25422979--25423143	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
25427663--25427707	23	2.0	23	86	8	65	28	20	4	46	1.69
25445991--25446030	21	1.9	21	94	0	71	25	37	27	10	1.88
25456594--25456713	47	2.6	44	82	12	143	29	15	30	25	1.96
25460212--25460253	21	2.0	21	95	0	75	38	14	16	30	1.89
25468479--25468573	40	2.4	40	98	0	181	29	30	20	20	1.97
25471880--25471940	30	2.0	30	96	0	113	50	11	6	31	1.64
25488685--25488859	40	4.4	40	92	0	296	29	29	18	22	1.98
25489285--25489334	23	2.2	23	96	0	91	42	18	4	36	1.69
25491850--25491910	30	2.0	30	100	0	122	50	9	6	32	1.61
25493100--25493212	42	2.7	42	80	2	111	30	24	14	30	1.94
25496158--25496206	25	2.0	25	87	0	71	32	8	16	42	1.77
25498299--25498876	288	2.0	288	97	0	1093	28	23	24	23	1.99
25513139--25513418	40	7.0	40	87	1	384	29	26	21	22	1.99
25541640--25541731	35	2.6	35	79	10	98	41	3	2	53	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25544591--25544917	161	2.0	161	98	0	636	30	14	14	40	1.85
25545680--25545715	19	1.9	19	94	5	65	27	19	13	38	1.90
25546756--25546791	18	2.0	18	100	0	72	27	16	11	44	1.82
25548006--25548158	32	4.8	32	84	1	200	32	11	8	47	1.70
25548006--25548158	64	2.4	64	88	2	227	32	11	8	47	1.70
25551678--25551730	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
25552096--25552186	47	1.9	47	90	0	146	41	7	3	47	1.48
25558510--25558547	19	2.0	19	94	0	67	36	28	5	28	1.79
25563764--25563802	20	2.0	20	85	10	53	53	0	7	38	1.30
25568012--25568130	43	2.8	42	77	7	114	30	26	16	26	1.97
25577115--25577186	35	2.1	35	100	0	144	52	19	5	22	1.66
25581639--25581911	46	5.9	46	93	0	404	21	24	14	40	1.90
25584044--25584088	11	3.9	11	80	11	54	62	2	0	35	1.08
25584059--25584129	31	2.3	31	73	9	74	53	7	0	39	1.28
25597783--25597830	6	7.8	6	82	13	62	50	0	0	50	1.00
25602205--25603180	463	2.1	467	82	4	1166	31	10	26	31	1.90
25604389--25604709	48	6.7	48	77	5	263	28	20	28	23	1.99
25604389--25604706	96	3.3	96	82	0	341	28	20	27	23	1.99
25604376--25604709	144	2.3	144	84	5	417	27	20	28	23	1.99
25610369--25610552	79	2.3	81	83	8	227	25	27	22	24	2.00
25610350--25610552	39	5.1	40	81	9	229	24	27	22	25	2.00
25618322--25618506	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25618303--25618506	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
25623546--25623586	15	2.8	14	89	10	64	12	9	17	60	1.57
25625770--25625799	8	3.8	8	90	0	51	56	0	20	23	1.42
25626292--25626527	50	4.7	50	73	10	178	27	17	25	29	1.98
25631027--25631143	47	2.4	47	95	2	207	33	6	30	29	1.83
25631119--25631164	21	2.2	21	100	0	92	32	0	32	34	1.58
25631072--25631211	68	2.1	68	98	0	271	32	5	31	30	1.81
25631140--25631490	47	7.5	47	93	3	593	32	7	31	27	1.85
25631027--25631260	117	2.0	116	95	3	425	32	6	31	29	1.83
25631140--25631490	190	1.9	185	92	4	596	32	7	31	27	1.85
25635867--25635901	18	1.9	18	94	0	61	34	20	0	45	1.51
25648003--25648127	49	2.6	49	81	7	139	25	31	17	25	1.97
25647948--25648217	93	2.8	93	76	7	231	25	29	17	27	1.97
25652145--25652188	17	2.6	16	85	7	52	34	0	2	63	1.07
25659187--25659274	41	2.1	41	100	0	176	39	10	6	43	1.65
25664001--25664049	25	2.0	25	83	0	62	55	6	2	36	1.37
25665552--25665592	8	5.1	8	87	0	64	34	0	2	63	1.08
25667222--25667255	2	17.5	2	90	6	52	44	2	0	52	1.16
25668387--25668450	32	2.0	32	93	0	110	56	1	4	37	1.30
25668592--25668681	16	5.5	15	72	17	72	66	0	0	33	0.92
25668587--25668649	32	2.0	31	87	9	92	60	0	0	39	0.97
25668620--25668679	27	2.3	25	80	8	66	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25668651--25668680	8	3.8	8	90	0	51	70	0	0	30	0.88
25671455--25671625	43	4.0	43	76	8	170	28	15	23	32	1.96
25684618--25684667	21	2.4	21	80	6	57	46	22	32	0	1.52
25686369--25686423	29	1.9	28	85	10	76	65	1	1	30	1.13
25686379--25686421	20	2.1	21	87	12	63	65	2	2	30	1.18
25686682--25686735	28	1.9	28	88	0	81	46	12	5	35	1.66
25690948--25691093	60	2.4	59	81	7	161	41	10	19	28	1.85
25693605--25693721	53	2.2	53	93	0	198	13	34	23	28	1.93
25696433--25696536	52	2.0	52	98	0	199	38	3	20	37	1.71
25701431--25701455	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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