genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  105315579

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38501827--38501949	24	5.1	24	95	2	221	31	20	19	28	1.97
38501827--38501949	49	2.6	48	94	2	221	31	20	19	28	1.97
38503173--38503266	27	3.5	27	74	9	75	38	21	21	19	1.94
38503682--38503751	27	2.6	27	83	0	95	31	12	14	41	1.83
38506246--38506275	12	2.5	12	100	0	60	56	13	0	30	1.37
38510093--38510206	33	3.4	33	74	4	104	43	16	21	17	1.87
38510055--38510182	67	1.9	68	83	4	170	44	14	23	17	1.86
38510055--38510201	67	2.2	68	81	6	165	43	17	21	17	1.88
38511193--38511365	46	3.7	45	74	17	158	20	18	29	31	1.97
38511190--38511361	93	1.8	93	88	2	265	20	18	30	30	1.97
38516368--38516470	37	2.8	37	95	0	188	24	32	21	22	1.98
38516515--38516791	48	5.8	48	90	0	401	29	29	7	33	1.84
38523653--38523743	29	3.2	29	90	1	139	29	34	14	21	1.93
38527768--38527952	40	4.7	40	76	7	189	27	29	20	23	1.99
38537333--38537421	38	2.3	40	88	9	132	28	28	21	22	1.99
38564043--38564117	31	2.4	30	82	10	80	37	0	32	30	1.58
38564754--38564815	29	2.1	30	91	8	101	25	3	11	59	1.46
38570890--38570928	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
38577550--38577588	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
38578745--38578781	3	12.3	3	100	0	74	0	35	0	64	0.94
38579853--38579911	30	2.0	30	93	0	100	27	6	11	54	1.62
38584586--38584751	47	3.5	47	85	4	219	33	9	29	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38585632--38585673	21	2.0	22	90	4	68	52	11	0	35	1.38
38600642--38600672	15	2.1	15	93	0	53	70	9	0	19	1.14
38602552--38602599	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
38602638--38602694	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
38602636--38602698	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
38602752--38602892	23	6.0	23	91	5	214	29	21	21	26	1.99
38603084--38603147	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
38610636--38610683	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
38610722--38610778	9	5.9	9	73	15	51	36	7	21	35	1.80
38610720--38610782	20	3.2	20	95	0	117	38	11	19	31	1.86
38610835--38610954	24	5.0	24	89	5	163	28	22	21	27	1.99
38610837--38610933	47	2.1	47	96	0	176	28	21	20	28	1.98
38611148--38611211	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
38611978--38612017	21	2.0	20	85	5	53	37	0	20	42	1.52
38614182--38614420	50	4.8	49	78	6	239	29	25	18	25	1.98
38614182--38614420	101	2.4	99	82	5	268	29	25	18	25	1.98
38618691--38618885	47	4.3	47	79	12	228	31	14	23	31	1.94
38618729--38618885	85	1.8	85	95	0	287	30	14	23	31	1.94
38629301--38629749	48	9.4	48	94	0	758	30	27	6	34	1.82
38630747--38631290	47	11.6	47	92	3	882	29	28	7	33	1.85
38630747--38631290	190	2.9	189	94	2	929	29	28	7	33	1.85
38632804--38632828	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38633664--38633921	46	5.6	46	90	7	400	29	29	6	34	1.84
38633664--38633928	137	1.9	137	93	3	453	30	29	6	33	1.83
38648359--38648504	40	3.7	40	84	7	181	26	27	22	23	2.00
38652577--38652768	50	3.9	49	81	4	206	29	27	18	25	1.98
38658342--38658567	40	5.7	40	88	4	289	25	21	26	26	1.99
38660238--38660395	47	3.3	47	92	0	244	29	13	24	32	1.94
38663082--38663142	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
38670795--38671242	48	9.4	48	94	0	749	30	27	6	35	1.82
38672225--38672766	47	11.6	47	91	3	844	30	28	7	33	1.85
38672225--38672766	189	2.9	190	94	2	920	30	28	7	33	1.85
38674274--38674298	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
38675143--38675407	48	5.6	48	92	1	444	29	28	7	34	1.84
38675143--38675407	94	2.8	95	92	2	442	29	28	7	34	1.84
38675143--38675414	142	1.9	142	94	0	481	30	28	6	34	1.84
38681402--38681573	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
38681426--38681609	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
38685837--38686008	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
38685861--38686044	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
38691300--38691359	28	2.2	28	84	3	77	18	23	20	38	1.93
38697689--38697741	27	2.0	27	88	0	79	37	20	13	28	1.90
38698169--38698222	28	2.0	28	88	3	83	16	20	27	35	1.94
38698177--38698233	28	2.0	28	86	0	78	19	22	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38706321--38706500	40	4.5	38	80	8	173	24	21	28	25	1.99
38706374--38706528	79	2.0	79	81	7	181	24	21	28	25	1.99
38710547--38710637	29	3.2	29	90	1	139	21	14	34	29	1.93
38718864--38718994	65	2.0	65	100	0	262	40	6	16	36	1.74
38721589--38721663	39	2.0	37	84	10	98	34	25	16	24	1.95
38728904--38729097	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
38728933--38729004	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
38728978--38729053	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
38729068--38729251	98	1.9	96	91	4	298	36	6	26	30	1.82
38729067--38729251	48	3.8	48	88	5	291	36	6	26	30	1.82
38729398--38729540	37	3.9	37	97	0	259	23	18	32	25	1.97
38730808--38731476	40	16.7	40	85	1	847	26	20	26	27	1.99
38730808--38731461	80	8.2	80	91	1	999	25	20	26	27	1.99
38735339--38735532	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
38735368--38735439	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
38735413--38735488	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
38735502--38735684	48	3.8	48	88	5	287	36	6	26	30	1.82
38735503--38735684	98	1.9	96	90	4	294	36	6	26	30	1.82
38735821--38735922	37	2.8	37	92	3	161	27	18	28	25	1.98
38735832--38735940	37	2.9	37	93	0	173	24	19	29	26	1.98
38740602--38740661	29	2.0	30	83	3	77	30	25	5	40	1.77
38742262--38742384	44	2.9	41	80	9	140	32	26	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38748194--38748354	27	6.0	27	85	1	198	36	18	18	27	1.93
38748194--38748342	81	1.8	81	92	2	255	36	18	18	26	1.94
38748744--38748808	22	3.0	22	77	8	69	21	24	23	30	1.99
38748967--38749067	27	3.7	27	84	5	114	19	23	19	36	1.95
38748967--38749073	54	2.0	52	85	3	142	18	23	20	37	1.94
38756501--38756535	9	3.9	9	88	0	52	8	8	11	71	1.31
38758667--38758791	40	3.1	40	82	0	169	25	26	23	24	2.00
38761847--38762021	40	4.4	39	84	5	208	25	26	21	25	2.00
38761873--38762023	40	3.8	40	87	1	223	26	26	21	25	2.00
38763571--38763622	26	2.0	26	100	0	104	30	23	34	11	1.90
38764968--38765119	40	3.8	40	89	2	207	25	28	21	24	1.99
38766669--38767002	173	1.9	176	88	5	509	33	20	13	32	1.91
38773643--38773846	27	7.6	27	87	4	250	30	28	14	26	1.95
38777566--38777878	46	6.6	47	77	11	234	26	29	16	27	1.97
38777565--38777926	46	7.6	47	75	14	223	25	29	16	28	1.97
38777566--38777879	138	2.2	144	81	9	362	26	29	16	27	1.97
38777566--38777929	48	7.7	49	75	12	257	26	29	17	27	1.97
38782029--38782061	16	2.0	17	88	5	50	36	21	3	39	1.69
38782183--38782572	55	7.4	53	74	12	300	22	24	17	35	1.95
38782187--38782618	109	4.1	101	76	11	372	23	24	16	35	1.95
38782187--38782618	209	2.1	209	93	0	740	23	24	16	35	1.95
38788316--38788448	49	2.6	51	83	9	175	24	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38795415--38795794	47	8.1	47	88	5	538	31	9	30	28	1.89
38795913--38795991	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
38800858--38800891	18	1.9	18	88	5	52	29	8	20	41	1.82
38801922--38802040	29	4.2	30	81	8	142	26	30	14	28	1.95
38804331--38804439	27	4.2	26	79	10	114	37	22	23	16	1.93
38805839--38805938	24	4.2	24	94	0	155	25	40	2	33	1.67
38808906--38809077	93	1.8	93	86	0	245	26	26	22	25	2.00
38811188--38811301	48	2.4	48	83	2	142	27	21	14	35	1.93
38815520--38815638	47	2.6	47	86	1	159	26	22	15	36	1.93
38819855--38819973	47	2.6	46	85	4	150	25	23	15	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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